谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量

谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量 文/Sobereva@北京科音   2019-Jun-1 1 前言 在网上答疑时,经常看到有Gaussian初学者问诸如“我要算xxx,是不是用HF能量”、“我应该用SCF Done能量对比么?”。这种问法被内行人看了很烦,完全是根本没入门、没常识的问法,回答他本来想问的问题前还得先给对方科普一下从输出文件里该读什么数据。鉴于每次都科普一遍太麻烦、甚至都...

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积 文/Sobereva@北京科音  2019-May-27 时常有人问怎么计算分子表面积、怎么计算基团的表面积,其实这用Multiwfn或VMD来做非常简单,这里就结合例子简单说一下。 1 关于分子表面的定义 首先要清楚定义表面积的方式非常多,在《谈谈分子体积的计算》(http://sobereva.com/102)一文中就已经提到了好几个。其中有一个叫做SASA...

Multiwfn 3.6正式版隆重发布!

Multiwfn 3.6正式版隆重发布! 文/Sobereva @北京科音  2019-May-21 Multiwfn的上个正式版3.5是2018年4月16日发布的,经过近一年有余的不断改进和完善,Multiwfn 3.6正式版终于正式发布!目前已经可以在官网上http://sobereva.com/multiwfn下载。 近一年来Multiwfn更新极度频繁,带(dev)后缀的开发版在Multiwfn官网上甚至有时候...

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 由Parr最初开始发展的概念密度泛函理论(Conceptual density functional theory,CDFT)也称密度泛函反应性理论(DFRT),是量子化学和波函数分析领域中的一个重要组成,专门用来预测和解释化学物质的反应活性、反应位点等问题,对于研究化学反应有重要意义。相关介绍...

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)是产生量子化学研究和波函数分析中用到的各种格点数据最方便也最强大的工具,可以在自带的界面里直接显示出等值面,也可以把数据导出成cube文件从而在免费的VMD程序(http://www.ks.uiuc.edu/Research/v...

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-May-14  Last update: 2019-Sep-28 0 前言 基于主流量子化学程序产生的波函数信息,使用Multiwfn可以对孤立体系非常简单、快速、灵活地产生质量非常理想的态密度图,对于分析化学体系的电子结构特征很有帮助。本文将介绍各类态密度图(Total DOS、Part...

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-May-7  Last update: 2019-May-13 有人问我,怎么绘制他的含有多达336个原子的分子的分子表面静电势图。对这么大体系,绘制这种图看似极其困难,很难吃得消,但其实只要方法得当,哪怕只有台普通四核机子,也完全没有压力,而且绘制的图像效果极佳,本文就来介绍一下流程。绘制用的步骤和《使...

2019年4月完结动画简评

2019年4月完结动画简评 文/Sobereva  2019-May-2 本文是笔者完整观看过的2019年4月完结的24部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...

使用Multiwfn绘制光电子谱

使用Multiwfn绘制光电子谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-27  Last update: 2019-May-14 1 前言 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)具有很方便、灵活、强大的态密度(DOS)绘制功能,在《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》(http://sobereva.c...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件

谈谈记录化学体系结构的xyz文件 文/Sobereva@北京科音   2019-Apr-26 xyz是一种非常常用的记录化学体系结构的文件格式,定义极其简单。笔者开发的好多程序,以及其它计算化学程序经常涉及这个格式,网上老有初学者问这文件怎么回事、怎么产生,遂在这里统一介绍一下。 1 xyz文件的定义 xyz是文本型文件,可以用文本编辑器打开。以下是一个典型的.xyz文件内容,记录水分子结构。 ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果) 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-17 RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Multiwfn在计算RESP电荷上的强大性,可谓极度便利而且极度灵活,明显比Ante...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物,居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解,但是在B站上偶然发现他会来北京巡演,感觉实属难得,就买了280的票去了。其实期待度不算特别高,刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉,有不少空位,也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识     2.2 刚性扫描实例1:扫描乙醇的羟基的二面角     2.3 刚性扫描实例2:扫描Li+...苯之间的距离  &nbs...