利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系

利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系 文/Sobereva @北京科音  2018-May-26 0 前言 波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的很多分析,比如计算分子轨道中某些原子轨道所占成分(见《谈谈轨道成份的计算方法》http://sobereva.com/131)、绘制PDOS图(见Multiwfn手册4.10节的例子)等等都需要在理解基函数与原子轨道的...

在大阪拍的“百合展2018”照片

PS: 本文图非常多,20多MB,请非常耐心等待加载... 在大阪拍的“百合展2018”照片 摄影/Chris  文/Sobereva  2018-May-14 之前看到一个百合展预告http://acg.178.com/201803/315211303529.html,在四月份大阪有个“百合展2018”,而且有很多知名作家会参展。虽然Sobereva非常想去,但由于诸事繁忙,抽身不得,于是托正巧要在日本一游的人去百合展把照片都拍了回来...

2018.4在大阪所购的二次元物品

PS: 本文图非常多,20MB左右,请非常耐心等待加载... 2018.4在大阪所购的二次元物品 文/Sobereva  2018-May-14 2018年4月托人去了趟大阪的百合展,展会照片见http://sobereva.com/417,在展会上搜刮了大量周边,在旁边的偶像大师灰姑娘女孩主题咖啡厅也搞了点限定周边。之后托人也顺便在animate购入不少物资,在这里展示一下。 百合展的宣传单 百合展限定T恤,耻度略大,据...

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题 文/Sobereva @北京科音  2018-May-2 量子化学研究者经常会用一种做法,即计算一种问题用A泛函,计算另一种问题则切换为B泛函。笔者在线上和线下答疑的时候,都常看到有人不恰当地切换泛函,故此文专门说说这个问题。 一定要明白,如果你要切换泛函,必须必须必须有非常正当的理由。一般有这三种正当理由: (1) A泛函和B泛函适用的问题不同,因此在计算不同问题时用不同泛函。什么问题适合...

谈谈原子间是否成键的判断问题

谈谈原子间是否成键的判断问题 文/Sobereva @北京科音  2018-Apr-27 0 前言 经常有人在网上问类似这种问题:“我优化出的结构,在gview里怎么显示A原子和B原子没有成键啊,应该成键才对啊,我是不是算错啦?”这种问题每次都解释一遍比较麻烦,遂写此文专门谈一谈。 如果对于化学体系中的相互作用类型缺乏基本的了解,建议看一下《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?》(http://soberev...

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?” 文/Sobereva @北京科音   2018-Apr-21 0 前言 笔者经常被问及的一个问题就是“我要计算xxx,是否需要加DFT-D色散校正?”。关于DFT-D,在以下博文里已经有充分的介绍: 乱谈DFT-D http://sobereva.com/83 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 大体系弱相互作用计算的解决之...

2018年4月完结动画简评

2018年4月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是笔者完整观看过的2018年4月完结的19部全长或半长TV版动画和3部泡面番的简评。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 通常评分区间是90~95分(低于90分一般不追,超过95的则是神作水准,极度罕见),不了解此系列文章评分传统的勿试图吐槽这点。评分依据...

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-15 0 前言 本文会简要介绍旋轨耦合矩阵元的基本知识和计算原理,然后介绍怎么使用Gaussian结合完全开源免费的PySOC程序在研究激发态最常用的TDDFT方法下计算各个单-三重态之间的旋轨耦合矩阵元。其实PySOC使用起来一点也不难,希望看过此文的Gaussian用户不会出现就为了计算旋轨耦合矩阵元而去买昂贵的ADF程序的情况...

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-7 在计算化学公社论坛上有人问下图这种把距离较近的分子质心连线的图怎么绘制 其实这种问题用VMD的tcl脚本非常容易实现,下面是笔者写的绘制这种图的tcl脚本,20多行就实现了。可见VMD脚本稍微会一点就能解决很大问题。 draw delete all draw color orange set nres [llength [l...

root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法

root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法 文/Sobereva @北京科音   2018-Mar-4 OpenMPI从2.0开始有个变态要求,即如果用户是root,则通过mpirun来并行运行程序时,会提示 mpirun has detected an attempt to run as root. Running at root is *strongly* discouraged as any mistake ...

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-Feb-28  Last update: 2018-Aug-17     1 前言 前些天有个人在思想家公社群里问这种图怎么绘制,怎么计算孔洞体积 其实有很多程序和在线服务器都是专门用来显示孔洞、口袋并计算其体积的,但是这些程序绝大部分都是给生物分子用的,而对于小分子体系...

通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用

通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Apr-5  Last update: 2018-Apr-27 0 前言 早在2010年,笔者写了一篇《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68),文中详细介绍了杨伟涛等人通过约化密度梯度(RDG)图形化考察弱相互作用的方法以及在Multiwfn中...

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶剂模型分两大类,显式溶剂模型、隐式溶剂模型。在量子化学研究中,一般为了省事、方便以及为了考虑溶剂平均效应而用隐式溶剂模型,但是有时候溶剂效应没法靠连续介质的考虑方式描述,非得用显式溶剂模型不可。有些情况只需要很少的显式溶剂即可,比如水催化的反应,只需要把参与反应的水分子纳入体系即可。但研究许多问题的时候,显式溶剂放在哪、怎么放,哪些位置的显式...

2017年下半年优秀动画音乐推荐

2017年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jan-10 这是第7次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,之前的见 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/385) 《2016年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/360) 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/318) 《2015年上半年优秀...

在Gaussian中做限制性优化的方法

在Gaussian中做限制性优化的方法 文/Sobereva @北京科音   2018-Jan-9 0 前言 量化计算时一般做的几何优化叫做全优化(full optimization),与之相对的叫做限制性优化,即优化时冻结某些变量来实现特殊目的。经常有人在网上问Gaussian里怎么做限制性优化,每次都回复很麻烦,在本文就统一说一下。本文内容至少适用于Gaussian 09/16。 对于有解析导数的方法,限制性优化并不会减低计算量,因为不...