电子定域性的图形分析

注:在撰写本文后笔者还撰写了大量与ELF有关的文章,连同其它各种ELF相关资料,可以在这里访问:“ELF综述和重要文献小合集”(http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html) 电子定域性的图形分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jun-13  Last update: 2012-Oct-24 摘要:本文回顾了电子定域性分析...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 文/Sobereva   2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深,通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架(CA原子),就容易看出不同位置的活动性,并与B因子/RMSF相互对照。 首先自定义一下材质,在Material窗口中选Transparent,然后点Create New,将新材质命名为a。然后在控制台执行draw material a,并执行draw color iceblue,当然也可以用自...

解决SCF不收敛问题的方法

笔者注:读者不要说诸如“此文我看了,还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话。绝对没有哪个方法能100%解决SCF不收敛。本文绝对没有一条馊主意,所有Gaussian支持的真正有可能能解决SCF不收敛的做法在本文都已经全面列举了,没有任何遗漏。倘若本文的做法都做了尝试还没解决,那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法,或者以不正当的方式(没有真正了解原理的基础上)瞎试几个就说没解决问题,这根本什么也说明不了。要想解决问题,必须认真阅读本文,所有有可能对当前...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-May-6  Last Update: 2017-Apr-18 Gaussian的初学者经常在混合基组、自定义基组和赝势的输入方面犯错,此文就具体说说怎么正确用它们。 1 混合基组的输入 混合基组就是指不同的原子用不同的基组。写gen关键词代表从坐标部分后面读入基组定义。用IOp(3/24=1)可以显示每个原子实...

小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述

小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-18  Last update:2010-Jun-2 本文简要讨论几种常见的量子化学方法对氢分子解离过程的描述。假设使用极小基,两个氢原子的1s轨道分别为Xa和Xb,考虑的是基态(单重态)的解离过程。 常有人怀疑在解离过程中多重度是否会变化,是否应当在远距离时改成三重态,实际上不需要改变多重度。以分子轨道模型来看,两个氢距离较近...

杂谈交换互斥(exchange repulsion)与范德华作用

杂谈交换互斥(exchange repulsion)与范德华作用 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-15  Last update:2010-May-1 一般量化计算中说的交换能和能量分解中常说的交换互斥(exchange repulsion)能的本质都在于Pauli反对称原理推得的Pauli互斥原理,它使得具有相同自旋的电子在空间中相互回避,平均距离增加,如同有某种互斥力(有时被称为Pauli斥力),导致...

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径 文/Sobereva @北京科音   2010-Mar-9 1. Gaussian程序的基本结构 高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的,它们被称为Link,在它们之间通过临时文件来传递数据,最主要的是rwf文件,每个Link的功能在高斯手册里都有简单介绍。Link间的调用顺序实际上是随意的,但是只有某些固定顺序的调用(还包括循环、分支、跳转方式的调用)才有意义,才能完成特...

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题 文/Sobereva @北京科音   2010-Feb-20 前言: 最近看到两篇Mayer的讨论Lowdin布居旋转不变性问题的文章Int. J. Quant. Chem, 106, 2065-2072和CPL, 393, 209-212,受到启发,继之前写的《谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异》(http://sobereva.com/52),本文对旋转坐标问题...

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法 文/Sobereva @北京科音  2010-Feb-1 了解高斯的格式化检查点文件fch和波函数文件wfn的格式和每项的意义对编写第三方量化辅助程序是很重要的,前者蕴含的信息丰富,后者更为简明而且通用。本文将解读wfn文件的格式和读、写代码,对fch中的一些要点进行介绍,介绍如何写出将fch转化为wfn文件的程序fch2wfn,以帮助大家认识这两种文件并利用fch和wfn写出相关程序。 ...

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本 文/Sobereva   2009-Nov-8 有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本,下面是我的VMD Tcl脚本,或许有人也用得着。 氢键判据用的是常用的35度3.5埃的几何判据,当然也可以直接在脚本里改。计算方法是,只要有水分子有一个原子在某一层里,则这个水分子就认为属于这一层的水。对于每一帧,计算属于每一层的水selin与其它物质selbig之间的氢键数,氢键包括...

找回Windows 7中经典风格的开始菜单

找回Windows 7中经典风格的开始菜单 文/Sobereva    2009-Nov-1 很多从windows95/98或者dos时代过来的资深老用户对于windows 7彻底去掉了经典开始菜单与我一样感到愤怒,感到工作效率严重受挫,但win7的这个设计似乎很讨好从XP时代过来的菜鸟,以至于占多数用户的这类群体对这个变化不以为然。即便这个设计对一部分用户的确更有利,但不尊重用户的选择权利是恶劣的行为。有人开发了cs menu解决这个困难,...

谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异

谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Mar-27 我曾在《谈谈5d-6d型d轨道波函数与它们在高斯中的标识》一文中讨论到量化程序中的基函数与实际中的原子轨道的对应问题,即6d型笛卡尔GTF函数是难以对应实际实际原子轨道的,这是基函数本身形式的问题。导致对应问题的另一个因素,就是分子的取向问题,它造成了分子轨道组成与常规化学观念相冲突,比如π键。这个问题...

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识 文/Sobereva @北京科音   Last Update: 2011-Jul-30 在含有d轨道的体系的高斯输出文件中,有时会看到d轨道名以D 0, D+1, D-1, D+2, D-2标识,有人误以为那些轨道就是指复数型真实原子轨道,这是个严重的误区,下面将对此进行讨论。 在高斯等量化程序中,对于非半经验方法用的都是GTF(Gaussian type function)型实...

GAMESS-US 2009 R3版编译方法

GAMESS-US 2009 R3版编译方法 文/Sobereva @北京科音    First release: 2009-Oct-7  Last updated: 2010-Jan-20 操作系统:Fedora7-64bit,已装gcc 4.1.2(在系统安装过程中选择了安装软件开发这一类就会装上),系统中有csh(Fedora8及以后需手动安装csh),root用户,使用bash shell,GAMESS(US)版本为Janu...

C76优秀音乐推荐-其它部分

C76优秀音乐推荐-其它部分 文/Sobereva    2009-Sep-30 PS: C76东方系列音乐精选见此贴:http://sobereva.com/48 虽然C76的东方project的同人音乐质量不如C75,但是其它同人音乐质量却相当好,胜于C75很多。最精彩部分共被我选出27首(相比之下C75只有10首)。以下曲目都是从verycd上全部发布过的C76非东方project的CD中精选出来。 本次推荐的C76非东方系列的音...