使用Multiwfn图形化研究弱相互作用

PS 1:本文全文、所有图片以及所有相关文件可由此下载/usr/uploads/file/20150610/20150610025359_29746.rar PS 2:后来又写了《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》(http://sobereva.com/291),和本文关系非常直接,推荐在看完本文后阅读。另外也推荐阅读《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://sobereva.com/186)、《使用DORI函...

小测Tesla C2050在amber11上的GPU加速性能

小测Tesla C2050在amber11上的性能 文/Sobereva @北京科音  2010-Aug-13 nVidia正在做tesla免费试用活动,国内由AMAX负责,提供5个小时的测试时间,通过SSH远程登陆,机子是XEON 5520*2, 16GB, Tesla C2050*2。用它们的机子测了下Tesla C2050在amber11下的性能,基本与amber官网上的数据吻合,略微偏低一点。下面数据中测Tesla时的Amber11的pmemd....

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jul-12   Last update: 2011-Aug-4 我曾经写过《高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法》一文,见http://sobereva.com/55,本文是对那篇文章内容的拓展,重复的内容就不再介绍了,建议先回顾一下。 1 .31至.40文件简介 想获得某种...

显示粒子运动轨迹的VMD脚本

显示粒子运动轨迹的VMD脚本 文/Sobereva   2010-Jun-29 经常需要通过将运动轨迹连线来描绘粒子的运动路径,此脚本可以实现这个目的 proc showtrj {fps1 fps2 space selection} { set selnow [atomselect top $selection frame $fps1] set selnext [atomselect top $selection frame $fps1] set n...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子 文/Sobereva @北京科音    Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。一些小国家影响力小的刊物也不列了,比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是印刷版ISSN号。 主要刊物: J CHEM PHYS(JCP) 0021-96...

电子定域性的图形分析

注:在撰写本文后笔者还撰写了大量与ELF有关的文章,连同其它各种ELF相关资料,可以在这里访问:“ELF综述和重要文献小合集”(http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html) 电子定域性的图形分析 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Jun-13  Last update: 2012-Oct-24 摘要:本文回顾了电子定域性分析...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 文/Sobereva   2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深,通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架(CA原子),就容易看出不同位置的活动性,并与B因子/RMSF相互对照。 首先自定义一下材质,在Material窗口中选Transparent,然后点Create New,将新材质命名为a。然后在控制台执行draw material a,并执行draw color iceblue,当然也可以用自...

解决SCF不收敛问题的方法

笔者注:读者不要说诸如“此文我看了,还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话。绝对没有哪个方法能100%解决SCF不收敛。本文绝对没有一条馊主意,所有Gaussian支持的真正有可能能解决SCF不收敛的做法在本文都已经全面列举了,没有任何遗漏。倘若本文的做法都做了尝试还没解决,那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法,或者以不正当的方式(没有真正了解原理的基础上)瞎试几个就说没解决问题,这根本什么也说明不了。要想解决问题,必须认真阅读本文,所有有可能对当前...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-May-6  Last Update: 2017-Apr-18 Gaussian的初学者经常在混合基组、自定义基组和赝势的输入方面犯错,此文就具体说说怎么正确用它们。 1 混合基组的输入 混合基组就是指不同的原子用不同的基组。写gen关键词代表从坐标部分后面读入基组定义。用IOp(3/24=1)可以显示每个原子实...

小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述

小谈几种量子化学方法对氢分子解离过程的描述 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-18  Last update:2010-Jun-2 本文简要讨论几种常见的量子化学方法对氢分子解离过程的描述。假设使用极小基,两个氢原子的1s轨道分别为Xa和Xb,考虑的是基态(单重态)的解离过程。 常有人怀疑在解离过程中多重度是否会变化,是否应当在远距离时改成三重态,实际上不需要改变多重度。以分子轨道模型来看,两个氢距离较近...

杂谈交换互斥(exchange repulsion)与范德华作用

杂谈交换互斥(exchange repulsion)与范德华作用 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-15  Last update:2010-May-1 一般量化计算中说的交换能和能量分解中常说的交换互斥(exchange repulsion)能的本质都在于Pauli反对称原理推得的Pauli互斥原理,它使得具有相同自旋的电子在空间中相互回避,平均距离增加,如同有某种互斥力(有时被称为Pauli斥力),导致...

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径 文/Sobereva @北京科音   2010-Mar-9 1. Gaussian程序的基本结构 高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的,它们被称为Link,在它们之间通过临时文件来传递数据,最主要的是rwf文件,每个Link的功能在高斯手册里都有简单介绍。Link间的调用顺序实际上是随意的,但是只有某些固定顺序的调用(还包括循环、分支、跳转方式的调用)才有意义,才能完成特...

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题 文/Sobereva @北京科音   2010-Feb-20 前言: 最近看到两篇Mayer的讨论Lowdin布居旋转不变性问题的文章Int. J. Quant. Chem, 106, 2065-2072和CPL, 393, 209-212,受到启发,继之前写的《谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异》(http://sobereva.com/52),本文对旋转坐标问题...

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法 文/Sobereva @北京科音  2010-Feb-1 了解高斯的格式化检查点文件fch和波函数文件wfn的格式和每项的意义对编写第三方量化辅助程序是很重要的,前者蕴含的信息丰富,后者更为简明而且通用。本文将解读wfn文件的格式和读、写代码,对fch中的一些要点进行介绍,介绍如何写出将fch转化为wfn文件的程序fch2wfn,以帮助大家认识这两种文件并利用fch和wfn写出相关程序。 ...

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本 文/Sobereva   2009-Nov-8 有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本,下面是我的VMD Tcl脚本,或许有人也用得着。 氢键判据用的是常用的35度3.5埃的几何判据,当然也可以直接在脚本里改。计算方法是,只要有水分子有一个原子在某一层里,则这个水分子就认为属于这一层的水。对于每一帧,计算属于每一层的水selin与其它物质selbig之间的氢键数,氢键包括...