原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r 文/Sobereva@北京科音 文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF，而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF，寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的，ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容，方便作图。输入的pdb不需要做任何修改，带着各种注释性的文字无妨，会自动跳过去。 ba2r下载地址http://sobereva.com/soft/ba2r.rar ...

量子化学半经验方法的缩写和全称对照 文/Sobereva @北京科音   2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap（非方法名，为半经验方法常用的近似） FE MO=Free-electron Molecular Orbital Method HMO=Huckel Molecular Orbital Method EHMO=Extended Huckel Molecular Orbital Method(o...

察看Gaussian全部IOp的方法 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2010-Jul-22 虽然高斯网站上提供了IOp列表，网上也有相应的pdf版IOp查询手册，但是很多IOp在那里面都没有，甚至是常用的，比如6/7就没有，只能网上搜索。实际上这些IOp所代表的意思在link程序的.F源代码头部都有完整说明。 这里说一下在windows下查阅源代码里IOp的方便的方法 由于不知道IOp(6/7)会传递给哪个link子程...

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457）。 Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2012-Jan-6 下面是gromacs4.0.3安装方法。4.5.5版安装方法见本文后半。 gmx4.0.3安装方法 ...

下载地址 /usr/uploads/file/20150605/20150605000929_91362.rar Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version 1.3, 2008-Oct-15 有问题请联系开发者Sobereva (sobereva@sina.com) 此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，输入指定的坐...

写高斯输入文件的不错的参考 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 一些新手使用高斯经常因为输入格式错误，导致高斯报错，又找不到好的例子作为参考，比如使用混合基组、QST2/3、oniom等，而且一些老手长时间不用相应功能也会忘。 实际上高斯自带了许多test文件，不光是作为功能测试用，里面也涵盖了高斯各功能的用法，可以作为参考。 在windows版中，在高斯的tests目录下，有个tests.idx文...

PowerVR简史 文/Sobereva  写于约2007年8月 英国公司Videologic最初创立了PowerVR，PowerVR第一代分PCX1和PCX2两种，PCX1采用0.5微米，PCX2采用0.35微米，二者皆为PCI卡，仅限于3D功能，类似voodoo1/2，但不需要外置连接线而是通过PCI总线传输数据，显存64bit，8MB，核心同显存运行频率约60-66Mhz，单渲染管线单周期单纹理。PCX1采用了TBR技术，这是P...

很久以前做的简单小游戏，音乐来自Linux下的一个企鹅滑雪的游戏，结尾音乐来自AOE一代。 /usr/uploads/file/20150605/20150605000022_17997.rar

Gromacs4杂谈 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 随便谈谈gromacs4。 新支持仅xy方向的PBC，以前版本实现二维周期边界条件只能靠那个方向增加很厚的真空层来实现。可以与WALL组合使用（WALL也只能用于二维周期边界条件）。nwall设2就是在box的z值位置上加两个wall，此时可以用控压和ewald相关静电加和方法。设1就是z=0上一个wall。 新支持周期性分子。 pull代码作了完全改写，以前...

注：本文已经没什么意义了，用笔者后来开发的genmixmem工具来构建磷脂膜方便得多效果也明显更好，见http://sobereva.com/245。而本文的把蛋白嵌入膜的方法也不再推荐，建议使用GROMACS直接支持的membed方法，在北京科音(http://www.keinsci.com)举办的分子动力学与GROMACS培训班里会讲解和演示 Sob谈生物膜体系的搭建 文/Sobereva&n...

gromacs和amber处理环肽的办法 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 环肽的模拟其实和直链肽没有区别，只是环肽首尾相接，在读入gmx和amber时需要做一些处理，否则会被当作N端和C端残基自动进行特殊处理，而我们的目的就是让pdb两端的氨基酸被程序当成普通的处于中端的氨基酸残基来处理，这样使环中的每个氨基酸都没有特殊性。 在amber的leap中，读如氨基酸库之后，用list可以看到N打头和C打头的一批氨基酸un...

VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法 文/Sobereva   写于约2008年 这个插件是有bug的，mailing list也有报告，但是没给出解决方法。 实际上这个问题是由于APBS插件写入apbs.in里面的pqr文件路径有误导致的。 虽然偶...

将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0 文/Sobereva @北京科音   写于2008年 通过prodrg获得的小分子.itp文件中，原子的顺序总是发生变化，无法直接include使用。如果分子数目较少可以手动修改，但对于磷脂层这样分子数众多的情况就十分麻烦。 笔者开发了itp2rtp程序以解决此问题。此程序对.itp的格式进行简单的转换，输入.itp文件，得到re...

玩windows任务管理器CPU占用率曲线 文/Sobereva   写于2008年 以前听说邹某《编程之美》那书里说过，微软面试的一个考题是如何让CPU占用率保持50%，前几天夜里自己编了个并且很容易就实现了，发现和正确答案非常像。然后我又加了几句，让之呈锯齿形波动 下载地址/usr/uploads/file/20150602/20150602213422_37162.rar 运行时最好别开其它占用CPU资源的程...

计算化学攒机--电源篇 文/Sobereva @北京科音   2008-Sep-17 1.  品牌及选购 1.1 品牌简介 1.2 关于代工厂商 1.3 品牌的选择 1.4 适合购买的电源* 1.5 电源质量的简易评判 2.  电源基础知识 2.1 输出电压和各种线 2.2 电源接口 2.3 电源规范 2.4 服务器电源 3.  功率 3.1 电源功率的选择 3.2 电源的真实功率 4.  电源指标 5.&nbs...