调节平面分子间距的方法

调节平面分子间距的方法 文/Sobereva  2013-Feb-3 计算化学研究中有时需要调节两个平面分子间距离,比如研究不同间距下的相互作用能。如果两个平面分子的坐标正好对着,或者分子平面平行于某个笛卡尔平面,那么改变间距很容易。前者就用gview的设定键长大小的工具就能调,后者就自行对笛卡尔坐标统一加减一定的数值就可以。比较麻烦的是分子既不平行于笛卡尔平面,两个分子也不是正对着,如下图这种情况 这里提供两个办法设...

让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法

让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法 文/Sobereva  2013-Jan-27   见到好几次有人问怎么让指定的化学键平行于某个笛卡尔坐标轴。这里提供一个笔者写的VMD的Tcl脚本用于实现此目的。虽然也可以在一些分子可视化程序里拖动鼠标旋转分子来达成此目的,但是那样做所得坐标并不精确。 首先启动VMD,将分子结构文件载入,然后在控制台里将以下内容拷进去执行 proc alignbond {i...

衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算

补充:在此文撰文之后Multiwfn又支持了ICSS方法图形化分析芳香性,极具实用价值,见《通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面研究芳香性》(http://sobereva.com/216)。 衡量芳香性的方法以及在Multiwfn中的计算 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Jan-23   Last update: 2020-Jun-1   图文...

C82与M30音乐推荐

C82与M30音乐推荐 文/Sobereva  2013-Jan-20 碎碎念:拖到了C83都结束了挺久才写此文,主要是因为想把C82和M30凑到一起写,然而一方面担心C82的个别的碟会较晚才会流出,又由于M3-30的资源在网上出现得晚,又因为到了元旦前后事情极多,结果磨蹭到了现在...不过这样也保证了C82和M30的碟能够尽可能全面地一网打尽(若是贴出来之后又有个别的碟流出且其中有不得不推荐的音乐,就很难再补进压缩包了,这将令寡人很为难)。 依然延续寡人音乐推...

2012年度完结动画总评

2012年度完结动画总评 文/Sobereva   2013-Jan-20 本文涵盖了笔者完整看过的,共59部,在2012年完结(实际上是截止到2013年1月初完结)的全部动画的简要评价。所有2012年的作品笔者都至少看过1话以决定是否追,往往看了2、3话才做出取舍,也就是说,没出现在本文的作品基本上都是没达到笔者的及格线的(也有极个别作品可能还不错,但题材实在难以接受也就没追)。打分区间主要在86~95。达不到86分的,基本上一开始...

囧囧有神8漫展杂谈和照片(126 pics)

囧囧有神8漫展杂谈和照片 文/Sobereva(3)  2012-Jan-7 PS:由于事情多,又懒惰,结果拖了好久才写... 囧囧有神8漫展于2012年12月16日在国家会议中心举行。第一次去囧囧有神的时候是第5届,后来连着两届都恰好赶上到外地开会而错过。到了年底忙得很,尤其是第8届这次前后几日忙得要命火烧眉毛,不过还是去了(其实主要是受一位年轻的男性网友之托去拍他和妹子的合影,不过只见到少年却没见到妹子),导致后来忙完了之后连续...

谈谈能量的基组外推

谈谈能量的基组外推 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Dec-30   Last update: 2017-Jun-8   1 前言 量子化学计算中一个主要的误差来源是基组不够大,或者说距离完备基组极限差距较大。用越大的基组计算耗时越多。对于一些性质,如能量、优化出的结构、偶极矩等,随着基组的增大计算结果会逐渐收敛。只要知道收敛趋势的数学形式,就可以通过较小的基组的计算结果外推出较大基组下的结果...

冬天里的一把火:AM4.5同人演唱会感受和全部录像

冬天里的一把火:AM4.5同人演唱会感受和全部录像 文/Sobereva(3)  2012-Dec-28 我实在是忍不住把这段超珍贵的镜头放在此文最开头,这就是几句话就能让少女为之沦陷的总攻的威力!欲知详情,请看本文后面的小豆包子乐队的现场视频。     如果让我来形容这次演唱会,用“冬天里的一把火”来形容是最恰当的。 这次ANIMANIA社团的AM4.5同人演唱会于2012年12月23日在帝都鼓楼那边的MAO Live House举办。...

ComicDive7 Cosplay照片(80 pics)

ComicDive7 Cosplay照片(820pics) 文+摄影/Sobereva(3)  2012-Dec-10 由于换了好相机,所以图片尺寸也大了,慢慢缓冲吧,共80张。除cos照片外还包含几个个人觉得不错的展板。此文最末尾附上了一小段寡人拍的现场搞基视频 菈菈。话说要有人cos小暗就好了。感觉小暗在darkness里萌度比以前增加了许多,而且还那么重视美柑,越来越喜欢她了。 ...

ComicDive7杂谈和收获

ComicDive7杂谈和收获 文/Sobereva(3)  2012-Dec-10 ComicDive7与2012年12月1日、2日在帝都国贸展览馆举行。其实原本希望和上届一样在明亮宽敞的农展馆新馆举行。寡人去的是第一日。这算是帝都最老牌的最适合专门收本子的漫展。说来最近几个月fishing岛和S.B大一直搅得漫展办不成,这也算是斯巴达时期后第一次帝都的漫展了。 这次门票价格不变,却不像以前那样买票的时候就给场刊,场刊(连同海报和...

在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面

注:ChimeraX是Chimera的后继版,显示效果有了显著提升,而且界面更友好。我专门录了ChimeraX绘制本文所示图像的演示视频,看https://www.bilibili.com/video/av85684420或 https://youtu.be/vC48iEB8PwI。 在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面 文/Sobereva @北京科音   2012-Nov-21 在一些文献的格点数据的等值...

Multiwfn入门tips

Multiwfn入门tips 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Nov-7   Last update: 2020-Jun-23 0 前言  Multiwfn(主页为http://sobereva.com/multiwfn)是由北京科音自然科学研究中心(www.keinsci.com)的卢天从2009年11月起主导开发的最为强大的量子化学波函数分析程序,功能极为广泛、十分高效、非常易...

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Nov-7   Last update: 2018-Oct-12 1 前言 电荷分解分析(Charge decomposition analysis, CDA)是基于片段轨道的概念提出的一种将分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献,从而能更深入了解电荷转移本质的方法。这个方法很有意义...

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例 文/Sobereva@北京科音 First release: 2012-Oct-20  Last update: 2020-Apr-13 1 前言 一种分子往往有很多构象,每种构象能量各不相同。在平衡状态下,各种构象出现的比例也是不同的。在很多文献里都给出根据Boltzmann分布计算的分子在不同构象下的比例,也经常看到有人问怎么算。实际上计算非常简单,此文专门说...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

笔者注:读者不要说诸如“此文我看了,还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话。绝对没有哪个方法能100%解决几何优化不收敛。本文绝对没有一条馊主意,所有Gaussian支持的真正有可能能解决几何优化不收敛的做法在本文都已经全面列举了,没有任何遗漏。倘若本文的做法都做了尝试还没解决,那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法,或者以不正当的方式(没有真正了解原理的基础上)瞎试几个就说没解决问题,这根本什么也说明不了。要想解决问题,必须十分仔细阅读本文,所有有可...