深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性

深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性 文/Sobereva@北京科音  2022-Apr-28 0 前言 2019年Kaiser等人首次在凝聚相中观测到18碳环(cyclo[18]carbon)的存在后,原本只停留在理论假想的而且几何和电子结构十分特殊的碳环体系立刻得到了理论化学家们的广泛关注。笔者之前利用量子化学计算和波函数分析已发表过一系列18碳环相关的理论研究工作,文章汇总和大量相关博文见ht...

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图 文/Sobereva@北京科音   2022-Apr-13 0 前言 笔者之前写过很多和分子表面静电势分析相关的文章,汇总见http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html。其中,《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)介绍的分子表面静电势图...

使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线

使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Mar-10  Last update: 2022-Mar-18 1 前言 电子密度差(electron density difference, EDD)是分析成键、电子转移非常常用的手段。波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/mu...

ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本

ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 文/Sobereva@北京科音   2022-Mar-15 之前笔者在以下文章中提供了三个Linux shell脚本,分别用来自动调用机子里的Gaussian和Multiwfn程序实现一键计算1.2*CM5、RESP和RESP2原子电荷,它们对于做经典力场的分子动力学非常重要。 计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚...

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 文/Sobereva@北京科音  2022-Mar-7 0 前言 目前已有不少将化学体系中的相互作用以图形化方式展现的方法,如NCI(也称RDG)、aNCI、IGM、aIGM、IRI、ELF、LOL、SCI、价层电子密度,等等,它们各具特点,其中一些已被广为使用。本文将全面介绍笔者近期提出的一种重要的图形化展现自定义片段间和片段内相互作用的方法,称为ind...

使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态

使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Feb-28  Last update: 2022-Mar-17 0 前言 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)有十分丰富的电子激发分析功能,已被量子化学研究者广为使用,在《Multiwfn支持的电子激发分析方...

使用了Multiwfn发表的第8001~9000篇文章打包下载

截止到2022年2月27日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过9000篇,用户已遍及世界80多个国家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了几篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 阿里网盘(速度很快):https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网...

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop免费下载。过渡金属配合物体系的拓扑文件在以往是很难产生的一类情况,因为里面牵扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有机分子力场...

2021年度完结动画总评

2021年度完结动画总评 文/Sobereva  2022-Jan-24 此文对笔者完整看过的2021年度完结的91部全长版TV动画和13部泡面番进行总评,共约21万多字。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中,因为另有文章。此文只有“2022年1月完结”部分是新写的,2021年4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了笔者的blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 文/Sobereva@北京科音   2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得很频繁,笔者遂写个小文把常见的可能因素说明一下,便于读者排查原因。 首先要凭基本化学常识和直觉判断配体是否真有可能稳定与蛋白结合,可以在VMD程序中把配体周围一定距离的蛋白质原子都显示出来观察,这需要...

2021年10月完结动画简评

2021年10月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-5 本文是笔者完整观看过的2021年10月完结的17部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-23924-1-1.html里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者过于低幼),要么...

理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关

理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关 文/Sobereva@北京科音  2022-Jan-2 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)自从2019年在凝聚相中被实验观测到后,掀起了研究热潮。笔者通过量子化学和波函数分析方法对此体系和衍生物的各方面特性做了大量研究并发表了一系列工作,汇总见http://sobereva.com/carbon_ring.html。 近期,北京科音自然科学研究中心...

2021年下半年观看的非TV版动画简评

2021年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-1 这里对我从2021年7月1日开始截止到2021年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 妄想学生会2 剧场版 长度:约80min 妄想学生会系列老是隔三差五就出个OVA,不知道这个企划要延续多久...

使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征

使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-31  Last update: 2022-May-11   0 前言 Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)有强大的空穴-电子分析功能,是分析电子激发问题的利器,见《使用Multiwfn做空穴-电子分析全...

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-24 0 前言 时常有人在思想家公社QQ群里或计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)里问关于怎么判断分子动力学模拟中体系是否达到平衡的问题,问是不是看温度、势能变化等等信息判断。然而往往提问的人都不说清楚他的体系是什么特征,导致这根本没法回答。实际上,对于不同类型的体系,判断方式有极大的差异。有一点尤其要搞明白...