使VMD播放轨迹时同步显示帧号
Making VMD display frame number synchronously when playing trajectory
文/Sobereva@北京科音 写于约2008年
把这段内容存为showframe.tcl,保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl
trace variable vmd_frame(1) w sdf
mol n...
使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图
Using g_densmap to obtain a two-dimensional density distribution map near a molecule
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上,-aver设定一个轴,默认是z,也可以是x和y,投影到的就是垂直于这个轴的面,如z就是xy...
声明:此文最初发布于Sobereva的百度博客,后在网上被一堆博客胡乱转载,却不注明真正来源。此文真正原文在此!鄙视胡乱转载但是不注明出处的人!
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
Explanation of restraint, constraint and freeze of GROMACS
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
gromacs里面人为固定坐标有三大类方式:r...
关于mailing list
About mailing list
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时,经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List,邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件),都会保存下来,供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。
很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务,如果邮件列表是公开的,一般都...
从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件
Batch execution of Gaussian under Windows and introduction to DOS batch files
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
这是个老生常谈的问题,但通过DOS批处理文件,可以实现很多方便的功能,想在这里多说一下。
先从最简单的解决方法说,网上老是有人问,我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法
1...
1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响
The important influence of 1-4 non-bonded interactions on fitting dihedral potentials
文/Sobereva @北京科音
First release: 2008-Nov-23 Last update: 2023-Sep-17
PS: 2...
gromacs决定力场参数的方式
The way of determination of forcefield parameter of GROMACS
文/sobereva @北京科音 2009-Apr-5
Q:
43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊?
比如这样:
51 91 &nbs...
Amber力场二面角参数的解释
Interpretation of dihedral parameters of Amber force field
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
在xleap中edit parm99时,进入参数修改界面,每个参数都有介绍。在二面角参数设置中,PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2,也称...