Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降! 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-18  Last update: 2018-Aug-30 静电势是极为重要的实空间函数,Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中支持众多静电势相关分析,例如《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.kein...

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7  0 前言 对一些化学体系,特别是含有共轭特征的,我们往往只对其pi电子特征感兴趣,因为pi电子特征直接影响体系很多方面的性质,比如芳香性、反应活性和反应位点等。考察pi电子特征有很多不同手段,比如计算ELF(电子定域化函数)和LOL(定域化轨道定位函数)、计算pi电子布居、计算pi键级等等。Multiwfn是分析电...

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法

通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7 离子液体已被广泛作为溶剂。常有人问离子液体溶剂环境怎么在量子化学计算中体现,本文就专门说一下。阅读本文之前务必先阅读《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》(http://sobereva.com/327)了解基础知识。 1 原理 Truhlar搞出来的SMD溶剂模型是一种比较普适的隐式溶剂模型。原理上...

2018年7月完结动画简评

2018年7月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Aug-1 本文是笔者完整观看过的2018年7月完结的25部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 全长番一般评分区间是90~95分(低于90分根本不追,超过95...

使用Multiwfn计算激发态之间的密度差

使用Multiwfn计算激发态之间的密度差 文/Sobereva @北京科音  2018-Jul-28 1 前言 使用Multiwfn计算密度差、绘制各种密度差图形非常简单,在《使用Multiwfn作电子密度差图》(http://sobereva.com/113)中有充分示例,其中也包括绘制激发态与基态间的密度差,这对于讨论电子跃迁过程中的电子转移特征很有意义。对Multiwfn稍有了解的人肯定也都明白,通过Multiwfn同样...

2018年上半年优秀动画音乐推荐

2018年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jul-7 这是第8次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2017年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/405) 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子(2018年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2017年影响因子(2018年公布) 文/Sobereva @北京科音  2018-Jun-30 未经授权,严禁转载 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2018年6月公布的2017年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用首字母简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2017年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是撰此文时的最新中科院分区。有些新...

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴

使用Multiwfn计算分子的长宽高以及显示分子的主轴 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-10 0 前言 经常有人问怎么计算分子的长宽高,之前笔者在《谈谈分子半径的计算和分子形状的描述》(http://sobereva.com/190)一文中也曾讨论分子的长宽高怎么算,但那个博文用的蒽的例子过于简单,而实际分子形状往往比较复杂,而且结构文件里的分子的朝向可能歪斜着,没法直接用那篇博文里的做法。2018...

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数 文/Sobereva @北京科音   2018-Jun-3 0 前言 在图像中表现原子电荷分布、原子自旋布居的时候通常都是将数值标在原子上面,但当原子很多的时候,就会导致图像上的数字密密麻麻,难以辨认,而且也不好直观去考察。有一种做法可以解决这个问题,就是通过原子的颜色来表现其原子电荷、自旋布居等属性的正负和大小,这样非常直观。...

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响

谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响 文/Sobereva @北京科音  2018-Jun-1 经常有量子化学初学者问诸如这种问题:怎么计算特定温度/压力下体系的结构、重水和轻水的结构有什么区别。每次回复都比较麻烦,索性写一个小文章专门谈一下温度、压力、同位素设定会对哪些常见的量子化学问题计算结果产生影响、对哪些完全没有影响。为讨论方便,这里假定用户用的是Gaussian,其可以通过pressure、temperat...

2018年(第八届)传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像

图比较多,请耐心等待加载... 2018年(第八届)传媒大学春日舞台祭杂谈、照片和录像 图+文+视频/Sobereva  2018-Jun-1 第八届传媒大学春日舞台祭于2018年5月13日于帝都的传媒大学举办。这已经是笔者第三次参加传媒大学春日舞台祭了。前两次都给我留下了深刻印象,演出真的十分良心,诚意满满,整体水准很高,所以这次自不必说也参加了。这次果然也没令我失望,保持了一贯的高质量,内容也是说、唱、跳、演都有,是综合性...

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 文/Sobereva @北京科音  2018-May-31   1 前言 在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/421)中笔者介绍了Gaussian的external功能的使用,以及如何利用这个功能,借用xtb程序产生的能量、受力、Hessian来进行过渡态搜索...

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析  文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-May-29  Last update: 2018-Aug-1 0 前言 在《盘点Grimme迄今对理论化学的贡献》(http://sobereva.com/388)一文中笔者曾简单提到GFN-xTB方法,说白了就是类似于DFTB那种半经验意味...

2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计

2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计 文/Sobereva @北京科音  2018-May-27 在2018年4月16号,在著名的计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的“你最常用的量子化学程序投票”(http://bbs.keinsci.com/thread-9713-1-1.html)和“你最常用的DFT泛函投票”(http://bbs.keinsci....

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法 文/Sobereva @北京科音  2018-May-26 在2011年,J. Chem. Theory Comput., 7, 112-120中,几个非Gn系列方法的官方人员提出了G4(MP2)-6X热力学组合方法,号称耗时与G4(MP2)相仿佛,而精度很接近昂贵得多的G4。其相对于G4(MP2)最主要变化是把MP2换成了SCS-MP2,把CCSD(T)的CCSD和(T)部分的相...