分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用,这里就写一篇文章,做一个完整的介绍,初学者应该都能读懂,之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里会对Packmol讲得更具...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

PS:本文可能经常更新,内容始终是对于Multiwfn官网上最新版本而言的,不要用老版本程序、看老版本手册! Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Mar-19  Last update: 2019-Sep-20 文章目录 0 前言 1 AIM分析 2 键级分析 3 基于轨道的成键分析:轨道定域化、AdNDP与NBO 4 对EL...

2018年度完结动画总评

2018年度完结动画总评 文/Sobereva  2019-Mar-7 此文对笔者完整看过的2018年度完结的97部全长版TV动画和19部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2019年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评...

考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法

注:本文内容主要是写给一个外国合作者的看的,所以是用英文写的。本文介绍的dimerscan程序也可以结合Gaussian非常容易地实现二聚体间距的刚性扫描,详见《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474)。 考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法 A simple way to investigate the variation of SAPT energy decomposition te...

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-2 0 前言 TDDFT是目前最常用的激发态计算方法,以前在计算化学公社论坛上有很多次有人问为什么用Gaussian结合TDDFT优化的时候激发态顺序变化了、优化出来的激发态不是自己一开始要求的那个激发态之类的问题,这其实都是由于激发态势能面交叉所致,在本文就专门说一下这个问题。笔者假定读者已经阅读过这些文章了解了相关基础知识:《图解电子激发的...

2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻

PS:本文图很多,110多张,34MB,请非常耐心地等待加载! 2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻 文/Sobereva  2019-Feb-18 2018年年末去大阪及附近呆了10来天,购入的与二次元相关物在《2018年末在大阪入的二次元相关物品》(http://sobereva.com/465)里进行了完整展示。此文里我把在这期间看到的与二次元有关的事物简单聊聊。途中照片总共照了800张左右,不可能在这里...

2018年末在大阪入的二次元相关物品

PS: 本文图非常多,90多张,24MB,请非常耐心等待加载... 2018年末在大阪入的二次元相关物品 文/Sobereva   2019-Feb-18 2018年12月去了趟大阪和附近地区,其中与二次元有关的记录见《2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻(http://sobereva.com/466)。此文把这次途中购入的二次元相关物展示一下。这是所有购入的物品汇总。下面挨个依次说说(PS:屋内...

DFT-D4色散校正的简介与使用

DFT-D4色散校正的简介与使用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-13  Last update: 2019-Aug-10 之前笔者在《DFT-D色散校正的使用》(http://sobereva.com/210)中详细介绍了DFT-D3的函数形式以及使用方法,还有其它相关的文章:《乱谈DFT-D》(http://sobereva.com/83)、《谈谈“计算时是否需要加DFT-D...

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介

量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介 文/Sobereva@北京科音  2019-Feb-11 开源免费的量子化学程序Dalton(http://daltonprogram.org)虽然用起来比较复杂,对新手很不友好,但由于其擅长计算响应性质,是其它程序难以取代的,所以它有着独特的地位。本文介绍怎么安装Dalton,也简单介绍一下怎么运行。本文说的Dalton都指的是Dalton suite中1983年开始发展的那个Dalton...

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-10  Last update: 2019-Feb-17 1 前言 看本文前,强烈建议先看《使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元》(http://sobereva.com/411)了解一些旋轨耦合矩阵元计算的基本知识,以及看《G...

使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度

使用Multiwfn计算CVB指数考察氢键强度 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-Feb-5  Last update: 2019-Feb-6 摘要:本文介绍基于电子定域化函数(ELF)定义的用于衡量氢键强度的CVB指数,并且演示怎么在Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)中计算。掌握这个方法,在讨论氢键问题的时候相当于多了一个很有用的...

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3 Sobereva@北京科音  文/2019-Feb-3 Gaussian里找过渡态的关键词有三:opt=TS、opt=QST2、opt=QST3。经常在网上看到有很多初学者居然把QST2当做找过渡态默认用的关键词,明显是被一些坑爹言论毒害的后果。这里就抽一点时间非常简单地说说常用的opt=TS关键词,以及为什么我很不建议在一般情况下用QST2、QST3。本文并不举实际计算例子...

2018年下半年优秀动画音乐推荐

2018年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2019-Jan-7 这是第9次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2018年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/428) 《2017年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva...