使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域 文/Sobereva@北京科音  2021-Sep-15 0 前言 之前笔者写过一篇《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》http://sobereva.com/539），讲解怎么用Multiwfn计算分子动力学模拟出的盒子里面的自由区域的体积（free volume）、怎么图形化展示自由区域（free region）。最近更新...

电子空间范围<r^2>和电子径向分布函数的含义以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva@北京科音  First release: 2021-Sep-7  Last update: 2021-Sep-8 0 前言 偶尔有人问我Gaussian程序算完了之后，输出文件中Electronic spatial extent (au):  <R**2>后面的值是什么意思...

Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！ 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-31 近日，深圳湾实验室的张鋆和北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）的卢天共同发表的名为Efficient Evaluation of Electrostatic Potential with Computerized Optimized Code的文章刊登于P...

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-30 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）已经被计算化学研究者使用得非常普遍。虽然Multiwfn通常是以交互式方式使用，一次分析一个体系，但在Multiwfn手册5.2、5.3节也已经明确写明了怎么通过命令行方式使用、怎么通过脚本一次算一批体系，我...

显著改进SMD溶剂模型描述Br和I元素精度的溶剂模型SMD18的介绍 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-23 之前笔者在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://sobereva.com/327）中专门说过SMD溶剂模型，这是现阶段最适合算溶剂环境下体系能量的隐式溶剂模型。SMD模型需要通过原子球叠加来构建溶质的孔洞用于算溶剂-溶质相互作用的静电部分，定义原子球需要原子半径。在SMD原文里，仅对H、...

2021年7月完结动画简评 文/Sobereva  2021-Aug-21 本文是笔者完整观看过的2021年7月完结的21部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/thread-22413-1-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低...

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Aug-16   Last update: 2022-Nov-25 0 前言 以前在网上答疑时，经常有人问及一些涉及到几何操作、坐标变换的问题，诸如怎么让某个键平行于笛卡尔轴、怎么让一个分子平面恰好在XY平面上、怎么让某个原子恰好处在坐标原点等等。其实解决起来原理上都不难，都是些...

使用Multiwfn计算odd electron density考察激发态单电子分布 文/Sobereva@北京科音  2021-Aug-14 1 前言 对于基态是开壳层的体系，比如自由基、过渡金属配合物等，要考察单电子分布，最常用也是最简单的做法就是做非限制性开壳层的DFT计算（UKS），然后绘制自旋密度图，见《谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算》（http://sobereva.com/353）。UKS...

全面揭示各种尺寸的碳单环体系的独特的光学性质 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 18碳环（cyclo[18]carbon）是18个碳组成的环状体系，有着与传统化学体系截然不同的几何和电子结构。在Kaiser等人于Science, 365, 1299 (2019)首次报道在凝聚相中观测到18碳环后，新颖的18碳环以及其它的碳单环体系就受到了化学家们的广泛关注，不断有大量理论研究工作发表。北京科音自...

使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-31 0 前言 强大、免费的波函数分析程序Multiwfn（主页：http://sobereva.com/multiwfn）支持极为丰富的化学键分析方法，见《Multiwfn支持的分析化学键的方法一览》（http://sobereva.com/471）。其中已支持不少从轨道相互作用层面上考察特定片段间的相...

谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题 文/Sobereva@北京科音  2021-Jul-16 0 前言 寡人在网上答疑的时候，总是看到有人问“得到的图像不清晰怎么办”、“怎么让图像更清晰”这种问题，语义不明，也不知道对方说的“清晰”到底指什么，对方也不说他觉得不清晰是怎么个不清晰法，也不给出个截图来说明，令人感觉很莫名其妙。笔者忍不住写个小文，把各种初学者所谓的“不清晰”的可能情况都罗列一下，便于他们自己对照判断如何解决。此...

通过电子定域化函数(ELF)、价层电子密度分析讨论亲核进攻的方向 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-6   Last update: 2023-Jul-5 1 前言 最近有人在思想家公社QQ群问我，怎么计算下图的角度，其目的是解释亲核进攻方向问题 实际上，考察这个问题靠计算这个LUMO的角度不是什么好的做法。本身LUMO的物理意义就不严...

2021年上半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2021-Jul-4 这里对我从2021年1月1日开始截止到2021年7月4日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 音乐 长度：1h11m 类型：剧场版 观看地址：https://www.tucao.one/play/h40865...

谈谈ORCA 5.0的新特性和改变 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jul-2  Last update: 2021-Jul-10 1 前言 2021年7月1日，量子化学程序ORCA 5.0发布了，造成了不小影响。这个程序现在流行度已经相当高，从《2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计》（http://sobereva.com/599）的...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2020年影响因子（2021年公布） 文/Sobereva @北京科音  2021-Jul-1 未经授权，不得转载 1 前言 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2021年6月30日公布的2020年影响因子(IF)。本文对于读者了解有哪些期刊值得平时关注有一定意义。这是第12次笔者写此系列的文章，往年的文章见本文文末的链接。 文中期刊名称一般用标准缩写，有的给出了常用首字...