使用Multiwfn计算分子的球形度（sphericity）

使用Multiwfn计算分子的球形度（sphericity） Calculating sphericity of molecules using Multiwfn 文/Sobereva@北京科音  2023-Mar-21 最近有人在计算化学公社论坛发帖问有没有办法度量一个分子的“球形度”，正好笔者开发的功能全面的波函数分析程序Multiwfn有现成的功能，这里就写个小文介绍一下，并以度量正戊烷和新戊烷的球形度差异作为例子。Mu...

sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具

sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具 sobNEB: A convenient tool of generating interpolation points for NEB task of CP2K 文/Sobereva@北京科音  2023-Feb-28 1 介绍 CP2K有很好用的NEB功能可以得到反应路径，靠CI-NEB还可以同时得到过渡态结构，用法在北京科音CP2K第一性原理计算培训班（h...

sobeig：计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序

sobeig：计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序 sobeig: a convenient utility for calculating matrix eigenvalues and eigenvector 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-28 自己写程序求解矩阵的本征值和本征矢极其简单。但有时候需要对给定的矩阵随手求一下本征值和本征矢，一般的计算器程序又没有这个功能，往往又懒得写或来不及现写个...

使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序：MfakeG

使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序：MfakeG MfakeG: A tool that enables vibration modes calculated by CP2K to be viewed with GaussView 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-22 GaussView在观看振动模式方面非常好用，可以方便地显示振动矢量，播放和保存振动动画，还可以沿特定的...

谈谈记录化学体系结构的mol2文件

谈谈记录化学体系结构的mol2文件 Introduction to the mol2 format for recording chemical structures 文/Sobereva@北京科音  2022-Dec-31 1 mol2文件简介 mol2文件是计算化学领域非常常用的记录分子结构的格式，被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的...

使用了Multiwfn发表的第10001~11000篇文章打包下载

下面是第10001~11000篇使用了笔者开发的功能非常全面而且在世界范围流行的Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1wMV6YQIKQT1V0o...

淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈

淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈 文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13 1 前言 五年前我曾写过《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），当时购买的双路XEON 2696v3 36核机子笔者一直在用，但在如今性能已经比较过时了，特别是跑大体系长时间的AIMD很吃力。于是在...

在VMD中使用GaussView的元素着色的方法

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在VMD中使用GaussView的元素着色的方法 Using GaussView element coloring scheme in VMD 文/Sobereva@北京科音   2022-Sep-16 GaussView的元素配色总体上来说不错，而且对所有元素都定义了唯一的颜色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色，如下所示 ...

2022年7月完结动画简评

2022年7月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Aug-9 本文是笔者完整观看过的2022年7月完结的24部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（2022年4月开播的番的扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-28829-1-1.html里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖...

使用了Multiwfn发表的第9001~10000篇文章打包下载

截止到2022年7月26日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过10000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第9001~10000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：https://p...

使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱

使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱 Simulating UV-Vis absorption spectrum in specific directions using Multiwfn 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Jul-8   Last update: 2024-May-14 0 前言 通过量子化学或第一性原理计算，得到理论...

2022年4月完结动画简评

2022年4月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jul-8 本文是笔者完整观看过的2022年4月完结的12部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-27347-1-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低幼...
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