使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用

使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用 文/Sobereva  2017-Apr-7 RDG(约化密度梯度)和ELF(电子定域化函数)大家都熟悉,前者适合用来考察非共价相互作用,见《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68);后者可以考察共价作用,见《电子定域性的图形分析》(http://sobereva.com/63)。如果想把共价和非共价相互作用一起考察,一个显而易见的做法是把ELF和RDG结合使用,同时...

2017年4月完结动画简评

2017年4月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Apr-6 本文是笔者完整观看过的2017年4月完结的18部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 正在追的还没完结的有《虎面人W》、《BanG Dream!》和...

将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法

将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法 文/Sobereva  2017-Mar-27 VMD可以载入GROMACS的gro、trr、xtc文件,但不会载入速度、受力、电荷。以前写过怎么让VMD把GROMACS产生的速度和受力载入并绘制出来的博文: 《使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力》(http://sobereva.com/36) 《使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法》(http://sobereva.com/11...

通过柔性力常数考察键的强度

通过柔性力常数考察键的强度 文/Sobereva   2017-Mar-1 1 关于键强的衡量 键的强度是化学研究者十分关心的问题。但键的强度不是一个确切的可观测量,只是一个概念,具体衡量方式多种多样,常见的有 (1)键解离能(BDE) (2)键级、AIM理论定义的BCP上的性质 (3)键长 (4)键方向上的力常数 其中,BDE定义为H(片段1)+H(片段2)-H(整体),这里H指焓,整体和片段结构都是分别优化的。BDE意义很明确,而且实...

使用NWChem做分数占据数的DFT计算

使用NWChem做分数占据数的DFT计算 文/Sobereva   2017-Feb-25 1 前言 分数占据数(Fractional occupation number, FON)计算是指被计算的体系有的轨道占据数不为整数,也因此允许整个体系的电子数不为整数。这看似有点超现实,实际中体系电子数不可能为非整数,毕竟电子不可分割,但对于DFT(或HF)计算是可以实现的,而且在程序实现上超简单。大家知道,常规DFT计算的时候都是已知电子数,根据...

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态 文/Sobereva First release: 2017-Feb-22   Last update: 2017-Jun-1 1 原理 讨论化学体系中的原子,特别是配合物中的金属的时候经常用到氧化态(oxidation state)这个概念。这是完全人为的概念,不是可观测的。用氧化态这...

谈谈计算第一超极化率的双能级公式

谈谈计算第一超极化率的双能级公式 文/Sobereva  2017-Feb-21 SOS是计算(超)极化率常用方法之一,介绍见: 使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率 http://sobereva.com/232 双能级公式是对SOS简化而来的。研究D-A体系的第一超极化率(β)问题时,研究者总喜欢用双能级公式来解释β值的内在本质,以及解释对体系做不同修改(如替换不同原子或基团)时β的变化趋势。双能级公式表示为: ...

2016年优秀动画音乐推荐

2016年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2017-Feb-16 这是第5次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,之前的见 《2014年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/244) 《2014年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/279) 《2015年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/299) 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》(htt...

2016年Lovelive!海量精选同人图合集

Sobereva无数年前开始就有每日去最大的同人图网站pixiv(http://www.pixiv.net)扫图的习惯,早已是雷打不动的每日必做的事情,每天都得花费至少看一话新番的时间去把当日排名至少前350的图都仔细扫一遍,保存下来精选的。日均收图60张。 这里笔者将2016年1月1日至2016年12月31日期间从p站上精选的Lovelive!同人图发在这里,0.99GB。各个角色各种CP都有,总共4331张,包括1600多张sunshine的,下载地址:http://pa...

2016年度完结动画总评

2016年度完结动画总评 文/Sobereva   2017-Jan-25 此文对笔者完整看过的2016年度完结的101部TV动画(含24部泡面番)进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2017年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评见: 20...

公共场合使用大字号发言是没素质的行为

公共场合使用大字号发言是没素质的行为 文/Sobereva   2016-Nov-18 笔者常年在思想家公社QQ群里答疑,最反感的情况前三位之一就是发言者用大的字号(其它两个,是用“好吧”做句子开头和求sci-hub能下的文献) 来看典型例子 大字号发言往往一行就顶人家三四、四五行!一次发言就足够把屏幕全占满了,往往一屏还显示不下,造成严重刷屏!上面看到的是...

谈谈学量子化学如何正确地入门

谈谈学量子化学如何正确地入门 文/Sobereva First release: 2016-Nov-12  Last update: 2017-Sep-13 量化的重要性已经被越来越多的人认知,步入量化研究领域的新人的增长速度也在不断迅猛增加,量化研究群体也越来越大。无数从事量化研究的新人在入门过程中摸不到门路,白花了很大时间、绕了很大弯路,吃了大亏。总是学来学...

谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移

谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移 文/Sobereva   2016-Nov-10 本文重点介绍一种又便宜又准确的计算有机分子13C和1H化学位移的方法,英文叫scaling,笔者把它翻译成标度法。第一节首先会说一些和NMR计算有关的乱七八糟的知识,然后在第二节介绍标度法,最后在第三节给个实例对比标度法相对于一般计算方式的优势。 1 相关知识 量子化学程序计算NMR时会计算每个原子核位置的磁屏蔽张量,这是3*3矩阵,表现出原子核附近的...

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算 文/Sobereva  2016-Nov-9 自旋密度和自旋布居都是量化里非常重要也很简单的概念。鉴于很多初学者总是问相关的问题,这里专门说说其概念以及怎么计算。 1 自旋密度 1.1 基本概念 对于开壳层体系,Alpha电子密度分布和Beta电子密度分布是不同的,为了考察未配对电子(或者说单电子)在三维空间中的分布情况,定义了自旋密度(Spin density)的概念: ...

C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part2:所购之物&Cosplay

此文为杂谈第2部分,本文第1部分(现场演出&手办照片)见http://sobereva.com.com/350 C3 Beijing 2016 + IDO 19联展杂谈 Part2:所购之物&Cosplay 文/Sobereva(3)  2016-Oct-17 C3上销售摊位不多,以手办和原版周边为主,价格普遍比较高。IDO算是综合性展吧,同人本很难见到,故本子只买了一个。 下面是联展中买的东西。 经常在B站新番上看到的版权方羚邦的展台买的...