CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法

CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法

Simple installation method of CP2K first principle program

First release: 2021-Feb-16 Last update: 2024-Sep-5

1 前言

CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好的第一性原理程序，开源免费，跑中、大周期性体系比起主流的基于平面波的程序如Quantum ESPRESSO、VASP等速度快得多。笔者开发的Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）的创建CP2K输入文件的功能使得CP2K做常见任务用起来非常简单（见《使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件》http://sobereva.com/587），而且笔者开设了十分系统深入讲解CP2K使用的北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），以后用CP2K的人肯定会越来越多。本文介绍一下CP2K怎么在非常适合做科学计算的Linux发行版CentOS（包括与之没实质区别的Rocky Linux和Red Hat）上进行安装，对于其它Linux系统在一定程度上也适用，至少可以作为参考。

最初写本文的时候CP2K最新的是8.1版。后来以同样的方法，经测试也可以顺利编译从8.2一直到2024.2的全部版本。最初写本文的时候我用的是CentOS，后来我改用Rocky Linux后实测也可以用本文完全相同的方式安装。

CP2K有sopt、ssmp、popt、psmp四种版本，如果你不了解的话，先看一下本文文末附录中的介绍。

CP2K有三种安装方式：
(1)先依次手动编译CP2K所需要的各个库，然后再编译CP2K，具体过程见官方说明https://github.com/cp2k/cp2k/blob/master/INSTALL.md。我不推荐这种做法，因为CP2K涉及的库特别多，一个一个手动编译颇为麻烦。如果你有经验和耐心可以这么鼓捣。
(2)使用CP2K自带的toolchain脚本。toolchain可以自动把CP2K依赖的各种库都一一下载并且自动编译，最后输入几行命令再把CP2K编译出来就OK了。整个过程非常简单省事，下文第2节就介绍这种做法。
(3)直接用官方预编译的ssmp版，下载后直接就能用，极为方便，下文第3节会说具体做法。

2 基于toolchain安装CP2K

2.1 相关知识

CP2K是基于Fortran的程序，但它依赖的一堆库很多都是C/C++写的，所以Fortran和C/C++编译器都得有。CP2K的编译对于编译器有明确的要求，兼容情况见https://www.cp2k.org/dev:compiler_support。可见如果用gcc+gfortran来编译的话，gcc必须>=5.5版。CentOS 7.x自带的gcc是4.8.5版，因此没法直接编译，要么升级gcc编译器（具体做法自行google，有把系统弄出毛病的风险），要么用CentOS >=8.0版。CentOS 8.0自带的gcc是8.3.1，可以非常顺利地结合toolchain编译CP2K。下面笔者所述的情况和编译方式对于CentOS 8.0和CentOS 8 Stream是完全适用的，不适用于更老的CentOS。（PS：常有人问我装CentOS 8的时候应该选什么，建议Base Environment选Workstation，组件选GNOME Applications、Legacy UNIX Compatibility、Development Tools、Scientific Support）

用合适版本的Intel的icc和ifort编译器来编译CP2K及相关的库也可以，这样CentOS 7.x的用户也省得升级gcc或者换系统了。但19.0.1版结合toolchain用的时候笔者发现有的库编译不过去，笔者不打算深究，本文就不说这种做法了。

toolchain运行过程中会自动下载很多库的压缩包，所以必须联网，而且网速还不能太慢，否则有的库半天也下不下来，甚至最终失败。如果你在大陆，强烈建议通过科学的方式加速对外部网络的访问。

关于MKL数学库

CP2K会利用到BLAS和LAPACK标准库中的子程序。默认情况下会用OpenBLAS库提供的这部分子程序，但据说OpenBLAS的LAPACK子程序的效率不如Intel的MKL数学库好，因此改用MKL可能计算速度更快，不过笔者的一些简单的对比测试并未发现用MKL时速度有显著优势。如果你想用MKL的话，那么运行下一节的toolchain前先把MKL装到系统里，即运行下列命令：
dnf config-manager --add-repo https://yum.repos.intel.com/mkl/setup/intel-mkl.repo
rpm --import https://yum.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB
dnf install intel-mkl
此时MKL会被装到/opt/intel/目录下，被装到笔者机子里的是MKL 2018版，占2.2GB硬盘。把下面的语句加入到~/.bashrc文件中，然后重新进入终端使之生效
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2018.0.033/bin/psxevars.sh
上面这行语句会使得MKLROOT环境变量指向MKL库的目录。当运行toolchain的时候发现MKLROOT环境变量被指定了，就会自动利用MKL数学库（无需额外写--with-mkl选项）。

