使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-4 0 前言 静电势和笔者在J. Mol. Model., 26, 315 (2020)中提出的范德华势都是分析化学体系与其它分子相互作用的重要方法。静电势的极小点（指全空间内的极小点，而不是http://sobereva.com/159和http://sobereva.com/443等文章介...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） 文/Sobereva @北京科音  2022-Jul-1 不得转载 1 前言 此文对非常适合理论、计算化学投稿的期刊，以及和化学有关的一些子领域的重点期刊进行罗列，共约300种期刊，并附上2022年6月末公布的2021年影响因子(IF)及中科院分区。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注和投稿有一定意义。这是第13次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链...

使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径 文/Sobereva@北京科音   2022-Jun-30 0 前言 化学研究中经常涉及到孔洞尺寸的问题，这和分子吸附、化学物质分离、分子识别等很多问题有关。Multiwfn有展现化学体系孔洞并计算其体积的功能，见《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》《http://sobereva.com/539）和《使用Multiwfn可视化分子孔洞并...

2022年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jun-30 这里对我从2022年1月1日开始截止到2022年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 天空色的多功能杆 类型：不明 长度：14m30s 此作内容是三个美少女打高尔夫的故事，其中两个是...

使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化 文/Sobereva@北京科音  （非正式版） 1 前言 最近有人在计算化学公社论坛问“请问常温下像是如下述两条路径的反应，哪个更优势”，他给的图如下所示。 这个问题光凭感觉不容易给出绝对可靠的答案，而这类问题在通过计算化学研究化学反应相关问题时却又容易遇到。实际上这种问题可以根据每一步的反应速率常数直接模拟反应的进行来得到，这样的模拟可...

谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势” 文/Sobereva@北京科音   2022-May-29 0 前言 在网上经常有人问我怎么计算原子的静电势。“原子的静电势”是一个非常含糊不明的词。静电势是一个三维函数，空间中不同的点有不同的数值，显然静电势不是对原子来说的，而是对具体坐标来说的。但有人就是想计算something like“原子的静电势”的量，那怎么算？本文我介绍三种比较有实际意义的基于静电势计算的对原子而言的...

注：对18碳环另一种重要衍生物C18-Br6的理论研究工作介绍见《不寻常的环[18]碳前驱体C18Br6的电子结构和芳香性》（http://sobereva.com/664）。 深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性 文/Sobereva@北京科音  2022-Apr-28 0 前言 2019年Kaiser等人首次在凝聚相中观测到18碳环（cyclo[18]carbon）的存...

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图 文/Sobereva@北京科音   2022-Apr-13 0 前言 笔者之前写过很多和分子表面静电势分析相关的文章，汇总见http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html。其中，《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）介绍的分子表面静电势图...

使用CP2K结合Multiwfn绘制密度差图、平面平均密度差曲线和电荷位移曲线 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Mar-10  Last update: 2022-Mar-18 1 前言 电子密度差（electron density difference, EDD）是分析成键、电子转移非常常用的手段。波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/mu...

ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Mar-15  Last update: 2022-Aug-6 之前笔者在以下文章中提供了三个Linux shell脚本，分别用来自动调用机子里的Gaussian和Multiwfn程序实现一键计算1.2*CM5、RESP和RESP2原子电荷，它们对于做经典力场的分子动力学非...

使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 文/Sobereva@北京科音 First releas: 2022-Mar-7  Last update: 2023-Jul-1 0 前言 目前已有不少将化学体系中的相互作用以图形化方式展现的方法，如NCI（也称RDG）、aNCI、IGM、aIGM、IRI、ELF、LOL、SCI、价层电子密度，等等，它们各具特点，其中一些已被广为使用。本文将...

使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Feb-28  Last update: 2023-Feb-10 0 前言 波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）有十分丰富的电子激发分析功能，已被量子化学研究者广为使用，在《Multiwfn支持的电子激发分析方...

截止到2022年2月27日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过9000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网...

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序，可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop免费下载。过渡金属配合物体系的拓扑文件在以往是很难产生的一类情况，因为里面牵扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有机分子力场...

2021年度完结动画总评 文/Sobereva  2022-Jan-24 此文对笔者完整看过的2021年度完结的91部全长版TV动画和13部泡面番进行总评，共约21万多字。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中，因为另有文章。此文只有“2022年1月完结”部分是新写的，2021年4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了笔者的blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了...