[置顶] 欢迎参加第四届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班(11月21~25日,北京)

本次培训细节和报名方式请进入培训通知页面http://www.keinsci.com/workshop/4WFN/index.html查看。 为了使广大量子化学工作者能够深入、全面了解重要的量子化学波函数分析方法的原理,掌握功能强大、十分流行的Multiwfn程序的使用,从而显著提升研究水准、做出更优秀的成果,北京科音自然科学研究中心(www.keinsci.com)连同北京科韵科技发展中心将于2018年11月21日至25日于北京开办“第四届量子化学波函数分析与Mu...

使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频)

注:本文配有演示视频,请认真观看,见https://www.bilibili.com/video/av34024335/ 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图 文/Sobereva@北京科音  2018-Oct-17 1 前言 数年之前,笔者写过一篇文章《使用Multiwfn观看分子轨道》(http://sobereva.com/269),其中十分详细介绍了怎么用Multiwfn自...

2018年10月完结动画简评

2018年10月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Oct-16 本文是笔者完整观看过的2018年10月完结的24部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

注:本文有配套演示视频,强烈建议一看,见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-13  Last update: 2018-Oct-19 1 前言 静电势对于考察分子间静电相互作用、...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频)

注:本文有对应的视频演示,见:https://www.bilibili.com/video/av33724816/ 使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图 文/Sobereva @北京科音  2018-Oct-13 1 前言 AIM(Atoms-In-Molecules)是Bader发展的极其知名、重要的考察电子结构的一套方法,相关信息见《AIM学习资料和重要文献合集》(http:...

计算化学购机配置推荐

计算化学购机配置推荐 文/Sobereva @北京科音  2018-Oct-8 0 前言 经常有人问买机子做计算化学计算该用什么配置,这要根据预算、主要用的程序、主要做的任务类型、算的体系大小、对购买渠道有无限制等很多因素综合考虑。这里,笔者根据不同预算档次,给出相应预算下目前天朝能买到的性价比最高的配置。这些配置对常规的量子化学、第一性原理计算都是非常适合的。而对于分子动力学,由于可以利用GPU加速达到比起用纯CPU的机子好几...

使用了Multiwfn发表的第2002~3000篇文章打包下载

这个是截止到2018年10月2日,第2002~3001篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:https://pan.baidu.com/s/1DuFJQxax1MxTxO9MQjLBaQ 这是此文件包里所有文件的列表http://sobereva.com/attach/438/list.txt 由于本文件包里绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候我就下载的,所以文档中大多没有页码、卷号,大家只要到google学术搜索里...

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Sep-19  Last update: 2018-Sep-21   摘要:本文介绍量子化学波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中的基于分子力场的能量分解的原理和使用。此方法耗时极低,结果物理意义明确,不仅在一些场合可以替代较昂贵的...

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-13 摘要:本文介绍在分子动力学领域非常常用的拟合静电势电荷和Kollmann提出的RESP型拟合静电势电荷的原理和思想,并介绍Multiwfn程序中十分强大、灵活的RESP电荷计算模块,演示如何通过此模块计算标准的RESP电荷以及考虑了各种自定义约束时的拟合静电势电荷。仔细阅读本文后,读者会充分感受到Multiwfn是计算RES...

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在计算化学公社论坛有人问(http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html),怎么自动产生一大批带有指定基团的取代苯,他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基团以随机方式组合接到苯上面。我认为最简单的实现方式莫过于自己写个小程序产生各种取代苯...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

注:笔者在写这篇文章的时候,已经尽本人最大努力考虑到最初级的计算化学工作者理解能力的最底线,请睁大眼睛万分仔细一个字一个字过脑子地阅读本文5遍以上,只要理解能力正常的人100%能装上!如果还装不上,那么友情建议你及早改行成和计算模拟完全无关的领域,肯定能获得比搞计算化学更大的成果(也不要指望看网上其它文章就能装上,因为本文已经是网上关于装Gaussian的文章当中最详细的了)。   Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 文...

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征  文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-31  Last update: 2018-Oct-10 1 前言 空穴-电子(hole-electron)分析是Multiwfn程序支持的一种非常强大、极为实用的考察电子激发特征的一套方法,它将电子激发过程描述为“空穴→电子”,从而可以以图形化的方式非常直观地考...

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-31  Last update: 2018-Oct-13 1 前言 电子激发过程中电子是怎么转移的是一个非常重要的问题。量子化学上计算激发态有成熟的方法,见《乱谈激发态的计算方法》(http://sobereva.com/265)、《Gaussian中用TD...

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降! 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-18  Last update: 2018-Aug-30 静电势是极为重要的实空间函数,Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中支持众多静电势相关分析,例如《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.kein...

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7  0 前言 对一些化学体系,特别是含有共轭特征的,我们往往只对其pi电子特征感兴趣,因为pi电子特征直接影响体系很多方面的性质,比如芳香性、反应活性和反应位点等。考察pi电子特征有很多不同手段,比如计算ELF(电子定域化函数)和LOL(定域化轨道定位函数)、计算pi电子布居、计算pi键级等等。Multiwfn是分析电...

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7 离子液体已被广泛作为溶剂。常有人问离子液体溶剂环境怎么在量子化学计算中体现,本文就专门说一下。阅读本文之前务必先阅读《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)了解基础知识。 1 原理 Truhlar搞出来的SMD溶剂模型是一种比较普适的隐式溶剂模型。原理上...