谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 文/Sobereva@北京科音  2021-Dec-24 0 前言 时常有人在思想家公社QQ群里或计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）里问关于怎么判断分子动力学模拟中体系是否达到平衡的问题，问是不是看温度、势能变化等等信息判断。然而往往提问的人都不说清楚他的体系是什么特征，导致这根本没法回答。实际上，对于不同类型的体系，判断方式有极大的差异。有一点尤其要搞明白...

谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-23  Last update: 2022-Jul-29 0 前言 质子转移、氢转移、氢负离子转移是关系密切相关的三个化学过程，有时候有人问相关的问题。我觉得有必要写一个小文总结一下它们的差异，使读者能分清它们的关系。与此同时笔者还会从量子化学波函数分析角度提及一些相关的问题，给我的一些观点，以...

令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Nov-17 注：本文内容对目前我用过的Gaussian 16 A.03、B.01、C.01都适用，对未来的版本不一定。 Gaussian程序从09版开始默认的收敛限成为了tight，相当于SCF=conver=8关键词设的收敛限，这在所有量子化学程序里几乎是最严的。Gaussian程序从16版开始加...

在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Nov-11  Last update: 2022-Sep-16 1 前言 之前笔者写了大量的将Multiwfn与VMD相结合的文章，比如《使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用》（http://sobereva.com/598）、《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色...

revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择 文/Sobereva@北京科音  2021-Oct-24 1 前言 计算NMR化学位移是量子化学常见而且重要的应用之一，之前笔者也写过一篇文章《谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移》（http://sobereva.com/354）做了相关讨论，不了解这方面计算者强烈建议先看看。《使用Multiwfn绘制NMR谱》（http://sobereva.com/565）...

谈谈第一超极化率(beta)的符号的物理意义 文/Sobereve@北京科音    2021-Oct-22 1 前言 在《理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关》（http://sobereva.com/630）里介绍的笔者的Carbon, 187, 78 (2022) DOI: 10.1016/j.carbon.2021.11.005一文里，体系的两种构型对应的第一超极化率(first hype...

在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Oct-18  Last update: 2022-Jun-11 笔者从十几年前开始就广泛在网上回答计算化学问题，如今在三个计算化学QQ群（思想家公社1、2、3号群）以及一个论坛（计算化学公社http://bbs.keinsci.com）每天都花巨量时间回复问题。愈发感觉如今计算化学新人在提...

截止到2021年9月28日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过8000篇，用户已遍及世界近80个国家。下面是第7001~8000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1lS5pEDp8SN4YGmyOhKdac...

18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-18 1 前言 自从2019年Science, 365, 1299 (2019)报道在凝聚相观测到18个碳组成的环状体系18碳环（cyclo[18]carbon）之后，碳环类体系一直是研究的热点，笔者做了大量研究并发表过一系列工作，汇总见http://sobereva.com/carbon_rin...

使用Multiwfn定量化和图形化考察分子的平面性（planarity） 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-16   Last update: 2021-Oct-15 0 前言 分子的平面性（planarity）是分子的一个很重要的结构特征，有很多问题都和平面性密切相关。对pi共轭体系，由于其平面性明显影响pi电子共轭能力，因此和芳香性、导电性、光学性...

使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-15 0 前言 之前笔者写过一篇《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》http://sobereva.com/539），讲解怎么用Multiwfn计算分子动力学模拟出的盒子里面的自由区域的体积（free volume）、怎么图形化展示自由区域（free region）。最近更新...

电子空间范围<r^2>和电子径向分布函数的含义以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-7  Last update: 2021-Sep-8 0 前言 偶尔有人问我Gaussian程序算完了之后，输出文件中Electronic spatial extent (au):  <R**2>后面的值是什么意思...

Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！ 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-31 近日，深圳湾实验室的张鋆和北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）的卢天共同发表的名为Efficient Evaluation of Electrostatic Potential with Computerized Optimized Code的文章刊登于P...

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-30 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）已经被计算化学研究者使用得非常普遍。虽然Multiwfn通常是以交互式方式使用，一次分析一个体系，但在Multiwfn手册5.2、5.3节也已经明确写明了怎么通过命令行方式使用、怎么通过脚本一次算一批体系，我...

显著改进SMD溶剂模型描述Br和I元素精度的溶剂模型SMD18的介绍 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-23 之前笔者在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://sobereva.com/327）中专门说过SMD溶剂模型，这是现阶段最适合算溶剂环境下体系能量的隐式溶剂模型。SMD模型需要通过原子球叠加来构建溶质的孔洞用于算溶剂-溶质相互作用的静电部分，定义原子球需要原子半径。在SMD原文里，仅对H、...