在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1

在Comiket 97漫展入手的二次元物 Part 1 文/Sobereva   2020-Jun-7 由于此文图太多,总共有约120张图,为避免加载太慢,分成两个part发。part 2见http://sobereva.com/556。 2019年年末终于有机会去了在东京办的世界规模最大的漫展,12月28~31日举办的Comiket 97,这也是全世界ACG爱好者们终极的朝圣的地方。这里把当时买的ACG东...

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义

谈谈量子化学中什么样的benchmark才有意义 文/Sobereva@北京科音  2020-Jun-5 1 前言 笔者在计算化学公社论坛、思想家公社QQ群解答量子化学相关问题时,经常看到有些对理论方法知之甚少、没读过什么文献的初学者在自己的研究中乱做benchmark,还管这叫“标定”,甚至一些初学者竟然以为所谓的标定总是要做。他们所做的事几乎纯粹是在浪费计算资源,每次我都得苦口婆心地劝他们别瞎做无用功。在本文,我就再专门说一...

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时

通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时 文/Sobereva@北京科音   2020-Jun-1 1 前言 由于任何程序的并行效率都是随着核数增加而降低,当机子核数比较多的时候,比如有好几十核,而且又有许多任务要跑的时候,比起一个一个调用所有核心来跑,同时跑两个或者多个任务但是每个都用较少的核心数(总和不超过物理核心数),总耗时通常会更低。对于某些程序跑某些任务,甚至并行核数较少的时候反倒比核数较多的时候...

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-May-19  Last update: 2020-Sep-15 1 前言 在日常量子化学研究中,计算焓、熵、自由能等热力学数据是最常涉及的问题。主流量子化学程序如Gaussian、ORCA等都自带了振动分析功能,在任务结束后会自动给出热力学数据。但是用这些程序来获得热力学数据往往...

谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制

谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制 文/Sobereva@北京科音  2020-May-2 0 前言 在研究分子间弱相互作用领域,静电势是经常被考察的量。通过静电势我们可以方便、直观地了解分子的什么地方倾向于与带有什么电荷的物质(或局部)相互作用,可以对结合强度、结合方式进行解释和预测。关于静电势笔者写过大量文章,Multiwfn程序在静电势分析方面极为灵活和强大,相关博文和资料见《静电势与平均局部离子化能综...

在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法

在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法 文/Sobereva@北京科音   2020-May-1 0 前言 之前笔者在《优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw》(http://sobereva.com/346)介绍过长程校正泛函和明显影响其结果的ω参数(以下简写为w)。在Gaussian中对DFT泛函自定义w值的做法在此文里也说了:《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》(http://sobe...

使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像

使用Multiwfn模拟扫描隧道显微镜(STM)图像 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Apr-28  Last update: 2020-May-1 0 前言 扫描隧道显微镜(scanning tunneling microscopy, STM)是非常常用的在原子级别对固体表面或者被吸附在固体表面的分子进行成像的方法。从2020-Apr-27更新的Multiwfn开始,Mul...

2020年4月完结动画简评

2020年4月完结动画简评 文/Sobereva  2020-Apr-12 本文是笔者完整观看过的2020年4月完结的19部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是...

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察(超)极化率张量

使用Multiwfn通过单位球面表示法图形化考察(超)极化率张量 文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-10 1 前言 如果读者对(超)极化率的概念还不怎么了解的话,建议先看看《使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出》(http://sobereva.com/231)中的相关知识。平时在研究分子的(超)极化率的时候,关注的通常只是总大小,以及X、Y、Z方向的总分量,而对于(超)极化率张量的...

使用了Multiwfn发表的第4001~5000篇文章打包下载

截止到2020年4月1日,引用Multiwfn的文章已达5000篇!下面是第4001~5000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集(其中漏了两篇文章对应的文件,不好找了)。 百度网盘下载地址(速度慢):链接:https://pan.baidu.com/s/1O_ZXTdqbtrbvFDEDt0NmAQ 提取码:uw9h Mega网盘下载地址(适合“有条件”的人下载,速度快):https://mega.nz/#F!mB1Wiaga!bl...

VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置 文/Sobereva@北京科音  2020-Apr-1   VMD(http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)是用得极为广泛的化学体系可视化程序,由于其极度灵活,有很多技巧可以使其用起来更方便。 VMD启动时会先用初始化文件对一些设置进行初始化,即执行里面的各种命令,用户也可以往里添加额外的命令。对于Windows版来说,这个文件...

2019年度完结动画总评

2019年度完结动画总评 文/Sobereva  2020-Mar-28 此文对笔者完整看过的2019年度完结的82部全长版TV动画和18部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中,因为另有文章。此文只有“2020年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微...

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO

正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-26  Last update: 2020-May-2 0 前言 笔者在QQ群里、论坛里答疑时经常看到有计算化学初学者、理论计算外行对gap、HOMO、LUMO的理解存在严重误区,很多错误还存在各种文献中,长期以来以讹传讹,诸如什么“轨道能量差就是激发能”、“循环伏安法能测HOMO能级”等...

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-13 1 前言 非线性拟合在计算化学研究中用得非常多,比如自己用复杂函数拟合力场参数就需要用到。Fortran是科学计算领域用的最多的语言之一,本文就通过一个例子,讲解如何通过Fortran非常容易地实现非线性拟合。 2 非线性拟合方法 做非线性拟合有很多种方法,比如可以用各种...

在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子

在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Mar-13  Last update: 2020-May-23 在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》(http://sobereva.com/46)一文中介绍过BSSE问题与counterpoise校正。Counterpoise校正在高精度弱相互作用计算时通常需要考虑。Gaus...