谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算 文/Sobereva  2016-Nov-9 自旋密度和自旋布居都是量化里非常重要也很简单的概念。鉴于很多初学者总是问相关的问题,这里专门说说其概念以及怎么计算。 1 自旋密度 1.1 基本概念 对于开壳层体系,Alpha电子密度分布和Beta电子密度分布是不同的,为了考察未配对电子(或者说单电子)在三维空间中的分布情况,定义了自旋密度(Spin density)的概念: ...

C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part2:所购之物&Cosplay

此文为杂谈第2部分,本文第1部分(现场演出&手办照片)见http://sobereva.com.com/350 C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part2:所购之物&Cosplay 文/Sobereva(3)  2016-Oct-17 C3上销售摊位不多,以手办和原版周边为主,价格普遍比较高。IDO算是综合性展吧,同人本很难见到,故本子只买了一个。 下面是联展中买的东西。 经常在B站新番上看到的版权方羚邦的展台买的...

C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part1:现场演出&手办照片

PS:图非常多,139张,请耐心缓冲 此文为杂谈第1部分,本文第2部分(所购之物&Cosplay)见http://sobereva.com/351 C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part1:现场演出&手办照片 文/Sobereva(3)  2016-Oct-17 2016年10月2日去了国家会议中心的C3 Beijing 2016 + IDO 19联展。这是日本著名的模型展C3第一次在中国办,当然规模肯定没法跟本土...

2016年10月完结动画简评

2016年10月完结动画简评 文/Sobereva (2)+(3)  2016-Oct-6 本文是笔者完整观看过的2016年10月完结的21部全长TV版动画和2部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 《Days》和《齐木楠雄的灾难》还没完结,正...

在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态

在Gaussian中对不同能量区间分批计算激发态 文/Sobereva(3)   2016-Sep-23 1 激发态的分批计算 从Gaussian09的后期版本开始,包括D.01、E.01,对CIS、TD、TDA激发态计算增加了设定能量下限关键词DEmin。比如TD(nstates=50,DEmin=5329),则程序只会计算出激发能高于5329/1000=5.329eV的50个激发态。 DEmin最大的实际用处就是补算激发态。比如对一...

给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse

给基组以even-tempered方式增加弥散函数的工具adddiffuse 文/Sobereva  2016-Sep-23 有的基组本身没弥散函数,或者虽然有弥散函数但只有一层,比如aug-cc-pVTZ,而对于精确计算超极化率、里德堡激发态的目的一层弥散函数不够。 有一种构建基组的方式称为even-tempered,即相邻GTF的指数是成比例的。若当前基组中某个角动量函数中指数最小的是ζ(n),第二小的是ζ(n-1),则这个角动量的弥散函数的指数应当为ζ(...

优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw

优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw 文/Sobereva(3)   2016-Sep-20 1 简介 这几年优化长程校正泛函的w参数(其实是ω,为打字方便就写成w)的做法很火,文章接连不断,有兴趣者可以看看钟成等人的综述《最优化“调控”区间分离密度泛函理论的研究进展》(DOI: 10.3866/PKU.WHXB201605301)。对w进行调节的一种较好方法是使当前w下计算的HOMO轨道能量尽可能接近电离能。这么做的物理思想是...

各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义

各种Sadlej基组的Gaussian格式的定义 文/Sobereva(3)   2016-Sep-18 Sadlej曾经提出过很多专用于算偶极矩、极化率、超极化率这些电场响应性质的基组,比用普适的Dunning系列基组算这类问题更划算。在EMSL上也有Sadlej基组但是很不全面。虽然他们也提供了含有基组定义的网页,但是格式是他们自己的,没法直接用在Gaussian上。笔者通过自编程序,把各种Sadlej基组转换成了Gaussian格式便于大家使用。...

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法

Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法 文/Sobereva  2016-Sep-4 本文把Gaussian中没有内置关键词,但能利用IOp或其它手段等效实现的一些理论方法的用法进行介绍,本文对应于Gaussian 09。文中提到的DSD-PBEP86-D3(BJ)在Gaussian 16中已经可以直接使用。 1 微扰相关的方法 2.1 SCS-MP2 这是Grimme在J. Chem. Phys., 118, 9095 (20...

从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分

从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分 文/Sobereva(3)  2016-Jul-31 获得电子积分是自己写量化程序的关键。在网上能找到一些零散的从常用的Gaussian或GAMESS-US程序中提取单、双电子积分的帖子,但是往往语焉不详,说得不确切、不全面,有的做法不雅,有的还会令人白绕弯路。这里把从Gaussian和GAMESS-US中提取电子积分的方式清楚、详细、准确地说一下。 无论输出的是单电子积分还是双电子积分,都是基函数已归一化...

有感于如今许多超懒的科研工作者

有感于如今许多超懒的科研工作者 文/Sobereva(3)   2016-Jul-10 现在科研工作者越来越懒,这是很多人都有的共识。很多研究生哪是搞科研,时间基本都用在看视频、玩手机电脑、打球、找工作、谈男女关系、开party之类。我长年累月在网上不停答疑,因各种懒人也是积了不少怨气,特别是近来因为一些事尤其感觉不吐不快。随意说三点吧。一时兴起,言语不免偏激。 (a) 最近,有个人刚刚加入思想家公社QQ 2号群,就立马到处给群里的人发私窗(包括我在...

2016年7月完结动画简评

2016年7月完结动画简评 文/Sobereva (2)+(3)  2016-Jul-5 本文是笔者完整观看过的2016年7月完结的12部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 《12岁》和《逆转裁判》还没完结,正在追。 按照惯例还...

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点

辨别虚假坑钱科研培训的关键九点 文/Sobereva(3)  2016-Jun-26 现在很多利益熏心的人看中了科研群体,网络上的虚假坑钱的科研培训、会议的通知越来越多,很多人都向我反映了这一点,有很多警惕性不高但又想学知识的人都上了当,白花了宝贵的时间和金钱。本人历来嫉恶如仇,对于坑害科研工作者的行为更是零容忍,此文就专门说说怎么辨别虚假科研培训。我说得出来的正规的计算化学类的培训有:北京科音办的培训、各大知名软件代理商办的他们的拳头产品的培训、以知名大学为依...

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式

适合超极化率计算的R-ORP基组在Gaussian下的格式 文/Sobereva(3)  2016-Jun-22 在Int. J. Quantum Chem., 116, 1084 (2016)中提出了R-ORP基组,大小和aug-cc-pVDZ差不多,但根据文中测试其计算第一超极化率精度甚至超过d-aug-cc-pVDZ,故适合中、大体系第一超极化率计算。此基组目前只对H、C、N、O、F有定义。原文中并没有给出此基组的Gaussian格式的定义形式,在EMSL上...

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质

使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质 文/Sobereva(3)   2016-Jun-21 利用分子表面积、体积,连同基于分子表面上静电势分布定义的各种指标(统称为GIPF描述符),如静电势极大、极小点数值、静电势的方差和平均值等等,可以用来预测分子凝聚相的各种性质,不少文献给出了专门的预测公式。本文就专门说说怎么使用Multiwfn程序预测这些性质。很多文章理论研究自行设计的新分子时都是利用Multiwfn来进行这种预测...