如果你想离线安装MKL，可以去Intel官网免费注册并下载Intel OneAPI base toolkit离线安装包。安装的时候只选择安装其中的MKL就够了。装好后把下面这句加入~/.bashrc文件里，然后重新进入终端使之生效
source /opt/intel/oneapi/mkl/[实际版本号]/env/vars.sh
但这样装MKL的情况下，笔者遇到过CP2K 8.1的toolchain在装COSMA库的时候编译不过去的问题。如果你也遇到了此问题，把toolchain的命令后头加上--with-cosma=no避免装COSMA库即可，这对性能影响甚微。

2.2 通过toolchain安装CP2K依赖的库

去https://github.com/cp2k/cp2k/releases/下载CP2K压缩包cp2k-8.1.tar.bz2，运行tar -xf cp2k-8.1.tar.bz2命令解压之。下文假设解压后的目录是/sob/cp2k-8.1/。

运行以下命令
cd /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install
之后这个toolchain脚本就会依次下载各个库的压缩包到toolchain/build目录下并解压和自动编译，编译产生的可执行文件、库文件、头文件等都自动装到了toolchain/install目录下。在笔者的普通四核机子结合非常畅通的网络下，整个过程耗时约两个小时。其中最耗时的是编译libint那一步，花了一个小时有余，一定要耐心。

以下信息应了解一下

• 如果运行上述脚本后提示ERROR: (./scripts/install_gcc.sh) cannot find gfortran，应当运行dnf install gcc-gfortran先把gfortran编译器装上，然后重新运行脚本。

• 运行./install_cp2k_toolchain.sh --help可以查看toolchain的帮助。可见有的库默认是安装的，有的默认不装，通过选项来决定，可以按需调整。toolchain脚本的使用细节见https://github.com/cp2k/cp2k/blob/master/tools/toolchain/README.md
• --with-sirius=no选项代表不装本来自动会装的SIRIUS库。这个库使得CP2K可以像Quantum ESPRESSO那样完全基于平面波+赝势做计算，但一般这用不上，想做这种计算的人一般直接就用Quantum ESPRESSO了，其安装见《Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法》（http://sobereva.com/562）。
• --with-openmpi=install代表安装OpenMPI库，这使得编译出来的CP2K可以通过MPI方式并行计算。CP2K也支持其它MPI库如Intel MPI和MPICH。我个人比较习惯用OpenMPI，这也是目前最主流的。重要提示：如果你的机子里已经有了OpenMPI，应当用--with-openmpi=system，这使得CP2K直接用机子里现成的OpenMPI，否则额外再自动装一个OpenMPI可能造成一些冲突。
• --with-plumed=install代表安装默认不自动装的PLUMED库，这使得CP2K可以结合PLUMED做增强采样的从头算动力学。如果你不需要此功能的话可以不加这个选项，可以节约少量编译时间。
• 从CP2K 2024.2开始支持了DFT-D4色散校正，这种校正的常识见《DFT-D4色散校正的简介与使用》（http://sobereva.com/464）。想用DFT-D4的话必须再额外带上--with-ninja --with-dftd4。
• toolchain默认用所有CPU核心并行编译，可以自行加上-j [并行核数]来明确指定用多少核。编译的耗时和CPU核数关系很大。笔者在36核机子上也就花了不到20分钟就把toolchain过程全都完成了。
• toolchain默认自动下载和编译cmake。如果你通过yum或dnf已经装过cmake而且其版本较新，可以再加上--with-cmake=system用当前系统里的cmake，能节约编译时间。
• 注意硬盘的空余空间应当足够。对于CP2K 8.1在上述命令执行完毕后，toolchain/build目录约占9GB，toolchain/install目录占约2GB。如果硬盘吃紧，建议toolchain运行成功后把这个build目录删掉，里面的文件之后用不着。
• 如果toolchain运行过程中某个库编译失败，可以去toolchain/build目录下的那个库的目录中去找编译过程输出的log文件，在里面搜error根据报错试图分析原因。toolchain运行失败后可以重新运行，它会根据根据toolchain/build目录的内容做判断，之前已经下载和编译成功的库会自动跳过，而从失败的库继续编译。如果把build和install目录都删了，则toolchain会从头执行。
• 如果在安装某个库的过程中一直卡着，通过top命令发现CPU也没在编译库，那么几乎一定是因为网速太慢导致那些库的压缩包老也下载不完（在大陆区域不可描述的访问国际互联网的条件下尤为常见）。可以去tools/toochain/build目录下看看正在装的这个库的压缩包，如果尺寸特别小，而且尺寸增加得特别缓慢，说明就是这个问题所致。解决方法是开微屁恩加速访问国际互联网。还一个办法是找个访问国际互联网通畅的机子或者拜托朋友，在那里安装一次当前版本的CP2K，然后把build目录下的.tgz、.tar.gz、.tar.bz2那些库的压缩包拷到之前那个机子的build目录下，这样那个机子在安装CP2K过程中就会直接用这些包而不会试图下载了，对于没法访问Internet的机子也可以这样离线安装CP2K。

