[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京、由Sobereva讲授。 第十五届北京科音初级量子化学培训班 将于2021年8月2~4日举办,报名将于7月5日中午12:00在北京科音官网开始。培训介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html   第九届北京...

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-4 1 前言 原子在孤立状态下的极化率是可以实验测量的,也很容易理论计算,在http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?menu=dipole&page=dipole有全周期表各种元素的实验和高精度理论计算数据。分子的极化率可以视为是其中各个原子的有效(effective)极化率的总和(后文简称为“原...

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-2 0 前言 2021年4月29号,在人气最高的计算化学专业论坛“计算化学公社”(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的四个投票: 你最常用的DFT泛函投票(http://bbs.keinsci.com/thread-22853-1-1.html) 你最常用的量子化学程序投票...

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-May-31 1 前言 原子间的相互作用在化学体系中无处不在。把相互作用图形化展现无疑对考察化学问题非常有益,可以令化学家快速直观了解体系中什么位置有什么样的相互作用。目前图形化展现相互作用的方法不少,有很多都已经非常流行,在波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里全都支持,这里...

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 文/Sobereva@北京科音  2021-May-22 初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题,我在网上答疑时经常强调初学者不要老想着用ONIOM。我主张ONIOM能不用就不用,因为麻烦事和细节问题太多,尤其是许多初学者连基本的计算都做不利落,还用ONIOM纯粹是自讨苦吃、自找麻烦。这两天在思想家公社QQ群答疑时连着碰到两个对量子化学...

2021年4月完结动画简评

2021年4月完结动画简评2021年4月完结动画简评 文/Sobereva  2021-May-19 本文是笔者观看过的2021年4月完结的22部全长TV版动画和5部泡面番(时长<=8分钟)的简评,除了《寒蝉鸣泣之时业》看了一半多弃掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在 里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-4   Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人问怎么把一个分子从已有的较为卷曲的构象转化成比较平直的构象。这有一些实际意义,比如通过genmixmem程序构造磷脂双层膜、用packmol程序构造表面活性剂的囊泡,都需要用户提供分子比较...

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型,在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)里笔者专门介绍过。在Gaussian程序中,SMD的极性部分等同于IEFPCM,而由于其非极性部分考虑较周到,因此溶解自由能计算精度较好。但是SMD算离子体系的溶解自由能误差远...

使用了Multiwfn发表的第6001~7000篇文章打包下载

截止到2021年4月13日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过7000篇,用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了约十篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-4 1 前言 《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68)介绍的NCI方法是如今用得非常普遍、广为流行的图形化研究弱相互作用的方法,后来我又在《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://sobereva.com/186)中介绍了...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》(http://sobereva.com/572)曾介绍了笔者做的关于18碳环弱相互作用的研究,其中跑了18碳环二聚体的从头算动力学。当时为了统计模拟过程中两个碳环的间距和相对角度随模拟时间的变化,笔者在Multiwfn里写过一个子程序来实现。今天有人在思想...

我对一篇存在大量严重错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment

我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-1 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)具有十分特殊的几何和电子结构,是近期最热门的分子。目前已经有好几十篇关于18碳环的理论研究工作,从不同角度对这个体系及其类似物的特点和性质进行分析探讨,笔者也已经发表了很多相关研究工作,文章汇总以及我写过的大量相关博文和评述见此页面:h...

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 文/Sobereva@北京科音  2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的 实际上上面这种图就是定义一个平面,把体系的范德华表面上各个位置距离此平面的垂直距离的大小通过不同颜色展现而已。可能有人觉得直接看范德华表面图不就完了,何必作这种图,实际上这种图是有一定独特价值的,可以把不...

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27  Last update: 2021-Jun-1 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析,也即Reduced density gradient (RDG)分析,是如今使用极为普遍的图形化考察化学...

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22  Last update: 2021-Jun-18 1 前言 CP2K(https://www.cp2k.org)是速度非常快,功能又比较全面的第一性原理程序,受到越来越多的重视,有很多无可替代的重要价值。CP2K的一个严重缺点是用户友好性极差,用过的人都深有体会,尤其是C...