Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群

Gaussian 03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群 Linda parallel setup of Gaussian 03 and VMware virtual cluster 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Sep-13    Last update: 2014-Sep-8 网上也有一些关于高斯linda并行设置的文章,也有讨论使用虚拟机模拟的集群跑高斯+linda的,但是说明都不甚具...

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理  On the BSSE correction and its processing in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release 2009-Aug-27  Last update: 2018-Jul-5 计算A、B分子间的弱相互作用能时,一般不能简单地通过E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)来计算,因为E_AB能...

东方星莲船修改器 (锁残机&锁SC&PowerMAX&设分)

Sobereva于大约2008年8月15日制作,下载地址:/usr/uploads/file/20150605/20150605012359_52218.rar 修改器所修改的地址介绍(皆4字节整数): 得点,004B0C44,数值为屏幕显示的值的1/10。 Power,004B0C48,内存中数值为显示的数值的100倍,如1.03为103。建议锁在399,然后吃一个红P就满了,并实际生效了。设400或更多不直接起作用 残机数,004B0C98...

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题 Calculation methods of transition states and reaction paths and related issues 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Aug-6   Last update: 2019-Feb-4 前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,...

计算化学相关的免费的在线数据库及工具

计算化学相关的免费的在线数据库及工具 Free online databases and tools related to computational chemistry 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2 这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算...

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型 On the implicit solvation model and GB model in molecular simulation 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Apr-6 本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型(=Generalized Born,广义Born模型)的各个方面。 隐式水模型优势主要有下: 减少体系的粒子数从而降低计算开销。 没有溶剂摩擦效...

用VMD做太极拳动画

用VMD做太极拳动画 Making TaiChi animation using VMD 文/Sobereva@北京科音    2009-May-25 做出来的动画:http://sobereva.com/attach/41/VMD_Taiji.avi VMD不仅仅可以用来做研究,还可以用来娱乐,在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用...

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x) Introduction to pull code of GROMACS (3.3.x+4.0.x) 文/sobereva @北京科音    2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三种类型:AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是给原子一个外力,实际上是一个弹簧点在恒速远离,弹簧点拉动一组原子...

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法 Loading carbon nanotube into Amber and GROMACS 文/Sobereva @北京科音   2009-Mar-2 这里说一下Amber和Gromacs读入碳纳米管的方法。只说操作方法,不涉及选用力场等问题。 Amber: 碳纳米管结构比较大,而结构很有规律,一般仅有C原子。若不考虑边界问题,可以将全部电荷当成0,这种近似并不会对...

浅谈限制可用内存容量的屏障

浅谈限制可用内存容量的屏障 A brief discussion of barriers that limit available memory capacity 文/Sobereva @北京科音   2009-Feb-2 PS:有很多人有误区,甚至包括一些计算机老师,比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存,然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也...

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力 Making VMD show the atomic forces in GROMACS trajectory in real time 文/Sobereva@北京科音   2009-Jan-31 显示原子受力有时很重要,但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能,所以写了一个VMD的tcl脚本,可以用箭头显示指定原子的受力,并且随进度条拖动实时更新,在这里做一下介绍。 VMD当前版本并...

C75音乐推荐-东方project部分

C75音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva    2009-Jan-31 C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了,听得很辛苦,从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品,就是下面这35首,还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散,也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品,但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...

C75精华音乐推荐-其它部分

C75精华音乐推荐-其它部分 文/Sobereva   2009-Jan-31 据说C75发布音乐CD共120张(我想应该比这个多吧),一部分是企业发布。我完整听了大概其中80~90张,听得极为辛苦,有很多歌曲收不收我很矛盾,往往听好几十遍才能做出决定。这次东方系列的基本上都听了,约50张左右。当然最突出的还是东方系列同人音乐。以下音乐是非东方系列音乐里面选出的比较好的,有一些整体中档偏上的扔了可惜,于是我都列入leve...

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

原子-残基B因子/RMSF转换小工具ba2r ba2r: Atom-residue B factor/RMSF conversion tool 文/Sobereva@北京科音 文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容,方便作图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,会自动跳过去。 ...