写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题

写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Apr-15  Last update: 2018-Apr-15 写文章时恰当引用是非常重要的,这不仅是学术严谨性、对读者负责的体现,也是对原作者的尊重。如今,文章被他引的数目是衡量一个科研人员功绩最重要的指标之一,重要性远远大于文章篇数和IF加和(Goog...

用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化

用NBO计算原子轨道杂化后的能量变化 文/Sobereva @北京科音   2017-Apr-13 今天在思想家公社1群里有人问这种图里面的能量怎么得到 可以通过做价键计算来得到,但是比较麻烦。一种简单粗略的得到方法是用NBO。 用过NBO的人都知道,NBO分析可以直接给出NAO和NBO的能量。比如计算甲烷,有这样的输出    NAO  Atom  No  lang&nb...

用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应

用NWChem做SODFT在DFT计算中考虑旋轨耦合效应 文/Sobereva @北京科音    2017-Apr-12 1 前言 众所周知,对重原子构成的体系,尤其是从第五周期开始(H,He算第一周期,下同),需要考虑相对论效应,否则结果可能严重错误。相对论效应分为标量和旋轨耦合两部分。标量相对论效应好考虑,用相对论赝势时即可等效体现,多数主流量化程序如Gaussian也支持标量相对论哈密顿,结合专为标量相对论计算优化的全电子基组即可(...

使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用

使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Apr-7   Last update: 2018-Feb-26 RDG(约化密度梯度)和ELF(电子定域化函数)大家都熟悉,前者适合用来考察非共价相互作用,见《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》(http://sobereva.com/68);后者可以考察共价作用,见《电子定域性的图形分析》(http://sobereva....

2017年4月完结动画简评

2017年4月完结动画简评 文/Sobereva  2017-Apr-6 本文是笔者完整观看过的2017年4月完结的18部全长TV版动画和4部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 正在追的还没完结的有《虎面人W》、《BanG Dream!》和...

将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法

将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法 文/Sobereva @北京科音  2017-Mar-27 VMD可以载入GROMACS的gro、trr、xtc文件,但不会载入速度、受力、电荷。以前写过怎么让VMD把GROMACS产生的速度和受力载入并绘制出来的博文: 《使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力》(http://sobereva.com/36) 《使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法》(http://sobe...

通过柔性力常数考察键的强度

通过柔性力常数考察键的强度 文/Sobereva @北京科音   2017-Mar-1 1 关于键强的衡量 键的强度是化学研究者十分关心的问题。但键的强度不是一个确切的可观测量,只是一个概念,具体衡量方式多种多样,常见的有 (1)键解离能(BDE) (2)键级、AIM理论定义的BCP上的性质 (3)键长 (4)键方向上的力常数 其中,BDE定义为H(片段1)+H(片段2)-H(整体),这里H指焓,整体和片段结构都是分别优化的。BDE意义很明确,而且...

使用NWChem做分数占据数的DFT计算

使用NWChem做分数占据数的DFT计算 文/Sobereva @北京科音   2017-Feb-25 1 前言 分数占据数(Fractional occupation number, FON)计算是指被计算的体系有的轨道占据数不为整数,也因此允许整个体系的电子数不为整数。这看似有点超现实,实际中体系电子数不可能为非整数,毕竟电子不可分割,但对于DFT(或HF)计算是可以实现的,而且在程序实现上超简单。大家知道,常规DFT计算的时候都是已知电子数,根...

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态

使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态 文/Sobereva @北京科音 First release: 2017-Feb-22   Last update: 2018-Sep-15   1 原理 讨论化学体系中的原子,特别是配合物中的金属的时候经常用到氧化态(oxidation state)这个概念。这是完全人为的概念,不是可观测...

谈谈计算第一超极化率的双能级公式

谈谈计算第一超极化率的双能级公式 文/Sobereva @北京科音  2017-Feb-21 SOS是计算(超)极化率常用方法之一,介绍见: 使用Multiwfn基于完全态求和(SOS)方法计算极化率和超极化率 http://sobereva.com/232 双能级公式是对SOS简化而来的。研究D-A体系的第一超极化率(β)问题时,研究者总喜欢用双能级公式来解释β值的内在本质,以及解释对体系做不同修改(如替换不同原子或基团)时β的变化趋势。双能级公式...

2016年优秀动画音乐推荐

2016年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2017-Feb-16 这是第5次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,之前的见 《2014年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/244) 《2014年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/279) 《2015年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/299) 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》(htt...

2016年Lovelive!海量精选同人图合集

Sobereva无数年前开始就有每日去最大的同人图网站pixiv(http://www.pixiv.net)扫图的习惯,早已是雷打不动的每日必做的事情,每天都得花费至少看一话新番的时间去把当日排名至少前350的图都仔细扫一遍,保存下来精选的。日均收图60张。 这里笔者将2016年1月1日至2016年12月31日期间从p站上精选的Lovelive!同人图发在这里,0.99GB。各个角色各种CP都有,总共4331张,包括1600多张sunshine的,下载地址:http://pa...

2016年度完结动画总评

2016年度完结动画总评 文/Sobereva   2017-Jan-25 此文对笔者完整看过的2016年度完结的101部TV动画(含24部泡面番)进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2017年1月完结”部分是新写的,4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上,在此文只是汇总而已(所以有些文字现在看起来已经out了),不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性,在此文又做了微调。前几年的总评见: 20...

公共场合使用大字号发言是没素质的行为

公共场合使用大字号发言是没素质的行为 文/Sobereva   2016-Nov-18 笔者常年在思想家公社QQ群里答疑,最反感的情况前三位之一就是发言者用大的字号(其它两个,是用“好吧”做句子开头和求sci-hub能下的文献) 来看典型例子 大字号发言往往一行就顶人家三四、四五行!一次发言就足够把屏幕全占满了,往往一屏还显示不下,造成严重刷屏!上面看到的是...

谈谈学量子化学如何正确地入门

PS: 如果你是从零起步的初学者,想入门量子化学,那么恭喜你,看到此文章时,你终于找到正轨了! 谈谈学量子化学如何正确地入门 文/Sobereva @北京科音 First release: 2016-Nov-12  Last update: 2018-Sep-7   量化的重要性已经被越来越多的人认知,步入量化研究领域的新人的增长速度也在不断迅猛增加,量化研究群体也越来越...