使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

注:轨道权重福井函数/双描述符特别适合前线轨道简并或近简并体系,也是使用本文提到的功能来计算,但本文没涉及,在另一篇博文里专门作了介绍《通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点》(http://sobereva.com/533),非常建议看过本文后阅读。 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-May-21&n...

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)是产生量子化学研究和波函数分析中用到的各种格点数据最方便也最强大的工具,可以在自带的界面里直接显示出等值面,也可以把数据导出成cube文件从而在免费的VMD程序(http://www.ks.uiuc.edu/Research/v...

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-May-14  Last update: 2020-Jan-23 0 前言 基于主流量子化学程序产生的波函数信息,使用Multiwfn可以对孤立体系非常简单、快速、灵活地产生质量非常理想的态密度图,对于分析化学体系的电子结构特征很有帮助。本文将介绍各类态密度图(Total DOS、Part...

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法 文/Sobereva@北京科音  First release: 2019-May-7  Last update: 2020-Apr-26 有人问我,怎么绘制他的含有多达336个原子的分子的分子表面静电势图。对这么大体系,绘制这种图看似极其困难,很难吃得消,但其实只要方法得当,哪怕只有台普通四核机子,也完全没有压力,而且绘制的图像效果极佳,本文就来介绍一下流程。绘制用的步骤和...

2019年4月完结动画简评

2019年4月完结动画简评 文/Sobereva  2019-May-2 本文是笔者完整观看过的2019年4月完结的24部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份,怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话(扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了),没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是由...

使用Multiwfn绘制光电子谱

使用Multiwfn绘制光电子谱 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-27  Last update: 2020-Jun-26 1 前言 波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)具有很方便、灵活、强大的态密度(DOS)绘制功能,在《使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构》(http://sobereva.co...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件

谈谈记录化学体系结构的xyz文件 文/Sobereva@北京科音   2019-Apr-26 xyz是一种非常常用的记录化学体系结构的文件格式,定义极其简单。笔者开发的好多程序,以及其它计算化学程序经常涉及这个格式,网上老有初学者问这文件怎么回事、怎么产生,遂在这里统一介绍一下。 1 xyz文件的定义 xyz是文本型文件,可以用文本编辑器打开。以下是一个典型的.xyz文件内容,记录水分子结构。 ...

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果) 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-17  Last update: 2020-Feb-1 RESP电荷主要优点是特别适合对柔性分子做分子动力学计算。之前笔者写过《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441)一文,极其详细地介绍了RESP电荷,并结合实际例子充分展现了Mult...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物,居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解,但是在B站上偶然发现他会来北京巡演,感觉实属难得,就买了280的票去了。其实期待度不算特别高,刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉,有不少空位,也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识     2.2 刚性扫描实例1:扫描乙醇的羟基的二面角     2.3 刚性扫描实例2:扫描Li+...苯之间的距离  &nbs...

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用,这里就写一篇文章,做一个完整的介绍,初学者应该都能读懂,之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里会对Packmol讲得更具...

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览

PS:本文可能经常更新,内容始终是对于Multiwfn官网上最新版本而言的,不要用老版本程序、看老版本手册! Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Mar-19  Last update: 2020-Apr-20 文章目录 0 前言 1 AIM分析 2 键级分析 3 基于轨道的成键分析:轨道定域化、AdNDP、NBO与NAd...