简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3

简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3 Sobereva@北京科音  文/2019-Feb-3 Gaussian里找过渡态的关键词有三:opt=TS、opt=QST2、opt=QST3。经常在网上看到有很多初学者居然把QST2当做找过渡态默认用的关键词,明显是被一些坑爹言论毒害的后果。这里就抽一点时间非常简单地说说常用的opt=TS关键词,以及为什么我很不建议在一般情况下用QST2、QST3。本文并不举实际计算例子...

2018年下半年优秀动画音乐推荐

2018年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2019-Jan-7 这是第9次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2018年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/428) 《2017年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva...

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速)

GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法(支持GPU加速) 文/Sobereva@北京科音   First release: 2019-Jun-4  Last update: 2019-May-9 注1:本文的纯CPU版的编译方法经测试对于GROMACS 2018.x、2019.1都适用。本文的编译CUDA版的方法经测试对GROMACS 2019.1版适用,不适用于更老版本。本文的编译方法对于未来的GROMA...

GROMACS的安装方法(含全程视频演示)

注:GROMACS通常在Linux下运行,本文只讲在Linux下的编译和安装方法。GROMACS在Windows下也照样可以完美编译和运行,参见《GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法》(http://sobereva.com/458),里面还提供了笔者编译好的Windows版。 GROMACS的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jan-2  Last up...

2018年下半年观看的非TV版动画简评

2018年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2019-Jan-1 以前Sobereva只写观看了的TV版动画评论,但是我看的OVA、OAD、SP、剧场版等额外形式的动画也不少,不写评论可惜了,因此这里对从2018年9月15日开始截止到2018年12月31日观看的非TV版动画也都进行简单评论,以后也会一直写此类评论。还有些此类动画看完后忘写了,就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。 牵...

VASP最简单的安装方法(含全程视频演示)

VASP的最简单的安装方法 文/Sobereva@北京科音   2019-Jan-1 目前计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)上的第一性原理板块里已经有多篇写得很好的关于VASP的编译方法的帖子了。笔者这里写一个初学者最易于理解的版本,不仅所需要的操作步骤是最少的,而且编译出来的VASP运行效率几乎是最高的。考虑到少数读者可能存在阅读理解能力障碍、极其不情愿看文字,本文的安装过程笔者录了完整的演示视频,...

在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示

视频地址:https://www.bilibili.com/video/av39555524/  因为给别人解释怎么安装计算化学程序的时候,对方有极大概率是Linux零基础,不知道系统怎么装,或者装了也是瞎装,故录此视频。完全Linux零基础的人严格照着此视频也可以顺利安装最适合计算化学工作者使用的CentOS。本视频虽然用的是VMware装的,但对于实体计算机,只要把镜像烧到U盘或光盘并由其启动,之后的安装过程和视频里完全一样,只不过应在安装界面里根据实际情况对硬盘进行分区。笔...

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画(视频演示)

使用CYLview绘制高质量分子结构图和制作化学反应演示动画 文/Sobereva@北京科音 2018-Dec-26 CYLview的虽然功能不算多强大,但它在作图的很多特性方面没有其它程序能很好取代,所以笔者特意录制了长为11分钟的使用CYLview绘制分子结构图和制作各种类型动画的演示视频,见:https://www.bilibili.com/video/av39041185 本文内容是对视频内容进行一些补充说明。视频里并...

Multiwfn FAQ

Multiwfn FAQ 文/Sobereva@北京科音  First release: 2018-Dec-24   Last update:  2019-Jun-11 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)如今已十分流行,本文针对用户常问的问题进行统一解答,也推荐所有Multiwfn用户完整阅读此文!此文会经常更新。本文分为四部分:(1)常识性...

量子化学程序ORCA的安装方法

量子化学程序ORCA的安装方法 文/Sobereva@北京科音 First release 2018-Dec-21  Last update: 2019-Jun-17 0 前言 ORCA是一款对学术用户免费但不开源的量子化学程序,发展迅猛,流行程度越来越高,用户越来越多。虽然ORCA的安装很简单,都不需要编译源代码,但还是有不少量子化学初学者经常问怎么安装,这里就统一说一下。当随着ORCA程序更新,导致最...

为什么我极度鄙视和厌恶百毒

为什么我极度鄙视和厌恶百毒 文/Sobereva  First release: 2018-Dec-3  Last update: 2019-Jun-1 我对百毒的鄙视和厌恶由来已久,早就想写此文,但一直没空。正好昨天有个人在我的一个两千多人的专业的科研群里大肆鼓吹使用百毒、百毒学术、百毒文库,结果被笔者和群友一通批判。我对百毒真是不吐不快,借此机会我把此文写出来,使他人能全面了解笔者对百毒的态度。本文仅代表我现阶段...

用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)

注:本文的操作配有演示视频,请注意观看,五分钟就能学会画出本文里面的图像的效果,见https://www.bilibili.com/video/av37101659/ 用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-30  Last update: 2019-Apr-26 在《使用Multiwfn观看分子轨道》(http://sob...

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览

Multiwfn支持的电子激发分析方法一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-14  Last update: 2019-Feb-19 电子激发的研究是量子化学最重要的研究领域之一。波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)在表征、分析电子激发问题方面有非常强大的功能,不仅支持几乎所有文献里提出的这方面的分析方法,还包含诸多独创的实用研究...

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-11   Last update: 2019-Feb-19 摘要:本文非常简要地介绍一下对非限制性开壳层波函数的alpha和beta轨道之间做双正交化的方法,并且以三重态乙醇为例介绍如何在Multiwfn中实现,使得其alpha和beta轨道最大程度匹配,从而便于讨论轨道。本文说的Mul...