使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 文/Sobereva@北京科音  2019-May-14 0 前言 基于主流量子化学程序产生的波函数信息,使用Multiwfn可以对孤立体系非常简单、快速、灵活地产生质量非常理想的态密度图,对于分析化学体系的电子结构特征很有帮助。本文将介绍各类态密度图(Total DOS、Partial DOS、Overlap population DOS、Local DOS)的原理,以及...

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-May-7  Last update: 2019-May-13 有人问我,怎么绘制他的含有多达336个原子的分子的分子表面静电势图。对这么大体系,绘制这种图看似极其困难,很难吃得消,但其实只要方法得当,哪怕只有台普通四核机子,也完全没有压力,而且绘制的图像效果极佳,本文就来介绍一下流程。绘制用的步骤和《使...

2019年4月完结动画简评

2019年4月完结动画简评 文/Sobereva  2019-May-2 本文是笔者完整观看过的2019年4月完结的24部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...

使用Multiwfn绘制光电子谱

使用Multiwfn绘制光电子谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-27  Last update: 2019-May-14 1 前言 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)具有很方便、灵活、强大的态密度(DOS)绘制功能,在《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》(http://sobereva.c...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件

谈谈记录化学体系结构的xyz文件 文/Sobereva@北京科音   2019-Apr-26 xyz是一种非常常用的记录化学体系结构的文件格式,定义极其简单。笔者开发的好多程序,以及其它计算化学程序经常涉及这个格式,网上老有初学者问这文件怎么回事、怎么产生,遂在这里统一介绍一下。 1 xyz文件的定义 xyz是文本型文件,可以用文本编辑器打开。以下是一个典型的.xyz文件内容,记录水分子结构。 ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果) 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-17 RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性,可谓极度便利而且极度灵活,明显比Ante...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物,居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解,但是在B站上偶然发现他会来北京巡演,感觉实属难得,就买了280的票去了。其实期待度不算特别高,刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉,有不少空位,也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识     2.2 刚性扫描实例1:扫描乙醇的羟基的二面角     2.3 刚性扫描实例2:扫描Li+...苯之间的距离  &nbs...

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用,这里就写一篇文章,做一个完整的介绍,初学者应该都能读懂,之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里会对Packmol讲得更具...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

PS:本文可能经常更新,内容始终是对于Multiwfn官网上最新版本而言的,不要用老版本程序、看老版本手册! Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-19 文章目录 0 前言 1 AIM分析 2 键级分析 3 基于轨道的成键分析:轨道定域化、AdNDP与NBO 4 对ELF的分析 5 对一些与ELF特征类似的实空间函数的分析 6 电子密度差分析 7 通过片段电...

2018年度完结动画总评

2018年度完结动画总评 文/Sobereva  2019-Mar-7 此文对笔者完整看过的2018年度完结的97部全长版TV动画和19部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2019年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评...

考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法

注:本文内容主要是写给一个外国合作者的看的,所以是用英文写的。本文介绍的dimerscan程序也可以结合Gaussian非常容易地实现二聚体间距的刚性扫描,详见《详谈使用Gaussian做势能面扫描》(http://sobereva.com/474)。 考察SAPT能量分解的能量项随分子二聚体间距变化的简单方法 A simple way to investigate the variation of SAPT energy decomposition te...