Gaussian 03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群
Linda parallel setup of Gaussian 03 and VMware virtual cluster
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Sep-13 Last update: 2014-Sep-8
网上也有一些关于高斯linda并行设置的文章，也有讨论使用虚拟机模拟的集群跑高斯+linda的，但是说明都不甚具...
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
On the BSSE correction and its processing in Gaussian
文/Sobereva @北京科音
First release 2009-Aug-27 Last update: 2024-Sep-26
计算两个分子A、B间的相互作用能时，除非基组很大如def2-QZVP这样的4-zeta档次，否则不宜简单地通过E_interaction =...
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
Calculation methods of transition states and reaction paths and related issues
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Aug-6 Last update: 2019-Feb-4
前言：本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法，并讨论相关问题。由于这类算法极多，可以互相组合，限于精力不可能面面俱到展开，...
计算化学相关的免费的在线数据库及工具
Free online databases and tools related to computational chemistry
文/Sobereva @北京科音
First release: 2009-Jul-11 Last Update: 2015-Dec-2
这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算...
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
On the implicit solvation model and GB model in molecular simulation
文/Sobereva @北京科音 Last update: 2010-Apr-6
本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型（=Generalized Born，广义Born模型）的各个方面。
隐式水模型优势主要有下：
减少体系的粒子数从而降低计算开销。
没有溶剂摩擦效...
下载地址/usr/uploads/file/20150605/20150605005449_28617.rar
gmxgrid V1.2
Convert the cube file generated by g_spatial to recognizable format at specific plane
Programmed by Sobereva, 2009-Oct-29
bug report: sobereva[at]sina.com...
浅谈限制可用内存容量的屏障
A brief discussion of barriers that limit available memory capacity
文/Sobereva @北京科音 2009-Feb-2
PS：有很多人有误区，甚至包括一些计算机老师，比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存，然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也...
使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力
Making VMD show the atomic forces in GROMACS trajectory in real time
文/Sobereva@北京科音 2009-Jan-31
显示原子受力有时很重要，但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能，所以写了一个VMD的tcl脚本，可以用箭头显示指定原子的受力，并且随进度条拖动实时更新，在这里做一下介绍。
VMD当前版本并...
C75音乐推荐-东方project部分
文/Sobereva 2009-Jan-31
C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了，听得很辛苦，从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品，就是下面这35首，还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散，也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品，但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...