VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法 文/Sobereva 写于约2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一种方法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率，这种方法适合描述少数几个粒子的密度分布，效果比较柔和。 渲染模式开GLSL，在Materials对话框里把Transparent材质复制到一个新的材质叫a 把a的Ambient设最大，Opacity设0.03，然后在文本控制台source一下d...

使VMD播放轨迹时同步显示帧号 文/Sobereva   写于约2008年   把这段内容存为showframe.tcl，保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol new proc sdf {args} {global vmd_frame graphics 0 delete all graphics 0 color...

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上，-aver设定一个轴，默认是z，也可以是x和y，投影到的就是垂直于这个轴的面，如z就是xy。-xmin和-xmax设定这个轴上的指定坐标范围内的粒子被投影到那个平面上。得到.xpm图。 g_densmap还可以做轴向-径向密度分布图。用-rmax定义径向最大...

Fedora7下使用GaussView3.09的方法 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年   GaussView linux版主要是面向rh9那时代的系统开发的，fedora7-64bit下面使用需要几个步骤 下载这个包 ...

声明：此文最初发布于Sobereva的百度博客，后在网上被一堆博客胡乱转载，却不注明真正来源。此文真正原文在此！鄙视胡乱转载但是不注明出处的人！ 解析gromacs的restraint、constraint和freeze 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式：restraint、constraint和freeze，有各自的特点。 限制(restraint) ...

mpich2多节点并行运算的设置 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在单节点上使用mpich2，编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了，下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法，关于amber的并行设置，都在之前的帖子里。这里用root，fedora7。建立多节点并行运算，是计算化学工作者必备的能力，这里讲得详细些。 这里假设有两台电脑，分别叫vmware1和vmware2，IP分别为192.168.0.2...

Fedora8安装sybyl8.0 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本 1 下载：http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html，下载CD1和DVD1，crack在DVD1中，不需要单独下 2 挂载： mkdir /mnt/iso mkdir /mnt/i...

关于mailing list 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时，经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List，邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件)，都会保存下来，供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。 很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务，如果邮件列表是公开的，一般都可以在相关网页中检索到以往邮件列表内的...

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件 文/Sobereva @北京科音  写于约2008年 这是个老生常谈的问题，但通过dos批处理文件，可以实现很多方便的功能，想在这里多说一下。 先从最简单的解决方法说，网上老是有人问，我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法 1 多个输入文件写入一个列表中，统一执行：创建.bcf文件，每一行都是C:\QCexperiment\exp3\b1.gjf , b1.out这样。没用的...

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响 文/Sobereva @北京科音   2008-Nov-23 PS: 2008年11月21日前后，在Amber mailing list上有人以Electrostatic Energy Components为主题询问EEL和1-4EEL的关系(显然答案是EEL不包含1-4EEL)，之后却偏离了这个话题，涉及到一个重要问题，就是1-4非键作用对拟合二面角势能项参数方法的影响，Ross Walker做出...

gromacs决定力场参数的方式 文/sobereva @北京科音    2009-Apr-5 Q: 43a1力场中，有的键长、键角、二面角都是空白的，只有原子的信息，这种情况是不是constraint啊？ 比如这样：    51    91     2           ...

Amber10安装方法 文/Sobereva @北京科音    2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机：Q6600，2G，XP-SP2。虚拟机：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，双核，512MB，10GB，默认分区，bash，root，intel-MKL-10.0.4.023，intel fortran compiler 10....

Amber力场二面角参数的解释 文/Sobereva @北京科音    写于约2008年   在xleap中edit parm99时，进入参数修改界面，每个参数都有介绍。在二面角参数设置中，PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2，也称作PK)除以第一列参数的值，第一列代表两端原子数乘积(即redundancy，也称作IDIVF)，所以PK/IDIV...