[置顶] 近期北京科音举办的计算化学类培训班的通知及未来培训的预告

以下是北京科音自然科学研究中心(http://www.keinsci.com)近期举办的培训以及未来要举办的培训的预告。培训地点皆为北京。 第七届北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班 将于2020年8月22~25日于北京举办,已报满,培训详情和报名方式请访问http://www.keinsci.com/workshop/7KGMX 第13届北京科音初级量子化学培训班将于2020年10月5~8日举办,9月...

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22 1 前言 XCrySDen(http://www.xcrysden.org)是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用户经常用的重要工具,可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等,而且作图效果挺不错。XCrySDen在Ubuntu上比较容易运行,但对于做计算化学的人用得非常多的CentOS就不那么容易了...

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升!

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升! 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-11 1 前言 Multiwfn是如今已非常流行的量子化学波函数分析工具,主页见http://sobereva.com/multiwfn。Multiwfn最早版本计算静电势的代码速度很慢,为了使得静电势分析相关的功能尽可能有实用性,后来Multiwfn的大部分涉及静电势分析的功能中都支持了调用cubegen算静电势,在...

Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法

Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jul-10  Last update: 2020-Jul-23 1 前言 Quantum ESPRESSO (QE)是用户非常多、极为流行的第一性原理程序,而且完全开源免费。本文介绍一下QE在Linux下的安装过程。本文对于CentOS 7.x系列系统下安装QE 6.5是完全适合的,对...

2020年7月完结动画简评

2020年7月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Jul-9 本文是笔者完整观看过的2020年7月完结的16部全长TV版动画和2部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子(2020年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子(2020年公布) 文/Sobereva @北京科音  2020-Jul-4 未经授权,不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2020年6月末公布的2019年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注也有一定意义。这是第11次笔者写此系列的文章,往年的文章见本文文末。 文中期刊名称一般用标准缩写,有的给出了常用首...

2020年上半年观看的非TV版动画简评

2020年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2020-Jul-4 这里对从2020年1月1日开始截止到2020年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 紫罗兰永恒花园外传 类型:剧场版 长度:90m44s 此作能在国内上映,而且还是日本播放后才几个月就能在国内上映...

使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩

使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-23 1 原理 时不时有人问怎么计算一个分子中某些片段的偶极矩,或者问怎么计算一个分子复合物中各个分子的偶极矩,确实这对于分析局部的极性很有意义,在本文就通过例子对做法进行说明。做这种分析必须使用2020-Jun-22之后更新的Multiwfn程序,可以在http://sobereva.com/multiwfn免费...

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-11 1 前言 量子化学研究中什么场合用什么DFT泛函合适,在《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》(http://sobereva.com/272)中我已经说过了。量子化学研究中最常见的两类任务就是单点能的计算和几何优化。B3LYP这个1994年提出的老泛函用于计算能量方面已经严重落伍了,不管是什么体系的单点能计...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2 文/Sobereva   2020-Jun-7 本文的part 1见http://sobereva.com/555。 其它同人本 舰娘本子。一个是以舰娘们自制各种简单又美味的食物为题材,里面有些东西令我跃跃欲试,另一个是讲舰娘们打棒球过程中的搞笑事情 自从《兽娘动物园》播出之后,薮猫就火了,...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1 文/Sobereva   2020-Jun-7 由于此文图太多,总共有约120张图,为避免加载太慢,分成两个part发。part 2见http://sobereva.com/556。 2019年年末终于有机会去了在东京办的世界规模最大的漫展,12月28~31日举办的Comiket 97,这也是全世界ACG爱好者们终极的朝圣的地方。这里把当时买的ACG东...

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-5 1 前言 笔者在计算化学公社论坛、思想家公社QQ群解答量子化学相关问题时,经常看到有些对理论方法知之甚少、没读过什么文献的初学者在自己的研究中乱做benchmark,还管这叫“标定”,甚至一些初学者竟然以为所谓的标定总是要做。他们所做的事几乎纯粹是在浪费计算资源,每次我都得苦口婆心地劝他们别瞎做无用功。在本文,我就再专门说一...

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时 文/Sobereva@北京科音   2020-Jun-1 1 前言 由于任何程序的并行效率都是随着核数增加而降低,当机子核数比较多的时候,比如有好几十核,而且又有许多任务要跑的时候,比起一个一个调用所有核心来跑,同时跑两个或者多个任务但是每个都用较少的核心数(总和不超过物理核心数),总耗时通常会更低。对于某些程序跑某些任务,甚至并行核数较少的时候反倒比核数较多的时候...

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 文/Sobereva@北京科音  2020-May-19 1 前言 在日常量子化学研究中,计算焓、熵、自由能等热力学数据是最常涉及的问题。主流量子化学程序如Gaussian、ORCA等都自带了振动分析功能,在任务结束后会自动给出热力学数据。但是用这些程序来获得热力学数据往往并不方便,也有很多局限性。为了能令广大量子化学研究者在热力学数据计算方面极尽便利,笔者开发了S...

谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制

谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制 文/Sobereva@北京科音  2020-May-2 0 前言 在研究分子间弱相互作用领域,静电势是经常被考察的量。通过静电势我们可以方便、直观地了解分子的什么地方倾向于与带有什么电荷的物质(或局部)相互作用,可以对结合强度、结合方式进行解释和预测。关于静电势笔者写过大量文章,Multiwfn程序在静电势分析方面极为灵活和强大,相关博文和资料见《静电势与平均局部离子化能综...

在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法

在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法 文/Sobereva@北京科音   2020-May-1 0 前言 之前笔者在《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》(http://sobereva.com/346)介绍过长程校正泛函和明显影响其结果的ω参数(以下简写为w)。在Gaussian中对DFT泛函自定义w值的做法在此文里也说了:《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》(http://sobe...