使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱

使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱 文/Sobereva  2017-Jun-23 1 前言 众所周知,柔性分子有大量构象,并且其中许多低能的构象在当前研究的温度下都是有不可忽略的分布比例的,热平衡状态时它们的比例通常使用Boltzmann公式基于高精度计算的各个构象的相对自由能来计算,见《根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例》(http://sobereva.com/165)。 不同构象的光谱往往是不同的,甚至有定性差异,特...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子(2017年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2016年影响因子(2017年公布) 文/Sobereva   2017-Jun-19 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2017年6月公布的2016年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2016年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期刊是按照IF来排序的。 IF计算公式:...

计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的

计算化学键键能时考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的 文/Sobereva  2017-Jun-4 1 前言 BSSE在很早以前写的《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》(http://sobereva.com/46)中已经介绍过了。也正如文中提到的以及在无数文献中大家看到的,考虑BSSE影响的场合几乎都是在计算弱相互作用的时候。虽然BSSE可以说无处不在,只要使用原子中心基组时就必定有BSSE效应,但实际上,通过整体减片段能量来得到化学键...

Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比

Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比 文/Sobereva  2017-Jun-5 摘要:本文首先介绍分子轨道定域化的含义,然后介绍在Multiwfn中使用流行的Pipek-Mezey方法做轨道定域化的基本步骤。然后通过5个例子,讲解如何基于定域化分子轨道讨论、分析体系的电子结构,并且与流行的AdNDP方法和NBO方法进行对比。本文的实例体现出Pipek-Mezey轨道定域化的重要应用价值,也鲜明反映出NBO...

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换

详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换 文/Sobereva First release: 2017-May-31  Last update: 2017-Jun-22 0 前言 虽然在Multiwfn入门贴《Multiwfn入门tips》(http://sobereva.com/167)、Multiwfn手册2.5节中已经讲过应该怎么选择合适的Multiwfn输入文件,但还是有一些...

各种后HF方法精度简单横测

各种后HF方法精度简单横测 文/Sobereva  2017-May-29 1 前言 此文对现有的五花八门的后HF方法做一个集中横测。限于时间精力,测试很粗糙、很不系统,任务非常简单,但结论还是有一定普遍意义的。测试任务有四: (1)CO在cc-pVDZ下的相关能。以CCSDTQ结果作为参考标准衡量其它方法对相关能的考虑。之所以用这么小基组是因为哪怕再大一点,用CCSDTQ都会很吃力。 (2)CNH在cc-pVTZ的相关能。以CCSDT(2)Q的结果...

使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析

使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析 文/Sobereva  2017-May-26 1 前言 以前专门写过一篇文章介绍NTO的原理和用处,见《跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介》(http://sobereva.com/91)。NTO非常流行,已被Gaussian、ORCA、Q-Chem等诸多量化程序直接支持。2017-May-26及之后更新的Multiwfn程序中也支持了NTO分析。使用Mul...

2017传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像

PS:本文图片超级多,150多张,30多兆,请耐心缓冲。用移动流量的慎入。 PS:2016年的春日舞台祭的记录见《传媒大学第七届春日舞台祭杂谈和照片》(http://sobereva.com/329)   2017年传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像 文&摄影/Sobereva  2017-May-22 2017年中国传媒大学Try动漫社办的春日舞台祭于5月14日于传媒大学的1500人报告厅举行,此活动每年都差不多是这个时候办,内容包...

第十八届中国国际模型博览会的照片 Part2

提示:本文图片极多,一百多张,20多兆,请耐心等待缓冲完毕。另外一百多张图在本文Part 1部分,见http://sobereva.com/374 第十八届中国国际模型博览会的照片 Part2 文/摄影 Sobereva  2017-Apr-25 我颇喜欢舰娘里的俾斯麦 辽宁号 我超喜欢的大和号 中间这坦克的纹理我很喜欢,有数码感 演示3D打印 展厅外头的一部车,我挺喜欢 ...

第十八届中国国际模型博览会的照片 Part1

提示:本文图片极多,一百多张,20多兆,请耐心等待缓冲完毕。另外一百多张图在本文Part 2部分,见http://sobereva.com/375 第十八届中国国际模型博览会的照片 Part1 文/摄影 Sobereva  2017-Apr-25 第十八届中国国际模型博览会于2017年4月21日~23日在北京展览馆举办,洒家去了第一天,由于是周五工作日,人不算太多,估计主要是商务上的合作洽谈。本展主要是航模、车模、船模、无人机等,还有各种人物模型(主要是欧美、军...

谈谈赝势基组的选用

谈谈赝势基组的选用 文/Sobereva First release: 2017-Apr-18   Last update: 2017-Apr-19 1 前言 “算xxx元素该用什么赝势基组”是网上最常问的问题之一。本文说说该怎么选用赝势基组。看本文之前一定要非常仔细看《谈谈量子化学中基组的选择》(http://sobereva.com/336),本文假定读者已经充分...

Molcas的计算双原子分子光谱常数的模块vibrot使用简介

Molcas的计算双原子分子光谱常数的模块vibrot使用简介 文/Sobereva  2017-Apr-17 计算双原子分子的转动-振动谱涉及的光谱常数是量子化学研究双原子分子体系常涉及的。Molcas程序自带了一个不错的vibrot模块,专门用来计算这些量,使用时只需要直接提供离散的势能面扫描的数据即可,完全不依赖于Molcas的其它模块。另外它还可以计算其它信息,包括振动波函数、转-振态间的跃迁性质、温度平均下的可观测量(需要提供事先算好的不同键长时对应的...

使用Multiwfn考察轨道间重叠程度和质心距离

使用Multiwfn考察轨道间重叠程度和质心距离 文/Sobereva   2017-Apr-16 很早以前版本的Multiwfn的主功能100里的子功能11(简写为100-11)就能计算轨道间重叠程度。前一阵子有人问怎么衡量轨道间距离,虽然直接用Multiwfn的格点数据处理功能可以算,但是步骤略繁琐,笔者遂对100-11功能进行了扩展,现可以计算轨道间重叠程度、轨道质心位置和轨道间质心距离,原理和用法在此文简单说一下。这个功能对于分析很多问题比较有...

写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题

写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题 文/Sobereva  2017-Apr-15 写文章时恰当引用是非常重要的,这不仅是学术严谨性、对读者负责的体现,也是对原作者的尊重。如今,文章被他引的数目是衡量一个科研人员功绩最重要的指标之一,重要性远远大于文章篇数和IF加和(Google学术搜索、ResearchGate等站点的科研人员个人档案也都着重体现被引次数而不体现IF),因此只有当某个人的成果以正确的方式被引用,此引用才容易被有效地记入他的总...

用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化

用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化 文/Sobereva   2017-Apr-13 今天在思想家公社1群里有人问这种图里面的能量怎么得到 可以通过做价键计算来得到,但是比较麻烦。一种简单粗略的得到方法是用NBO。 用过NBO的人都知道,NBO分析可以直接给出NAO和NBO的能量。比如计算甲烷,有这样的输出    NAO  Atom  No  lang   T...