[置顶] 欢迎关注第五届北京科音分子动力学与GROMACS培训班!(2019年6月6~9日,北京)

北京科音自然科学研究中心拟定于2019年6月6日~9日于北京冠京饭店举办“第五届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”。报名预计于5月开始,敬请关注北京科音官网http://www.keinsci.com上的最新信息。 GROMACS是最优秀、使用最为广泛且完全免费的分子动力学程序,用户数目远多于其它任何分子动力学程序。培训中将会用简单易懂的语言和非常丰富的实例,以最好、最快的方式带领初学者(包括零基础的)顺利踏入分子动力学模拟的大门,在了解分子动力学基础知识的同...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果) 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-17 RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性,可谓极度便利而且极度灵活,明显比Ante...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物,居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解,但是在B站上偶然发现他会来北京巡演,感觉实属难得,就买了280的票去了。其实期待度不算特别高,刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉,有不少空位,也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识     2.2 刚性扫描实例1:扫描乙醇的羟基的二面角     2.3 刚性扫描实例2:扫描Li+...苯之间的距离  &nbs...

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用,这里就写一篇文章,做一个完整的介绍,初学者应该都能读懂,之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里会对Packmol讲得更具...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

PS:本文可能经常更新,内容始终是对于Multiwfn官网上最新版本而言的,不要用老版本程序、看老版本手册! Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-19 文章目录 0 前言 1 AIM分析 2 键级分析 3 基于轨道的成键分析:轨道定域化、AdNDP与NBO 4 对ELF的分析 5 对一些与ELF特征类似的实空间函数的分析 6 电子密度差分析 7 通过片段电...

2018年度完结动画总评

2018年度完结动画总评 文/Sobereva  2019-Mar-7 此文对笔者完整看过的2018年度完结的97部全长版TV动画和19部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2019年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评...

考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法

注:本文内容主要是写给一个外国合作者的看的,所以是用英文写的。本文介绍的dimerscan程序也可以结合Gaussian非常容易地实现二聚体间距的刚性扫描,详见《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474)。 考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法 A simple way to investigate the variation of SAPT energy decomposition te...

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-2 0 前言 TDDFT是目前最常用的激发态计算方法,以前在计算化学公社论坛上有很多次有人问为什么用Gaussian结合TDDFT优化的时候激发态顺序变化了、优化出来的激发态不是自己一开始要求的那个激发态之类的问题,这其实都是由于激发态势能面交叉所致,在本文就专门说一下这个问题。笔者假定读者已经阅读过这些文章了解了相关基础知识:《图解电子激发的...

简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940

简化用了IOp(9/40=x)的Gaussian的CIS/TDDFT任务的输出文件的程序:simpIOp940 文/Sobereva@北京科音  2019-Feb-19 简介  《Multiwfn支持的电子激发分析方法一览》(http://sobereva.com/437)一文全面介绍了Multiwfn支持的丰富的电子激发分析,其中有些功能是依赖于组态系数的。由于Gaussian默认情况下只输出绝对值大于0....

2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻

PS:本文图很多,110多张,34MB,请非常耐心地等待加载! 2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻 文/Sobereva  2019-Feb-18 2018年年末去大阪及附近呆了10来天,购入的与二次元相关物在《2018年末在大阪入的二次元相关物品》(http://sobereva.com/465)里进行了完整展示。此文里我把在这期间看到的与二次元有关的事物简单聊聊。途中照片总共照了800张左右,不可能在这里...

2018年末在大阪入的二次元相关物品

PS: 本文图非常多,90多张,24MB,请非常耐心等待加载... 2018年末在大阪入的二次元相关物品 文/Sobereva   2019-Feb-18 2018年12月去了趟大阪和附近地区,其中与二次元有关的记录见《2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻(http://sobereva.com/466)。此文把这次途中购入的二次元相关物展示一下。这是所有购入的物品汇总。下面挨个依次说说(PS:屋内...

DFT-D4色散校正的简介与使用

DFT-D4色散校正的简介与使用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-13  Last update: 2019-Feb-14 之前笔者在《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)中详细介绍了DFT-D3的函数形式以及使用方法,还有其它相关的文章:《乱谈DFT-D》(http://sobereva.com/83)、《谈谈“计算时是否需要加DFT-D...

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介 文/Sobereva@北京科音  2019-Feb-11 开源免费的量子化学程序Dalton(http://daltonprogram.org)虽然用起来比较复杂,对新手很不友好,但由于其擅长计算响应性质,是其它程序难以取代的,所以它有着独特的地位。本文介绍怎么安装Dalton,也简单介绍一下怎么运行。本文说的Dalton都指的是Dalton suite中1983年开始发展的那个Dalton...

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-10  Last update: 2019-Feb-17 1 前言 看本文前,强烈建议先看《使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元》(http://sobereva.com/411)了解一些旋轨耦合矩阵元计算的基本知识,以及看《G...