谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?” 文/Sobereva @北京科音   2018-Apr-21 0 前言 笔者经常被问及的一个问题就是“我要计算xxx,是否需要加DFT-D色散校正?”。关于DFT-D,在以下博文里已经有充分的介绍: 乱谈DFT-D http://sobereva.com/83 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 大体系弱相互作用计算的解决之...

2018年4月完结动画简评

2018年4月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是笔者完整观看过的2018年4月完结的19部全长或半长TV版动画和3部泡面番的简评。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 通常评分区间是90~95分(低于90分一般不追,超过95的则是神作水准,极度罕见),不了解此系列文章评分传统的勿试图吐槽这点。评分依据...

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-15 0 前言 本文会简要介绍旋轨耦合矩阵元的基本知识和计算原理,然后介绍怎么使用Gaussian结合完全开源免费的PySOC程序在研究激发态最常用的TDDFT方法下计算各个单-三重态之间的旋轨耦合矩阵元。其实PySOC使用起来一点也不难,希望看过此文的Gaussian用户不会出现就为了计算旋轨耦合矩阵元而去买昂贵的ADF程序的情况...

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本 文/Sobereva  2018-Mar-7 在计算化学公社论坛上有人问下图这种把距离较近的分子质心连线的图怎么绘制 其实这种问题用VMD的tcl脚本非常容易实现,下面是笔者写的绘制这种图的tcl脚本,20多行就实现了。可见VMD脚本稍微会一点就能解决很大问题。 draw delete all draw color orange set nres [llength [lsort -uniqu...

root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法

root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法 文/Sobereva   2018-Mar-4 OpenMPI从2.0开始有个变态要求,即如果用户是root,则通过mpirun来并行运行程序时,会提示 mpirun has detected an attempt to run as root. Running at root is *strongly* discouraged as any mistake (...

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积 文/Sobereva @北京科音  2018-Feb-28 1 前言 前些天有个人在思想家公社群里问这种图怎么绘制,怎么计算孔洞体积 其实有很多程序和在线服务器都是专门用来显示孔洞、口袋并计算其体积的,但是这些程序绝大部分都是给生物分子用的,而对于小分子体系,要么完全不适用要么不好用。而利用十分灵活的Multiwfn,可以很容易地显示出分子孔洞并计算其体积。为了实现这个目的时更方便,笔...

通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用 文/Sobereva @北京科音  2018-Apr-5 0 前言 早在2010年,笔者写了一篇《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68),文中详细介绍了杨伟涛等人通过约化密度梯度(RDG)图形化考察弱相互作用的方法以及在Multiwfn中的实现。这种分析方法在文献中也常被叫做NCI(Noncovalent interaction)...

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶剂模型分两大类,显式溶剂模型、隐式溶剂模型。在量子化学研究中,一般为了省事、方便以及为了考虑溶剂平均效应而用隐式溶剂模型,但是有时候溶剂效应没法靠连续介质的考虑方式描述,非得用显式溶剂模型不可。有些情况只需要很少的显式溶剂即可,比如水催化的反应,只需要把参与反应的水分子纳入体系即可。但研究许多问题的时候,显式溶剂放在哪、怎么放,哪些位置的显式溶...

2017年下半年优秀动画音乐推荐

2017年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jan-10 这是第7次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,之前的见 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/385) 《2016年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/360) 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/318) 《2015年上半年优秀...

在Gaussian中做限制性优化的方法

在Gaussian中做限制性优化的方法 文/Sobereva @北京科音   2018-Jan-9 0 前言 量化计算时一般做的几何优化叫做全优化(full optimization),与之相对的叫做限制性优化,即优化时冻结某些变量来实现特殊目的。经常有人在网上问Gaussian里怎么做限制性优化,每次都回复很麻烦,在本文就统一说一下。本文内容至少适用于Gaussian 09/16。 对于有解析导数的方法,限制性优化并不会减低计算量,因为不...

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例 文/Sobereva  2018-Jan-8 0 前言 在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)和Multiwfn手册第四章开头都说过,对于Gaussian用户,如果要在Multiwfn中分析后HF波函数或者TDDFT激发态波函数,需要产生相应级别的自然轨道并让Multiwfn载入。自然轨道...

基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法

基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法 文/Sobereva  2018-Jan-6 0 前言 填色等值面图是一种重要的描述三维实空间函数分布特征的方法,最常见的就是分子表面静电势填色图,就是将静电势这个函数在电子密度等值面上各个位置的数值大小通过颜色表现出来。这种图笔者之前专门说过怎么绘制,见 使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 http://sobereva.com/19...

2017年度完结动画总评

2017年度完结动画总评 文/Sobereva  2018-Jan-5 此文对笔者完整看过的2017年度完结的89部全长版TV动画和17部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2018年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评见: 2016年度完...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-4 0 前言 IRC是量子化学研究化学反应的重要概念,它是质权坐标下连接势能面相邻两个极小点的能量最低路径,描述了化学过程在不考虑热运动因素下最理想的结构变化轨迹,对于讨论微观化学过程至关重要,而且也是验证过渡态找没找对的最决定性的方法。在无数年前笔者写的《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》(http://sobereva.com/44)中有很多...

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法 文/Sobereva  2017-Dec-17 杨伟涛等人2010年在JACS提出的用于分析弱相互作用的RDG方法(文献中普遍叫NCI方法)已被广泛用于考察各种分子间/分子内弱相互作用了,笔者也写过不少相关文章,不了解此方法的务必先看《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68)、《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://soberev...