mopac2xyz:将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具

mopac2xyz:将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具

文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-12    Last update: 2021-Sep-20

 

 

最近用MOPAC优化一些大体系,虽然有现成的程序诸如gabedit可以观看优化后的结构,但是没法像在GaussView里那样观看优化过程中的结构 变化。而看不到优化过程的话,特别是对于较大体系,就心里没谱。另外这些支持MOPAC的可视化程序的界面也着实不好。遂写了个小程序,把MOPAC的优化任务的输出文件转化为xyz格式的轨迹文件(介绍见谈谈记录化学体系结构的xyz文件http://sobereva.com/477),然后将xyz文件直接拖到VMD里就可以很方便地观看优化过程中结构怎么变化了。

 

mopac2xyz 1.0.3版下载地址:http://sobereva.com/soft/mopac2xyz_1.0.3.zip


使用说明:

mopac2xyz用来把MOPAC的EF方式的几何优化的结构变化过程提取出来构成多帧xyz文件。然后直接将生成的xyz文件拖进VMD就可以观看优化过程的结构变化了。

当前mopac2xyz版本已测试能够兼容MOPAC 2012/2016。不保证能兼容其它版本的MOPAC的输出文件。

压缩包内的test.mop是示例输入文件,test.out是相应的输出文件。mopac2xyz.exe是编译好的Windows版程序,无后缀的mopac2xyz文件是编译好的Linux版程序。

启动mopac2xyz后先输入MOPAC的优化任务的输出文件名。由于优化过程可能步数很多,为了减少输出文件的帧数,程序会让你指定每多少步输出一次到.xyz文件里,如果输入1,那么每一步的结构都输出。程序处理完之后,结构变化过程就都存到当前目录下的.xyz文件中了。

注意MOPAC的输入文件必须用笛卡尔坐标,并且必须写PRNT=2关键词。并且输入文件第三行的内容必须是All coordinates are Cartesian(是为了让mopac2xyz能够定位)。如果任务不是EF方法优化,而是比如L-BFGS方法优化(对较大体系默认如此),那么此程序提取出来的只有初始结构和优化后的结构,也有可能提取不成功。此时用户必须加上EF关键词才能提取优化过程的所有帧。建议用户总带着PRNT=2 EF关键词
 
有问题请电子邮件联系我(程序启动时显示了)。