ComicDive7杂谈和收获

ComicDive7杂谈和收获 文/Sobereva(3)  2012-Dec-10 ComicDive7与2012年12月1日、2日在帝都国贸展览馆举行。其实原本希望和上届一样在明亮宽敞的农展馆新馆举行。寡人去的是第一日。这算是帝都最老牌的最适合专门收本子的漫展。说来最近几个月fishing岛和S.B大一直搅得漫展办不成，这也算是斯巴达时期后第一次帝都的漫展了。 这次门票价格不变，却不像以前那样买票的时候就给场刊，场刊（连同海报和...

在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面

注：ChimeraX是Chimera的后继版，显示效果有了显著提升，而且界面更友好。我专门录了ChimeraX绘制本文所示图像的演示视频，看https://www.bilibili.com/video/av85684420或 https://youtu.be/vC48iEB8PwI。 在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面 Display different isosurfaces with different colors in Chimera...

Multiwfn入门tips

Multiwfn入门tips Tips for getting started with Multiwfn 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Nov-7   Last update: 2024-Aug-28 0 前言  Multiwfn（主页为http://sobereva.com/multiwfn）是由北京科音自然科学研究中心（www.keinsci.com...

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图

后记：从2024年6月更新的Multiwfn开始，Multiwfn支持了结合CP2K对周期性体系做CDA分析，详见《使用Multiwfn结合CP2K对周期性体系做电荷分解分析（CDA）》（http://sobereva.com/716） 使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图 Using Multiwfn to perform charge decomposition analysis (CDA) and plotting orb...

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例 Calculation of ratio of different conformations of a molecule according to Boltzmann distribution 文/Sobereva@北京科音 First release: 2012-Oct-20  Last update: 2020-Apr-13 1 前言 一种分子往往有很多构象...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

笔者注：读者不要说诸如“此文我看了，还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话。绝对没有哪个方法能100%解决几何优化不收敛。本文绝对没有一条馊主意，所有Gaussian支持的真正有可能能解决几何优化不收敛的做法在本文都已经全面列举了，没有任何遗漏。倘若本文的做法都做了尝试还没解决，那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法，或者以不正当的方式（没有真正了解原理的基础上）瞎试几个就说没解决问题，这根本什么也说明不了。要想解决问题，必须十分仔细阅读本文，所有有可...

分子间轨道重叠的图形显示和计算

分子间轨道重叠的图形显示和计算 Display and calculation of intermolecular orbital overlap 文/Sobereva @北京科音  2012-Oct-1 注：本文涉及到的非Multiwfn产生的文件都可以在这里下载：http://sobereva.com/attach/163/intmolorbovlp.rar 分子间轨道重叠，就是指离得比较近的两个分子，其中一个...

贼船2漫展杂谈

贼船2漫展杂谈 文/Sobereva(3)  2012-Sep-4 贼船2漫展于2012年8月18日和19日在奥林匹克公园网球馆举办，寡人去的是19日的。我对贼船1漫展印象很不错，感觉主办方是确实对ACG有爱的，也挺有想法的一伙人。这一次也没令我失望。若说最大的亮点，应该就是场馆了，真是打破以往历届漫展传统。以往漫展基本都是场地方方正正，桌子并排摆放，而这个网球馆是圆对称的，分为里、中、外三层，外层是挺长的环廊，一大半摊位都是绕着这环廊排布；中层就是看比赛时的...

例大祭9和M3-29优秀音乐推荐

例大祭9和M3-29优秀音乐推荐 文/Sobereva   2012-Aug-7 这次音乐推荐包含了我全部听过的共45张M3-29的专辑和99张例大祭9专辑中的精选曲目，这也基本是全部能在网上下得到的M3-29和例大祭9专辑。依然如同以前笔者的优秀音乐推荐文章，推荐标准只关注音乐自身的质量。M3-29的音乐质量整体来说挺不错，保持甚至超越了以往的水准，平均一张专辑就能有1.2首值得保留的音乐。   例大祭9推荐曲目下载地址（35首，171MB...

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像 文/Sobereva(3)  2012-Jul-25 AM4动漫同人歌曲演唱会于2012年7月22日，在北京和上海两地的MAO LIVE HOUSE同步举行。这一天正好是在国家会议中心的Fate only同人展，很想去，但是和AM4冲突了。对我来说，显然还是AM4更重要。 帝都的MAO LIVE HOUSE是在鼓楼附近，以前没怎么去过，走到那里，感觉到浓郁的文化氛围，街边都是小平房，...

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹 Pseudo-holographic movie revealing protein dynamics trajectories 文/Sobereva@北京科音    2012-Jul-18 现在廉价的伪全息影像实现方法已经在网上盛传，寡人也做了一个，虽然原理十分简单，但实际看上去比想象得更有趣。大家基本都是用这技术来显示Miku等角色的舞蹈，寡人靠VMD做了个蛋白质伪全息视频，效果不错，如下图所示...

在赝势下做波函数分析的一些说明

在赝势下做波函数分析的一些说明 Some instructions on wavefunction analysis under pseudopotential 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Jul-17   Last update: 2019-Jun-3   经常有人问在赝势下能不能做AIM分析、Multiwfn (http://sobereva.com/mult...

使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度

2019-Jun-22注：由于后来出了好用得多的GIMIC 2.0版，此文介绍的GIMIC老版本的程序使用部分的内容已经完全过时了。想用GIMIC研究问题的读者一定要仔细看《考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用》（http://sobereva.com/491），其中还包含24分钟演示视频。 使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度 Calculating and analyzing magnetically induced current d...
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