安装和使用molproView

安装和使用molproView
文/Sobereva  2010-Sep-20


molpro执行任务后会自动生成包含结果信息的.xml文件,molproView可以将之转化为网页文件,通过网页浏览器清晰地查看运行结果。molproView下载地址为http://www.molpro.net/molproView。

此程序有两类执行模式:
1 基于web服务器的模式。主机需要有PHP支持,通过网页浏览器访问解压目录下的molproView.php文件,然后输入.xml文件路径,就能看到结果页面。官方也提供了运行molproView的服务器http://www.molpro.net/molproView/molproView.php,但是没法直接输入本机文件路径,.xml文件需要先传到某web服务器上,略微麻烦。但若是molproView.php运行于本机,可以通过配置使之能够载入本地.xml文件。

2 纯粹单机模式。这种模式下molproView只是作为一个基于命令行的文件转换器,不需要PHP运行环境,最适合单机使用,安装方式和使用方式见下文。以下步骤在FC6 32bit下执行成功,假设要安装到/sob/molproView下。

将molproView压缩包解压到/sob下,然后去这里下载jmol压缩包(页面会经过自动跳转):http://downloads.sourceforge.net/jmol/jmol-11.4.4-binary.tar.gz,然后放到/sob下。在/sob/molproView/Makefile里把JMOLURL变量设为file:/sob,也就是不自动从网上下载而是直接用已下载好的本地的jmol包(因为默认的下载路径不对),然后运行make,jmol会被解压到/sob/molproView/jmol下,此目录中自带的example.xml会被转换出example.html,用网页浏览器打开会看到计算结果、振动模式、等值面等信息,其中图表实际上是在线调用google在线作图程序,所以得联网。以后自行得到的新的.xml文件只要放在此目录下执行make就可得到转换后的网页文件,转换很快。

网页浏览器需要有java支持才能显示分子结构和等值面,到SUN的网站下载Linux版Java运行环境包,目前的地址是http://java.com/en/download/linux_manual.jsp?locale=en&host=java.com,选其中的Linux RPM,下载后执行之,会自动解压并安装rpm包。然后给Firefox添加java插件,cd进入/usr/lib/firefox-1.5.0.7/plugins目录,执行ln -s /usr/java/jre1.6.0_21/plugin/i386/ns7/libjavaplugin_oji.so。
重新启动Firefox,在地址栏输入about:plugins就可以看到是否的确已经安装好了插件。

如果显示格点文件的地方显示access denied,则在/usr/java/jre1.6.0_21/lib/security里面的java.policy里面加入下面内容:
grant codeBase "file:/sob/molproView/jmol/*" {
 permission java.security.AllPermission;
};
这样就允许/sob/molproView/jmol/下的java程序文件访问本地文件了,错误就解决了。

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