使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-27  Last update: 2020-Jun-29 0 前言 Multiwfn程序（http://sobereva.com/multiwfn）支持大量分析芳香性的方法，见《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/176）。其...

谈谈如何衡量分子的极性 文/Sobereva@北京科音  2019-Oct-16 0 前言 经常有人问怎么衡量分子的极性，是不是算个偶极矩就可以。实际上，极性是一个非常含糊的概念。从本质上来说，极性来自于净电荷分布的不均匀性，不均匀性越大则极性越强，而分布完全均匀就没有极性。至于极性这个概念怎么才能严格定量反映出来，这没有唯一答案，不同方式考察得到的结论可能大相径庭。本文就专门说说如何衡量分子的极性。本文首先介绍一下从理论计算和...

注：使用本文方法的读者不要使用2020-Jun-1之前发布的Multiwfn，老版本在一些情况下有bug。 将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-11  Last update: 2020-Jul-1 1 说明 ORCA是非常强大的量子化学程序，笔者之前也写过不少相关文章，开发了不少...

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP电荷的原理、细节以及计算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）有详细说明，Multiwfn是计算RESP电荷最方便易用和灵活的程序。有Multiwfn用户发现，Multiwfn算出的某些分子的RESP电荷与ant...

2019-Dec-15注：本文的内容成为笔者后来发表的名为"A Thorough Theoretical Exploration of Intriguing Characteristics of Cyclo[18]carbon: Geometry, Bonding Nature, Aromaticity, Weak Interaction, Reactivity, Excited States, Vibrations, Molecular Dynamics and Various...

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图（含视频演示） 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Sep-17  Last update: 2020-Feb-21 平均局部离子化能(ALIE)是一个对于考察分子亲电反应位点、活性非常有用的量，在《静电势与平均局部离子化能综述合集》（http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.htm...

透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-15 0 前言 氢键是最重要的分子内和分子间相互作用类型之一，尽管已经有巨量文章对其从各个角度进行探讨，但即便到现在依然是一个研究的热点，尚有很多未探究充分、透彻的问题。2019年9月，北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）连同伊朗Islamic Azad大学以...

使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析 文/Sobereva@北京科音  2019-Sep-6 1 前言 研究第一超极化率(beta)的文章里经常做一种叫双能级模型的分析用于阐明影响beta的关键因素、便于讨论不同体系beta大小差异的原因，比如在笔者的J. Comput. Chem., 38, 1574 (2017)中就用了这种方式讨论。之前笔者在《谈谈计算第一超极化率的双能级公式》（http://sobe...

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时，时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题，一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。在讨论中明显可以看出他们对分辨率这个概念缺乏正确的理解，因此导致做一些无意义的处理、考虑无意义的问题，因此笔者在这个小文中专门说说怎么正确认识分辨率。 首先要知道，常用的jpg（亦即jp...

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片，问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的 其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例，我们实际上要统计的就是图中孔洞对应的白色区域的面积。 把图片载入ps，用魔棒工具选择那块白色区域，再点击“窗口”-“直方图”，就看到了选区的...

给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素） 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-28   Last update: 2019-Oct-11 def2系列基组非常流行，在笔者的很多博文里都提到、用到，但遗憾的是没有官方标配的带弥散函数的版本。之前笔者写过一篇文章《给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》（http:/...

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序 2019-Aug-26 重要提示：此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系（分子、团簇），D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。D摩3在算周期性体系上还是可以一用的，虽然也绝非好选择。本文说的都是W$2018里D摩3的情况，对于未来的版本某些说法可能适用也可能不适用。 在网上讨论交流的时候偶尔会看到有人想买、想用D摩3程序，或者有的人用D摩3还自我感觉良好，每次表态我对D摩3的强烈鄙...

让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-24 1 前言 有时需要让分子的偶极矩、跃迁偶极矩（或者其它什么矢量）平行于某个笛卡尔坐标轴，这等价于令分子进行旋转。这有一些实际用途，例如： (1)在《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出》（http://sobereva.com/231）里提到了第一超极化率(beta)顺着体系偶极矩的分量是可以通过E...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生 文/Sobereva@北京科音  2019-Aug-23 经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生？”这种问题，本文就专门说一下。 1 拿什么来衡量反应快慢？ 首先要明确“势垒”或“能垒”（barrier）到底是指什么。这个词比较含糊，可以指代很多种，比如： (1)电子能垒：用过渡态结构的电子能量减反应物结构的电子能量。电子能量是指什么这里说了《谈谈该从Gaussian输出文件...

谈谈我对计算化学代算的看法 文/Sobereva   2019-Aug-20 时常有人在群里、论坛里，或者直接邮件问我，他要算***问题，哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我以前专门做过两年多代算，接过的代算任务有将近90个，对于代算这方面我觉得我还是比较有发言权的，所以在此文我说说我对代算的看法。顺带一提，我早已不再接任何代算了，而是提供计算化学的培训（见http://www.keinsci.com的“科研培训”栏目）。授...