绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法

绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-Jun-24 1 前言 有人在计算化学公社论坛问下面这张图怎么绘制(实际上是J. Comput. Chem., 39, 488 (2017)里的图) 这张图里面每个黑点是静电势的全局极小点,蓝色网格等值面展现的是静电势的等值面图,如图题所示,等值面数值取的是比静电势全局最小点数值(Vmin)大10 kca...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子(2019年公布)

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2018年影响因子(2019年公布) 文/Sobereva @北京科音  2019-Jun-23 未经授权,不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2019年6月公布的2018年影响因子(IF)。这正好是第10次笔者写此系列的文章,往年的文章见本文文末。 文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用首字母简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2...

考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用(含24分钟演示视频)

考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jun-22  Last update: 2019-Jul-1 1 前言 GIMIC的主要用途是基于量子化学程序的输出信息来计算分子的磁感生电流,这对于考察芳香性尤为重要,见《衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/176)中的相关介绍。GIMIC可...

详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能

注:本文内容对应的总是目前Multiwfn官网上最新的版本 详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Jun-23  Last update: 2019-Oct-22 1 简介 ORCA量子化学程序如今的用户越来越多,用户数仅次于Gaussian(虽然还有一个数量级的差距),不仅免费,而且有很多Ga...

为什么我非常不建议购买和使用阿DF量子化学程序

为什么我非常不建议购买和使用阿DF量子化学程序 2019-Jun-2 网上偶尔看见有人问阿DF哪里买,该不该用之类的问题,每次去解释太麻烦,我这里专门写一个文章说说我对阿DF的看法。简单一句话就是:绝对别买阿DF,绝对别用阿DF! 虽然我并没怎么亲自用过阿DF,也就是以前短暂玩过一把,但我根据我已知的关于阿DF的信息、阿DF手册以及我的量子化学知识的积累,我不认为此文会有显著误导性。虽然可能有不准确的地方,但是我敢打包票95%说的都是正确...

谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量

谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量 文/Sobereva@北京科音   2019-Jun-1 1 前言 在网上答疑时,经常看到有Gaussian初学者问诸如“我要算xxx,是不是用HF能量”、“我应该用SCF Done能量对比么?”。这种问法被内行人看了很烦,完全是根本没入门、没常识的问法,回答他本来想问的问题前还得先给对方科普一下从输出文件里该读什么数据。鉴于每次都科普一遍太麻烦、甚至都...

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积 文/Sobereva@北京科音  2019-May-27 时常有人问怎么计算分子表面积、怎么计算基团的表面积,其实这用Multiwfn或VMD来做非常简单,这里就结合例子简单说一下。 1 关于分子表面的定义 首先要清楚定义表面积的方式非常多,在《谈谈分子体积的计算》(http://sobereva.com/102)一文中就已经提到了好几个。其中有一个叫做SASA...

Multiwfn 3.6正式版隆重发布!

Multiwfn 3.6正式版隆重发布! 文/Sobereva @北京科音  2019-May-21 Multiwfn的上个正式版3.5是2018年4月16日发布的,经过近一年有余的不断改进和完善,Multiwfn 3.6正式版终于正式发布!目前已经可以在官网上http://sobereva.com/multiwfn下载。 近一年来Multiwfn更新极度频繁,带(dev)后缀的开发版在Multiwfn官网上甚至有时候...

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 由Parr最初开始发展的概念密度泛函理论(Conceptual density functional theory,CDFT)也称密度泛函反应性理论(DFRT),是量子化学和波函数分析领域中的一个重要组成,专门用来预测和解释化学物质的反应活性、反应位点等问题,对于研究化学反应有重要意义。相关介绍...

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)是产生量子化学研究和波函数分析中用到的各种格点数据最方便也最强大的工具,可以在自带的界面里直接显示出等值面,也可以把数据导出成cube文件从而在免费的VMD程序(http://www.ks.uiuc.edu/Research/v...

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-May-14  Last update: 2019-Sep-28 0 前言 基于主流量子化学程序产生的波函数信息,使用Multiwfn可以对孤立体系非常简单、快速、灵活地产生质量非常理想的态密度图,对于分析化学体系的电子结构特征很有帮助。本文将介绍各类态密度图(Total DOS、Part...

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-May-7  Last update: 2019-May-13 有人问我,怎么绘制他的含有多达336个原子的分子的分子表面静电势图。对这么大体系,绘制这种图看似极其困难,很难吃得消,但其实只要方法得当,哪怕只有台普通四核机子,也完全没有压力,而且绘制的图像效果极佳,本文就来介绍一下流程。绘制用的步骤和《使...

2019年4月完结动画简评

2019年4月完结动画简评 文/Sobereva  2019-May-2 本文是笔者完整观看过的2019年4月完结的24部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...