计算化学网文highlights

北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)设立的“北京科音”微信公众号每个月月末汇总推送一次当月发布在计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)、思想家公社blog(http://sobereva.com)等地方的较有价值的计算化学文章和帖子。为了便于非订阅用户查看,在本页面也同步发布。内容既有Sobereva写的,也有别人写的。


下为2019年2月的内容:

• 使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度
http://sobereva.com/461
• 使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462
• 量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介
http://sobereva.com/463
• DFT-D4色散校正的简介与使用
http://sobereva.com/464
• 简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460
• 简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940
http://bbs.keinsci.com/thread-12188-1-1.html
• RHF方法编程笔记_完整代码
http://bbs.keinsci.com/thread-12101-1-1.html
• Periodic NBO程序测试(基于Crystal)
http://bbs.keinsci.com/thread-12111-1-1.html
• 基于VASP的Periodic NBO编译和简单测试
http://bbs.keinsci.com/thread-12125-1-1.html
• MP2闭壳层一阶导数公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12197-1-1.html
• CIS闭壳层一阶导数公式
http://bbs.keinsci.com/thread-12273-1-1.html

文献推荐:
• Grimme的GFN2-xTB正式版文章出来了
http://bbs.keinsci.com/thread-12132-1-1.html
• 通过第一性原理计算设计能源材料界面
http://bbs.keinsci.com/thread-12250-1-1.html


下为2019年1月的内容:

• 在Linux系统下安装Multiwfn 3.6的演示(CentOS 7.6)
https://www.bilibili.com/video/av41402462/
• Multiwfn 3.6 Windows版在VS2017+ifort 2019下的编译过程演示
https://www.bilibili.com/video/av41401928/
• 在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html
• VASP最简单的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/455
• GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457
• GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法
http://sobereva.com/458
• GROMACS 2019已发布
http://bbs.keinsci.com/thread-11815-1-1.html
• 用VMD的TCL脚本把Multiwfn的结果标记到原子上的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11837-1-1.html
• GROMACS 2018.4的mdp文档pdf版
http://bbs.keinsci.com/thread-11857-1-1.html
• 发一个利用orca扫描得到的gbw文件和multiwfn批量计算输出分子体积的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-12066-1-1.html

文献推荐:
• 整合了几个大型量子化学测试数据库的数据库:ACCDB
http://bbs.keinsci.com/thread-11809-1-1.html
• 量子化学—同时带给我们定性的认识和定量的数据
http://bbs.keinsci.com/thread-12084-1-1.html


下为2018年12月的内容:

• Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
• 用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449
• 使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)
http://sobereva.com/453
• orca 4.1发布了(重点看5L的关于新功能的评论)
http://bbs.keinsci.com/thread-11625-1-1.html
• 量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451
• 双路platinum 8163+超微X11DAI-N主板配不同内存计算速度对比
http://bbs.keinsci.com/thread-11644-1-1.html
• Relationship between chemical shift and atomic charge
http://bbs.keinsci.com/thread-11708-1-1.html
• seek-path:免费生成高对称点的软件
http://bbs.keinsci.com/thread-11558-1-1.html
• MOLCAS XMS-CASPT2测试
http://bbs.keinsci.com/thread-11795-1-1.html
• 旧版xTB程序过期后继续使用的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-11796-1-1.html


下为2018年11月的内容:

• Multiwfn支持的电子激发分析方法一览
http://sobereva.com/437
• 使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征(含视频)
http://sobereva.com/436
• 用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用
http://sobereva.com/448
• 视频:使用Multiwfn结合VMD绘制Hirshfeld surface图分析分子晶体中的弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av35738671/
• 视频:基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/
• 利用Gaussian结合自写程序计算分子间电荷转移积分
http://bbs.keinsci.com/thread-11369-1-1.html
• [造轮子]写了一个简单的模块管理系统
http://bbs.keinsci.com/thread-11379-1-1.html
• 使用origin+PS轻松绘制彩虹色线性填充光谱图
http://bbs.keinsci.com/thread-11514-1-1.html
• 单机安装vasp5.4.4,系统SUSE 12 SP3,编译器Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux
http://bbs.keinsci.com/thread-11532-1-1.html


下为2018年10月的内容:

• 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频)
http://sobereva.com/447
• 使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频)
http://sobereva.com/445
• 计算化学购机配置推荐
http://sobereva.com/444
• 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)
http://sobereva.com/443
• 使用了Multiwfn发表的第2002~3000篇文章打包下载
http://bbs.keinsci.com/thread-11023-1-1.html
• Multiwfn程序名读法的统一说明
http://bbs.keinsci.com/thread-11011-1-1.html
• Multiwfn绘制平面图的功能已经支持对绘制内容平移和旋转
http://bbs.keinsci.com/thread-11037-1-1.html
• 在UHF级别估算U-J参数的AIDFT+U
http://bbs.keinsci.com/thread-11240-1-1.html

