VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本
文/Sobereva   2010-May-25


透明的材质的物体越叠加越深,通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架(CA原子),就容易看出不同位置的活动性,并与B因子/RMSF相互对照。

首先自定义一下材质,在Material窗口中选Transparent,然后点Create New,将新材质命名为a。然后在控制台执行draw material a,并执行draw color iceblue,当然也可以用自己喜欢的颜色,比如orange。这样就说明接下来绘制的物件都是iceblue颜色,用材质a。将Display-Render mode设为GLSL。

然后将下面内容复制到控制台里执行,就新增了supshow命令

proc supshow {fps1 fps2 space} {
for {set fps $fps1} {$fps<$fps2} {incr fps $space} {
set selca [atomselect top "name CA" frame $fps]
set calist [$selca get {x y z}]
for {set n 0} {$n<[expr [$selca num]-2]} {incr n 1} {
draw cylinder [lindex $calist $n] [lindex $calist [expr $n+1]] radius 0.1 filled yes resolution 20
}
$selca delete
echo "frame" $fps "done"
}}

将轨迹载入(并且Align一下消平动转动),然后比如执行supshow 1 80 2就说明从1到80帧每2帧绘制一次骨架结构。绘制到了哪帧会在控制台实时输出。绘制完毕后,自行调整a材质的各个属性,主要是opacity和Ambient,效果会实时展现出来,可以得到类似上图的效果。很明显中间区域alpha螺旋活动性小,线的颜色深,而外侧则比较虚、零散,说明活动性大。若显卡较老不支持GLSL,则没有透明效果。



再稍微ps一下,会好看些:

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