谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-25 化学体系可视化程序VMD的用户越来越多,经常有人在网上问我怎么在VMD里修改键连关系,这里就专门说一下这个问题。本文内容对应于撰文时最新的VMD正式版1.9.3,对其它版本可能适用也可能不适用。 当VMD载入pdb、xyz等格式的结构文件时,程序就会自动判断连接关系。判断规则和Multiwfn、GaussView等程序类似,...

通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点

通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-24 0 前言 福井函数(Fukui function)与双描述符(dual descriptor)是概念密度泛函理论框架下定义的非常流行的用于预测反应位点的方法,笔者之前写过很多相关文章,连同大量相关综述都汇总提供在了这里:《概念密度泛函综述和重要文献合集》(http://bbs.keinsci.com/threa...

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

懒得在这里再发一遍了,本文直接在计算化学公社论坛看: http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型,搜索治疗武汉肺炎的神药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象,最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  2020-Feb-1 1 前言 RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法,在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)中笔者对RESP电荷有非常详细的介绍。RESP电荷的具体数值明显依赖于计算电子波函数用的量子化学方法和基组,以及对溶剂效应的考虑。有不少人...

一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本

一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jan-28  Last update: 2020-Feb-5 本文提供笔者写的两个Linux下的Bash shell脚本,对实际研究有一定价值,都利用了Multiwfn程序进行格式转换,因此Multiwfn必须已恰当安装从而能通过Multiwfn命令直接启动。Mult...

使用Multiwfn便利地查看所有激发态中的主要轨道跃迁贡献

使用Multiwfn便利地查看所有激发态中的主要轨道跃迁贡献 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Jan-28  Last update: 2020-Jul-7 之前笔者写过一篇文章《电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算》(http://sobereva.com/230),介绍了如何对TDDFT及类似方法计算的激发态计算轨道跃迁的贡献。在很多电子激发的研究文章中都会给出各个激发态中各种主要MO跃...

2019年下半年观看的非TV版动画简评

2019年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2020-Jan-20 这里对从2019年7月1日开始截止到2019年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。还有些此类动画看完后忘写了,就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 关于我转生变成史莱姆这档事 OAD01 长度:23m16s 讲述...

2019年下半年优秀动画音乐推荐

2019年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2020-Jan-19 这是第11次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2019年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/496) 《2018年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobere...

使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-24  Last update: 2020-Jun-21  1 前言 能量分解方法之前我在《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》(http://sobereva.com/252)中简单介绍过。能量分解就是将片段间相互作用能分解成不同物理成分,从而能从能量角度更深...

通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度

通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-22  Last update: 2020-Mar-22 1 前言 轨道的离域程度就是指轨道分布的范围是比较窄还是比较广,分布范围越大可以说离域性越强。有人在思想家公社QQ群里发了几个轨道图片,问怎么衡量他这几个轨道的离域程度,即谁离域相对比较强一些。有很多情况直接看轨道图形就可以直接比...

一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章

后记:本文介绍的18碳环体系的ChemRxiv文章的部分内容经过扩展后已正式发表在碳化学研究的权威期刊Carbon上,非常欢迎阅读和引用!见《北京科音在Carbon期刊上发表了两篇量子化学研究18碳环体系的文章》(http://bbs.keinsci.com/thread-17456-1-1.html)。 一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章 Sobereva@北京科音 First release: 2019-D...

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Dec-4 有人在Multiwfn中文论坛上问怎么把Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上,以便于直观观看。将Multiwfn与GaussView结合使用就可以很方便地实现这一点,在本文介绍一下。读者必须使用2019-Dec-4及以后更新的Multiwfn版本,可以在其官网http://sobereva.com/mult...

计算分子内氢键键能的几种方法

计算分子内氢键键能的几种方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-23 0 前言 计算分子间弱相互作用,包括计算最常被研究的氢键的键能,已经有非常成熟、准确的方法,比如最常用的就是用CCSD(T)等高精度方法,拿复合物的能量减各个单体的能量。有时我们需要研究分子内氢键的键能,但计算方法并不唯一,哪种方法最合理也争议颇多,没有普遍的共识,而且本身这也不是实验上可以测定的。尽管如此,由于研究分子内氢键键能在很多方面(...

Grimme的xtb程序的编译方法

Grimme的xtb程序的编译方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-21 之前笔者在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》(http://sobereva.com/421)中已经对xtb程序的基本情况进行了介绍,也说明了安装方法。通常直接用预编译版的xtb就够了,但有时候为实现特殊目的需要改代码,这就需要自己编译了。本文介绍一下在CentOS 7.4下的编译。机子...

2019年10月完结动画简评

2019年10月完结动画简评 文/Sobereva  2019-Nov-13 本文是笔者完整观看过的2019年10月完结的21部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么...