GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

GROMACS的安装方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Jan-2 本文对最流行的分子动力学GROMACS程序在Linux下的安装方法进行详细说明。当新出的GROMACS版本的安装方法和本文所述出现较大差异时,本文也会做相应的更新。PS:之前笔者也写过老版本GROMACS安装方法,见《Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法》(http://sobereva.com/247)和《Gromacs 4.0.4、4.5.5版安...

2018年下半年观看的非TV版动画简评

2018年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2019-Jan-1 以前Sobereva只写观看了的TV版动画评论,但是我看的OVA、OAD、SP、剧场版等额外形式的动画也不少,不写评论可惜了,因此这里对从2018年9月15日开始截止到2018年12月31日观看的非TV版动画也都进行简单评论,以后也会一直写此类评论。还有些此类动画看完后忘写了,就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。 牵...

VASP最简单的安装方法(含全程视频演示)

VASP的最简单的安装方法 文/Sobereva@北京科音   2019-Jan-1 目前计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)上的第一性原理板块里已经有多篇写得很好的关于VASP的编译方法的帖子了。笔者这里写一个初学者最易于理解的版本,不仅所需要的操作步骤是最少的,而且编译出来的VASP运行效率几乎是最高的。考虑到少数读者可能存在阅读理解能力障碍、极其不情愿看文字,本文的安装过程笔者录了完整的演示视频,...

在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示

视频地址:https://www.bilibili.com/video/av39555524/  因为给别人解释怎么安装计算化学程序的时候,对方有极大概率是Linux零基础,不知道系统怎么装,或者装了也是瞎装,故录此视频。完全Linux零基础的人严格照着此视频也可以顺利安装最适合计算化学工作者使用的CentOS。本视频虽然用的是VMware装的,但对于实体计算机,只要把镜像烧到U盘或光盘并由其启动,之后的安装过程和视频里完全一样,只不过应在安装界面里根据实际情况对硬盘进行分区。笔...

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画 文/Sobereva@北京科音 2018-Dec-26 CYLview的虽然功能不算多强大,但它在作图的很多特性方面没有其它程序能很好取代,所以笔者特意录制了长为11分钟的使用CYLview绘制分子结构图和制作各种类型动画的演示视频,见:https://www.bilibili.com/video/av39041185 本文内容是对视频内容进行一些补充说明。视频里并没...

Multiwfn FAQ

Multiwfn FAQ 文/Sobereva@北京科音  First release: 2018-Dec-24   Last update: 2019-Mar-7 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)如今已十分流行,本文针对用户常问的问题进行统一解答,也推荐所有Multiwfn用户完整阅读此文!此文会经常更新。本文分为四部分:(1)常识性问题 (2)安...

量子化学程序ORCA的安装方法

量子化学程序ORCA的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release 2018-Dec-21  Last update: 2019-Feb-11 0 前言 ORCA是一款对学术用户免费但不开源的量子化学程序,发展迅猛,流行程度越来越高,用户越来越多。虽然ORCA的安装很简单,都不需要编译源代码,但还是有不少量子化学初学者经常问怎么安装,这里就统一说一下。当随着ORCA程序更新,导致最...

为什么我极度鄙视和厌恶百毒

为什么我极度鄙视和厌恶百毒 文/Sobereva   2018-Dec-3 我对百毒的鄙视和厌恶由来已久,早就想写此文,但一直没空。正好昨天有个人在我的一个两千多人的专业的科研群里大肆鼓吹使用百毒、百毒学术、百毒文库,结果被笔者和群友一通批判。我对百毒真是不吐不快,借此机会我把此文写出来,使他人能全面了解笔者对百毒的态度。本文仅代表我现阶段的看法和我撰文时的情况。 有人竟以为我不了解百毒,还说我对百毒的态度不客观,怎么...

用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)

注:本文的操作配有演示视频,请注意观看,见https://www.bilibili.com/video/av37101659/ 用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Nov-30 之前笔者在《使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图》(http://sobereva.com/447,含演示视频)中演示了如何利用Multiwfn结合VMD非常简单快速地绘制...

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-14  Last update: 2019-Feb-19 电子激发的研究是量子化学最重要的研究领域之一。波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)在表征、分析电子激发问题方面有非常强大的功能,不仅支持几乎所有文献里提出的这方面的分析方法,还包含诸多独创的实用研究...

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-11   Last update: 2019-Feb-19 摘要:本文非常简要地介绍一下对非限制性开壳层波函数的alpha和beta轨道之间做双正交化的方法,并且以三重态乙醇为例介绍如何在Multiwfn中实现,使得其alpha和beta轨道最大程度匹配,从而便于讨论轨道。本文说的Mul...

使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频)

注1:本文有完整的演示视频,初学者严格照着操作!5分钟内不可能学不会!https://www.bilibili.com/video/av34024335/ (别说字太小看不清楚,登录后看1080p的,不可能看不清楚) 注2:在本文的基础上,通过修改材质和恰当使用Tachyon渲染器,可以得到效果远胜于本文的轨道等值面图,务必在看过本文后一看:http://sobereva.com/449 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图 ...

2018年10月完结动画简评

2018年10月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Oct-16 本文是笔者完整观看过的2018年10月完结的24部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

注:本文有配套演示视频,必看!见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 凡是按照本文的详细说明还绘制不出来的人,一定要精确严格重复视频里的操作! 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-13  Last update: 2018-Oct-...