[置顶] 欢迎参加第六届北京科音基础量子化学培训班(2019年4月5~10日,北京)

第六届北京科音基础量子化学培训班将于2019年4月5日~10日于北京举办,共六天,报名将于3月1日开始,届时将在北京科音官网http://www.keinsci.com公布详情和报名方式。本培训是已具备一定量子化学研究经验者全面提升研究水平的最好途径,讲授内容请点击http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html查看。本培训深度等于中级班,绝对不适合初学者参加。 关于北京科音举办的量子化学培训班的介绍见《谈谈学量子化学...

简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940

简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940 文/Sobereva@北京科音  2019-Feb-19 简介  《Multiwfn支持的电子激发分析方法一览》(http://sobereva.com/437)一文全面介绍了Multiwfn支持的丰富的电子激发分析,其中有些功能是依赖于组态系数的。由于Gaussian默认情况下只输出绝对值大于0....

2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻

PS:本文图很多,110多张,34MB,请非常耐心地等待加载! 2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻 文/Sobereva  2019-Feb-18 2018年年末去大阪及附近呆了10来天,购入的与二次元相关物在《2018年末在大阪入的二次元相关物品》(http://sobereva.com/465)里进行了完整展示。此文里我把在这期间看到的与二次元有关的事物简单聊聊。途中照片总共照了800张左右,不可能在这里...

2018年末在大阪入的二次元相关物品

PS: 本文图非常多,90多张,24MB,请非常耐心等待加载... 2018年末在大阪入的二次元相关物品 文/Sobereva   2019-Feb-18 2018年12月去了趟大阪和附近地区,其中与二次元有关的记录见《2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻(http://sobereva.com/466)。此文把这次途中购入的二次元相关物展示一下。这是所有购入的物品汇总。下面挨个依次说说(PS:屋内...

DFT-D4色散校正的简介与使用

DFT-D4色散校正的简介与使用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-13  Last update: 2019-Feb-14 之前笔者在《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)中详细介绍了DFT-D3的函数形式以及使用方法,还有其它相关的文章:《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)、《谈谈“计算时是否需要...

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介 文/Sobereva@北京科音  2019-Feb-11 开源免费的量子化学程序Dalton(http://daltonprogram.org)虽然用起来比较复杂,对新手很不友好,但由于其擅长计算响应性质,是其它程序难以取代的,所以它有着独特的地位。本文介绍怎么安装Dalton,也简单介绍一下怎么运行。本文说的Dalton都指的是Dalton suite中1983年开始发展的那个Dalton...

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-10  Last update: 2019-Feb-17 1 前言 看本文前,强烈建议先看《使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元》(http://sobereva.com/411)了解一些旋轨耦合矩阵元计算的基本知识,以及看《G...

使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度

使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-Feb-5  Last update: 2019-Feb-6 摘要:本文介绍基于电子定域化函数(ELF)定义的用于衡量氢键强度的CVB指数,并且演示怎么在Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)中计算。掌握这个方法,在讨论氢键问题的时候相当于多了一个很有用的...

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3 Sobereva@北京科音  文/2019-Feb-3 Gaussian里找过渡态的关键词有三:opt=TS、opt=QST2、opt=QST3。经常在网上看到有很多初学者居然把QST2当做找过渡态默认用的关键词,明显是被一些坑爹言论毒害的后果。这里就抽一点时间非常简单地说说常用的opt=TS关键词,以及为什么我很不建议在一般情况下用QST2、QST3。本文并不举实际计算例子...

2018年下半年优秀动画音乐推荐

2018年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2019-Jan-7 这是第9次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2018年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/428) 《2017年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva...

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Jun-4 注:如果大家对编译过程不感兴趣,只想直接用原生Windows版的GROMACS,可以在http://sobereva.com/soft/gmx2018.4_win64.rar下载笔者编译好的原生Windows版GROMACS 2018.4,经测试Win7和Win10 64bit都可以用,安装方法见本文第3节。 1 前言:...

GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

GROMACS的安装方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Jan-2 本文对最流行的分子动力学GROMACS程序在Linux下的安装方法进行详细说明。当新出的GROMACS版本的安装方法和本文所述出现较大差异时,本文也会做相应的更新。PS:之前笔者也写过老版本GROMACS安装方法,见《Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法》(http://sobereva.com/247)和《Gromacs 4.0.4、4.5.5版安...

2018年下半年观看的非TV版动画简评

2018年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2019-Jan-1 以前Sobereva只写观看了的TV版动画评论,但是我看的OVA、OAD、SP、剧场版等额外形式的动画也不少,不写评论可惜了,因此这里对从2018年9月15日开始截止到2018年12月31日观看的非TV版动画也都进行简单评论,以后也会一直写此类评论。还有些此类动画看完后忘写了,就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。 牵...

VASP最简单的安装方法(含全程视频演示)

VASP的最简单的安装方法 文/Sobereva@北京科音   2019-Jan-1 目前计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)上的第一性原理板块里已经有多篇写得很好的关于VASP的编译方法的帖子了。笔者这里写一个初学者最易于理解的版本,不仅所需要的操作步骤是最少的,而且编译出来的VASP运行效率几乎是最高的。考虑到少数读者可能存在阅读理解能力障碍、极其不情愿看文字,本文的安装过程笔者录了完整的演示视频,...

在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示

视频地址:https://www.bilibili.com/video/av39555524/  因为给别人解释怎么安装计算化学程序的时候,对方有极大概率是Linux零基础,不知道系统怎么装,或者装了也是瞎装,故录此视频。完全Linux零基础的人严格照着此视频也可以顺利安装最适合计算化学工作者使用的CentOS。本视频虽然用的是VMware装的,但对于实体计算机,只要把镜像烧到U盘或光盘并由其启动,之后的安装过程和视频里完全一样,只不过应在安装界面里根据实际情况对硬盘进行分区。笔...

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画 文/Sobereva@北京科音 2018-Dec-26 CYLview的虽然功能不算多强大,但它在作图的很多特性方面没有其它程序能很好取代,所以笔者特意录制了长为11分钟的使用CYLview绘制分子结构图和制作各种类型动画的演示视频,见:https://www.bilibili.com/video/av39041185 本文内容是对视频内容进行一些补充说明。视频里并没...