[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京、由Sobereva讲授。 第7届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班 预计于2022年3月举办,具体时间待定,培训介绍见http://www.keinsci.com/workshop/WFN_content.html 第17届北京科音初级量子化学培训班 极为适合初学...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 文/Sobereva@北京科音   2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得很频繁,笔者遂写个小文把常见的可能因素说明一下,便于读者排查原因。 首先要凭基本化学常识和直觉判断配体是否真有可能稳定与蛋白结合,可以在VMD程序中把配体周围一定距离的蛋白质原子都显示出来观察,这需要...

2021年10月完结动画简评

2021年10月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-5 本文是笔者完整观看过的2021年10月完结的17部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-23924-1-1.html里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者过于低幼),要么...

理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关

理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关 文/Sobereva@北京科音  2022-Jan-2 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)自从2019年在凝聚相中被实验观测到后,掀起了研究热潮。笔者通过量子化学和波函数分析方法对此体系和衍生物的各方面特性做了大量研究并发表了一系列工作,汇总见http://sobereva.com/carbon_ring.html。 近期,北京科音自然科学研究中心...

2021年下半年观看的非TV版动画简评

2021年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-1 这里对我从2021年7月1日开始截止到2021年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 妄想学生会2 剧场版 长度:约80min 妄想学生会系列老是隔三差五就出个OVA,不知道这个企划要延续多久...

使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征

使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-31 0 前言 Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)有强大的空穴-电子分析功能,是分析电子激发问题的利器,见《使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征》(http://sobereva.com/434)。简单来说,此方法将电子激发描述为空穴分布(h...

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡

谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-24 0 前言 时常有人在思想家公社QQ群里或计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)里问关于怎么判断分子动力学模拟中体系是否达到平衡的问题,问是不是看温度、势能变化等等信息判断。然而往往提问的人都不说清楚他的体系是什么特征,导致这根本没法回答。实际上,对于不同类型的体系,判断方式有极大的差异。有一点尤其要搞明白...

谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系

谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-23 0 前言 质子转移、氢转移、氢负离子转移是关系密切相关的三个化学过程,有时候有人问相关的问题。我觉得有必要写一个小文总结一下它们的差异,使读者能分清它们的关系。与此同时笔者还会从量子化学波函数分析角度提及一些相关的问题,给我的一些观点,以助于量子化学研究者正确地认识这些过程的本质。 1 质子转移(Proton Tr...

令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法

令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-17 注:本文内容对目前我用过的Gaussian 16 A.03、B.01、C.01都适用,对未来的版本不一定。 Gaussian程序从09版开始默认的收敛限成为了tight,相当于SCF=conver=8关键词设的收敛限,这在所有量子化学程序里几乎是最严的。Gaussian程序从16版开始加...

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-11 1 前言 之前笔者写了大量的将Multiwfn与VMD相结合的文章,比如《使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用》(http://sobereva.com/598)、《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)、《用...

revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择

revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择 文/Sobereva@北京科音  2021-Oct-24 1 前言 计算NMR化学位移是量子化学常见而且重要的应用之一,之前笔者也写过一篇文章《谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移》(http://sobereva.com/354)做了相关讨论,不了解这方面计算者强烈建议先看看。《使用Multiwfn绘制NMR谱》(http://sobereva.com/565)...

谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义

谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义 文/Sobereve@北京科音    2021-Oct-22 1 前言 在《理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关》(http://sobereva.com/630)里介绍的笔者的Carbon, 187, 78 (2022) DOI: 10.1016/j.carbon.2021.11.005一文里,体系的两种构型对应的第一超极化率(first hype...

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Oct-18  Last update: 2021-Oct-25 笔者从十几年前开始就广泛在网上回答计算化学问题,如今在三个计算化学QQ群(思想家公社1、2、3号群)以及一个论坛(计算化学公社http://bbs.keinsci.com)每天都花巨量时间回复问题。愈发感觉如今计算化学新人在...

使用了Multiwfn发表的第7001~8000篇文章打包下载

截止到2021年9月28日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过8000篇,用户已遍及世界近80个国家。下面是第7001~8000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了几篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1mJH8louFLJYvvhKKxG64R...

18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例

18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-18 1 前言 自从2019年Science, 365, 1299 (2019)报道在凝聚相观测到18个碳组成的环状体系18碳环(cyclo[18]carbon)之后,碳环类体系一直是研究的热点,笔者做了大量研究并发表过一系列工作,汇总见http://sobereva.com/carbon_rin...

使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity)

使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性(planarity) 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-16   Last update: 2021-Oct-15 0 前言 分子的平面性(planarity)是分子的一个很重要的结构特征,有很多问题都和平面性密切相关。对pi共轭体系,由于其平面性明显影响pi电子共轭能力,因此和芳香性、导电性、光学性...