GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法

GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法
文/Sobereva
First release: 2011-Oct-9


两年前笔者已经写过了GAMESS-US的2009 R3版编译方法,见http://sobereva.com/50。由于在目前最新的2011-Aug-11版中编译过程发生了一些变化,所以重新写一遍编译方法。但这次就不进行那么多解释了,这样文章也显得更清晰整洁。编译过程的解释可以参考2009 R3版编译方法的帖子。官方对编译过程的说明可以参考gamess/misc/readme.unix文档。

GAMESS-US版本:2011-Aug-11
编译器和数学库:ifort 12.1.0+MKL。均安装在默认路径。
系统:RHEL6-U1 64bit(Vmware7.1.2虚拟机)
用户:root
计算姬:Toshiba X500 (i7-2630QM)。程序将安装在/sob/gamess下。


1. 生成配置文件
将压缩包解压至/sob/gamess,并进入此目录
执行./config,依次输入([enter]代表直接敲回车跳过提示)
[enter]
linux64
[enter]   //即使用默认路径
ifort
12
[enter]
[enter]
mkl
/opt/intel/mkl
skip
[enter]
[enter]
sockets
此时配置文件install.info在当前目录下生成了


2. 编译ddi
cd ddi
./compddi
把得到的ddikick.x移动到上一级目录,即/sob/gamess下。


3. 编译代码并连接为可执行文件
cd ..
./compall
经过近20min编译,objects目录下生成了255个.o文件

./lked gamess 00


4. 配置运行环境
建立/sob/gamess/scr文件夹

对rungms文件作如下修改:
setenv AUXDATA ~mike/gamess/auxdata改为setenv AUXDATA /sob/gamess/auxdata
~$USER全都替换为/sob/gamess
所有/home/mike替换为/sob
if ($os == Linux)   set GMSPATH=/cu/mike/gamess改为if ($os == Linux)   set GMSPATH=/sob/gamess
set SCR=/scr/$USER改为set SCR=/sob/gamess/scr
如果想要单机多核计算,在约556行处的switch (`hostname`)这行下面插入以下内容。其中xxx是本机名,即运行hostname命令所显示的内容。
         case xxx:
            set NNODES=1
            set HOSTLIST=(`hostname`:cpus=$NCPUS)
            breaksw


5. 测试
把runall文件的chdir /u1/mike/gamess改为chdir /sob/gamess

./runall进行测试。经过10分钟左右,全部44个任务测试完成。
修改tools/checktst目录下checktst文件的set GMSPATH=后面为/sob/gamess,然后运行此文件,出现提示时输入/sob/gamess。笔者机子上44个测试全部通过。

同时也测试一下单机多核方式能否正常运行,运行比如./rungms exam01.inp 00 4,其中4代表用4核。笔者这里直接测试通过。

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