gromacs和amber处理环肽的办法 The way of dealing with cyclic peptides in GROMACS and AMBER  文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 环肽的模拟其实和直链肽没有区别，只是环肽首尾相接，在读入gmx和amber时需要做一些处理，否则会被当作N端和C端残基自动进行特殊处理，而我们的目的就是让pdb两端的氨基酸被程序当成普通的处于中端的氨基酸残基来处理...

VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法 The solution to APBS plug-in of VMD prompts ...unreadable 文/Sobereva   写于约2008年 这个插件是有bug的，mailing list也有报告，但是没给出解决方法。 实际上这个问题是由于APBS插件写入apbs.in里面的pqr文件路径有误导致的。 ...

将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0 Itp2rtp V1.0: Converting the itp file produced by prodrg to rtp file 文/Sobereva @北京科音   写于2008年 通过prodrg获得的小分子.itp文件中，原子的顺序总是发生变化，无法直接include使用。如果分子数目较少可以手动修改，但对于磷脂层这样...

玩windows任务管理器CPU占用率曲线 文/Sobereva   写于2008年 以前听说邹某《编程之美》那书里说过，微软面试的一个考题是如何让CPU占用率保持50%，前几天夜里自己编了个并且很容易就实现了，发现和正确答案非常像。然后我又加了几句，让之呈锯齿形波动 下载地址/usr/uploads/file/20150602/20150602213422_37162.rar 运行时最好别开其它占用CPU资源的程...

计算化学攒机--电源篇 文/Sobereva @北京科音   2008-Sep-17 1.  品牌及选购 1.1 品牌简介 1.2 关于代工厂商 1.3 品牌的选择 1.4 适合购买的电源* 1.5 电源质量的简易评判 2.  电源基础知识 2.1 输出电压和各种线 2.2 电源接口 2.3 电源规范 2.4 服务器电源 3.  功率 3.1 电源功率的选择 3.2 电源的真实功率 4.  电源指标 5.&nbs...

计算化学攒机--机箱篇 文/Sobereva @北京科音   2008-Sep-12 1. 机箱的规格 现在最常见的主板规格分为EATX(30.5x33.2cm，常见的双路服务器主板尺寸)、ATX(30.5x24.2cm，长方形，最常见的民用主板规格及少部分双路服务器主板)、Micro-ATX(24.2x24.2cm，PCI槽很少的正方形主板，用于小尺寸迷你机)。大机箱可以兼容小主板，但小机箱不能兼容大主板，比如服务器机箱一般都是EAT...

注意：GsGrid的全部功能早已经融合到了Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)当中作为主功能13，故GsGrid不再更新。 GsGrid V1.6 Extract data from Gaussian grid file and grid file calculation Programmed by Sobereva, 2009-Oct-7 Bug report or recommend: Sobereva@si...

VMD制作体系旋转和轨迹播放的gif动画的简单方法 A simple way to create gif animations of system rotation and trajectory play using VMD 文/Sobereva@北京科音    写于约2008年 用这个方法可以做出体系旋转演示的gif图，适合嵌入网页或幻灯片，比压成视频文件更清楚也往往更小，也无须调用videomach之类的，十分方便而且...

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法 Two methods for VMD to display the spatial density distribution of particles in trajectories 文/Sobereva 写于约2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一种方法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率，这种方法适合描述少数几个粒子的密度分布，效果比较柔和。 ...

使VMD播放轨迹时同步显示帧号 Making VMD display frame number synchronously when playing trajectory 文/Sobereva@北京科音   写于约2008年   把这段内容存为showframe.tcl，保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol n...

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图 Using g_densmap to obtain a two-dimensional density distribution map near a molecule 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上，-aver设定一个轴，默认是z，也可以是x和y，投影到的就是垂直于这个轴的面，如z就是xy...

声明：此文最初发布于Sobereva的百度博客，后在网上被一堆博客胡乱转载，却不注明真正来源。此文真正原文在此！鄙视胡乱转载但是不注明出处的人！ 解析gromacs的restraint、constraint和freeze Explanation of restraint, constraint and freeze of GROMACS 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式：r...

mpich2多节点并行运算的设置 Settings of mpich2 for multi-node parallel calculation 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在单节点上使用mpich2，编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了，下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法，关于amber的并行设置，都在之前的帖子里。这里用root，fedora7。建立多节点并行运算，是计算化学工作者必备的能力，这...

Fedora 8安装sybyl 8.0 Installation of Sybyl 8.0 in Fedora 8 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本 1 下载：http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html（已失效），下载CD1和DVD1，crack在D...

关于mailing list About mailing list 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时，经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List，邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件)，都会保存下来，供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。 很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务，如果邮件列表是公开的，一般都...