[置顶] 欢迎参加第六届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班(2019年12月9~12日,北京)

第六届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于2019年12月9日~12日于北京冠京饭店举办,报名现已开始,欢迎参加。请访问此链接查看培训详情和报名方式:http://www.keinsci.com/workshop/6KGMX。 本培训将会用简单易懂的语言和非常丰富的实例,以最好、最快的方式带领初学者(包括零基础的)顺利踏入分子动力学模拟的大门,在了解分子动力学基础知识的同时能够通过GROMACS程序顺利、合理地完成各种常见体系的分子动力学模拟任务,并学会如何对...

计算分子内氢键键能的几种方法

计算分子内氢键键能的几种方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-23 0 前言 计算分子间弱相互作用,包括计算最常被研究的氢键的键能,已经有非常成熟、准确的方法,比如最常用的就是用CCSD(T)等高精度方法,拿复合物的能量减各个单体的能量。有时我们需要研究分子内氢键的键能,但计算方法并不唯一,哪种方法最合理也争议颇多,没有普遍的共识,而且本身这也不是实验上可以测定的。尽管如此,由于研究分子内氢键键能在很多方面(...

Grimme的xtb程序的编译方法

Grimme的xtb程序的编译方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-21 之前笔者在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/421)中已经对xtb程序的基本情况进行了介绍,也说明了安装方法。通常直接用预编译版的xtb就够了,但有时候为实现特殊目的需要改代码,这就需要自己编译了。本文介绍一下在CentOS 7.4下的编译。机子...

2019年10月完结动画简评

2019年10月完结动画简评 文/Sobereva  2019-Nov-13 本文是笔者完整观看过的2019年10月完结的21部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么...

使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性

使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-27  Last update: 2019-Oct-29 0 前言 Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)支持大量分析芳香性的方法,见《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/176)。其中提...

谈谈如何衡量分子的极性

谈谈如何衡量分子的极性 文/Sobereva@北京科音  2019-Oct-16 0 前言 经常有人问怎么衡量分子的极性,是不是算个偶极矩就可以。实际上,极性是一个非常含糊的概念。从本质上来说,极性来自于净电荷分布的不均匀性,不均匀性越大则极性越强,而分布完全均匀就没有极性。至于极性这个概念怎么才能严格定量反映出来,这没有唯一答案,不同方式考察得到的结论可能大相径庭。本文就专门说说如何衡量分子的极性。本文首先介绍一下从理论计算和...

将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法

将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Oct-11 1 说明 ORCA是非常强大的量子化学程序,笔者之前也写过不少相关文章,开发了不少辅助工具,见sobereva.com右侧的ORCA分类。ORCA相对于最常用的量子化学程序Gaussian来说,有一个缺点是SCF收敛做得不够好,很多Gaussian能收敛的情况ORCA难以收敛,而且Gaussian的SCF...

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP电荷的原理、细节以及计算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)有详细说明,Multiwfn是计算RESP电荷最方便易用和灵活的程序。有Multiwfn用户发现,Multiwfn算出的某些分子的RESP电荷与ant...

谈谈18碳环的几何结构和电子结构

谈谈18碳环的几何结构和电子结构 On the geometry and electronic structure of cyclo[18]carbon  文/Sobereva (Tian Lu) @北京科音 First release: 2019-Sep-20   Last update: 2019-Sep-22 0 前言 2019年8月,在Science上发表了一个首次实...

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示) 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-17 平均局部离子化能(ALIE)是一个对于考察分子亲电反应位点、活性非常有用的量,在《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html)我给出了很多综述、介绍性文章以及笔者写过的相关博文,不熟悉ALIE者强烈建议阅读。Mult...

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-15 0 前言 氢键是最重要的分子内和分子间相互作用类型之一,尽管已经有巨量文章对其从各个角度进行探讨,但即便到现在依然是一个研究的热点,尚有很多未探究充分、透彻的问题。2019年9月,北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)连同伊朗Islamic Azad大学以...

使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析

使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-6 1 前言 研究第一超极化率(beta)的文章里经常做一种叫双能级模型的分析用于阐明影响beta的关键因素、便于讨论不同体系beta大小差异的原因,比如在笔者的J. Comput. Chem., 38, 1574 (2017)中就用了这种方式讨论。之前笔者在《谈谈计算第一超极化率的双能级公式》(http://sobe...

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时,时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题,一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。在讨论中明显可以看出他们对分辨率这个概念缺乏正确的理解,因此导致做一些无意义的处理、考虑无意义的问题,因此笔者在这个小文中专门说说怎么正确认识分辨率。 首先要知道,常用的jpg(亦即jp...

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片,问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的 其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例,我们实际上要统计的就是图中孔洞对应的白色区域的面积。 把图片载入ps,用魔棒工具选择那块白色区域,再点击“窗口”-“直方图”,就看到了选区的...

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素) 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-28   Last update: 2019-Oct-11 def2系列基组非常流行,在笔者的很多博文里都提到、用到,但遗憾的是没有官方标配的带弥散函数的版本。之前笔者写过一篇文章《给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》(http:/...

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序 2019-Aug-26 重要提示:此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系(分子、团簇),D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。D摩3在算周期性体系上还是可以一用的,虽然也绝非好选择。本文说的都是W$2018里D摩3的情况,对于未来的版本某些说法可能适用也可能不适用。 在网上讨论交流的时候偶尔会看到有人想买、想用D摩3程序,或者有的人用D摩3还自我感觉良好,每次表态我对D摩3的强烈鄙...