用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应 文/Sobereva @北京科音    2017-Apr-12 1 前言 众所周知，对重原子构成的体系，尤其是从第五周期开始（H,He算第一周期，下同），需要考虑相对论效应，否则结果可能严重错误。相对论效应分为标量和旋轨耦合两部分。标量相对论效应好考虑，用相对论赝势时即可等效体现，多数主流量化程序如Gaussian也支持标量相对论哈密顿，结合专为标量相对论计算优化的全电子基组即可（...

使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Apr-7   Last update: 2018-Feb-26 RDG（约化密度梯度）和ELF（电子定域化函数）大家都熟悉，前者适合用来考察非共价相互作用，见《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》（http://sobereva.com/68）；后者可以考察共价作用，见《电子定域性的图形分析》（http://sobereva....

2017年4月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Apr-6 本文是笔者完整观看过的2017年4月完结的18部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 正在追的还没完结的有《虎面人W》、《BanG Dream!》和...

将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法 文/Sobereva  2017-Mar-27 VMD可以载入GROMACS的gro、trr、xtc文件，但不会载入速度、受力、电荷。以前写过怎么让VMD把GROMACS产生的速度和受力载入并绘制出来的博文： 《使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力》（http://sobereva.com/36） 《使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法》（http://sobereva.com/11...

通过柔性力常数考察键的强度 文/Sobereva @北京科音   2017-Mar-1 1 关于键强的衡量 键的强度是化学研究者十分关心的问题。但键的强度不是一个确切的可观测量，只是一个概念，具体衡量方式多种多样，常见的有 (1)键解离能(BDE) (2)键级、AIM理论定义的BCP上的性质 (3)键长 (4)键方向上的力常数 其中，BDE定义为H(片段1)+H(片段2)-H(整体)，这里H指焓，整体和片段结构都是分别优化的。BDE意义很明确，而且...

使用NWChem做分数占据数的DFT计算 文/Sobereva @北京科音   2017-Feb-25 1 前言 分数占据数(Fractional occupation number, FON)计算是指被计算的体系有的轨道占据数不为整数，也因此允许整个体系的电子数不为整数。这看似有点超现实，实际中体系电子数不可能为非整数，毕竟电子不可分割，但对于DFT（或HF）计算是可以实现的，而且在程序实现上超简单。大家知道，常规DFT计算的时候都是已知电子数，根...

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态 文/Sobereva First release: 2017-Feb-22   Last update: 2017-Jun-1 1 原理 讨论化学体系中的原子，特别是配合物中的金属的时候经常用到氧化态(oxidation state)这个概念。这是完全人为的概念，不是可观测的。用氧化态这...

谈谈计算第一超极化率的双能级公式 文/Sobereva  2017-Feb-21 SOS是计算（超）极化率常用方法之一，介绍见： 使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率 http://sobereva.com/232 双能级公式是对SOS简化而来的。研究D-A体系的第一超极化率(β)问题时，研究者总喜欢用双能级公式来解释β值的内在本质，以及解释对体系做不同修改（如替换不同原子或基团）时β的变化趋势。双能级公式表示为： ...

2016年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2017-Feb-16 这是第5次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起不断发布，之前的见 《2014年上半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/244） 《2014年下半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/279） 《2015年上半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/299） 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》（htt...

Sobereva无数年前开始就有每日去最大的同人图网站pixiv（http://www.pixiv.net）扫图的习惯，早已是雷打不动的每日必做的事情，每天都得花费至少看一话新番的时间去把当日排名至少前350的图都仔细扫一遍，保存下来精选的。日均收图60张。 这里笔者将2016年1月1日至2016年12月31日期间从p站上精选的Lovelive!同人图发在这里，0.99GB。各个角色各种CP都有，总共4331张，包括1600多张sunshine的，下载地址：http://pa...

2016年度完结动画总评 文/Sobereva   2017-Jan-25 此文对笔者完整看过的2016年度完结的101部TV动画（含24部泡面番）进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2017年1月完结”部分是新写的，4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性，在此文又做了微调。前几年的总评见： 20...

北京科音自然科学研究中心将于2018年5月18日~21日于北京举办第四届北京科音初级量子化学培训班，是量子化学零基础及初学者一次性学会量化基本知识和计算方法的最快、最理想途径。报名将于4月12日0:00开始，敬请关注北京科音官网http://www.keinsci.com。 费用：学生约1400，教师约1800 培训内容详细介绍见http://www.keinsci....

公共场合使用大字号发言是没素质的行为 文/Sobereva   2016-Nov-18 笔者常年在思想家公社QQ群里答疑，最反感的情况前三位之一就是发言者用大的字号（其它两个，是用“好吧”做句子开头和求sci-hub能下的文献） 来看典型例子 大字号发言往往一行就顶人家三四、四五行！一次发言就足够把屏幕全占满了，往往一屏还显示不下，造成严重刷屏！上面看到的是...

PS: 如果你是从零起步的初学者，想量化入门，恭喜你，看到此文章时，你终于找到正轨了！ 谈谈学量子化学如何正确地入门 文/Sobereva First release: 2016-Nov-12  Last update: 2018-Mar-30 量化的重要性已经被越来越多的人认知，步入量化研究领域的新人的增长速度也在不断迅猛增加，量化研究...

谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移 文/Sobereva @北京科音  2016-Nov-10 本文重点介绍一种又便宜又准确的计算有机分子13C和1H化学位移的方法，英文叫scaling，笔者把它翻译成标度法。第一节首先会说一些和NMR计算有关的乱七八糟的知识，然后在第二节介绍标度法，最后在第三节给个实例对比标度法相对于一般计算方式的优势。 1 相关知识 量子化学程序计算NMR时会计算每个原子核位置的磁屏蔽张量，这是3*3矩阵，表现出原子核附近的...