[置顶] 欢迎参加第四届北京科音分子动力学与GROMACS培训班(2019年1月10~13日,北京)

本次培训的详情和报名方式见 http://www.keinsci.com/workshop/4KGMX/ 北京科音自然科学研究中心(www.keinsci.com)连同北京科韵科技发展中心将于2019年1月10日至13日于北京开办“第四届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”。详情如下,欢迎大家积极报名并相互告知。 培训简介 分子动力学方法自诞生至今已有半个世纪的历史,是分子模拟技术的关键组成,如今在溶液、生物大分子、聚合物、无机材料、...

为什么我极度鄙视和厌恶百毒

为什么我极度鄙视和厌恶百毒 文/Sobereva   2018-Dec-3 我对百毒的鄙视和厌恶由来已久,早就想写此文,但一直没空。正好昨天有个人在我的一个两千多人的专业的科研群里大肆鼓吹使用百毒、百毒学术、百毒文库,结果被笔者和群友一通批判。我对百毒真是不吐不快,借此机会我把此文写出来,使他人能全面了解笔者对百毒的态度。本文仅代表我现阶段的看法和我撰文时的情况。 有人竟以为我不了解百毒,还说我对百毒的态度不客观,怎么...

用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)

注:本文的操作配有演示视频,请注意观看,见https://www.bilibili.com/video/av37101659/ 用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Nov-30 之前笔者在《使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图》(http://sobereva.com/447,含演示视频)中演示了如何利用Multiwfn结合VMD非常简单快速地绘制...

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览 文/Sobereva@北京科音  2018-Nov-14 电子激发的研究是量子化学最重要的研究领域之一。波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)在表征、分析电子激发问题方面有非常强大的功能,不仅支持几乎所有文献里提出的这方面的分析方法,还包含诸多独创的实用研究方法,可以把电子激发问题一览无余地进行透彻研究。本文把Multiwfn可以做的所有和电子激...

使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征(含视频)

本文的实例操作部分有视频演示,见:https://www.bilibili.com/video/av35812201/ 使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征 文/Sobereva @北京科音  2018-Nov-12 0 前言 跃迁矩阵(transition density)是一个泛称,表示各种蕴含了电子跃迁特征信息的矩阵。其中最常被研究的是跃迁密度矩阵(transition den...

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用 文/Sobereva@北京科音  2018-Nov-11 摘要:本文非常简要地介绍一下对非限制性开壳层波函数的alpha和beta轨道之间做双正交化的方法,并且以三重态乙醇为例介绍如何在Multiwfn中实现,使得其alpha和beta轨道最大程度匹配,从而便于讨论轨道。本文说的Multiwfn及其手册是2018-Nov-11更新的3.6(dev)版,不要用更老的版本。 1 相...

使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频)

注1:本文配有演示视频,请认真观看,见https://www.bilibili.com/video/av34024335/ 注2:在本文的基础上,通过修改材质和恰当使用Tachyon渲染器,可以得到效果远胜于本文的轨道等值面图,务必在看过本文后一看:http://sobereva.com/449 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图 文/Sobereva@北京科音  2018-Oct-17 1...

2018年10月完结动画简评

2018年10月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Oct-16 本文是笔者完整观看过的2018年10月完结的24部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

注:本文有配套演示视频,强烈建议一看,见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-13  Last update: 2018-Oct-19 1 前言 静电势对于考察分子间静电相互作用、...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频)

注:本文有对应的视频演示,见:https://www.bilibili.com/video/av33724816/ 使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图 文/Sobereva @北京科音  2018-Oct-13 1 前言 AIM(Atoms-In-Molecules)是Bader发展的极其知名、重要的考察电子结构的一套方法,相关信息见《AIM学习资料和重要文献合集》(http:...

计算化学购机配置推荐

计算化学购机配置推荐 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-8  Last update: 2018-Oct-22 0 前言 经常有人问买机子做计算化学计算该用什么配置,这要根据预算、主要用的程序、主要做的任务类型、算的体系大小、对购买渠道有无限制等很多因素综合考虑。这里,笔者根据不同预算档次,给出相应预算下目前天朝能买到的性价比最高的配置。这些配置对常规的量子化学、第一...

使用了Multiwfn发表的第2002~3000篇文章打包下载

这个是截止到2018年10月2日,第2002~3001篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:https://pan.baidu.com/s/1DuFJQxax1MxTxO9MQjLBaQ 这是此文件包里所有文件的列表http://sobereva.com/attach/438/list.txt 由于本文件包里绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候我就下载的,所以文档中大多没有页码、卷号,大家只要到google学术搜索里...

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Sep-19  Last update: 2018-Sep-21   摘要:本文介绍量子化学波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中的基于分子力场的能量分解的原理和使用。此方法耗时极低,结果物理意义明确,不仅在一些场合可以替代较昂贵的...

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-13 摘要:本文介绍在分子动力学领域非常常用的拟合静电势电荷和Kollmann提出的RESP型拟合静电势电荷的原理和思想,并介绍Multiwfn程序中十分强大、灵活的RESP电荷计算模块,演示如何通过此模块计算标准的RESP电荷以及考虑了各种自定义约束时的拟合静电势电荷。仔细阅读本文后,读者会充分感受到Multiwfn是计算RES...

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在计算化学公社论坛有人问(http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html),怎么自动产生一大批带有指定基团的取代苯,他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基团以随机方式组合接到苯上面。我认为最简单的实现方式莫过于自己写个小程序产生各种取代苯...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

注:笔者在写这篇文章的时候,已经尽本人最大努力考虑到最初级的计算化学工作者理解能力的最底线,请睁大眼睛万分仔细一个字一个字过脑子地阅读本文5遍以上,只要理解能力正常的人100%能装上!如果还装不上,那么友情建议你及早改行成和计算模拟完全无关的领域,肯定能获得比搞计算化学更大的成果(也不要指望看网上其它文章就能装上,因为本文已经是网上关于装Gaussian的文章当中最详细的了)。   Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 文...