使用Multiwfn绘制光电子谱

使用Multiwfn绘制光电子谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-27  Last update: 2019-May-14 1 前言 波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）具有很方便、灵活、强大的态密度(DOS)绘制功能，在《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》（http://sobereva.c...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件

谈谈记录化学体系结构的xyz文件 文/Sobereva@北京科音   2019-Apr-26 xyz是一种非常常用的记录化学体系结构的文件格式，定义极其简单。笔者开发的好多程序，以及其它计算化学程序经常涉及这个格式，网上老有初学者问这文件怎么回事、怎么产生，遂在这里统一介绍一下。 1 xyz文件的定义 xyz是文本型文件，可以用文本编辑器打开。以下是一个典型的.xyz文件内容，记录水分子结构。 ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-17 RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）一文，极其详细地介绍了RESP电荷，并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性，可谓极度便利而且极度灵活，明显比Ante...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物，居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解，但是在B站上偶然发现他会来北京巡演，感觉实属难得，就买了280的票去了。其实期待度不算特别高，刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉，有不少空位，也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识     2.2 刚性扫描实例1：扫描乙醇的羟基的二面角     2.3 刚性扫描实例2：扫描Li+...苯之间的距离  &nbs...

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用，这里就写一篇文章，做一个完整的介绍，初学者应该都能读懂，之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里会对Packmol讲得更具...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

PS：本文可能经常更新，内容始终是对于Multiwfn官网上最新版本而言的，不要用老版本程序、看老版本手册！ Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Mar-19  Last update: 2019-Sep-20 文章目录 0 前言 1 AIM分析 2 键级分析 3 基于轨道的成键分析：轨道定域化、AdNDP与NBO 4 对EL...

2018年度完结动画总评

2018年度完结动画总评 文/Sobereva  2019-Mar-7 此文对笔者完整看过的2018年度完结的97部全长版TV动画和19部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2019年1月完结”部分是新写的，4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性，在此文又做了微调。前几年的总评...

考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法

注：本文内容主要是写给一个外国合作者的看的，所以是用英文写的。本文介绍的dimerscan程序也可以结合Gaussian非常容易地实现二聚体间距的刚性扫描，详见《详谈使用Gaussian做势能面扫描》（http://sobereva.com/474）。 考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法 A simple way to investigate the variation of SAPT energy decomposition te...

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响

谈谈势能面交叉对激发态优化的影响 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-2 0 前言 TDDFT是目前最常用的激发态计算方法，以前在计算化学公社论坛上有很多次有人问为什么用Gaussian结合TDDFT优化的时候激发态顺序变化了、优化出来的激发态不是自己一开始要求的那个激发态之类的问题，这其实都是由于激发态势能面交叉所致，在本文就专门说一下这个问题。笔者假定读者已经阅读过这些文章了解了相关基础知识：《图解电子激发的...

2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻

PS：本文图很多，110多张，34MB，请非常耐心地等待加载！ 2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻 文/Sobereva  2019-Feb-18 2018年年末去大阪及附近呆了10来天，购入的与二次元相关物在《2018年末在大阪入的二次元相关物品》（http://sobereva.com/465）里进行了完整展示。此文里我把在这期间看到的与二次元有关的事物简单聊聊。途中照片总共照了800张左右，不可能在这里...

2018年末在大阪入的二次元相关物品

PS: 本文图非常多，90多张，24MB，请非常耐心等待加载... 2018年末在大阪入的二次元相关物品 文/Sobereva   2019-Feb-18 2018年12月去了趟大阪和附近地区，其中与二次元有关的记录见《2018年末在大阪、京都采风时的与二次元相关的见闻（http://sobereva.com/466）。此文把这次途中购入的二次元相关物展示一下。这是所有购入的物品汇总。下面挨个依次说说（PS：屋内...

DFT-D4色散校正的简介与使用

DFT-D4色散校正的简介与使用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Feb-13  Last update: 2019-Aug-10 之前笔者在《DFT-D色散校正的使用》（http://sobereva.com/210）中详细介绍了DFT-D3的函数形式以及使用方法，还有其它相关的文章：《乱谈DFT-D》（http://sobereva.com/83）、《谈谈“计算时是否需要加DFT-D...
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