[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京、由Sobereva讲授。 第十六届北京科音初级量子化学培训班 将于2021年9月初举办,报名时间待定,培训介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html 第十届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 将于2021年...

全面揭示各种尺寸的碳单环体系的独特的光学性质

全面揭示各种尺寸的碳单环体系的独特的光学性质 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)是18个碳组成的环状体系,有着与传统化学体系截然不同的几何和电子结构。在Kaiser等人于Science, 365, 1299 (2019)首次报道在凝聚相中观测到18碳环后,新颖的18碳环以及其它的碳单环体系就受到了化学家们的广泛关注,不断有大量理论研究工作发表。北京科音自...

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn(主页:http://sobereva.com/multiwfn)支持极为丰富的化学键分析方法,见《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》(http://sobereva.com/471)。其中已支持不少从轨道相互作用层面上考察特定片段间的相...

谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题

谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-16 0 前言 寡人在网上答疑的时候,总是看到有人问“得到的图像不清晰怎么办”、“怎么让图像更清晰”这种问题,语义不明,也不知道对方说的“清晰”到底指什么,对方也不说他觉得不清晰是怎么个不清晰法,也不给出个截图来说明,令人感觉很莫名其妙。笔者忍不住写个小文,把各种初学者所谓的“不清晰”的可能情况都罗列一下,便于他们自己对照判断如何解决。此...

通过电子定域化函数(ELF)、价层电子密度分析讨论亲核进攻的方向

通过电子定域化函数(ELF)、价层电子密度分析讨论亲核进攻的方向 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-6 1 前言 最近有人在思想家公社QQ群问我,怎么计算下图的角度,其目的是解释亲核进攻方向问题 实际上,考察这个问题靠计算这个LUMO的角度不是什么好的做法。本身LUMO的物理意义就不严格,其分布特征受计算级别影响较大,而且跟亲核反应的关系也不如概念密度泛函理论里面的福井函数f+和双描述...

2021年上半年观看的非TV版动画简评

2021年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jul-4 这里对我从2021年1月1日开始截止到2021年7月4日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 音乐 长度:1h11m 类型:剧场版 观看地址:https://www.tucao.one/play/h40865...

谈谈ORCA 5.0的新特性和改变

谈谈ORCA 5.0的新特性和改变 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-2  Last update: 2021-Jul-10 1 前言 2021年7月1日,量子化学程序ORCA 5.0发布了,造成了不小影响。这个程序现在流行度已经相当高,从《2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计》(http://sobereva.com/599)的...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子(2021年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子(2021年公布) 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未经授权,不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2021年6月30日公布的2020年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注有一定意义。这是第12次笔者写此系列的文章,往年的文章见本文文末的链接。 文中期刊名称一般用标准缩写,有的给出了常用首字...

巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧

巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-30 1 前言 Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)有十分强大的静电势分析功能,按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)的做法还可以非常方便地结合VMD绘制效果很好的分...

Multiwfn可以计算的分子描述符一览

Multiwfn可以计算的分子描述符一览 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-22 0 前言 做QSAR(定量结构活性关系)和QSPR(定量结构属性关系)需要提供分子的描述符(molecular descriptor)作为输入信息,从而根据拟合的经验关系预测分子的生物活性以及物理化学性质。特别是随着基于(深度)神经网络的机器学习方式的兴起,分子描述符更是受到了高度的关注。产生丰富且有不同物理意义的描述符对于化学领...

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-4 1 前言 原子在孤立状态下的极化率是可以实验测量的,也很容易理论计算,在http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?menu=dipole&page=dipole有全周期表各种元素的实验和高精度理论计算数据。分子的极化率可以视为是其中各个原子的有效(effective)极化率的总和(后文简称为“原...

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-2 0 前言 2021年4月29号,在人气最高的计算化学专业论坛“计算化学公社”(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的四个投票: 你最常用的DFT泛函投票(http://bbs.keinsci.com/thread-22853-1-1.html) 你最常用的量子化学程序投票...

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-May-31 1 前言 原子间的相互作用在化学体系中无处不在。把相互作用图形化展现无疑对考察化学问题非常有益,可以令化学家快速直观了解体系中什么位置有什么样的相互作用。目前图形化展现相互作用的方法不少,有很多都已经非常流行,在波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里全都支持,这里...

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 文/Sobereva@北京科音  2021-May-22 初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题,我在网上答疑时经常强调初学者不要老想着用ONIOM。我主张ONIOM能不用就不用,因为麻烦事和细节问题太多,尤其是许多初学者连基本的计算都做不利落,还用ONIOM纯粹是自讨苦吃、自找麻烦。这两天在思想家公社QQ群答疑时连着碰到两个对量子化学...

2021年4月完结动画简评

2021年4月完结动画简评2021年4月完结动画简评 文/Sobereva  2021-May-19 本文是笔者观看过的2021年4月完结的22部全长TV版动画和5部泡面番(时长<=8分钟)的简评,除了《寒蝉鸣泣之时业》看了一半多弃掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在 里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐...