密度泛函计算中的格点积分方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-SEP-3  Last Update: 2011-Aug-23 本文主要介绍密度泛函计算方法中的一个重要部分--格点积分方法，并给出具体的Fortran代码，同时讨论与之相关的问题。 1. 简介 在密度泛函(DFT)计算中，在计算交换相关能时，需要做这样一个积分Exc[ρ]=∫ε(ρ(r))dr，积分是...

后记：后来又写了《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》（http://sobereva.com/291），是对本文内容的极其重要的补充，务必在看完本文后阅读！另外也推荐之后阅读《绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法》（http://sobereva.com/399）、《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》（http://sobereva.com/186）、《使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体...

小测Tesla C2050在amber11上的性能 文/Sobereva @北京科音  2010-Aug-13 nVidia正在做tesla免费试用活动，国内由AMAX负责，提供5个小时的测试时间，通过SSH远程登陆，机子是XEON 5520*2, 16GB, Tesla C2050*2。用它们的机子测了下Tesla C2050在amber11下的性能，基本与amber官网上的数据吻合，略微偏低一点。下面数据中测Tesla时的Amber11的pmemd....

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jul-12   Last update: 2011-Aug-4 我曾经写过《高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法》一文，见http://sobereva.com/55，本文是对那篇文章内容的拓展，重复的内容就不再介绍了，建议先回顾一下。 1 .31至.40文件简介 想获得某种...

显示粒子运动轨迹的VMD脚本 文/Sobereva   2010-Jun-29 经常需要通过将运动轨迹连线来描绘粒子的运动路径，此脚本可以实现这个目的 proc showtrj {fps1 fps2 space selection} { set selnow [atomselect top $selection frame $fps1] set selnext [atomselect top $selection frame $fps1] se...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子 文/Sobereva @北京科音    Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章，就不列出了，免得列表冗杂且缺乏重点。一些小国家影响力小的刊物也不列了，比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名称是标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是印刷版ISSN号。 主要刊物： J CHEM PHYS(JCP) 0021-96...

注：在撰写本文后笔者还撰写了大量与ELF有关的文章，连同其它各种ELF相关资料，可以在这里访问：“ELF综述和重要文献小合集”（http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html） 电子定域性的图形分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jun-13  Last update: 2012-Oct-24 摘要：本文回顾了电子定域性分析...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 文/Sobereva   2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深，通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架（CA原子），就容易看出不同位置的活动性，并与B因子/RMSF相互对照。 首先自定义一下材质，在Material窗口中选Transparent，然后点Create New，将新材质命名为a。然后在控制台执行draw material a，并执行draw color iceblue，当然也可以用自...

笔者注：读者不要说诸如“此文我看了，还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话，然后问我怎么解决，笔者极度反感这种说法。绝对没有哪个方法能100%保证解决SCF不收敛。本文绝对没有一条馊主意，所有Gaussian支持的真正有可能能解决SCF不收敛的做法在本文都已经全面列举了，没有任何遗漏，没有可补充的。倘若本文的做法都做了尝试还没解决，那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法，或者以不正当的方式（没有真正了解原理的基础上）瞎试几个就说没解决问题，这根本什么也...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-May-6  Last Update: 2019-Sep-11 Gaussian的初学者经常在混合基组、自定义基组和赝势的输入方面犯错，此文就具体说说怎么正确用它们。   1 混合基组的输入 混合基组就是指不同的原子用不同的基组。写gen关键词代表从坐标部分后面读入基组定义。用IOp(3/24=1)可以显示每...

小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-18  Last update:2010-Jun-2 本文简要讨论几种常见的量子化学方法对氢分子解离过程的描述。假设使用极小基，两个氢原子的1s轨道分别为Xa和Xb，考虑的是基态（单重态）的解离过程。 常有人怀疑在解离过程中多重度是否会变化，是否应当在远距离时改成三重态，实际上不需要改变多重度。以分子轨道模型来看，两个氢距离较近...

杂谈交换互斥(exchange repulsion)作用 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-15  Last update:2020-May-17 一般量化计算中说的交换能和能量分解中常说的交换互斥(exchange repulsion)能的本质都在于Pauli反对称原理推得的Pauli互斥原理，它使得具有相同自旋的电子在空间中相互回避，平均距离增加，如同有某种互斥力（有时被称为Pauli斥力），导致它们之...

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径 文/Sobereva @北京科音   2010-Mar-9 1. Gaussian程序的基本结构 高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的，它们被称为Link，在它们之间通过临时文件来传递数据，最主要的是rwf文件，每个Link的功能在高斯手册里都有简单介绍。Link间的调用顺序实际上是随意的，但是只有某些固定顺序的调用（还包括循环、分支、跳转方式的调用）才有意义，才能完成特...

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题 文/Sobereva @北京科音   2010-Feb-20 前言： 最近看到两篇Mayer的讨论Lowdin布居旋转不变性问题的文章Int. J. Quant. Chem, 106, 2065-2072和CPL, 393, 209-212，受到启发，继之前写的《谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异》（http://sobereva.com/52），本文对旋转坐标问题...

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法 文/Sobereva @北京科音  2010-Feb-1 了解高斯的格式化检查点文件fch和波函数文件wfn的格式和每项的意义对编写第三方量化辅助程序是很重要的，前者蕴含的信息丰富，后者更为简明而且通用。本文将解读wfn文件的格式和读、写代码，对fch中的一些要点进行介绍，介绍如何写出将fch转化为wfn文件的程序fch2wfn，以帮助大家认识这两种文件并利用fch和wfn写出相关程序。 ...