[置顶] 第三届北京科音分子动力学与GROMACS培训班的预告

第三届北京科音分子动力学与GROMACS培训班预计于2018年2月1日~4日于北京举办,是学习分子动力学方法和GROMACS程序使用最佳途径,报名预计于12月20日开始,敬请关注。最新动态会在北京科音自然科学研究中心官网http://www.keinsci.com上体现。往届回顾可进入官网中的“科研培训”栏目查看,往届培训通知可以进入官网中的“新闻动态”栏目查看。

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试 文/Sobereva  2017-Dec-5 1 前言 本文的目的是通过几种主流量子化学程序的实测数据,说明量子化学计算用的机子有没有必要用大内存,有没有必要用高速硬盘,这俩问题是购买服务器的人很关注的问题。经常有人认为内存容量只要让计算得以进行就够了,加大内存对提升速度并没用处,本文也通过测试看看是否是这么回事。 本文测试用的机子是双路XEON E5-2696v3(2*18=36个物理核心),主板...

使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量

使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量 文/Sobereva  2017-Dec-2 1 前言 跃迁偶极矩是讨论电子激发最关键的量之一。跃迁偶极矩大,振子强度才可能大,对应的吸收/发射才可能比较强,这些基本知识在此帖都有介绍:《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》(http://sobereva.com/314)。量化程序给的是整个分子的跃迁偶极矩,但是我们往往想考察体系中不同部分对跃迁偶极矩的贡献...

在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法

在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法 文/Sobereva  2017-Nov-28 1 前言 Gaussian程序能产生的最高级别的波函数是CCSD,虽然这已经非常精确了,比如在Science, 355, 49 (2017)中作者以CCSD密度为金标准,考察了不同泛函对电子密度的重现性,但是有时候由于特殊原因,就是希望在更高级别下做波函数分析。例如在J. Chem. Theory Comput., 13, 4753 (2017)中...

收到给宽叔的《薄暮》动画募捐的礼品

收到给宽叔的《薄暮》动画募捐的礼品 文/Sobereva 2017-Oct-23 之前听闻宽叔自己要制作《薄暮》剧场版动画,展开集资。一度情况比较严峻,离截止日不远了集资才达到目标金额一半多。于是宽叔开始对天朝开放募捐渠道,但是只支持paypal。想到自己paypal还有笔闲钱,amazon也不支持paypal支付而没什么用处,提现又有点麻烦,就决定捐给这部动画一部分,总共捐了38000多日元。今日刚刚收到了捐款的礼物。 我是蛮支持宽叔...

2017年10月完结动画简评

2017年10月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Oct-12 本文是笔者完整观看过的2017年10月完结的27部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 评分区间是90~95分(低于90分根本不追,超过95的则...

正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响

正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响 文/Sobereva 2017-Oct-8 1 乱谈超线程(HT)技术 无数年前就经常看有人在一些讨论计算化学的地方鼓吹要在BIOS里关闭超线程(HT)技术,说是会严重降低性能。虽然我总在不断辟谣,避免很多人被以讹传讹干出关闭HT这样的傻事情,但是鼓吹关闭HT的言论依然时不时会冒出来。被误导的人基本都是对HT缺乏最基本的认识,把CPU制造商的好心当驴肝肺。诸如最近有个人,貌似是看到关了HT的时候在任务管理器里看到...

自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法

自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法 文/Sobereva 2017-Oct-6 之前笔者在《谈谈谐振频率校正因子》(http://sobereva.com/221)中已经详细介绍了量子化学中用的频率校正因子的类型、用法,在《基频频率校正因子实际效果测试》(http://sobereva.com/390)中也通过实例展现了频率校正因子的价值。给出频率校正因子的文献和网址甚多,在http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr...

基频频率校正因子实际效果测试

基频频率校正因子实际效果测试 文/Sobereva  2017-Oct-5 之前写过一篇《谈谈谐振频率校正因子》(http://sobereva.com/221)专门介绍了量化计算中频率校正因子的原理、类型和正确的使用方式。在本文中,将通过一系列五花八门的双原子分子的频率计算结果和实验数据的对比,来让读者更好地了解频率校正因子以及非谐振计算的效果。本文不打算做系统性、大规模、严谨的全面测试,能以小见大就够了。 本文选取的一系列分子来自http://cccbdb...

使用了Multiwfn发表的第1011~2001篇文章打包下载

这个是截止到2017年9月14日,第1011~2001篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:http://pan.baidu.com/s/1pLcB1FX 在Multiwfn主页(http://sobereva.com/multiwfn)有这些文章的汇总列表和链接。由于绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候就下载的,所以文档中一般没有页码、卷号,大家只要到google学术搜索里搜索标题一般就能找到文章最终版链接。这些文章可以当做Multiwfn...

盘点Grimme迄今对理论化学的贡献

盘点Grimme迄今对理论化学的贡献 文/Sobereva  2017-Sep-3 要说理论、计算化学界目前最火的人是谁,如果说是Stefan Grimme教授,恐怕不会招来太多异议(虽然Truhlar、Neese等也很火)。1963年生于德国的Grimme在近十几年来,对理论计算化学界的贡献极大,硕果累累,不仅功底深厚而且精力旺盛。近年来其文章产量极高,平均一年30篇,文章列表见其课题组主页:https://www.chemie.uni-bonn.de/pct...

浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组

浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组 文/Sobereva   2017-Aug-26 量化计算中有两个常识,大部分人想必都知道 (1)优化和振动分析必须在相同级别下进行 (2)在高耗时的优化+振动分析时用中小基组,而只在随后的单点能计算时才用大基组,这样做比起所有过程都用大基组耗时大为降低而精度降低不多 其中(1)的原因很好解释,因为如果振动分析用的级别(包括各种影响势能面的因素,如积分格点精度、溶剂模型等)与几何优化时不同,相当于振动...

2017年7月完结动画简评

2017年7月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Jul-15 本文是笔者完整观看过的2017年7月完结的23部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。《sin七大罪》由于据说要到7月底才播放最后一话,所以留到10月...

2017年上半年优秀动画音乐推荐

2017年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2017-Jul-14 这是第6次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,之前的见 《2016年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/360) 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/318) 《2015年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/299) 《2014年下半年优秀动画音乐推荐》(htt...

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱 文/Sobereva First release: 2017-Jun-23  Last update: 2017-Aug-14 1 前言 众所周知,柔性分子有大量构象,并且其中许多低能的构象在当前研究的温度下都是有不可忽略的分布比例的,热平衡状态时它们的比例通常使用Boltzmann...