使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像

使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Apr-28  Last update: 2020-May-1 0 前言 扫描隧道显微镜(scanning tunneling microscopy, STM)是非常常用的在原子级别对固体表面或者被吸附在固体表面的分子进行成像的方法。从2020-Apr-27更新的Multiwfn开始,Mul...

2020年4月完结动画简评

2020年4月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Apr-12 本文是笔者完整观看过的2020年4月完结的19部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是...

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察(超)极化率张量

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察(超)极化率张量 文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-10 1 前言 如果读者对(超)极化率的概念还不怎么了解的话,建议先看看《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出》(http://sobereva.com/231)中的相关知识。平时在研究分子的(超)极化率的时候,关注的通常只是总大小,以及X、Y、Z方向的总分量,而对于(超)极化率张量的...

使用了Multiwfn发表的第4001~5000篇文章打包下载

截止到2020年4月1日,引用Multiwfn的文章已达5000篇!下面是第4001~5000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了两篇文章对应的文件,不好找了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1O_ZXTdqbtrbvFDEDt0NmAQ 提取码:uw9h Mega网盘下载地址(适合“有条件”的人下载,速度快):https://mega.nz/#F!mB1Wiaga!bl...

VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置 文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-1   VMD(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)是用得极为广泛的化学体系可视化程序,由于其极度灵活,有很多技巧可以使其用起来更方便。 VMD启动时会先用初始化文件对一些设置进行初始化,即执行里面的各种命令,用户也可以往里添加额外的命令。对于Windows版来说,这个文件...

2019年度完结动画总评

2019年度完结动画总评 文/Sobereva  2020-Mar-28 此文对笔者完整看过的2019年度完结的82部全长版TV动画和18部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中,因为另有文章。此文只有“2020年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微...

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-26  Last update: 2020-May-2 0 前言 笔者在QQ群里、论坛里答疑时经常看到有计算化学初学者、理论计算外行对gap、HOMO、LUMO的理解存在严重误区,很多错误还存在各种文献中,长期以来以讹传讹,诸如什么“轨道能量差就是激发能”、“循环伏安法能测HOMO能级”等...

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-13 1 前言 非线性拟合在计算化学研究中用得非常多,比如自己用复杂函数拟合力场参数就需要用到。Fortran是科学计算领域用的最多的语言之一,本文就通过一个例子,讲解如何通过Fortran非常容易地实现非线性拟合。 2 非线性拟合方法 做非线性拟合有很多种方法,比如可以用各种...

在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子

在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-13  Last update: 2020-May-23 在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》(http://sobereva.com/46)一文中介绍过BSSE问题与counterpoise校正。Counterpoise校正在高精度弱相互作用计算时通常需要考虑。Gaus...

使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题

使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Mar-8   Last update: 2020-Mar-10 简介:本文首先对量子化学程序基于簇模型计算表面反应或吸附问题做简单介绍,然后基于ORCA量子化学程序,简单演示如何计算苯分子在Ag(111)表面上的吸附能。本文目的是令读者认识到量子化学程序研究表面问题的可行性,并了解实际...

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-5 1 前言 最近有人问我怎么获得类似下面文献中的图 此图像展示出分子动力学模拟体系中的孔洞区域,或者叫自由区域(free region)也可以,这体现出了盒子里哪些区域没有被原子占据。 之前笔者写过《使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积》(http://so...

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-3 本文简要介绍一下L-BFGS-B局部极小化算法的常识,并通过实例介绍怎么在Fortran中使用这个方法解决实际问题。 1 相关知识 牛顿法是最重要的做多元函数局部极小化的算法之一,BFGS(Broyden–Fletcher–Goldfarb–Shanno algorithm)是准牛顿法的一种实现,通过近...

使用Multiwfn计算各种与信息论相关的量(information-theoretic quantities)

将信息论与密度泛函中的一些概念相结合,在讨论化学问题中已有不少应用,特别是近年来北卡罗来纳大学&湖南师大的刘述斌教授在这方面做了大量工作,通过信息论定义的量(information-theoretic quantities)研究了诸多化学问题,获得了丰硕的成果,陆续发表了几十篇应用性或纯理论文章。之前我写过的介绍文章《用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性》(http://sobereva.com/257)就属于这个范畴。2019年末,刘述斌教授等人还在理论...

使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键

使用键级密度(BOD)和自然适应性轨道(NAdO)图形化研究化学键 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-2 1 BOD和NAdO简介 键级是十分重要的定量考察化学键特征的手段,这在《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》(http://sobereva.com/471)中已经充分介绍过。广义来说,离域化指数(delocalization index, DI)衡量的是两个特定区域之间共享的电子对数,在两个原子...

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-1 1 NEWUOA简介 数学上对多维函数做局部极小化的算法非常多,诸如simplex、BFGS、最陡下降法、共轭梯度法等等。NEWUOA(NEW Unconstrained Optimization Algorithm)是已故的剑桥大学教授Powell于2004年提出的一种不需要导数信息的非约束性局部极小化算法...