使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序：MfakeG 文/Sobereva@北京科音   2023-Jan-22 GaussView在观看振动模式方面非常好用，可以方便地显示振动矢量，播放和保存振动动画，还可以沿特定的振动模式对结构进行位移，但GaussView只支持Gaussian程序的振动分析输出文件。之前我写过一个程序OfakeG，见《OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具》（...

谈谈记录化学体系结构的mol2文件 文/Sobereva@北京科音  2022-Dec-31 1 mol2文件简介 mol2文件是计算化学领域非常常用的记录分子结构的格式，被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的Antechamber等程序都可以导出mol2文件，笔者开发的Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）可以基于...

下面是第10001~11000篇使用了笔者开发的功能非常全面而且在世界范围流行的Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1wMV6YQIKQT1V0o...

淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈 文/Sobereva@北京科音  2022-Oct-13 1 前言 五年前我曾写过《淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈》（http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html），当时购买的双路XEON 2696v3 36核机子笔者一直在用，但在如今性能已经比较过时了，特别是跑大体系长时间的AIMD很吃力。于是在...

在VMD中使用GaussView的元素着色的方法 文/Sobereva@北京科音   2022-Sep-16 GaussView的元素配色总体上来说不错，而且对所有元素都定义了唯一的颜色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色，如下所示 VMD是免费、灵活、强大而且超级流行的化学体系可视化工具。在VMD里也可以按照元素着色，见《在VM...

详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Aug-31  Last update: 2022-Dec-17 0 前言 强大的波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）已经有很多分析功能支持免费又速度极快的CP2K程序产生的周期性波函数，诸如AIM拓扑分析、原子电荷计算、M...

2022年7月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Aug-9 本文是笔者完整观看过的2022年7月完结的24部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（2022年4月开播的番的扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-28829-1-1.html里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖...

截止到2022年7月26日，使用了Multiwfn波函数分析程序（http://sobereva.com/multiwfn）发表的文章已超过10000篇，用户已遍及世界80多个国家。下面是第9001~10000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了几篇文章对应的文件，不好找了）。 阿里网盘（速度很快）：https://www.aliyundrive.com/s/vS8vA8jvQS3 百度网盘下载地址（速度慢）：https://p...

使用Multiwfn计算特定方向的UV-Vis吸收光谱 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-8 0 前言 通过量子化学或第一性原理计算，得到理论UV-Vis光谱的原理在《使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图》（http://sobereva.com/224）里有专门的说明。UV-Vis光谱的光学吸收主要来自于入射的电磁波对应的震荡电场与体系的相互作用，使体系能...

2022年4月完结动画简评 文/Sobereva  2022-Jul-8 本文是笔者完整观看过的2022年4月完结的12部全长TV版动画和1部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-27347-1-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低幼...

使用Multiwfn对静电势和范德华势做拓扑分析精确得到极小点位置和数值 文/Sobereva@北京科音   2022-Jul-4 0 前言 静电势和笔者在J. Mol. Model., 26, 315 (2020)中提出的范德华势都是分析化学体系与其它分子相互作用的重要方法。静电势的极小点（指全空间内的极小点，而不是http://sobereva.com/159和http://sobereva.com/443等文章介...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2021年影响因子（2022年公布） 文/Sobereva @北京科音  2022-Jul-1 不得转载 1 前言 此文对非常适合理论、计算化学投稿的期刊，以及和化学有关的一些子领域的重点期刊进行罗列，共约300种期刊，并附上2022年6月末公布的2021年影响因子(IF)及中科院分区。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注和投稿有一定意义。这是第13次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链...

使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径 文/Sobereva@北京科音   2022-Jun-30 0 前言 化学研究中经常涉及到孔洞尺寸的问题，这和分子吸附、化学物质分离、分子识别等很多问题有关。Multiwfn有展现化学体系孔洞并计算其体积的功能，见《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》《http://sobereva.com/539）和《使用Multiwfn可视化分子孔洞并...

2022年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2022-Jun-30 这里对我从2022年1月1日开始截止到2022年6月30日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 天空色的多功能杆 类型：不明 长度：14m30s 此作内容是三个美少女打高尔夫的故事，其中两个是...

使用concvar程序求解复杂化学反应中物质的浓度随时间的变化 文/Sobereva@北京科音  （非正式版） 1 前言 最近有人在计算化学公社论坛问“请问常温下像是如下述两条路径的反应，哪个更优势”，他给的图如下所示。 这个问题光凭感觉不容易给出绝对可靠的答案，而这类问题在通过计算化学研究化学反应相关问题时却又容易遇到。实际上这种问题可以根据每一步的反应速率常数直接模拟反应的进行来得到，这样的模拟可...