编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法

编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法

文/Sobereva   2012-May-30


NBO程序有两种运行模式,一种是独立运行版,称GENNBO,也叫standalone版。一种是作为模块嵌入进其它大型量子化学程序的版本,称ESS(electronic structure system)版NBO,例如Gaussian的l607模块就是其免费的3.1版。ESS版可以实现更多功能,如自然化学屏蔽(NCS)、NBO Deletion、NEDA能量分解。然而,有很多重要功能都是在免费的NBO 3.x之后才加入NBO程序的。这里介绍收费的,功能已经比较全面的NBO5.0的Linux独立版本和嵌入Gaussian03 C02的版本(也叫NBO5.G)的编译方法,这两种版本的编译过程互不相干。

NBO5的源文件只有nbo_5g.src和enable.f两个,后者用来设定编译模式。

 

======编译独立运行版本的方法=======


编译平台:RHEL6 64bit,Q6600,Root,ifort 12.0.0

将nbo_5g.src的1~25125行保存为NBO_5GA.SRC
将nbo_5g.src的25126行~末尾保存为NBO_5GB.SRC
ifort -o enable enable.f
./enable
依次选
(1) 32-bit Unix   UNIX/LINUX  //无论是否系统是64bit,都要选32bit,否则运行不正常
(1) GEN      GENNBO  (standalone)
第三步直接敲回车,得到gennbo.f

在gennbo.f里搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR.NE.'gh'), 改为IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))
再搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'),改为IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))

最后ifort -o gennbo gennbo.f -diag-disable 8290即得到可执行程序gennbo。
运行时输入比如./gennbo < AC.47即可,这里AC.47是GENNBO的输入文件。


======编译G03 C.02的l607版本方法=======

 

严格按照《Fedora7-64bit下编译Gaussian03-C02》(http://sobereva.com/2)的方法先编译一遍32bit g03 C.02版并设定好运行环境,确保编译到了/sob/g03下面。如果你的软件平台、目录和文中不一样,笔者不保证能按文中的方法编译成功。

将nbo_5g.src的1~25125行保存为NBO_5GA.SRC
将nbo_5g.src的25126行~末尾保存为NBO_5GB.SRC
将这两个文件连同enable.f都拷进/sob/NBO5,并进入此目录,运行
ifort -o enable enable.f          //这步也可以用别的fortran编译器
./enable
选择32-bit Unix,然后选G03,然后直接回车

在新生成的g03nbo.f里面搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR.NE.'gh'), 改为IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))
再搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'),改为IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))

将g03目录下l607.a删掉,将l607.exe改名为l607old.exe,l607.F改名为l607old.F作为备份。
将g03nbo.f复制到g03目录下作为l607.F文件。

进入csh环境,source /sob/g03/bsd/g03.login,并进入/sob/g03下
make -f bsd/i386.make l607.exe
一会儿,l607.exe就在g03目录下生成了。

对应NBO5.0的l607.F和编译好的l607.exe可以从这里下载:/usr/uploads/file/20150610/20150610212517_49774.zip
对于其它版本g03这个编译好的版本应该是不兼容的。

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