2.3 编译CP2K

接着上一节，现在把/sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/arch/下所有文件拷到/sob/cp2k-8.1/arch目录下。这些文件定义了编译不同版本的CP2K所需的参数，其内容是toolchain脚本根据装的库和当前环境自动产生的。

然后运行以下命令
source /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/setup
cd /sob/cp2k-8.1
make -j 4 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"
-j后面的数字是并行编译用的核数，机子有多少物理核心建议就设多少。在笔者的普通4核机子上花了40分钟编译完。

注：如果编译中途报错，并且从后往前找error的时候看到cannot find -lz的报错提示，则运行dnf install zlib-devel命令装上zlib库，再重新运行上面的make那行命令即可。

编译出的可执行程序现在都产生在了/sob/cp2k-8.1/exe/local目录下，共1.1GB。这里面cp2k.popt、cp2k.psmp、cp2k.sopt、cp2k.ssmp就是我们所需要的CP2K的可执行文件了（popt和sopt其实分别是psmp和ssmp的符号链接）。

把以下内容加入到~/.bashrc文件里：
source /sob/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/sob/cp2k-8.1/exe/local
重新进入终端后，就可以通过cp2k.ssmp等命令运行cp2k了。运行诸如cp2k.ssmp -v可以查看CP2K的版本、编译时用的库和参数信息。

注1：上面source这行必须有，因为有的库提供的.so文件是CP2K启动时所需的，source这个脚本使得相应的库的目录被加入到动态库的搜索路径中。而且用了这个之后toolchain过程中装的OpenMPI的可执行文件mpirun等才能直接用。

注2：cp2k-8.1目录下的lib和obj目录分别存的是CP2K编译过程产生的静态库文件和.o文件，总体积不小。由于之后用不着，因此如果想省硬盘可以把这俩目录删掉。

3 直接用官方的预编译版CP2K

对于CP2K 8.1，官方预编译版只提供了ssmp的，并且为了兼容性考虑，编译选项比较保守，没有根据CPU内核进行优化、没有利用SIMD指令集、用的是-O2而非更激进优化的-O3选项，也没用MKL。不过这并不代表官方预编译版的就很慢，笔者对简单任务测试过发现在速度上和自己编译的ssmp版差异不太大。不过，如果对某些类型任务发现ssmp版的CPU占用率普遍较低，吐血建议自己编译popt版，此时有可能二者速度差异超大、用ssmp完全发挥不出CP2K本来的代码效率，甚至可能ssmp版几乎算不动。

使用官方的预编译的ssmp版CP2K的做法如下：
和2.2节所述相同，先下载cp2k-8.1.tar.bz2压缩包并解压到比如/sob/cp2k-8.1目录。
去https://github.com/cp2k/cp2k/releases/下载CP2K的预编译版可执行文件cp2k-8.1-Linux-x86_64.ssmp，改名为cp2k.ssmp并随便放到一个位置，假设放到了/sob/cp2k-8.1目录下。
将下面两行加入到~/.bashrc文件中：
export PATH=$PATH:/sob/cp2k-8.1
export CP2K_DATA_DIR=/sob/cp2k-8.1/data
保存后重新进入终端，CP2K就可以通过cp2k.ssmp命令使用了（ssmp版CP2K不是必须叫cp2k.ssmp，也可以改名为cp2k，这样运行更方便）。

