VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置 文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-1   VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是用得极为广泛的化学体系可视化程序，由于其极度灵活，有很多技巧可以使其用起来更方便。 VMD启动时会先用初始化文件对一些设置进行初始化，即执行里面的各种命令，用户也可以往里添加额外的命令。对于Windows版来说，这个文件...

2019年度完结动画总评 文/Sobereva  2020-Mar-28 此文对笔者完整看过的2019年度完结的82部全长版TV动画和18部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中，因为另有文章。此文只有“2020年1月完结”部分是新写的，4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性，在此文又做了微...

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-26  Last update: 2020-May-2 0 前言 笔者在QQ群里、论坛里答疑时经常看到有计算化学初学者、理论计算外行对gap、HOMO、LUMO的理解存在严重误区，很多错误还存在各种文献中，长期以来以讹传讹，诸如什么“轨道能量差就是激发能”、“循环伏安法能测HOMO能级”等...

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-13 1 前言 非线性拟合在计算化学研究中用得非常多，比如自己用复杂函数拟合力场参数就需要用到。Fortran是科学计算领域用的最多的语言之一，本文就通过一个例子，讲解如何通过Fortran非常容易地实现非线性拟合。 2 非线性拟合方法 做非线性拟合有很多种方法，比如可以用各种...

在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-13  Last update: 2020-May-23 在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》（http://sobereva.com/46）一文中介绍过BSSE问题与counterpoise校正。Counterpoise校正在高精度弱相互作用计算时通常需要考虑。Gaus...

使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-8   Last update: 2020-Mar-10 简介：本文首先对量子化学程序基于簇模型计算表面反应或吸附问题做简单介绍，然后基于ORCA量子化学程序，简单演示如何计算苯分子在Ag(111)表面上的吸附能。本文目的是令读者认识到量子化学程序研究表面问题的可行性，并了解实际...

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-5 1 前言 最近有人问我怎么获得类似下面文献中的图 此图像展示出分子动力学模拟体系中的孔洞区域，或者叫自由区域（free region）也可以，这体现出了盒子里哪些区域没有被原子占据。 之前笔者写过《使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积》（http://so...

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-3 本文简要介绍一下L-BFGS-B局部极小化算法的常识，并通过实例介绍怎么在Fortran中使用这个方法解决实际问题。 1 相关知识 牛顿法是最重要的做多元函数局部极小化的算法之一，BFGS（Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno algorithm）是准牛顿法的一种实现，通过近...

将信息论与密度泛函中的一些概念相结合，在讨论化学问题中已有不少应用，特别是近年来北卡罗来纳大学&湖南师大的刘述斌教授在这方面做了大量工作，通过信息论定义的量（information-theoretic quantities）研究了诸多化学问题，获得了丰硕的成果，陆续发表了几十篇应用性或纯理论文章。之前我写过的介绍文章《用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性》（http://sobereva.com/257）就属于这个范畴。2019年末，刘述斌教授等人还在理论...

使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-2  Last update: 2020-Nov-28 1 BOD和NAdO简介 键级是十分重要的定量考察化学键特征的手段，这在《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》（http://sobereva.com/471）中已经充分介绍过。广义来说，离域化指数...

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-1 1 NEWUOA简介 数学上对多维函数做局部极小化的算法非常多，诸如simplex、BFGS、最陡下降法、共轭梯度法等等。NEWUOA（NEW Unconstrained Optimization Algorithm）是已故的剑桥大学教授Powell于2004年提出的一种不需要导数信息的非约束性局部极小化算法...

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-25 化学体系可视化程序VMD的用户越来越多，经常有人在网上问我怎么在VMD里修改键连关系，这里就专门说一下这个问题。本文内容对应于撰文时最新的VMD正式版1.9.3，对其它版本可能适用也可能不适用。 当VMD载入pdb、xyz等格式的结构文件时，程序就会自动判断连接关系。判断规则和Multiwfn、GaussView等程序类似，...

通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-24 0 前言 福井函数（Fukui function）与双描述符（dual descriptor）是概念密度泛函理论框架下定义的非常流行的用于预测反应位点的方法，笔者之前写过很多相关文章，连同大量相关综述都汇总提供在了这里：《概念密度泛函综述和重要文献合集》（http://bbs.keinsci.com/threa...

懒得在这里再发一遍了，本文直接在计算化学公社论坛看： http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型，搜索治疗武汉肺炎的特效药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象，最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。 后注：鉴于有人在病毒名称上特别敏感，笔者在此进行如下专门澄清，以后不要再试图给笔者发邮件在肺炎的用...

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-1 1 前言 RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法，在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441）中笔者对RESP电荷有非常详细的介绍。RESP电荷的具体数值明显依赖于计算电子波函数用的量子化学方法和基组，以及对溶剂效应的考虑。有不少人...