使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上,-aver设定一个轴,默认是z,也可以是x和y,投影到的就是垂直于这个轴的面,如z就是xy。-xmin和-xmax设定这个轴上的指定坐标范围内的粒子被投影到那个平面上。得到.xpm图。
g_densmap还可以做轴向-径向密度分布图。用-rmax定义径向最大...
Fedora7下使用GaussView3.09的方法
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
GaussView linux版主要是面向rh9那时代的系统开发的,fedora7-64bit下面使用需要几个步骤
下载这个包
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声明:此文最初发布于Sobereva的百度博客,后在网上被一堆博客胡乱转载,却不注明真正来源。此文真正原文在此!鄙视胡乱转载但是不注明出处的人!
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
gromacs里面人为固定坐标有三大类方式:restraint、constraint和freeze,有各自的特点。
限制(restraint)
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mpich2多节点并行运算的设置
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
在单节点上使用mpich2,编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了,下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法,关于amber的并行设置,都在之前的帖子里。这里用root,fedora7。建立多节点并行运算,是计算化学工作者必备的能力,这里讲得详细些。
这里假设有两台电脑,分别叫vmware1和vmware2,IP分别为192.168.0.2...
Fedora8安装sybyl8.0
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本
1 下载:http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html,下载CD1和DVD1,crack在DVD1中,不需要单独下
2 挂载:
mkdir /mnt/iso
mkdir /mnt/i...
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关于mailing list
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时,经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List,邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件),都会保存下来,供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。
很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务,如果邮件列表是公开的,一般都可以在相关网页中检索到以往邮件列表内的...
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从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
这是个老生常谈的问题,但通过dos批处理文件,可以实现很多方便的功能,想在这里多说一下。
先从最简单的解决方法说,网上老是有人问,我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法
1 多个输入文件写入一个列表中,统一执行:创建.bcf文件,每一行都是C:\QCexperiment\exp3\b1.gjf , b1.out这样。没用的...
1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响
文/Sobereva @北京科音 2008-Nov-23
PS: 2008年11月21日前后,在Amber mailing list上有人以Electrostatic Energy Components为主题询问EEL和1-4EEL的关系(显然答案是EEL不包含1-4EEL),之后却偏离了这个话题,涉及到一个重要问题,就是1-4非键作用对拟合二面角势能项参数方法的影响,Ross Walker做出...
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gromacs决定力场参数的方式
文/sobereva @北京科音 2009-Apr-5
Q:
43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊?
比如这样:
51 91 2
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Amber10安装方法
文/Sobereva @北京科音 2009-Oct-1
这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。
编译环境:
主机:Q6600,2G,XP-SP2。虚拟机:vmware6.0.1,RHEL5U1-64bit,双核,512MB,10GB,默认分区,bash,root,intel-MKL-10.0.4.023,intel fortran compiler 10....
Amber力场二面角参数的解释
文/Sobereva @北京科音 写于约2008年
在xleap中edit parm99时,进入参数修改界面,每个参数都有介绍。在二面角参数设置中,PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2,也称作PK)除以第一列参数的值,第一列代表两端原子数乘积(即redundancy,也称作IDIVF),所以PK/IDIV...
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