实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题

实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Sep-10  Last update: 2021-Jan-4 笔者在网上答疑时,经常有人问类似于“实验测定的分子结构,做量子化学计算时还需要优化么?”这种问题。我觉得值得写一篇文章将实验测定分子结构的原理科普一下,并顺带谈谈相关问题。搞懂了测定原理、测定时的环境和计算时的条件的差异,才能...

在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法

在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Sep-8 Gaussian用户观看freq任务产生的振动矢量一般都是通过GaussView看(虽然也有ChemCraft等其它一些程序也可以看)。然而,起码对于GaussView 6来说,GaussView显示振动矢量的一个很大不足是箭头太细,而且头部不够粗,导致有时候都看不清楚,放在文章里不够美观。另外,GaussView绘制分子结构的作...

Multiwfn 3.7正式版隆重发布!

Multiwfn 3.7正式版隆重发布! 文/Sobereva @北京科音  2020-Aug-14 1 前言 Multiwfn是极为流行、功能最全面的的量子化学波函数分析程序,被学术文章引用得越来越多(目前已被近70个国家的研究者共引用5600多次),用户数越来越庞大。Multiwfn的上个正式版3.6是2019年5月21日发布的,经过近一年有余的不懈发展、改进和完善,Multiwfn 3.7正式版终于正式发布!目前已经可以...

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法

XCrySDen在CentOS上的傻瓜式安装方法 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-22 1 前言 XCrySDen(http://www.xcrysden.org)是非常流行的第一性原理程序Quantum ESPRESSO用户经常用的重要工具,可以观看输入输出文件、观看轨迹、设置k点等,而且作图效果挺不错。XCrySDen在Ubuntu上比较容易运行,但对于做计算化学的人用得非常多的CentOS就不那么容易了...

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升!

Multiwfn的计算静电势的内部代码速度得到了巨幅提升! 文/Sobereva@北京科音  2020-Jul-11 1 前言 Multiwfn是如今已非常流行的量子化学波函数分析工具,主页见http://sobereva.com/multiwfn。Multiwfn最早版本计算静电势的代码速度很慢,为了使得静电势分析相关的功能尽可能有实用性,后来Multiwfn的大部分涉及静电势分析的功能中都支持了调用cubegen算静电势,在...

Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法

Quantum ESPRESSO在Linux中的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jul-10  Last update: 2020-Jul-23 1 前言 Quantum ESPRESSO (QE)是用户非常多、极为流行的第一性原理程序,而且完全开源免费。本文介绍一下QE在Linux下的安装过程。本文对于CentOS 7.x系列系统下安装QE 6.5是完全适合的,对...

2020年7月完结动画简评

2020年7月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Jul-9 本文是笔者完整观看过的2020年7月完结的16部全长TV版动画和2部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子(2020年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2019年影响因子(2020年公布) 文/Sobereva @北京科音  2020-Jul-4 未经授权,不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2020年6月末公布的2019年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注也有一定意义。这是第11次笔者写此系列的文章,往年的文章见本文文末。 文中期刊名称一般用标准缩写,有的给出了常用首...

2020年上半年观看的非TV版动画简评

2020年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2020-Jul-4 这里对从2020年1月1日开始截止到2020年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 紫罗兰永恒花园外传 类型:剧场版 长度:90m44s 此作能在国内上映,而且还是日本播放后才几个月就能在国内上映...

使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩

使用Multiwfn计算分子片段的偶极矩和复合物中单体的偶极矩 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-23 1 原理 时不时有人问怎么计算一个分子中某些片段的偶极矩,或者问怎么计算一个分子复合物中各个分子的偶极矩,确实这对于分析局部的极性很有意义,在本文就通过例子对做法进行说明。做这种分析必须使用2020-Jun-22之后更新的Multiwfn程序,可以在http://sobereva.com/multiwfn免费...

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jun-11  Last update: 2020-Nov-17 1 前言 量子化学研究中什么场合用什么DFT泛函合适,在《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》(http://sobereva.com/272)中我已经说过了。量子化学研究中最常见的两类任务就是单点能的计算和几何优化...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 2 文/Sobereva   2020-Jun-7 本文的part 1见http://sobereva.com/555。 其它同人本 舰娘本子。一个是以舰娘们自制各种简单又美味的食物为题材,里面有些东西令我跃跃欲试,另一个是讲舰娘们打棒球过程中的搞笑事情 自从《兽娘动物园》播出之后,薮猫就火了,...

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1 文/Sobereva   2020-Jun-7 由于此文图太多,总共有约120张图,为避免加载太慢,分成两个part发。part 2见http://sobereva.com/556。 2019年年末终于有机会去了在东京办的世界规模最大的漫展,12月28~31日举办的Comiket 97,这也是全世界ACG爱好者们终极的朝圣的地方。这里把当时买的ACG东...

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-5 1 前言 笔者在计算化学公社论坛、思想家公社QQ群解答量子化学相关问题时,经常看到有些对理论方法知之甚少、没读过什么文献的初学者在自己的研究中乱做benchmark,还管这叫“标定”,甚至一些初学者竟然以为所谓的标定总是要做。他们所做的事几乎纯粹是在浪费计算资源,每次我都得苦口婆心地劝他们别瞎做无用功。在本文,我就再专门说一...

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时 文/Sobereva@北京科音   2020-Jun-1 1 前言 由于任何程序的并行效率都是随着核数增加而降低,当机子核数比较多的时候,比如有好几十核,而且又有许多任务要跑的时候,比起一个一个调用所有核心来跑,同时跑两个或者多个任务但是每个都用较少的核心数(总和不超过物理核心数),总耗时通常会更低。对于某些程序跑某些任务,甚至并行核数较少的时候反倒比核数较多的时候...