注:北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)里面专门有一节“金属的模拟”非常全面详细讲使用GROMACS计算金属体系的方方面面,给了大量例子,内容远比此文深入详细全面得多,欢迎需要相关知识者参加。
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程
Simulating stretching process of gold nanowire in Gromacs
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使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
Using Multiwfn to draw atomic orbitals, study atomic shell structures and the influence of relativistic effects
文/Sobereva @北京科音 2012-Jul-9
1 前言
这个帖子主要介绍怎么用Multiwfn程序(http:/...
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法
Several software that can draw molecular structure maps with cross-shaped lines on atomic spheres
文/Sobereva@北京科音 2012-Jul-7
1 关于椭球图和十字形线
经常看到有人问用什么可视化软件可以让显示的分子结构图上每个原子上有个十字形线...
CFOUR程序的编译和使用方法简介
An introduction to compiling and using the CFOUR program
文/Sobereva @北京科音 2012-Jul-5
1 前言
CFOUR程序的全称是Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry。它是由ACESII-MAB程序改名而来,而ACESII-MAB程序...
注:后来发布了AICD 2.0,安装和使用比此文介绍的老版本方便得多,因此一定要看此文:《使用AICD 2.0绘制磁感应电流图》(http://sobereva.com/294)
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
Study of electron delocalization and magnetically induced current density using AICD program
文/Sobereva ...
2023-Jun-3注:笔者后来又写了《基于Gaussian的NMR=CSGT任务得到各个轨道对NICS贡献的方法》(http://sobereva.com/670)介绍另一种分解NICS的方法,可以得到各个分子轨道的贡献,只需要用Gaussian而不依赖于NBO
将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献
Decomposition of nuclear independent chemical shift (NICS) into c...
编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法
Method to compile NBO5.0 standalone version and the version embedded in Gaussian03 C02
文/Sobereva @北京科音 2012-May-30
NBO程序有两种运行模式,一种是独立运行版,称GENNBO,也叫standalone版。一种是作为模块嵌入进其它大型量...
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
The way to export xtd trajectory file of Material $tudio to xyz trajectory file
文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-May-23
Material Studio(MS)的xtd文件包含了原子或者粗粒化模拟中的bead的轨迹信息。这是MS的...