将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具

将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具

文/Sobereva
First release: 2013-Nov-12    Last update: 2016-Jan-20

 

 

最 近用MOPAC2012优化一些大体系,虽然有现成的程序,诸如gabedit可以观看优化后的结构,但是没法像在gview里那样观看优化过程中的结构 变化。而看不到优化过程的话,特别是对于较大体系,就心里没谱。另外这些支持MOPAC的可视化程序的界面也着实不好。遂写了个小程序,把 MOPAC2012的优化任务的输出文件转化为xyz格式的轨迹文件,然后将xyz文件直接拖到VMD里就可以很方便地观看优化过程中结构怎么变化了。

 

1.0.3版下载地址:/usr/uploads/file/20160124/20160124132758_98542.rar


使用说明:

mopac2xyz用来把MOPAC2012的EF方式的几何优化的结构变化过程提取出来构成多帧xyz文件。然后直接将生成的xyz文件拖进VMD就可以观看优化过程的结构变化了。

压缩包内的test.mop是示例输入文件,test.out是相应的输出文件。mopac2xyz.exe是编译好的Windows版程序。

启 动mopac2xyz后先输入MOPAC2012的优化任务的输出文件名。由于优化过程可能步数很多,为了减少输出文件的帧数,程序会让你指定每多少步输 出一次到.xyz文件里,如果输入1,那么每一步的结构都输出。程序处理完之后,结构变化过程就都存到当前目录下的.xyz文件中了。

注意MOPAC的输入文件必须用笛卡尔坐标,并且必须写PRNT=2关键词。并且输入文件第三行的内容必须是All coordinates are Cartesian。


如果任务文件不是EF优化,而是比如L-BFGS优化,那么此程序提取出来的只有初始结构和优化后的结构。

有问题请联系寡人sobereva[at]sina.com。

仅有一条评论

  1. wendao

    用到了MOPAC2016也work

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