Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Sep-13 Last update: 2014-Sep-8
网上也有一些关于高斯linda并行设置的文章,也有讨论使用虚拟机模拟的集群跑高斯+linda的,但是说明都不甚具体,各种linux发行版本差异也不小,拿到手的高斯程序也有所不同,其设置方法往往不能直接套用。最近也有人问配置Linda的问题,...
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Aug-6 Last update: 2019-Feb-4
前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,所以只介绍常用,或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献,做了一定修改。由于本文作为帖子发布,文中无法插入复杂公式,故文中尽量将公式转化为文字描...
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Jul-11 Last Update: 2015-Dec-2
这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助,有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关,所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大,内容...
下载地址/usr/uploads/file/20150605/20150605005449_28617.rar
gmxgrid V1.2
Convert the cube file generated by g_spatial to recognizable format at specific plane
Programmed by Sobereva, 2009-Oct-29
bug report: sobereva[at]sina.com...
C75音乐推荐-东方project部分
文/Sobereva 2009-Jan-31
C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了,听得很辛苦,从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品,就是下面这35首,还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散,也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品,但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...