[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京。 第八届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 将于2021年1月18~21日举办,培训通知见http://www.keinsci.com/workshop/8KGMX,培训内容介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html   ...

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center(d带中心)

使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center(d带中心) 文/Sobereva@北京科音   2021-Jan-14 1 前言 Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度(DOS)曲线的功能,见《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》(http://sobereva.com/482),没看过此文的话务必先仔细看一下,否则无法理解后文的叙述和例子。d-band center与PDOS有密切...

使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算

使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 文/Sobereva@北京科音  2021-Jan-13 0 前言 过渡金属配合物体系的量子化学计算比主族体系的计算通常更复杂,因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑,SCF收敛整体更难(d轨道近简并所致),而且还有更高几率收敛到不稳定波函数。而镧系锕系配合物的计算甚至更困难,由于f轨道近简并导致SCF比过渡金属配合物还更难收敛(除非镧系锕系原子用大核赝势,此时不需要描述f电子)...

2020年下半年观看的非TV版动画简评

2020年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jan-1 这里对我从2020年7月1日开始截止到2020年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 碧蓝幻想 第二季 EX2 长度:23m45s 这个EX2属于恶搞内容,分为两部分。第一部分是葛兰一行人去某...

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱

基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-23 1 前言 用Gaussian、ORCA等主流量子化学程序计算分子在真空中、在溶剂环境中的激发态和吸收光谱是非常简单的事,参考比如《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》(http://sobereva.com/314)、《Simulating UV-Vis and ECD spectra usin...

揭示各种新奇的碳环体系的振动特征

揭示各种新奇的碳环体系的振动特征 文/Sobereva@北京科音  2020-Dec-21 1 前言 在2019年Science, 365, 1299中报道凝聚相下首次观测到18碳环(cyclo[18]carbon)后,几何和电子结构特征新颖奇特的碳单环类体系就受到了化学家们的极大关注。北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)对此类体系开展了大量研究并陆续发表了相关文章,包括成键、芳香性、激发态、...

2020年10月完结动画简评

2020年10月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Dec-20 本文是笔者完整观看过的2020年10月完结的19部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者过于低幼),要...

使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子 Sobereva@北京科音   2020-Dec-13 1 前言 基于量子化学方法的动力学一般称为从头算动力学(Ab initio molecular dynamics, AIMD),相比于基于一般的经典力场的动力学,其关键优势在于精度高、普适性强、能够描述化学反应,代价是耗时相差N个数量级。ORCA量子化学程序有不错的做BOMD形式的从头算动力学的功能,使用很方便,而...

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题 文/Sobereva@北京科音  2020-Nov-1 经常有人问,为什么他用的两个不同量子化学程序在相同级别计算下计算结果存在差异,也常有人问用不同的量子化学程序算的结果能否放在一起对比。在此文就专门说一下导致不同程序间,也包括相同程序的不同大版本间计算结果存在差异可能的因素。首先说最简单的情况,即真空下单点能的计算,之后再说其它任务、涉及额外因素的情况。由于Gaussian和ORCA是最流行的两个...

使用了Multiwfn发表的第5001~6000篇文章打包下载

截止到2020年10月13日,引用Multiwfn的文章已达6000篇,用户已遍及世界超过70个国家!下面是第5001~6000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了个别文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1Y-inyAzv1iVZQ-9a9O9dEg 提取码:e9vg Mega网盘下载地址(适合“有条件”的人下载,速度快):...

使用Multiwfn绘制NMR谱

使用Multiwfn绘制NMR谱 文/Sobereva@北京科音  2020-Oct-8 摘要:流行的波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)也有强大、灵活、易用的光谱绘制功能,支持绘制UV-Vis、ECD、IR、Raman、VCD、ROA,见《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》(http://sobereva.com/224)。从Multiwf...

探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征

探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征 文/Sobereva@北京科音  2020-Oct-3 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)是18个碳组成的环状体系,是近期最热门的分子,它具有与一般化学体系截然不同的几何结构、电子结构和各种性质。在2019年于凝聚相中被实验观测到后,这个新的碳的同素异形体打开了碳化学新的篇章,它在未来或许会有着如同富勒烯、石墨烯、碳纳米管一样的重要地位。 北京科...

谈谈Gaussian产生downhill路径的功能

谈谈Gaussian产生downhill路径的功能 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-14 1 前言 在Gaussian程序的IRC关键词中,有一个叫downhill(下坡)的选项,很多人都没有留意过,在本文就介绍一下此选项的实际用处。我们一般跑IRC都是从过渡态开始跑的,详见《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》(http://sobereva.com/400),而IRC=downhill任务则可...

一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用

一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Sep-13  Last update: 2020-Sep-29 0 前言 2019年,Science的一篇文章中首次在凝聚相中观测到了由18个碳原子组成的环状体系,即18碳环(cyclo[18]carbon),其十分独特的几何结构和电子结构立刻引起了化学家们的极大关注,一年来就已经有20多篇相关...

在VMD中显示Gaussian计算的原子受力

在VMD中显示Gaussian计算的原子受力 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-13 在量子化学研究中,原子受力往往是非常值得关注的量。Gaussian程序可以通过force关键词计算原子的受力,然后在GaussView中可以根据原子受力大小进行着色,但是没法绘制出受力矢量。本文介绍如何在免费、灵活、强大的VMD程序中,通过笔者自写的tcl脚本,将Gaussian计算的原子受力非常直观地通过箭头展现出来,这对于一些量子化学...