[置顶] 第五届北京科音基础量子化学培训班的通知(2018年7月10日~15日,北京)

北京科音自然科学研究中心连同北京科韵科技发展中心,将于2018年7月10日~15日于北京冠京饭店举办“第五届北京科音基础量子化学培训班”。报名现已开始,培训详情和报名方式请点击http://www.keinsci.com/workshop/5KBQC查看。人数有限,报满即止。欢迎积极报名并互相转告。 本培训涉及主题非常广泛,信息量巨大,开办目的是使已经具备了基...

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-10 0 前言 经常有人问怎么计算分子的长宽高,之前笔者在《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》(http://sobereva.com/190)一文中也曾讨论分子的长宽高怎么算,但那个博文用的蒽的例子过于简单,而实际分子形状往往比较复杂,而且结构文件里的分子的朝向可能歪斜着,没法直接用那篇博文里的做法。2018...

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-3 0 前言 在图像中表现原子电荷分布、原子自旋布居的时候通常都是将数值标在原子上面,但当原子很多的时候,就会导致图像上的数字密密麻麻,难以辨认,而且也不好直观去考察。有一种做法可以解决这个问题,就是通过原子的颜色来表现其原子电荷、自旋布居等属性的正负和大小,这样非常直观。...

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响 文/Sobereva @北京科音  2018-Jun-1 经常有量子化学初学者问诸如这种问题:怎么计算特定温度/压力下体系的结构、重水和轻水的结构有什么区别。每次回复都比较麻烦,索性写一个小文章专门谈一下温度、压力、同位素设定会对哪些常见的量子化学问题计算结果产生影响、对哪些完全没有影响。为讨论方便,这里假定用户用的是Gaussian,其可以通过pressure、temperat...

2018年(第八届)传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像

图比较多,请耐心等待加载... 2018年(第八届)传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像 图+文+视频/Sobereva  2018-Jun-1 第八届传媒大学春日舞台祭于2018年5月13日于帝都的传媒大学举办。这已经是笔者第三次参加传媒大学春日舞台祭了。前两次都给我留下了深刻印象,演出真的十分良心,诚意满满,整体水准很高,所以这次自不必说也参加了。这次果然也没令我失望,保持了一贯的高质量,内容也是说、唱、跳、演都有,是综合性...

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 文/Sobereva @北京科音  2018-May-31   1 前言 在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/421)中笔者介绍了Gaussian的external功能的使用,以及如何利用这个功能,借用xtb程序产生的能量、受力、Hessian来进行过渡态搜索...

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析  文/Sobereva @北京科音  2018-May-29 0 前言 在《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》(http://sobereva.com/388)一文中笔者曾简单提到GFN-xTB方法,说白了就是类似于DFTB那种半经验意味的DFT,精度不错普适性也好,对与之耗时相仿佛的半经验方法和DFTB带来了极大的冲击。Grim...

2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计

2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计 文/Sobereva @北京科音  2018-May-27 在2018年4月16号,在著名的计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的“你最常用的量子化学程序投票”(http://bbs.keinsci.com/thread-9713-1-1.html)和“你最常用的DFT泛函投票”(http://bbs.keinsci....

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法 文/Sobereva @北京科音  2018-May-26 在2011年,J. Chem. Theory Comput., 7, 112-120中,几个非Gn系列方法的官方人员提出了G4(MP2)-6X热力学组合方法,号称耗时与G4(MP2)相仿佛,而精度很接近昂贵得多的G4。其相对于G4(MP2)最主要变化是把MP2换成了SCS-MP2,把CCSD(T)的CCSD和(T)部分的相...

利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系

利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系 文/Sobereva @北京科音  2018-May-26 0 前言 波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的很多分析,比如计算分子轨道中某些原子轨道所占成分(见《谈谈轨道成份的计算方法》http://sobereva.com/131)、绘制PDOS图(见Multiwfn手册4.10节的例子)等等都需要在理解基函数与原子轨道的...

在大阪拍的“百合展2018”照片

PS: 本文图非常多,20多MB,请非常耐心等待加载... 在大阪拍的“百合展2018”照片 摄影/Chris  文/Sobereva  2018-May-14 之前看到一个百合展预告http://acg.178.com/201803/315211303529.html,在四月份大阪有个“百合展2018”,而且有很多知名作家会参展。虽然Sobereva非常想去,但由于诸事繁忙,抽身不得,于是托正巧要在日本一游的人去百合展把照片都拍了回来...

2018.4在大阪所购的二次元物品

PS: 本文图非常多,20MB左右,请非常耐心等待加载... 2018.4在大阪所购的二次元物品 文/Sobereva  2018-May-14 2018年4月托人去了趟大阪的百合展,展会照片见http://sobereva.com/417,在展会上搜刮了大量周边,在旁边的偶像大师灰姑娘女孩主题咖啡厅也搞了点限定周边。之后托人也顺便在animate购入不少物资,在这里展示一下。 百合展的宣传单 百合展限定T恤,耻度略大,据...

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题 文/Sobereva @北京科音  2018-May-2 量子化学研究者经常会用一种做法,即计算一种问题用A泛函,计算另一种问题则切换为B泛函。笔者在线上和线下答疑的时候,都常看到有人不恰当地切换泛函,故此文专门说说这个问题。 一定要明白,如果你要切换泛函,必须必须必须有非常正当的理由。一般有这三种正当理由: (1) A泛函和B泛函适用的问题不同,因此在计算不同问题时用不同泛函。什么问题适合...

谈谈原子间是否成键的判断问题

谈谈原子间是否成键的判断问题 文/Sobereva @北京科音  2018-Apr-27 0 前言 经常有人在网上问类似这种问题:“我优化出的结构,在gview里怎么显示A原子和B原子没有成键啊,应该成键才对啊,我是不是算错啦?”这种问题每次都解释一遍比较麻烦,遂写此文专门谈一谈。 如果对于化学体系中的相互作用类型缺乏基本的了解,建议看一下《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?》(http://soberev...

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?” 文/Sobereva @北京科音   2018-Apr-21 0 前言 笔者经常被问及的一个问题就是“我要计算xxx,是否需要加DFT-D色散校正?”。关于DFT-D,在以下博文里已经有充分的介绍: 乱谈DFT-D http://sobereva.com/83 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 大体系弱相互作用计算的解决之...

2018年4月完结动画简评

2018年4月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是笔者完整观看过的2018年4月完结的19部全长或半长TV版动画和3部泡面番的简评。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 通常评分区间是90~95分(低于90分一般不追,超过95的则是神作水准,极度罕见),不了解此系列文章评分传统的勿试图吐槽这点。评分依据...