[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京。 第八届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 将于2021年1月18~21日举办,培训介绍见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html   第十四届北京科音初级量子化学培训班预计于2021年第一季度举办,...

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题

谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题 文/Sobereva@北京科音  2020-Nov-1 经常有人问,为什么他用的两个不同量子化学程序在相同级别计算下计算结果存在差异,也常有人问用不同的量子化学程序算的结果能否放在一起对比。在此文就专门说一下导致不同程序间,也包括相同程序的不同大版本间计算结果存在差异可能的因素。首先说最简单的情况,即真空下单点能的计算,之后再说其它任务、涉及额外因素的情况。由于Gaussian和ORCA是最流行的两个...

使用了Multiwfn发表的第5001~6000篇文章打包下载

截止到2020年10月13日,引用Multiwfn的文章已达6000篇,用户已遍及世界超过70个国家!下面是第5001~6000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了个别文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1Y-inyAzv1iVZQ-9a9O9dEg 提取码:e9vg Mega网盘下载地址(适合“有条件”的人下载,速度快):...

使用Multiwfn绘制NMR谱

使用Multiwfn绘制NMR谱 文/Sobereva@北京科音  2020-Oct-8 摘要:流行的波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)也有强大、灵活、易用的光谱绘制功能,支持绘制UV-Vis、ECD、IR、Raman、VCD、ROA,见《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》(http://sobereva.com/224)。从Multiwf...

探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征

探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征 文/Sobereva@北京科音  2020-Oct-3 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)是18个碳组成的环状体系,是近期最热门的分子,它具有与一般化学体系截然不同的几何结构、电子结构和各种性质。在2019年于凝聚相中被实验观测到后,这个新的碳的同素异形体打开了碳化学新的篇章,它在未来或许会有着如同富勒烯、石墨烯、碳纳米管一样的重要地位。 北京科...

谈谈Gaussian产生downhill路径的功能

谈谈Gaussian产生downhill路径的功能 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-14 1 前言 在Gaussian程序的IRC关键词中,有一个叫downhill(下坡)的选项,很多人都没有留意过,在本文就介绍一下此选项的实际用处。我们一般跑IRC都是从过渡态开始跑的,详见《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》(http://sobereva.com/400),而IRC=downhill任务则可...

一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用

一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Sep-13  Last update: 2020-Sep-29 0 前言 2019年,Science的一篇文章中首次在凝聚相中观测到了由18个碳原子组成的环状体系,即18碳环(cyclo[18]carbon),其十分独特的几何结构和电子结构立刻引起了化学家们的极大关注,一年来就已经有20多篇相关...

在VMD中显示Gaussian计算的原子受力

在VMD中显示Gaussian计算的原子受力 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-13 在量子化学研究中,原子受力往往是非常值得关注的量。Gaussian程序可以通过force关键词计算原子的受力,然后在GaussView中可以根据原子受力大小进行着色,但是没法绘制出受力矢量。本文介绍如何在免费、灵活、强大的VMD程序中,通过笔者自写的tcl脚本,将Gaussian计算的原子受力非常直观地通过箭头展现出来,这对于一些量子化学...

实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题

实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-10 笔者在网上答疑时,经常有人问类似于“实验测定的分子结构,做量子化学计算时还需要优化么?”这种问题。我觉得值得写一篇文章将实验测定分子结构的原理科普一下,并顺带谈谈相关问题。搞懂了测定原理、测定时的环境和计算时的条件的差异,才能充分搞懂实验测出的结构和理论计算的有没有可比性、在对比时需要注意什么、是否能将实验的结构直接...

在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法

在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-8 Gaussian用户观看freq任务产生的振动矢量一般都是通过GaussView看(虽然也有ChemCraft等其它一些程序也可以看)。然而,起码对于GaussView 6来说,GaussView显示振动矢量的一个很大不足是箭头太细,而且头部不够粗,导致有时候都看不清楚,放在文章里不够美观。另外,GaussView绘制分子结构的作...

Multiwfn 3.7正式版隆重发布!

Multiwfn 3.7正式版隆重发布! 文/Sobereva @北京科音  2020-Aug-14 1 前言 Multiwfn是极为流行、功能最全面的的量子化学波函数分析程序,被学术文章引用得越来越多(目前已被近70个国家的研究者共引用5600多次),用户数越来越庞大。Multiwfn的上个正式版3.6是2019年5月21日发布的,经过近一年有余的不懈发展、改进和完善,Multiwfn 3.7正式版终于正式发布!目前已经可以...

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22 1 前言 XCrySDen(http://www.xcrysden.org)是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用户经常用的重要工具,可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等,而且作图效果挺不错。XCrySDen在Ubuntu上比较容易运行,但对于做计算化学的人用得非常多的CentOS就不那么容易了...

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升!

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升! 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-11 1 前言 Multiwfn是如今已非常流行的量子化学波函数分析工具,主页见http://sobereva.com/multiwfn。Multiwfn最早版本计算静电势的代码速度很慢,为了使得静电势分析相关的功能尽可能有实用性,后来Multiwfn的大部分涉及静电势分析的功能中都支持了调用cubegen算静电势,在...

Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法

Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jul-10  Last update: 2020-Jul-23 1 前言 Quantum ESPRESSO (QE)是用户非常多、极为流行的第一性原理程序,而且完全开源免费。本文介绍一下QE在Linux下的安装过程。本文对于CentOS 7.x系列系统下安装QE 6.5是完全适合的,对...

2020年7月完结动画简评

2020年7月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Jul-9 本文是笔者完整观看过的2020年7月完结的16部全长TV版动画和2部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...