在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例

在Multiwfn中基于fch产生自然轨道的方法与激发态波函数、自旋自然轨道分析实例 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-8 0 前言 在《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)和Multiwfn手册第四章开头都说过,对于Gaussian用户,如果要在Multiwfn中分析后HF波函数或者TDDFT激发态波函数,需要产生相应级别的自然轨道并让Multiwfn载...

基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法

注:有网友基于本文的做法,专门写了个在VMD中基于cube文件绘制分子表面静电势填色图的教程,有兴趣可以一看:http://bbs.keinsci.com/thread-10070-1-1.html 基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-6 0 前言 填色等值面图是一种重要的描述三维实空间函数分布特征的方法,最...

2017年度完结动画总评

2017年度完结动画总评 文/Sobereva  2018-Jan-5 此文对笔者完整看过的2017年度完结的89部全长版TV动画和17部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2018年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评见: 2016年度完...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-4 0 前言 IRC是量子化学研究化学反应的重要概念,它是质权坐标下连接势能面相邻两个极小点的能量最低路径,描述了化学过程在不考虑热运动因素下最理想的结构变化轨迹,对于讨论微观化学过程至关重要,而且也是验证过渡态找没找对的最决定性的方法。在无数年前笔者写的《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》(http://sobereva.com/44)中有很多...

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法

绘制有填色效果的用于弱相互作用分析的RDG散点图的方法 文/Sobereva @北京科音  2017-Dec-17 杨伟涛等人2010年在JACS提出的用于分析弱相互作用的RDG方法(文献中普遍叫NCI方法)已被广泛用于考察各种分子间/分子内弱相互作用了,笔者也写过不少相关文章,不了解此方法的务必先看《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68)、《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(htt...

电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算

电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算 文/Sobereva @北京科音   2017-Dec-15 1 前言 电子激发过程往往伴随着电子分布范围的明显转移,在一些文献里经常给出电子跃迁过程中某片段向另一个片段电荷转移特征的百分比。比如对于配合物体系,很常见的跃迁模式是Metal-to-ligand charge transfer (MLCT,金属向配体的电子转移),许多研究此类体系的文章都给出基态向各个激发态的MLCT(%)。经常有人问怎么计算这个...

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试

硬盘速度与内存容量对量子化学计算速度影响的测试 文/Sobereva @北京科音   2017-Dec-5 1 前言 本文的目的是通过几种主流量子化学程序的实测数据,说明量子化学计算用的机子有没有必要用大内存,有没有必要用高速硬盘,这俩问题是购买服务器的人很关注的问题。经常有人认为内存容量只要让计算得以进行就够了,加大内存对提升速度并没用处,本文也通过测试看看是否是这么回事。 本文测试用的机子是双路XEON E5-2696v3(2*18=36个物...

使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量

使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Dec-2  Last update: 2018-Jul-28 1 前言 跃迁偶极矩是讨论电子激发最关键的量之一。跃迁偶极矩大,振子强度才可能大,对应的吸收/发射才可能比较强,这些基本知识在此帖都有介绍:《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》(http://sobereva.c...

在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法

在Multiwfn中分析比CCSD更高级别波函数的方法 文/Sobereva @北京科音  2017-Nov-28 1 前言 Gaussian程序能产生的最高级别的波函数是CCSD,虽然这已经非常精确了,比如在Science, 355, 49 (2017)中作者以CCSD密度为金标准,考察了不同泛函对电子密度的重现性,但是有时候由于特殊原因,就是希望在更高级别下做波函数分析。例如在J. Chem. Theory Comput., 13, 4...

收到给宽叔的《薄暮》动画募捐的礼品

收到给宽叔的《薄暮》动画募捐的礼品 文/Sobereva 2017-Oct-23 之前听闻宽叔自己要制作《薄暮》剧场版动画,展开集资。一度情况比较严峻,离截止日不远了集资才达到目标金额一半多。于是宽叔开始对天朝开放募捐渠道,但是只支持paypal。想到自己paypal还有笔闲钱,amazon也不支持paypal支付而没什么用处,提现又有点麻烦,就决定捐给这部动画一部分,总共捐了38000多日元。今日刚刚收到了捐款的礼物。 我是蛮支持宽叔...

2017年10月完结动画简评

2017年10月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Oct-12 本文是笔者完整观看过的2017年10月完结的27部全长TV版动画和5部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 评分区间是90~95分(低于90分根本不追,超过95的则...

正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响

正确认识超线程(HT)技术对计算化学运算的影响 文/Sobereva  @北京科音 2017-Oct-8 1 乱谈超线程(HT)技术 无数年前就经常看有人在一些讨论计算化学的地方鼓吹要在BIOS里关闭超线程(HT)技术,说是会严重降低性能。虽然我总在不断辟谣,避免很多人被以讹传讹干出关闭HT这样的傻事情,但是鼓吹关闭HT的言论依然时不时会冒出来。被误导的人基本都是对HT缺乏最基本的认识,把CPU制造商的好心当驴肝肺。诸如最近有个人,貌似是看...

自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法

自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法 文/Sobereva  @北京科音 2017-Oct-6 之前笔者在《谈谈谐振频率校正因子》(http://sobereva.com/221)中已经详细介绍了量子化学中用的频率校正因子的类型、用法,在《基频频率校正因子实际效果测试》(http://sobereva.com/390)中也通过实例展现了频率校正因子的价值。给出频率校正因子的文献和网址甚多,在http://bbs.keinsci.com/foru...

基频频率校正因子实际效果测试

基频频率校正因子实际效果测试 文/Sobereva  @北京科音 2017-Oct-5 之前写过一篇《谈谈谐振频率校正因子》(http://sobereva.com/221)专门介绍了量化计算中频率校正因子的原理、类型和正确的使用方式。在本文中,将通过一系列五花八门的双原子分子的频率计算结果和实验数据的对比,来让读者更好地了解频率校正因子以及非谐振计算的效果。本文不打算做系统性、大规模、严谨的全面测试,能以小见大就够了。 本文选取的一系列分子来自ht...

使用了Multiwfn发表的第1011~2001篇文章打包下载

这个是截止到2017年9月14日,第1011~2001篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集,下载地址:http://pan.baidu.com/s/1pLcB1FX 在Multiwfn主页(http://sobereva.com/multiwfn)有这些文章的汇总列表和链接。由于绝大部分文章都是它们刚在期刊网站上作为ASAP刊登的时候就下载的,所以文档中一般没有页码、卷号,大家只要到google学术搜索里搜索标题一般就能找到文章最终版链接。这些文章可以当做Multiwfn...