用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用

用于非限制性开壳层波函数的双正交化方法的原理与应用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Nov-11   Last update: 2019-Feb-19 摘要:本文非常简要地介绍一下对非限制性开壳层波函数的alpha和beta轨道之间做双正交化的方法,并且以三重态乙醇为例介绍如何在Multiwfn中实现,使得其alpha和beta轨道最大程度匹配,从而便于讨论轨道。本文说的Mul...

使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频)

注1:本文有完整的演示视频,初学者严格照着操作!5分钟内不可能学不会!https://www.bilibili.com/video/av34024335/ (别说字太小看不清楚,登录后看1080p的,不可能看不清楚) 注2:在本文的基础上,通过修改材质和恰当使用Tachyon渲染器,可以得到效果远胜于本文的轨道等值面图,务必在看过本文后一看:http://sobereva.com/449 使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图 ...

2018年10月完结动画简评

2018年10月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Oct-16 本文是笔者完整观看过的2018年10月完结的24部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么...

使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频)

注:本文有配套演示视频,必看!见https://www.bilibili.com/video/av33733749/ 凡是按照本文的详细说明还绘制不出来的人,一定要精确严格重复视频里的操作! 使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-13  Last update: 2018-Oct-...

计算化学购机配置推荐

计算化学购机配置推荐 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Oct-8  Last update: 2019-Feb-23 0 前言 经常有人问买机子做计算化学计算该用什么配置,这要根据预算、主要用的程序、主要做的任务类型、算的体系大小、对购买渠道有无限制等很多因素综合考虑。这里,笔者根据不同预算档次,给出相应预算下目前天朝能买到的性价比最高的配置。这些配置对常规的量子化学、第一...

使用了Multiwfn发表的第2002~3000篇文章打包下载

这个是截止到2018年10月2日,第2002~3001篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:https://pan.baidu.com/s/1DuFJQxax1MxTxO9MQjLBaQ 这是此文件包里所有文件的列表http://sobereva.com/attach/438/list.txt 由于本文件包里绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候我就下载的,所以文档中大多没有页码、卷号,大家只要到google学术搜索里...

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析

使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Sep-19  Last update: 2018-Sep-21   摘要:本文介绍量子化学波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中的基于分子力场的能量分解的原理和使用。此方法耗时极低,结果物理意义明确,不仅在一些场合可以替代较昂贵的...

RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算

补充:后来又写了《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本》(http://sobereva.com/476),脚本会自动调用Gaussian和Multiwfn完成所有需要的计算,使得RESP电荷计算过程惊人的简单,从初始结构文件到给出最终RESP电荷,仅仅一行命令就能实现! RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音 First release: 2018-Sep-13  L...

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法

基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法 文/Sobereva@北京科音  2018-Sep-6 1 前言 最近在计算化学公社论坛有人问(http://bbs.keinsci.com/thread-10797-1-1.html),怎么自动产生一大批带有指定基团的取代苯,他希望CH3、H、CN、F、Cl、Br、I、OH基团以随机方式组合接到苯上面。我认为最简单的实现方式莫过于自己写个小程序产生各种取代苯...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题

注:笔者在写这篇文章的时候,已经尽本人最大努力考虑到最初级的计算化学工作者理解能力的最底线,请睁大眼睛万分仔细一个字一个字过脑子地阅读本文5遍以上,只要理解能力正常的人100%能装上!如果还装不上,那么友情建议你及早改行成和计算模拟完全无关的领域,肯定能获得比搞计算化学更大的成果(也不要指望看网上其它文章就能装上,因为本文已经是网上关于装Gaussian的文章当中最详细的了)。   Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 文...

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征

使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征  文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-31  Last update: 2018-Nov-29 1 前言 空穴-电子(hole-electron)分析是Multiwfn程序支持的一种非常强大、极为实用的考察电子激发特征的一套方法,它将电子激发过程描述为“空穴→电子”,从而可以以图形化的方式非常直观地考...

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量

在Multiwfn中通过IFCT方法计算电子激发过程中任意片段间的电子转移量 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-31  Last update: 2018-Oct-13 1 前言 电子激发过程中电子是怎么转移的是一个非常重要的问题。量子化学上计算激发态有成熟的方法,见《乱谈激发态的计算方法》(http://sobereva.com/265)、《Gaussian中用TD...

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降!

Multiwfn现已可以调用cubegen使静电势分析耗时有飞跃式的下降! 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Aug-18  Last update: 2018-Aug-30 静电势是极为重要的实空间函数,Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)中支持众多静电势相关分析,例如《静电势与平均局部离子化能综述合集》(http://bbs.kein...

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征

在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征 文/Sobereva @北京科音  2018-Aug-7  0 前言 对一些化学体系,特别是含有共轭特征的,我们往往只对其pi电子特征感兴趣,因为pi电子特征直接影响体系很多方面的性质,比如芳香性、反应活性和反应位点等。考察pi电子特征有很多不同手段,比如计算ELF(电子定域化函数)和LOL(定域化轨道定位函数)、计算pi电子布居、计算pi键级等等。Multiwfn是分析电...