使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-19 摘要:本文介绍量子化学波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中的基于分子力场的能量分解的原理和使用。此方法耗时极低,结果物理意义明确,不仅在一些场合可以替代较昂贵的基于波函数的能量分解方法,而且还具有一些独特优势,诸如结果可以可视化、可方便地考察分子内弱相互作用等。在Multiwfn...

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-13 摘要:本文介绍在分子动力学领域非常常用的拟合静电势电荷和Kollmann提出的RESP型拟合静电势电荷的原理和思想,并介绍Multiwfn程序中十分强大、灵活的RESP电荷计算模块,演示如何通过此模块计算标准的RESP电荷以及考虑了各种自定义约束时的拟合静电势电荷。仔细阅读本文后,读者会充分感受到Multiwfn是计算RES...

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在计算化学公社论坛有人问(http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html),怎么自动产生一大批带有指定基团的取代苯,他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基团以随机方式组合接到苯上面。我认为最简单的实现方式莫过于自己写个小程序产生各种取代苯...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

注:笔者在写这篇文章的时候,已经尽本人最大努力考虑到最初级的计算化学工作者理解能力的最底线,请睁大眼睛万分仔细一个字一个字过脑子地阅读本文5遍以上,只要理解能力正常的人100%能装上!如果还装不上,那么友情建议你及早改行成和计算模拟完全无关的领域,肯定能获得比搞计算化学更大的成果(也不要指望看网上其它文章就能装上,因为本文已经是网上关于装Gaussian的文章当中最详细的了)。   Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 文...

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征  文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-31 1 前言 空穴-电子(hole-electron)分析是Multiwfn程序支持的一种非常强大、极为实用的考察电子激发特征的一套方法,它将电子激发过程描述为“空穴→电子”,从而可以以图形化的方式非常直观地考察电子从哪离开、到哪去,是局域激发、整体激发、电子转移激发还是杂化特征的激发。还可以定量考察电子...

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-31 1 前言 电子激发过程中电子是怎么转移的是一个非常重要的问题。量子化学上计算激发态有成熟的方法,见《乱谈激发态的计算方法》(http://sobereva.com/265)、《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》(http://sobereva.com/314...

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降! 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-18  Last update: 2018-Aug-30 静电势是极为重要的实空间函数,Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中支持众多静电势相关分析,例如《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.kein...

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7  0 前言 对一些化学体系,特别是含有共轭特征的,我们往往只对其pi电子特征感兴趣,因为pi电子特征直接影响体系很多方面的性质,比如芳香性、反应活性和反应位点等。考察pi电子特征有很多不同手段,比如计算ELF(电子定域化函数)和LOL(定域化轨道定位函数)、计算pi电子布居、计算pi键级等等。Multiwfn是分析电...

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7 离子液体已被广泛作为溶剂。常有人问离子液体溶剂环境怎么在量子化学计算中体现,本文就专门说一下。阅读本文之前务必先阅读《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)了解基础知识。 1 原理 Truhlar搞出来的SMD溶剂模型是一种比较普适的隐式溶剂模型。原理上...

2018年7月完结动画简评

2018年7月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Aug-1 本文是笔者完整观看过的2018年7月完结的25部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 全长番一般评分区间是90~95分(低于90分根本不追,超过95...

使用Multiwfn计算激发态之间的密度差

使用Multiwfn计算激发态之间的密度差 文/Sobereva @北京科音  2018-Jul-28 1 前言 使用Multiwfn计算密度差、绘制各种密度差图形非常简单,在《使用Multiwfn作电子密度差图》(http://sobereva.com/113)中有充分示例,其中也包括绘制激发态与基态间的密度差,这对于讨论电子跃迁过程中的电子转移特征很有意义。对Multiwfn稍有了解的人肯定也都明白,通过Multiwfn同样...

2018年上半年优秀动画音乐推荐

2018年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jul-7 这是第8次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2017年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/405) 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子(2018年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子(2018年公布) 文/Sobereva @北京科音  2018-Jun-30 未经授权,严禁转载 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2018年6月公布的2017年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用首字母简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2017年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是撰此文时的最新中科院分区。有些新...

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-10 0 前言 经常有人问怎么计算分子的长宽高,之前笔者在《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》(http://sobereva.com/190)一文中也曾讨论分子的长宽高怎么算,但那个博文用的蒽的例子过于简单,而实际分子形状往往比较复杂,而且结构文件里的分子的朝向可能歪斜着,没法直接用那篇博文里的做法。2018...

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-3 0 前言 在图像中表现原子电荷分布、原子自旋布居的时候通常都是将数值标在原子上面,但当原子很多的时候,就会导致图像上的数字密密麻麻,难以辨认,而且也不好直观去考察。有一种做法可以解决这个问题,就是通过原子的颜色来表现其原子电荷、自旋布居等属性的正负和大小,这样非常直观。...