在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态

在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态 文/Sobereva(3)   2016-Sep-23 1 激发态的分批计算 从Gaussian09的后期版本开始,包括D.01、E.01,对CIS、TD、TDA激发态计算增加了设定能量下限关键词DEmin。比如TD(nstates=50,DEmin=5329),则程序只会计算出激发能高于5329/1000=5.329eV的50个激发态。 DEmin最大的实际用处就是补算激发态。比如对一...

给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse

给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse 文/Sobereva  2016-Sep-23 有的基组本身没弥散函数,或者虽然有弥散函数但只有一层,比如aug-cc-pVTZ,而对于精确计算超极化率、里德堡激发态的目的一层弥散函数不够。 有一种构建基组的方式称为even-tempered,即相邻GTF的指数是成比例的。若当前基组中某个角动量函数中指数最小的是ζ(n),第二小的是ζ(n-1),则这个角动量的弥散函数的指数应当为ζ(...

优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw

优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw 文/Sobereva(3)   2016-Sep-20 1 简介 这几年优化长程校正泛函的w参数(其实是ω,为打字方便就写成w)的做法很火,文章接连不断,有兴趣者可以看看钟成等人的综述《最优化“调控”区间分离密度泛函理论的研究进展》(DOI: 10.3866/PKU.WHXB201605301)。对w进行调节的一种较好方法是使当前w下计算的HOMO轨道能量尽可能接近电离能。这么做的物理思想是对...

各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义

各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义 文/Sobereva(3)   2016-Sep-18 Sadlej曾经提出过很多专用于算偶极矩、极化率、超极化率这些电场响应性质的基组,比用普适的Dunning系列基组算这类问题更划算。在EMSL上也有Sadlej基组但是很不全面。虽然他们也提供了含有基组定义的网页,但是格式是他们自己的,没法直接用在Gaussian上。笔者通过自编程序,把各种Sadlej基组转换成了Gaussian格式便于大家使用。...

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法 文/Sobereva  2016-Sep-4 本文把Gaussian中没有内置关键词,但能利用IOp或其它手段等效实现的一些理论方法的用法进行介绍,本文对应于Gaussian 09 D.01/E.01。估计其中一些方法到了下个Gaussian大版本肯定会有直接对应的关键词。 1 微扰相关的方法 2.1 SCS-MP2 这是Grimme在J. Chem. Phys., 118, 9095 (...

从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分

从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分 文/Sobereva(3)  2016-Jul-31 获得电子积分是自己写量化程序的关键。在网上能找到一些零散的从常用的Gaussian或GAMESS-US程序中提取单、双电子积分的帖子,但是往往语焉不详,说得不确切、不全面,有的做法不雅,有的还会令人白绕弯路。这里把从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分的方式清楚、详细、准确地说一下。 无论输出的是单电子积分还是双电子积分,都是基函数已归一化...

有感于如今许多超懒的科研工作者

有感于如今许多超懒的科研工作者 文/Sobereva(3)   2016-Jul-10 现在科研工作者越来越懒,这是很多人都有的共识。很多研究生哪是搞科研,时间基本都用在看视频、玩手机电脑、打球、找工作、谈男女关系、开party之类。我长年累月在网上不停答疑,因各种懒人也是积了不少怨气,特别是近来因为一些事尤其感觉不吐不快。随意说三点吧。一时兴起,言语不免偏激。 (a) 最近,有个人刚刚加入思想家公社QQ 2号群,就立马到处给群里的人发私窗(包括我在...

2016年7月完结动画简评

2016年7月完结动画简评 文/Sobereva (2)+(3)  2016-Jul-5 本文是笔者完整观看过的2016年7月完结的12部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 《12岁》和《逆转裁判》还没完结,正在追。 按照惯例还...

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点 文/Sobereva(3)  2016-Jun-26 现在很多利益熏心的人看中了科研群体,网络上的虚假坑钱的科研培训、会议的通知越来越多,很多人都向我反映了这一点,有很多警惕性不高但又想学知识的人都上了当,白花了宝贵的时间和金钱。本人历来嫉恶如仇,对于坑害科研工作者的行为更是零容忍,此文就专门说说怎么辨别虚假科研培训。我说得出来的正规的计算化学类的培训有:北京科音办的培训、各大知名软件代理商办的他们的拳头产品的培训、以知名大学为依...

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式 文/Sobereva(3)  2016-Jun-22 在Int. J. Quantum Chem., 116, 1084 (2016)中提出了R-ORP基组,大小和aug-cc-pVDZ差不多,但根据文中测试其计算第一超极化率精度甚至超过d-aug-cc-pVDZ,故适合中、大体系第一超极化率计算。此基组目前只对H、C、N、O、F有定义。原文中并没有给出此基组的Gaussian格式的定义形式,在EMSL上...

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质 文/Sobereva(3)   2016-Jun-21 利用分子表面积、体积,连同基于分子表面上静电势分布定义的各种指标(统称为GIPF描述符),如静电势极大、极小点数值、静电势的方差和平均值等等,可以用来预测分子凝聚相的各种性质,不少文献给出了专门的预测公式。本文就专门说说怎么使用Multiwfn程序预测这些性质。很多文章理论研究自行设计的新分子时都是利用Multiwfn来进行这种预测...

谈谈量子化学中基组的选择

谈谈量子化学中基组的选择 文/Sobereva(3)   2016-Jun-16 0 前言 量子化学中基组的选择是一门艺术,富有研究经验和量化理论直觉的研究者能够对所研究的问题、体系、要求的精度选择出性价比最高的基组,而初学者则几乎总是基组选得不合适,轻则糟蹋计算资源,重则结果不准确乃至根本没法用。本文目的是给初学者提供基组选用的一般性指导意见,但本文并不会把基组系统性地介绍一遍。想对基组有全面系统的了解,推荐参加笔者...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子(2016年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子(2016年公布) 文/Sobereva(2)   2016-Jun-14 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2016年6月14日公布的2015年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2015年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...

2016北京科音量子化学基础暑期班的通知

北京科音自然科学研究中心将于2016年7月16日至19日于北京开办“2016北京科音量子化学基础暑期班”,以使得量子化学研究者以最好、最快的方式掌握量子化学应用性研究所需要的各方面理论知识和计算技巧,并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训讲授者为卢天博士(网名Sobereva,是北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、被SCI文...

乱谈外重组能的计算

乱谈外重组能的计算 文/Sobereva(3)   2016-Jun-8 重组能对Marcus理论计算电子转移速率很重要,内重组能是大家最关注的,计算方式在此文也谈了:《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》(http://sobereva.com/330)。外重组能是分子得/失电子或电子态改变后引发环境分子几何结构弛豫造成的能量变化,其计算关注度低一些,讨论其计算方法的文章不多,此文就胡乱对外重组能的计算发表点个人观点。 和溶液...