使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径

使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径 Using Multiwfn to calculate cavity in molecule and crystal 文/Sobereva@北京科音   2022-Jun-30 0 前言 化学研究中经常涉及到孔洞尺寸的问题,这和分子吸附、化学物质分离、分子识别等很多问题有关。Multiwfn有展现化学体系孔洞并计算其体积的功能,见《使用Multiwfn图形化展...

2022年上半年观看的非TV版动画简评

2022年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jun-30 这里对我从2022年1月1日开始截止到2022年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 天空色的多功能杆 类型:不明 长度:14m30s 此作内容是三个美少女打高尔夫的故事,其中两个是...

使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化

使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化 Using concvar program to solve the change of concentration of substances with time in complex chemical reactions 文/Sobereva@北京科音  (非正式版) 1 前言 最近有人在计算化学公社论坛问“请问常温下像是如下述两条路径的反应,哪个更...

谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势”

谈谈怎么计算化学体系中“原子的静电势” On the calculation of "electrostatic potential of atoms" in chemical systems 文/Sobereva@北京科音   2022-May-29 0 前言 在网上经常有人问我怎么计算原子的静电势。“原子的静电势”是一个非常含糊不明的词。静电势是一个三维函数,空间中不同的点有不同的数值,显然静电势不是对...

深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性

注:对18碳环另一种重要衍生物C18-Br6的理论研究工作介绍见《不寻常的环[18]碳前驱体C18Br6的电子结构和芳香性》(http://sobereva.com/664)。 深入揭示18碳环的重要衍生物C18-(CO)n的电子结构和光学特性 Deeply revealing the electronic structure and optical properties of C18-(CO)n, an important derivat...

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图

基于原子电荷极快速绘制超大体系的分子表面静电势图 Extremely fast plotting molecular surface electrostatic potential map of very large systems based on atomic charges 文/Sobereva@北京科音   2022-Apr-13 0 前言 笔者之前写过很多和分子表面静电势分析相关的文章,汇总见ht...

使用了Multiwfn发表的第8001~9000篇文章打包下载

截止到2022年2月27日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过9000篇,用户已遍及世界80多个国家。下面是第8001~9000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了几篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 阿里网盘(速度很快):https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网...

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 Using Sobtop to create GROMACS topology file for ferrocene super conveniently 文/Sobereva@北京科音   2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://soberev...

2021年度完结动画总评

2021年度完结动画总评 文/Sobereva  2022-Jan-24 此文对笔者完整看过的2021年度完结的91部全长版TV动画和13部泡面番进行总评,共约21万多字。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中,因为另有文章。此文只有“2022年1月完结”部分是新写的,2021年4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了笔者的blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了...

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因

谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 On the reasons why ligand detaches during molecular dynamics simulation of protein-ligand complex 文/Sobereva@北京科音   2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得...

2021年10月完结动画简评

2021年10月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jan-5 本文是笔者完整观看过的2021年10月完结的17部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-23924-1-1.html里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者过于低幼),要么...