谈谈ORCA 5.0的新特性和改变

谈谈ORCA 5.0的新特性和改变 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-2  Last update: 2021-Jul-10 1 前言 2021年7月1日,量子化学程序ORCA 5.0发布了,造成了不小影响。这个程序现在流行度已经相当高,从《2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计》(http://sobereva.com/599)的...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子(2021年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子(2021年公布) 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未经授权,不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2021年6月30日公布的2020年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注有一定意义。这是第12次笔者写此系列的文章,往年的文章见本文文末的链接。 文中期刊名称一般用标准缩写,有的给出了常用首字...

巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧

巨幅降低Multiwfn结合VMD绘制分子表面静电势图耗时的一个关键技巧 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-30 1 前言 Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)有十分强大的静电势分析功能,按照《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)的做法还可以非常方便地结合VMD绘制效果很好的分...

Multiwfn可以计算的分子描述符一览

Multiwfn可以计算的分子描述符一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jun-22  Last update: 2021-Sep-8 0 前言 做QSAR(定量结构活性关系)和QSPR(定量结构属性关系)需要提供分子的描述符(molecular descriptor)作为输入信息,从而根据拟合的经验关系预测分子的生物活性以及物理化学性质。特别是随着基于(深度)神经网络的机...

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率

使用Multiwfn计算分子中的原子极化率 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-4 1 前言 原子在孤立状态下的极化率是可以实验测量的,也很容易理论计算,在http://ctcp.massey.ac.nz/index.php?menu=dipole&page=dipole有全周期表各种元素的实验和高精度理论计算数据。分子的极化率可以视为是其中各个原子的有效(effective)极化率的总和(后文简称为“原...

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计

2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计 文/Sobereva@北京科音  2021-Jun-2 0 前言 2021年4月29号,在人气最高的计算化学专业论坛“计算化学公社”(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的四个投票: 你最常用的DFT泛函投票(http://bbs.keinsci.com/thread-22853-1-1.html) 你最常用的量子化学程序投票...

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用

使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-May-31 1 前言 原子间的相互作用在化学体系中无处不在。把相互作用图形化展现无疑对考察化学问题非常有益,可以令化学家快速直观了解体系中什么位置有什么样的相互作用。目前图形化展现相互作用的方法不少,有很多都已经非常流行,在波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里全都支持,这里...

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 文/Sobereva@北京科音  2021-May-22 初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题,我在网上答疑时经常强调初学者不要老想着用ONIOM。我主张ONIOM能不用就不用,因为麻烦事和细节问题太多,尤其是许多初学者连基本的计算都做不利落,还用ONIOM纯粹是自讨苦吃、自找麻烦。这两天在思想家公社QQ群答疑时连着碰到两个对量子化学...

2021年4月完结动画简评

2021年4月完结动画简评2021年4月完结动画简评 文/Sobereva  2021-May-19 本文是笔者观看过的2021年4月完结的22部全长TV版动画和5部泡面番(时长<=8分钟)的简评,除了《寒蝉鸣泣之时业》看了一半多弃掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在 里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-May-4   Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人问怎么把一个分子从已有的较为卷曲的构象转化成比较平直的构象。这有一些实际意义,比如通过genmixmem程序构造磷脂双层膜、用packmol程序构造表面活性剂的囊泡,都需要用户提供分子...

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型,在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)里笔者专门介绍过。在Gaussian程序中,SMD的极性部分等同于IEFPCM,而由于其非极性部分考虑较周到,因此溶解自由能计算精度较好。但是SMD算离子体系的溶解自由能误差远...

使用了Multiwfn发表的第6001~7000篇文章打包下载

截止到2021年4月13日,使用了Multiwfn波函数分析程序(http://sobereva.com/multiwfn)发表的文章已超过7000篇,用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了约十篇文章对应的文件,不好找了。还有个别的没下载权限,用本文本文档代替了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-4 1 前言 《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68)介绍的NCI方法是如今用得非常普遍、广为流行的图形化研究弱相互作用的方法,后来我又在《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://sobereva.com/186)中介绍了...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 文/Sobereva@北京科音  2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》(http://sobereva.com/572)曾介绍了笔者做的关于18碳环弱相互作用的研究,其中跑了18碳环二聚体的从头算动力学。当时为了统计模拟过程中两个碳环的间距和相对角度随模拟时间的变化,笔者在Multiwfn里写过一个子程序来实现。今天有人在思想...