从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分

从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分 文/Sobereva(3)  2016-Jul-31 获得电子积分是自己写量化程序的关键。在网上能找到一些零散的从常用的Gaussian或GAMESS-US程序中提取单、双电子积分的帖子,但是往往语焉不详,说得不确切、不全面,有的做法不雅,有的还会令人白绕弯路。这里把从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分的方式清楚、详细、准确地说一下。 无论输出的是单电子积分还是双电子积分,都是基函数已归一化...

有感于如今许多超懒的科研工作者

有感于如今许多超懒的科研工作者 文/Sobereva(3)   2016-Jul-10 现在科研工作者越来越懒,这是很多人都有的共识。很多研究生哪是搞科研,时间基本都用在看视频、玩手机电脑、打球、找工作、谈男女关系、开party之类。我长年累月在网上不停答疑,因各种懒人也是积了不少怨气,特别是近来因为一些事尤其感觉不吐不快。随意说三点吧。一时兴起,言语不免偏激。 (a) 最近,有个人刚刚加入思想家公社QQ 2号群,就立马到处给群里的人发私窗(包括我在...

2016年7月完结动画简评

2016年7月完结动画简评 文/Sobereva (2)+(3)  2016-Jul-5 本文是笔者完整观看过的2016年7月完结的12部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 《12岁》和《逆转裁判》还没完结,正在追。 按照惯例还...

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点 文/Sobereva(3)  2016-Jun-26 现在很多利益熏心的人看中了科研群体,网络上的虚假坑钱的科研培训、会议的通知越来越多,很多人都向我反映了这一点,有很多警惕性不高但又想学知识的人都上了当,白花了宝贵的时间和金钱。本人历来嫉恶如仇,对于坑害科研工作者的行为更是零容忍,此文就专门说说怎么辨别虚假科研培训。我说得出来的正规的计算化学类的培训有:北京科音办的培训、各大知名软件代理商办的他们的拳头产品的培训、以知名大学为依...

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式 文/Sobereva(3)  2016-Jun-22 在Int. J. Quantum Chem., 116, 1084 (2016)中提出了R-ORP基组,大小和aug-cc-pVDZ差不多,但根据文中测试其计算第一超极化率精度甚至超过d-aug-cc-pVDZ,故适合中、大体系第一超极化率计算。此基组目前只对H、C、N、O、F有定义。原文中并没有给出此基组的Gaussian格式的定义形式,在EMSL上...

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质 文/Sobereva(3)   2016-Jun-21 利用分子表面积、体积,连同基于分子表面上静电势分布定义的各种指标(统称为GIPF描述符),如静电势极大、极小点数值、静电势的方差和平均值等等,可以用来预测分子凝聚相的各种性质,不少文献给出了专门的预测公式。本文就专门说说怎么使用Multiwfn程序预测这些性质。很多文章理论研究自行设计的新分子时都是利用Multiwfn来进行这种预测...

谈谈量子化学中基组的选择

谈谈量子化学中基组的选择 文/Sobereva(3)   2016-Jun-16 0 前言 量子化学中基组的选择是一门艺术,富有研究经验和量化理论直觉的研究者能够对所研究的问题、体系、要求的精度选择出性价比最高的基组,而初学者则几乎总是基组选得不合适,轻则糟蹋计算资源,重则结果不准确乃至根本没法用。本文目的是给初学者提供基组选用的一般性指导意见,但本文并不会把基组系统性地介绍一遍。想对基组有全面系统的了解,推荐参加笔者...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子(2016年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子(2016年公布) 文/Sobereva(2)   2016-Jun-14 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2016年6月14日公布的2015年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2015年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...

2016北京科音量子化学基础暑期班的通知

北京科音自然科学研究中心将于2016年7月16日至19日于北京开办“2016北京科音量子化学基础暑期班”,以使得量子化学研究者以最好、最快的方式掌握量子化学应用性研究所需要的各方面理论知识和计算技巧,并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训讲授者为卢天博士(网名Sobereva,是北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、被SCI文...

乱谈外重组能的计算

乱谈外重组能的计算 文/Sobereva(3)   2016-Jun-8 重组能对Marcus理论计算电子转移速率很重要,内重组能是大家最关注的,计算方式在此文也谈了:《使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子》(http://sobereva.com/330)。外重组能是分子得/失电子或电子态改变后引发环境分子几何结构弛豫造成的能量变化,其计算关注度低一些,讨论其计算方法的文章不多,此文就胡乱对外重组能的计算发表点个人观点。 和溶液...

给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法

给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法 文/Sobereva(3)   2016-Jun-8 ahlrichs等人2005年搞的def2系列基组(PCCP,7,3297)如今比较流行,构建得不错,比较普适,前六周期完全覆盖(镧系锕系除外),同等计算量下精度秒杀pople基组,比Dunning相关一致性基组明显更适合DFT计算,还有对应的密度拟合基组从而在ORCA/turbomole程序中跑得速度如飞,是DFT计算的首选基组之一。但是开发者并没...

帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具

帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具 文/Sobereva(3)   2016-Jun-6 近来由于计算需要写了两个小程序setopt和setcharge,一个是用来帮助设定Gaussian输入文件中的优化flag,另一个是帮助设定MM电荷。虽然程序很简单,但很有用,这里分享下。Windows版及源代码下载地址: optflag:optflag 1.0.rar setcharge:setcharg...

常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词

常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词 文/sobereva(3) First release: 2016-Jun-5  Last update: 2016-Jul-9 本文没多大意义,就是吐个槽。平日给别人解答无数Gaussian问题,经常看到大量初学者的Gaussian输入文件里的关键词写得特别污,不吐不快。往往越是菜鸟,没用、有害的关键词用得越凶,这基本都是盲目听信网上一些伪高...

使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子

使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子 文/Sobereva(3)   2016-May-30 经常有做电荷转移的人问怎么用Dushin程序、怎么算重组能、怎么把重组能分解为各个振动模式的贡献、怎么计算Huang-Rhys因子,本文就结合实例专门说说这些问题。 1 重组能(reorganization energy)的计算 重组能是基于Marcus理论计算电子转移速率的关键的量,具体分为内重组能和外重组能,前者衡量电子得...

传媒大学第七届春日舞台祭杂谈和照片

传媒大学第七届春日舞台祭杂谈和照片 文/Sobereva(2)    2016-May-28 传媒大学每年都办春日舞台祭,类似于当年临界同人的舞台演出,有唱歌,有舞蹈,有原创和同人舞台剧,大部分演员和观众都是各个学校的在校本科生。这次第七届是在2016年5月15日举行,也是洒家第一次参加这个舞台祭。整体来说办得比较成功,时长三个多小时,节目质量整体比较不错,演员都很卖力,服装也制作得很精良。活动也得到了Acfun的全面支持,观看过程中可以发弹幕,会实时...