为什么设CP2K_DATA_DIR环境变量这里说一下。在CP2K输入文件中，如果诸如BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NAME等关键词只定义了文件名而没有给路径，程序默认先在当前目录下搜索相应文件，找不到的话去CP2K_DATA_DIR搜索。CP2K_DATA_DIR对应的是编译的时候CP2K目录下的data目录的路径，但开发者在编译的时候其对应的路径显然跟我们当前情况不符，因此这里通过export来将CP2K_DATA_DIR环境变量改成自己机子里实际的data目录的路径。

4 运行和测试CP2K

这里提供一个简单的输入文件用于测试：http://sobereva.com/attach/586/test.inp。这是Multiwfn生成的2*2*2金刚石超胞做PBE/DZVP-MOLOPT-SR-GTH单点计算的输入文件。

先测试ssmp版。将test.inp放到当前目录下，运行：cp2k.ssmp test.inp |tee test.out。输出信息会在屏幕上显示，也同时写入到了test.out里。默认情况下所有CPU核心都会被用于OpenMP并行计算，如果比如想只用4核，就先运行export OMP_NUM_THREADS=4命令然后再运行CP2K，此时运行过程中CP2K进程的CPU占用率应当在300~400%。

再测试popt版。假设用4核通过MPI方式并行，就执行：mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out。在top中看到会有4个cp2k.popt在运行，占用率皆接近100%。

如果你是自己编译的CP2K，建议默认用popt版而不要用ssmp版，因为在某些情况下后者运行效率远不及popt版（但也有些任务二者速度差异不大，看具体情况）。为了运行popt版省事，建议在~/.bashrc里面加入一行alias cp2k='mpirun -np 4 cp2k.popt'。重新进入终端后，只要输入cp2k test.inp |tee test.out就等价于输入mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out了，用起来省事多了。

注：跑sopt、popt版时，不管设不设OMP_NUM_THREADS、设多少，OMP_NUM_THREADS都会被强行视为1。

附：CP2K的并行以及四种版本

CP2K支持MPI方式并行也支持OpenMP方式并行。最初CP2K是完全基于MPI并行的，但每个核心对应一个MPI进程来并行跑CP2K的话，对某些任务、较大体系消耗内存较高。CP2K如今很多代码也利用OpenMP方式实现了并行化，OpenMP并行的好处是很多数据可以在不同线程之间共享而不用保存副本，从而比MPI并行明显更节约内存。但由于有些CP2K代码仍只能通过MPI方式并行，因此单纯靠OpenMP并行的话某些任务的速度可能明显不及MPI并行，而且并行核数很多时纯OpenMP的并行效率比纯MPI并行的略低是很多科学计算程序中常见的现象。CP2K也支持MPI和OpenMP混合并行，比如CPU有36核，那么可以比如用9个MPI进程，每个MPI进程下属4个OpenMP线程，这样9*4把36个核都利用上，比直接用36个OpenMP线程并行效率可能明显更高，而比用36个MPI进程则明显更省内存（这对于杂化泛函计算比较重要。杂化泛函耗内存远高于纯泛函，如果借助OpenMP节约内存，使得有足够内存储存所有双电子积分，即in-core方式做SCF，就可以避免每次迭代过程中重算这些积分，令SCF迭代过程耗时低得多）。

MPI或MPI+OpenMP可以跨节点并行（OpenMP限于节点内），而纯OpenMP只能单机并行，因为OpenMP是基于共享内存的并行技术。

根据支持的并行方式的不同，CP2K分为四个版本：
sopt：只能单机单核计算，无法并行。s意为single
ssmp：OpenMP并行，可以单机多核运行。smp意为Symmetric multiprocessing
popt：MPI并行，可以单机并行也可以跨节点并行。p意为parallel
psmp：MPI+OpenMP混合并行，可以单机并行也可以跨节点并行

sopt版严格等价于ssmp版结合OMP_NUM_THREADS=1，popt版严格等价于psmp版结合OMP_NUM_THREADS=1。

实际上还有sdbg和pdbg版，前者相当于ssmp结合debug设置，后者相当于psmp结合debug设置，但这对于开发者调试程序才有意义，所以本文2.3节我们没有编译这俩版本。