让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-24 1 前言 有时需要让分子的偶极矩、跃迁偶极矩（或者其它什么矢量）平行于某个笛卡尔坐标轴，这等价于令分子进行旋转。这有一些实际用途，例如： (1)在《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出》（http://sobereva.com/231）里提到了第一超极化率(beta)顺着体系偶极矩的分量是可以通过E...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-23 经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生？”这种问题，本文就专门说一下。 1 拿什么来衡量反应快慢？ 首先要明确“势垒”或“能垒”（barrier）到底是指什么。这个词比较含糊，可以指代很多种，比如： (1)电子能垒：用过渡态结构的电子能量减反应物结构的电子能量。电子能量是指什么这里说了《谈谈该从Gaussian输出文件...

谈谈我对计算化学代算的看法 文/Sobereva   2019-Aug-20 时常有人在群里、论坛里，或者直接邮件问我，他要算***问题，哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我以前专门做过两年多代算，接过的代算任务有将近90个，对于代算这方面我觉得我还是比较有发言权的，所以在此文我说说我对代算的看法。顺带一提，我早已不再接任何代算了，而是提供计算化学的培训（见http://www.keinsci.com的“科研培训”栏目）。授...

VMD里原子选择语句的语法和例子 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-19 1 前言 VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是极其强大、灵活的化学体系可视化程序，笔者之前也写过不少相关文章，见http://sobereva.com/category/VMD/。VMD的选择语句(selection)用来选择满足特定要求的体系中的原子，其用法极度简单灵活，对于VM...

使用Multiwfn计算分子的动力学直径 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-19  Last update: 2020-Feb-21 1 相关知识&计算原理 分子直径有很多不同定义。在分子分离研究领域中经常用动力学直径（kinetic diameter）体现分子尺寸，这个量没有一般性的方法，直到现在，主要来源还是Breck很老的1974年的Zeolite Mol...

使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-17 1 前言&基本知识 密度差是量子化学研究中经常被考察的量，Multiwfn可以非常容易地计算和绘制各种类型的密度差，见《使用Multiwfn作电子密度差图》（http://sobereva.com/113）。福井函数本质上也是密度差的一种，对于预测反应位点非常有实际价值，在http://bbs...

使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长、键级、键角、二面角随键序号的变化 文/Sobereva@北京科音   First release: 2019-Aug-11  Last update: 2019-Nov-30 1 基本知识 共轭寡聚物是量子化学经常研究的对象，如10聚乙烯、12聚噻吩等。这类体系都有共轭长链，pi电子能够在上面长程...

截止到2019年8月11日，引用Multiwfn的文章已达4000篇。这是第3001~4000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集，下载地址：https://pan.baidu.com/s/16snA2J0HBBS1V2fPYL3Acg 这是此文件包里所有文件的列表： list.txt 由于本文件包里绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候我就下载的，所以文档中大多没有页码、卷号，大家只要到google学术...

使用Multiwfn计算与超瑞利散射(HRS)实验相关的量 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-7 摘要：超瑞利散射(HRS)是考察分子第一超极化率的一种实验手段，本文介绍如何使用Multiwfn基于Gaussian的polar任务的输出文件计算出与HRS实验相关的量。首先介绍基础知识，然后给出具体例子，并重复文献里的数据。 1 基本知识 之前笔者在《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率...

OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jul-17  Last update: 2019-Aug-8 1 前言 量子化学程序ORCA用的人越来越多，功能很强大而且免费，用户数在所有量化程序中已经是第二高（虽然跟Gaussian比还遥不可及）。但至少在笔者撰写此文时，相对于用户数占绝对主导地位的Gaussian程序而...

2019年7月完结动画简评 文/Sobereva  2019-Jul-16 本文是笔者完整观看过的2019年7月完结的17部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是...

2019年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2019-Jul-12 这是第10次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起不断发布，致力于尽自己微薄之力，令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地，而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2018年下半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/459） 《2018年上半年优秀动画音乐推荐》（http://sobere...

我看过的所有TV版动画列表 文/Sobereva 2019-Jul-11 之前洒家一直有个习惯，就是每一季动画完结后，都把下载的动画刻成DVD，到现在已经刻了800张盘左右了，一共九大包（其中还有大约10%的古老数据是应用程序、PC游戏之类其它乱七八糟的）。考虑到如今大容量移动硬盘已经很便宜了，而刻盘这种方式不仅麻烦（每次都得想办法把一张盘尽量恰好凑满）、花时间、占地方，而且据说时间长了容易有些盘难以读出来（有说法是保存寿命也就十几年），而且资料检索...

2019年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2019-Jul-7 这是洒家对从2019年1月1日开始截止到2019年6月30日观看过的非TV版动画进行的简单评论。还有些此类动画看完后忘写了，就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 肆式青春 类型：剧场动画 长度：1h14m 此作制作相当不错...

绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jun-24  Last update: 2020-Apr-13 1 前言 有人在计算化学公社论坛问下面这张图怎么绘制（实际上是J. Comput. Chem., 39, 488 (2018)里的图） 这张图里面每个黑点是静电势的全局极小点，蓝色网格等值面展现的是...