Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Aug-16   Last update: 2022-Nov-25 0 前言 以前在网上答疑时，经常有人问及一些涉及到几何操作、坐标变换的问题，诸如怎么让某个键平行于笛卡尔轴、怎么让一个分子平面恰好在XY平面上、怎么让某个原子恰好处在坐标原点等等。其实解决起来原理上都不难，都是些...

使用Multiwfn计算odd electron density考察激发态单电子分布 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-14 1 前言 对于基态是开壳层的体系，比如自由基、过渡金属配合物等，要考察单电子分布，最常用也是最简单的做法就是做非限制性开壳层的DFT计算（UKS），然后绘制自旋密度图，见《谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算》（http://sobereva.com/353）。UKS...

全面揭示各种尺寸的碳单环体系的独特的光学性质 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 18碳环（cyclo[18]carbon）是18个碳组成的环状体系，有着与传统化学体系截然不同的几何和电子结构。在Kaiser等人于Science, 365, 1299 (2019)首次报道在凝聚相中观测到18碳环后，新颖的18碳环以及其它的碳单环体系就受到了化学家们的广泛关注，不断有大量理论研究工作发表。北京科音自...

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn（主页：http://sobereva.com/multiwfn）支持极为丰富的化学键分析方法，见《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》（http://sobereva.com/471）。其中已支持不少从轨道相互作用层面上考察特定片段间的相...

谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-16 0 前言 寡人在网上答疑的时候，总是看到有人问“得到的图像不清晰怎么办”、“怎么让图像更清晰”这种问题，语义不明，也不知道对方说的“清晰”到底指什么，对方也不说他觉得不清晰是怎么个不清晰法，也不给出个截图来说明，令人感觉很莫名其妙。笔者忍不住写个小文，把各种初学者所谓的“不清晰”的可能情况都罗列一下，便于他们自己对照判断如何解决。此...

通过电子定域化函数(ELF)、价层电子密度分析讨论亲核进攻的方向 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-6 1 前言 最近有人在思想家公社QQ群问我，怎么计算下图的角度，其目的是解释亲核进攻方向问题 实际上，考察这个问题靠计算这个LUMO的角度不是什么好的做法。本身LUMO的物理意义就不严格，其分布特征受计算级别影响较大，而且跟亲核反应的关系也不如概念密度泛函理论里面的福井函数f+和双描...

2021年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jul-4 这里对我从2021年1月1日开始截止到2021年7月4日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 音乐 长度：1h11m 类型：剧场版 观看地址：https://www.tucao.one/play/h40865...

谈谈ORCA 5.0的新特性和改变 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-2  Last update: 2021-Jul-10 1 前言 2021年7月1日，量子化学程序ORCA 5.0发布了，造成了不小影响。这个程序现在流行度已经相当高，从《2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计》（http://sobereva.com/599）的...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未经授权，不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2021年6月30日公布的2020年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注有一定意义。这是第12次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 文中期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字...

巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-30 1 前言 Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）有十分强大的静电势分析功能，按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）的做法还可以非常方便地结合VMD绘制效果很好的分...

Multiwfn可以计算的分子描述符一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jun-22  Last update: 2021-Dec-15 0 前言 做QSAR（定量结构活性关系）和QSPR（定量结构属性关系）需要提供分子的描述符（molecular descriptor）作为输入信息，从而根据拟合的经验关系预测分子的生物活性以及物理化学性质。特别是随着基于（深度）神经网络的...

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-4 1 前言 原子在孤立状态下的极化率是可以实验测量的，也很容易理论计算，在http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?menu=dipole&page=dipole有全周期表各种元素的实验和高精度理论计算数据。分子的极化率可以视为是其中各个原子的有效(effective)极化率的总和（后文简称为“原...

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-2 0 前言 2021年4月29号，在人气最高的计算化学专业论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）开展了为期一个月的四个投票： 你最常用的DFT泛函投票（http://bbs.keinsci.com/thread-22853-1-1.html） 你最常用的量子化学程序投票...

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-31  Last update: 2022-Jul-24 1 前言 原子间的相互作用在化学体系中无处不在。把相互作用图形化展现无疑对考察化学问题非常有益，可以令化学家快速直观了解体系中什么位置有什么样的相互作用。目前图形化展现相互作用的方法不少，有很多都已经非常流行，在波...

要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 文/Sobereva@北京科音  2021-May-22 初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题，我在网上答疑时经常强调初学者不要老想着用ONIOM。我主张ONIOM能不用就不用，因为麻烦事和细节问题太多，尤其是许多初学者连基本的计算都做不利落，还用ONIOM纯粹是自讨苦吃、自找麻烦。这两天在思想家公社QQ群答疑时连着碰到两个对量子化学...