浅谈限制可用内存容量的屏障

浅谈限制可用内存容量的屏障 A brief discussion of barriers that limit available memory capacity 文/Sobereva @北京科音   2009-Feb-2 PS：有很多人有误区，甚至包括一些计算机老师，比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存，然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也...

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力 Making VMD show the atomic forces in GROMACS trajectory in real time 文/Sobereva@北京科音   2009-Jan-31 显示原子受力有时很重要，但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能，所以写了一个VMD的tcl脚本，可以用箭头显示指定原子的受力，并且随进度条拖动实时更新，在这里做一下介绍。 VMD当前版本并...

C75音乐推荐-东方project部分

C75音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva    2009-Jan-31 C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了，听得很辛苦，从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品，就是下面这35首，还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散，也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品，但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...

C75精华音乐推荐-其它部分

C75精华音乐推荐-其它部分 文/Sobereva   2009-Jan-31 据说C75发布音乐CD共120张（我想应该比这个多吧），一部分是企业发布。我完整听了大概其中80~90张，听得极为辛苦，有很多歌曲收不收我很矛盾，往往听好几十遍才能做出决定。这次东方系列的基本上都听了，约50张左右。当然最突出的还是东方系列同人音乐。以下音乐是非东方系列音乐里面选出的比较好的，有一些整体中档偏上的扔了可惜，于是我都列入leve...

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

原子-残基B因子/RMSF转换小工具ba2r ba2r: Atom-residue B factor/RMSF conversion tool 文/Sobereva@北京科音 文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF，而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF，寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的，ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容，方便作图。输入的pdb不需要做任何修改，带着各种注释性的文字无妨，会自动跳过去。 ...

量子化学半经验方法的缩写和全称对照

量子化学半经验方法的缩写和全称对照 Correspondence between abbreviations and full names of semi-empirical methods in quantum chemistry 文/Sobereva @北京科音   2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap（非方法名，为半经验方法常用的近似） FE MO=Free-electr...

察看Gaussian全部IOp的方法

察看Gaussian全部IOp的方法 The way to view all IOps in Gaussian 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2010-Jul-22 虽然高斯网站上提供了IOp列表，网上也有相应的pdf版IOp查询手册，但是很多IOp在那里面都没有，甚至是常用的，比如6/7就没有，只能网上搜索。实际上这些IOp所代表的意思在link程序的.F源代码头部都有完整说明。 这里说一下在w...

Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457）。 Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法 Installation method of GROMACS 4.0.3 and 4.5.5 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2012-Jan-6 下面是gromacs...

grostat V1.3--Gromacs .gro文件分析、统计小工具

下载地址 /usr/uploads/file/20150605/20150605000929_91362.rar Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version 1.3, 2008-Oct-15 有问题请联系开发者Sobereva (sobereva@sina.com) 此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，输入指定的坐...

写高斯输入文件的不错的参考

写高斯输入文件的不错的参考 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 一些新手使用高斯经常因为输入格式错误，导致高斯报错，又找不到好的例子作为参考，比如使用混合基组、QST2/3、oniom等，而且一些老手长时间不用相应功能也会忘。 实际上高斯自带了许多test文件，不光是作为功能测试用，里面也涵盖了高斯各功能的用法，可以作为参考。 在windows版中，在高斯的tests目录下，有个tests.idx文...

PowerVR简史 (The Chronicles of PowerVR)

PowerVR简史 The Chronicles of PowerVR 文/Sobereva  写于约2007年8月 英国公司Videologic最初创立了PowerVR，PowerVR第一代分PCX1和PCX2两种，PCX1采用0.5微米，PCX2采用0.35微米，二者皆为PCI卡，仅限于3D功能，类似voodoo1/2，但不需要外置连接线而是通过PCI总线传输数据，显存64bit，8MB，核心同显存运行频率约6...

小游戏《打砖块》

很久以前做的简单小游戏，音乐来自Linux下的一个企鹅滑雪的游戏，结尾音乐来自AOE一代。 /usr/uploads/file/20150605/20150605000022_17997.rar

Gromacs 4杂谈

Gromacs 4杂谈 Miscellaneous talk on Gromacs 4 文/Sobereva @北京科音   写于约2008年 随便谈谈gromacs4。 新支持仅xy方向的PBC，以前版本实现二维周期边界条件只能靠那个方向增加很厚的真空层来实现。可以与WALL组合使用（WALL也只能用于二维周期边界条件）。nwall设2就是在...

Sob谈生物膜体系的搭建

注：本文已经没什么意义了，用笔者后来开发的genmixmem工具来构建磷脂膜方便得多效果也明显更好，见http://sobereva.com/245。而本文的把蛋白嵌入膜的方法也不再推荐，建议使用GROMACS直接支持的membed方法，在北京科音(http://www.keinsci.com)举办的分子动力学与GROMACS培训班里会讲解和演示 Sob谈生物膜体系的搭建 Sob's talk on the construction of biofilm ...
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