使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
Using Multiwfn to perform topology analysis and calculate angle of lone pairs
文/Sobereva @北京科音
First release: 2011-Dec-1 Last update: 2024-Jul-3
波函数分析程序Multiwfn的拓扑分析模块极为强大、高效、灵活而且普适,原理上可以用...
PS:这是很久以前写的,里面的内容半数都过时了
回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算
Answer some questions about Multiwfn and future development plan of Multiwfn
Multiwfn的开发者Sobereva @北京科音 2011-Nov-13
曾有不少人问我关于Multiwfn的各方面问...
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
The keyword freq=intmodes for analyzing components of vibrational modes in Gaussian
文/Sobereva @北京科音 2011-Oct-27
在Gaussian中,在freq关键词中有一个对分析振动模式很有用的选项intmodes,可惜在手册中对它的描述十分晦涩,导...
生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法
An introduction to the spiral algorithm for generating fullerenes and a way to match the numbering in CaGe to the Fowler-Manolopoulos numbering
文/Sobereva @北京科音 2011-Oct-4 ...
PS: 由于Amber11编译时是在Linux下面一边编译一边写的,又没装中文输入法,所以就写成英文了。Amber12安装方法只是很简单地写了下。
Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法
Installation method of Amber11+AmberTools1.5 and CUDA version, and that of Amber12
文/Sobereva @北京科音
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谈谈分子体积的计算
On the calculation of molecular volume
文/Sobereva @北京科音
First release: 2011-Sep-20 Last update: 2022-Jan-14
我曾在网上数次看到有人问怎么算分子体积,从提问以及很多人的回答上看有不少人对这问题存在错误的认识,本文就来谈谈这个问题,既会说明基本原理,也会说明怎么具体计算。本文用到的Mult...
注1:阅读此文不要断章取义。要读就全读完,要么别读。
注2:如果你的目的纯粹是想绘制分子表面静电势填色图,此文是绝对的最佳的做法:《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)》(http://sobereva.com/443),而当前这篇文章就完全没必要看了。
谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区
On the plotting electrostatic potenti...
球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系
Transformation relationship between spherical-harmonic type and Cartesian type of Gaussian functions
文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jul-31
在笔者的《谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识》...
电子的定域性与相关穴
Localization and correlation hole of electrons
文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jul-12
1 前言
在《电子定域性的图形分析》(http://sobereva.com/63)一文中笔者曾对图形化展现电子高定域性区域的方法进行了介绍,在本文中将探讨什么是电子的定域性,并分析它与相关穴之间的关系。在进行更深入的分析之前...