使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示) 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-17 平均局部离子化能(ALIE)是一个对于考察分子亲电反应位点、活性非常有用的量,在《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html)我给出了很多综述、介绍性文章以及笔者写过的相关博文,不熟悉ALIE者强烈建议阅读。Mult...

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-15 0 前言 氢键是最重要的分子内和分子间相互作用类型之一,尽管已经有巨量文章对其从各个角度进行探讨,但即便到现在依然是一个研究的热点,尚有很多未探究充分、透彻的问题。2019年9月,北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)连同伊朗Islamic Azad大学以...

使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析

使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-6 1 前言 研究第一超极化率(beta)的文章里经常做一种叫双能级模型的分析用于阐明影响beta的关键因素、便于讨论不同体系beta大小差异的原因,比如在笔者的J. Comput. Chem., 38, 1574 (2017)中就用了这种方式讨论。之前笔者在《谈谈计算第一超极化率的双能级公式》(http://sobe...

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时,时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题,一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。在讨论中明显可以看出他们对分辨率这个概念缺乏正确的理解,因此导致做一些无意义的处理、考虑无意义的问题,因此笔者在这个小文中专门说说怎么正确认识分辨率。 首先要知道,常用的jpg(亦即jp...

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片,问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的 其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例,我们实际上要统计的就是图中孔洞对应的白色区域的面积。 把图片载入ps,用魔棒工具选择那块白色区域,再点击“窗口”-“直方图”,就看到了选区的...

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素) 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-28 def2系列基组非常流行,在笔者的很多博文里都提到、用到,但遗憾的是没有官方标配的带弥散函数的版本。之前笔者写过一篇文章《给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》(http://sobereva.com/340)介绍了几种给def2加弥散函数的方法,其中一个是以ma...

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序 2019-Aug-26 重要提示:此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系(分子、团簇),D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。D摩3在算周期性体系上还是可以一用的,虽然也绝非好选择。本文说的都是W$2018里D摩3的情况,对于未来的版本某些说法可能适用也可能不适用。 在网上讨论交流的时候偶尔会看到有人想买、想用D摩3程序,或者有的人用D摩3还自我感觉良好,每次表态我对D摩3的强烈鄙...

让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法

让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-24 1 前言 有时需要让分子的偶极矩、跃迁偶极矩(或者其它什么矢量)平行于某个笛卡尔坐标轴,这等价于令分子进行旋转。这有一些实际用途,例如: (1)在《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出》(http://sobereva.com/231)里提到了第一超极化率(beta)顺着体系偶极矩的分量是可以通过E...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-23 经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生?”这种问题,本文就专门说一下。 1 拿什么来衡量反应快慢? 首先要明确“势垒”或“能垒”(barrier)到底是指什么。这个词比较含糊,可以指代很多种,比如: (1)电子能垒:用过渡态结构的电子能量减反应物结构的电子能量。电子能量是指什么这里说了《谈谈该从Gaussian输出文件...

谈谈我对计算化学代算的看法

谈谈我对计算化学代算的看法 文/Sobereva   2019-Aug-20 时常有人在群里、论坛里,或者直接邮件问我,他要算***问题,哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我以前专门做过两年多代算,接过的代算任务有将近90个,对于代算这方面我觉得我还是比较有发言权的,所以在此文我说说我对代算的看法。顺带一提,我早已不再接任何代算了,而是提供计算化学的培训(见http://www.keinsci.com的“科研培训”栏目)。授...

VMD里原子选择语句的语法和例子

VMD里原子选择语句的语法和例子 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-19 1 前言 VMD(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)是极其强大、灵活的化学体系可视化程序,笔者之前也写过不少相关文章,见http://sobereva.com/category/VMD/。VMD的选择语句(selection)用来选择满足特定要求的体系中的原子,其用法极度简单灵活,对于VM...

使用Multiwfn计算分子的动力学直径

使用Multiwfn计算分子的动力学直径 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-19 1 相关知识&计算原理 分子直径有很多不同定义。在分子分离研究领域中经常用动力学直径(kinetic diameter)体现分子尺寸,这个量没有一般性的方法,直到现在,主要来源还是Breck很老的1974年的Zeolite Molecular Sieves; Structure, Chemistry and Use一书,数...

使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献

使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-17 1 前言&基本知识 密度差是量子化学研究中经常被考察的量,Multiwfn可以非常容易地计算和绘制各种类型的密度差,见《使用Multiwfn作电子密度差图》(http://sobereva.com/113)。福井函数本质上也是密度差的一种,对于预测反应位点非常有实际价值,在http://bbs...

使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长/键级随键序号的变化

使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长/键级随键序号的变化 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-11 1 基本知识 共轭寡聚物是量子化学经常研究的对象,如10聚乙烯、12聚噻吩等。这类体系都有共轭长链,pi电子能够在上面长程离域。这种共轭链上的键长通常呈现交替变化特征,即长-短-长-短...,相应地,键级的变化也有类似的交替波动规律。为展现...

使用了Multiwfn发表的第3001~4000篇文章打包下载

截止到2019年8月11日,引用Multiwfn的文章已达4000篇。这是第3001~4000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:https://pan.baidu.com/s/16snA2J0HBBS1V2fPYL3Acg 这是此文件包里所有文件的列表: list.txt 由于本文件包里绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候我就下载的,所以文档中大多没有页码、卷号,大家只要到google学术...