[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京、由Sobereva讲授。 第10届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 2021年12月11~14日举办。详情见http://www.keinsci.com/workshop/10KGMX   第7届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班 预...

令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法

令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-17 注:本文内容对目前我用过的Gaussian 16 A.03、B.01、C.01都适用,对未来的版本不一定。 Gaussian程序从09版开始默认的收敛限成为了tight,相当于SCF=conver=8关键词设的收敛限,这在所有量子化学程序里几乎是最严的。Gaussian程序从16版开始加...

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-11 1 前言 之前笔者写了大量的将Multiwfn与VMD相结合的文章,比如《使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用》(http://sobereva.com/598)、《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)、《用...

revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择

revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择 文/Sobereva@北京科音  2021-Oct-24 1 前言 计算NMR化学位移是量子化学常见而且重要的应用之一,之前笔者也写过一篇文章《谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移》(http://sobereva.com/354)做了相关讨论,不了解这方面计算者强烈建议先看看。《使用Multiwfn绘制NMR谱》(http://sobereva.com/565)...

谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义

谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义 文/Sobereve@北京科音    2021-Oct-22 1 前言 在笔者最近投的一篇文章里,体系的两种构型对应的第一超极化率(first hyperpolarizability,β)的某个分量的正负号是相反的,审稿人让解释一下原因。可能不少理论研究分子的非线性光学性质的人都没太留意β符号的物理意义问题,被问及时不知道怎么解释正负号的不同,我觉得值得专门写一篇...

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Oct-18  Last update: 2021-Oct-25 笔者从十几年前开始就广泛在网上回答计算化学问题,如今在三个计算化学QQ群(思想家公社1、2、3号群)以及一个论坛(计算化学公社http://bbs.keinsci.com)每天都花巨量时间回复问题。愈发感觉如今计算化学新人在...

使用了Multiwfn发表的第7001~8000篇文章打包下载

截止到2021年9月28日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过8000篇,用户已遍及世界近80个国家。下面是第7001~8000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了几篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1mJH8louFLJYvvhKKxG64R...

18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例

18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-18 1 前言 自从2019年Science, 365, 1299 (2019)报道在凝聚相观测到18个碳组成的环状体系18碳环(cyclo[18]carbon)之后,碳环类体系一直是研究的热点,笔者做了大量研究并发表过一系列工作,汇总见http://sobereva.com/carbon_rin...

使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity)

使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity) 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-16   Last update: 2021-Oct-15 0 前言 分子的平面性(planarity)是分子的一个很重要的结构特征,有很多问题都和平面性密切相关。对pi共轭体系,由于其平面性明显影响pi电子共轭能力,因此和芳香性、导电性、光学性...

使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域

使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-15 0 前言 之前笔者写过一篇《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》http://sobereva.com/539),讲解怎么用Multiwfn计算分子动力学模拟出的盒子里面的自由区域的体积(free volume)、怎么图形化展示自由区域(free region)。最近更新...

Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表!

Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表! 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-31 近日,深圳湾实验室的张鋆和北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)的卢天共同发表的名为Efficient Evaluation of Electrostatic Potential with Computerized Optimized Code的文章刊登于P...

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-30 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)已经被计算化学研究者使用得非常普遍。虽然Multiwfn通常是以交互式方式使用,一次分析一个体系,但在Multiwfn手册5.2、5.3节也已经明确写明了怎么通过命令行方式使用、怎么通过脚本一次算一批体系,我...

显著改进SMD溶剂模型描述Br和I元素精度的溶剂模型SMD18的介绍

显著改进SMD溶剂模型描述Br和I元素精度的溶剂模型SMD18的介绍 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-23 之前笔者在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)中专门说过SMD溶剂模型,这是现阶段最适合算溶剂环境下体系能量的隐式溶剂模型。SMD模型需要通过原子球叠加来构建溶质的孔洞用于算溶剂-溶质相互作用的静电部分,定义原子球需要原子半径。在SMD原文里,仅对H、...

2021年7月完结动画简评

2021年7月完结动画简评 文/Sobereva  2021-Aug-21 本文是笔者完整观看过的2021年7月完结的21部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-22413-1-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者过于低...

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Aug-16   Last update: 2021-Nov-19 0 前言 以前在网上答疑时,经常有人问及一些涉及到几何操作、坐标变换的问题,诸如怎么让某个键平行于笛卡尔轴、怎么让一个分子平面恰好在XY平面上、怎么让某个原子恰好处在坐标原点等等。其实解决起来原理上都不难,都是些...