计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本 文/Sobereva   2009-Nov-8 有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本，下面是我的VMD Tcl脚本，或许有人也用得着。 氢键判据用的是常用的35度3.5埃的几何判据，当然也可以直接在脚本里改。计算方法是，只要有水分子有一个原子在某一层里，则这个水分子就认为属于这一层的水。对于每一帧，计算属于每一层的水selin与其它物质selbig之间的氢键数，氢键包括...

找回Windows 7中经典风格的开始菜单 文/Sobereva    2009-Nov-1 很多从windows95/98或者dos时代过来的资深老用户对于windows 7彻底去掉了经典开始菜单与我一样感到愤怒，感到工作效率严重受挫，但win7的这个设计似乎很讨好从XP时代过来的菜鸟，以至于占多数用户的这类群体对这个变化不以为然。即便这个设计对一部分用户的确更有利，但不尊重用户的选择权利是恶劣的行为。有人开发了cs menu解决这个困难，...

谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Mar-27 我曾在《谈谈5d-6d型d轨道波函数与它们在高斯中的标识》一文中讨论到量化程序中的基函数与实际中的原子轨道的对应问题，即6d型笛卡尔GTF函数是难以对应实际实际原子轨道的，这是基函数本身形式的问题。导致对应问题的另一个因素，就是分子的取向问题，它造成了分子轨道组成与常规化学观念相冲突，比如π键。这个问题...

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识 文/Sobereva@北京科音   Last Update: 2011-Jul-30 在含有d轨道的体系的高斯输出文件中，有时会看到d轨道名以D 0, D+1, D-1, D+2, D-2标识，有人误以为那些轨道就是指复数型真实原子轨道，这是个严重的误区，下面将对此进行讨论。 在高斯等量化程序中，对于非半经验方法用的都是GTF(Gaussian type function)型实函数用来描述...

GAMESS-US 2009 R3版编译方法 文/Sobereva @北京科音    First release: 2009-Oct-7  Last updated: 2010-Jan-20 操作系统：Fedora7-64bit，已装gcc 4.1.2（在系统安装过程中选择了安装软件开发这一类就会装上），系统中有csh（Fedora8及以后需手动安装csh），root用户，使用bash shell，GAMESS(US)版本为Janu...

C76优秀音乐推荐-其它部分 文/Sobereva    2009-Sep-30 PS: C76东方系列音乐精选见此贴：http://sobereva.com/48 虽然C76的东方project的同人音乐质量不如C75，但是其它同人音乐质量却相当好，胜于C75很多。最精彩部分共被我选出27首（相比之下C75只有10首）。以下曲目都是从verycd上全部发布过的C76非东方project的CD中精选出来。 本次推荐的C76非东方系列的音...

C76优秀音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva   2009-Sep-30 客观来讲，C76东方同人作品整体质量与C75有不小差距。多数都被列入了level B，即有特点但不完美。这些曲目精选自verycd上发布过的全部（约40张）C76东方同人CD。 这些文件绝大多数都是我从无损格式转化过来的，160kbps的ogg既节省空间，音质也足够高，听感上与无损无异（之所以FXT/FXTZ中的音乐使用的是~195kbps的ogg正是因为这个...

Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Sep-13    Last update: 2014-Sep-8 网上也有一些关于高斯linda并行设置的文章，也有讨论使用虚拟机模拟的集群跑高斯+linda的，但是说明都不甚具体，各种linux发行版本差异也不小，拿到手的高斯程序也有所不同，其设置方法往往不能直接套用。最近也有人问配置Linda的问题，...

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理   文/Sobereva @北京科音 First release 2009-Aug-27  Last update: 2018-Jul-5 计算A、B分子间的弱相互作用能时，一般不能简单地通过E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)来计算，因为E_AB能量相对于E(A) + E(B)的降低来自两方面，一方面是真实的A、B分子间的相互作用能，这是我们要求的；另...

Sobereva于大约2008年8月15日制作，下载地址：/usr/uploads/file/20150605/20150605012359_52218.rar 修改器所修改的地址介绍（皆4字节整数)： 得点，004B0C44，数值为屏幕显示的值的1/10。 Power，004B0C48，内存中数值为显示的数值的100倍，如1.03为103。建议锁在399，然后吃一个红P就满了，并实际生效了。设400或更多不直接起作用 残机数，004B0C98...

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Aug-6   Last update: 2019-Feb-4 前言：本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法，并讨论相关问题。由于这类算法极多，可以互相组合，限于精力不可能面面俱到展开，所以只介绍常用，或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献，做了一定修改。由于本文作为帖子发布，文中无法插入复杂公式，故文中尽量将公式转化为文字描...

计算化学相关的免费的在线数据库及工具 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2 这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助，有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关，所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大，内容...

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Apr-6 本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型（=Generalized Born，广义Born模型）的各个方面。 隐式水模型优势主要有下： 减少体系的粒子数从而降低计算开销。 没有溶剂摩擦效应，可以加快构象变化。 不显著、具体地表现溶剂运动而直接表现平均效果，便于计算自由能，避免动力学很长时间采样。 不需要显式水的预平衡过程。...

用VMD做太极拳动画 文/Sobereva    2009-May-25 做出来的动画： VMD不仅仅可以用来做研究，还可以用来娱乐，在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用VMD做了一个小人打太极拳的轨迹动画，以此为基础对方法进行说明，希望起到抛砖引玉的作用，由于时间所限，只作了5个动作。所用VMD为windows版1.8.6。 动画下载地址： /usr/uploads/f...

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x) 文/sobereva @北京科音    2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三种类型：AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是给原子一个外力，实际上是一个弹簧点在恒速远离，弹簧点拉动一组原子，其力取决于弹簧点与这组原子质心的距离和自己定义的力常数。类似amber的jar=1。 比如A----...