以下是北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京、由Sobereva讲授。 第12届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 2023年4月6至9日，报名已经开始，见：http://www.keinsci.com/workshop/12KGMX 第18届北京科音初级量子化学培训班 2023年5月6至9日。极为适合初学者从...

使用Multiwfn计算分子的球形度（sphericity） 文/Sobereva@北京科音  2023-Mar-21 最近有人在计算化学公社论坛发帖问有没有办法度量一个分子的“球形度”，正好笔者开发的功能全面的波函数分析程序Multiwfn有现成的功能，这里就写个小文介绍一下，并以度量正戊烷和新戊烷的球形度差异作为例子。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载，读者必须使用2021-Mar-1...

sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具 文/Sobereva@北京科音  2023-Feb-28 1 介绍 CP2K有很好用的NEB功能可以得到反应路径，靠CI-NEB还可以同时得到过渡态结构，用法在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里讲得很详细。虽然CP2K的NEB功能自己就能自动线性插点，但是偶有bug（有的初...

巨幅减小Gaussian的TDDFT计算产生的fch文件的尺寸的方法 文/Sobereva@北京科音   2023-Feb-7 1 G16 C.01开始TDDFT的fch文件尺寸巨大的问题 Gaussian 16从C.01版开始，对大体系做TDDFT计算得到的chk转换成的fch文件（Linux下默认为fchk后缀，是一码事，本文不做区分）尺寸颇大，尤其是算的激发态数目多的时候。例如用Gaussian 16 C.02对...

使用Multiwfn展现过剩电子（excess electron）并计算它的回转半径 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-30 1 过剩电子的展现 化学领域里的过剩电子（excess electron）通常是指定有电子比较集中地出现在化学体系的某一块区域。过剩电子没有唯一展现方式，有很多手段都可以展现其分布，比如电子密度差（参考《使用Multiwfn作电子密度差图》http://sobereva.co...

sobeig：计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-28 自己写程序求解矩阵的本征值和本征矢极其简单。但有时候需要对给定的矩阵随手求一下本征值和本征矢，一般的计算器程序又没有这个功能，往往又懒得写或来不及现写个程序去做，还有些人则完全不会写。正好笔者在培训班讲课时需要现场求CP2K输出的超精细耦合各向异性张量的本征值，就顺手写了个小程序叫sobeig，这里也分享出来。 ...

使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序：MfakeG 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-22 GaussView在观看振动模式方面非常好用，可以方便地显示振动矢量，播放和保存振动动画，还可以沿特定的振动模式对结构进行位移，但GaussView只支持Gaussian程序的振动分析输出文件。之前我写过一个程序OfakeG，见《OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具》（h...

谈谈记录化学体系结构的mol2文件 文/Sobereva@北京科音  2022-Dec-31 1 mol2文件简介 mol2文件是计算化学领域非常常用的记录分子结构的格式，被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的Antechamber等程序都可以导出mol2文件，笔者开发的Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）可以基于...

下面是第10001~11000篇使用了笔者开发的功能非常全面而且在世界范围流行的Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1wMV6YQIKQT1V0o...

淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈 文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13 1 前言 五年前我曾写过《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），当时购买的双路XEON 2696v3 36核机子笔者一直在用，但在如今性能已经比较过时了，特别是跑大体系长时间的AIMD很吃力。于是在...

在VMD中使用GaussView的元素着色的方法 文/Sobereva@北京科音   2022-Sep-16 GaussView的元素配色总体上来说不错，而且对所有元素都定义了唯一的颜色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色，如下所示 VMD是免费、灵活、强大而且超级流行的化学体系可视化工具。在VMD里也可以按照元素着色，见《在VM...

详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Aug-31  Last update: 2022-Dec-17 0 前言 强大的波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）已经有很多分析功能支持免费又速度极快的CP2K程序产生的周期性波函数，诸如AIM拓扑分析、原子电荷计算、M...

2022年7月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Aug-9 本文是笔者完整观看过的2022年7月完结的24部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（2022年4月开播的番的扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-28829-1-1.html里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖...

截止到2022年7月26日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过10000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第9001~10000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：https://p...

使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-8 0 前言 通过量子化学或第一性原理计算，得到理论UV-Vis光谱的原理在《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》（http://sobereva.com/224）里有专门的说明。UV-Vis光谱的光学吸收主要来自于入射的电磁波对应的震荡电场与体系的相互作用，使体系能...

2022年4月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jul-8 本文是笔者完整观看过的2022年4月完结的12部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-27347-1-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低幼...