文献推荐
• GFN2-xTB的手稿发布了(http://bbs.keinsci.com/thread-11204-1-1.html
• Nature Materials上一篇关于氧化态概念讨论的论文(http://bbs.keinsci.com/thread-11027-1-1.html
• Modeling of Organic Light Emitting Diodes: From Molecular to Device Properties(http://bbs.keinsci.com/thread-11113-1-1.html


下为2018年9月的内容:

• 使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442
• RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441
• 基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://sobereva.com/440
• Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439
• NAMD自由能计算教程—1、用eABF和meta-eABF进行多维自由能计算
http://bbs.keinsci.com/thread-10805-1-1.html
• 最新版NAMD的编译安装
http://bbs.keinsci.com/thread-10815-1-1.html
• 在VMD中以PyMOL rainbow着色风格绘制蛋白质结构
http://bbs.keinsci.com/thread-10836-1-1.html
• 高斯与VASP有哪些区别和联系?
http://bbs.keinsci.com/thread-10958-1-1.html

文献推荐
• Donald Truhlar的revM06(http://bbs.keinsci.com/thread-10931-1-1.html
• Theory and Calculation of the Phosphorescence Phenomenon(http://bbs.keinsci.com/thread-10884-1-1.html
• A Bayesian Approach to Predict Solubility Parameters(http://bbs.keinsci.com/thread-10871-1-1.html
• Stefan Grimme 今年发表的研究离子液体的文章(http://bbs.keinsci.com/thread-10828-1-1.html


下为2018年8月的内容:

• 使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434
• 在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量
http://sobereva.com/433
• 在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432
• 通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431
• 批量处理生成填色图的脚本
http://bbs.keinsci.com/thread-10582-1-1.html
• 半经典分子动力学程序PROGDYN使用教程
http://bbs.keinsci.com/thread-10656-1-1.html
• Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!
http://bbs.keinsci.com/thread-10682-1-1.html
• 使用Multiwfn结合VMD批量绘制轨道
http://bbs.keinsci.com/thread-10686-1-1.html

文献推荐
• 中国科学家首次精确合成共轭莫比乌斯索烃
http://bbs.keinsci.com/thread-10615-1-1.html
• 一篇JPCL计算边缘醚基使得石墨烯片段激子局域化的文章
http://bbs.keinsci.com/thread-10662-1-1.html
• 使用信息泛函理论计算电子相关能
http://bbs.keinsci.com/thread-10632-1-1.html


下为2018年7月的内容:

• 使用Multiwfn计算激发态之间的密度差 http://sobereva.com/429
• PySCF测评 http://bbs.keinsci.com/thread-10566-1-1.html
• DIRAC17在centos7上的安装(intel15 and openmpi2.02) http://bbs.keinsci.com/thread-10514-1-1.html
• G16电子版手册 http://bbs.keinsci.com/thread-10496-1-1.html
• 使用VMD结合freeSASA计算分子的溶剂可及表面区域(SASA) http://bbs.keinsci.com/thread-10454-1-1.html
• RHF方法编程笔记-4(完) 一些简单物理量的计算 http://bbs.keinsci.com/thread-10445-1-1.html
• RHF方法编程笔记-3 (SCF计算的实现) http://bbs.keinsci.com/thread-10427-1-1.html
• 安利ChemRxiv http://bbs.keinsci.com/thread-10495-1-1.html


下为2018年6月的内容:

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子(2018年公布)
http://sobereva.com/427
RHF方法编程笔记-2(势能积分与双电子积分的计算)
http://bbs.keinsci.com/thread-10368-1-1.html
RHF方法编程笔记-1(附带参考代码)
http://bbs.keinsci.com/thread-10317-1-1.html
高通计算筛选辅助软件PyMSATm(结合MuSiC程序用于筛选吸附剂对吸附质的微观现象)
http://bbs.keinsci.com/thread-10303-1-1.html
双路2686v4+1080Ti计算节点的装机和简单评测
http://bbs.keinsci.com/thread-10256-1-1.html
使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴
http://sobereva.com/426
使用NewtonX和Gaussian16模拟荧光光谱
http://bbs.keinsci.com/thread-10183-1-1.html
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数
http://sobereva.com/425
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
Ubuntu 18.04 单机安装torque
http://bbs.keinsci.com/thread-10134-1-1.html


下为2018年5月的内容:

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421
2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计
http://sobereva.com/420
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418
高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法
http://sobereva.com/419
Intel Gold 6149 test
http://bbs.keinsci.com/thread-10058-1-1.html
一种新的绘制静电势分布图的方法
http://bbs.keinsci.com/thread-10070-1-1.html
Theoretical research of multipolymers with hydrogen bonds
http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?id=53
C6H6 and B3N3H6 Aromatic Rings with doping alkali metal atom
http://sobereva.com/wfnbbs/viewtopic.php?id=51

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