谈谈分子体积的计算

谈谈分子体积的计算  文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Sep-20  Last update: 2019-Mar-5 我曾在网上数次看到有人问怎么算分子体积,以及关于Gaussian的volume关键词使用问题,从提问以及很多人的回答上看有不少人对这问题存在错误的认识,本文就来谈谈这个问题。如果你只是想尽快算出分子范德华体积,而对原理细节不感兴趣,直接看本文第3节就行了。笔...

AM3动漫同人演唱会全纪录

AM3动漫同人演唱会全纪录 文/Sobereva(3)   2011-Sep-19 ANIMANIA动漫音乐社团已经搞了数次同人演唱会了,这次是我第一次去,简称AM3。详情见http://www.anisongmania.com/twinkle_beijing/index.html。在麻雀瓦舍小剧场里。演出在下午2:00开始,共4个多小时,上午是很mini的暖场漫展(30个左右摊位)。票价35。 站了9个多小时,没吃没...

做了些纸模

做了些纸模 文/Sobereva   2011-Aug-29 我小时候喜欢做纸模,前一阵子重新拾起这个兴趣,淘宝上买了一些打印好图案的硬纸,趁闲暇做了一些。果然我至今对制作纸模还是充满了兴趣。 这是我制作时用的全部工具。用剪子去剪通常不如用刀笔去刻方面,剪出来的线条不容易直,而且在镂空处就不可能用剪子了。刻的时候必须用垫板,最好用这种专用的,对刀锋磨损小,刻的时候不容易打滑,而且在垫板上基本看不出刻过的痕迹,可反复使用。胶水比较有讲究...

东方神灵庙修改器

  下载地址:/usr/uploads/file/20150609/20150609173250_51279.rar   本修改器在东方神灵庙1.00a版通过测试。 先启动游戏,再启动本修改器,按相应快捷键或点击复选框以激活相应选项。 最大化并锁命/锁bomb后必须死一次/放一次bomb才会在屏幕上看到命/bomb已满。 锁Power后,必须吃一个红P才会生效。 最大化并锁定灵界值后,按...

谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区

注:阅读此文不要断章取义。要读就全读完,要么别读。 谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区 文/Sobereva @北京科音    2011-Aug-2 1 前言 研究分子静电势(MEP)的时候通常研究的是它在分子范德华表面(一般取电子密度为0.001的等值面)上的数值分布,最直观的方法是绘制填色等值面图进行分析。这种图可以通过很多软件绘制,比如GaussView、Che...

球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系

球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系 文/Sobereva @北京科音    First release: 2011-Jul-31 在笔者的《谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识》(http://sobereva.com/51)一文中曾简要介绍了球谐型与笛卡尔型高斯函数的关系,本文是一些补充。 要提醒大家注意的是,球谐高斯函数与笛卡尔型的转换关系对于d型是十分明确的,也是通用的。然而对更高角动量函...

Comic Present 2游记(63 pics+5 videos)

Comic Present 2游记 文/Sobereva(3)  2011-Jul-19 Comic Present 2同人祭(CP2)于2011年7月17日在国家会议中心举行。 天气预报说是31摄氏度,算是近几日相对凉快的,但是没想到场馆里闷热得要命,大家都使劲扇扇子。主办方刻意选在有空调的地下一层场馆举行,但是由于人太多,空调只在门口能感受到一点儿,几乎没起任何作用,还不如在地上一层举行,通风和采光还能好点。参加的人非常多,...

C79+例大祭8音乐推荐

C79+例大祭8音乐推荐 文/Sobereva   2011-Jul-27 首先说C79,后面再说例大祭8。C80都快到了才写这篇文章,一方面是C79的音乐资源老是隔三差五地冒出来,想一网打尽,所以没急着写,另一方面是要听的音乐太多,耳朵忙不过来。依然按照惯例,有明显亮点或整体不错,但不算完美的曲目放到level B类里面。推荐列表里只有新歌或者老歌的重新编曲/演唱的版本,不少C79专辑里面都有些歌曲是直接从老专辑里原封不动地弄来的,那些歌曲不会出现在此。这次的...

电子的定域性与相关穴

电子的定域性与相关穴 文/Sobereva @北京科音   First release: 2011-Jul-12 1 前言 在《电子定域性的图形分析》(http://sobereva.com/63)一文中笔者曾对图形化展现电子高定域性区域的方法进行了介绍,在本文中将探讨什么是电子的定域性,并分析它与相关穴之间的关系。在进行更深入的分析之前,本文在第二节先对电子的定域性进行简要的、形象化的概述,如果对费米穴不熟悉,也可以先看第三...

Gaussian中有用的IOp一览

Gaussian中有用的IOp一览 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-FEB-2  Last update: 2015-Dec-8 Gaussian中IOp极多,包含了控制程序运行的几乎全部信息,IOp的介绍可参考笔者的《Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径》(http://sobereva.com/57)。大部分重要、常用的IOp都可以直接通过相应关键词控制,由于关键词明显更容易记忆,这类IOp我很不建议通...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Jun-29 2009年的影响因子列表见http://sobereva.com/64 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2010年的两年期影响因子(...

跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介

PS:此文发布后Multiwfn也支持了NTO分析,用Multiwfn做NTO比此文的方法方便得多得多得多!,故强烈建议用Multiwfn做NTO分析,而一定不要用Gaussian自己的NTO功能。尤其是处理大批激发态的时候更是必用Multiwfn!用Multiwfn做NTO的方法见《使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析》(http://sobereva.com/377)。 跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介 文/So...

Mayer能量分解及APEX4程序使用简介

Mayer能量分解及APEX4程序使用简介 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jun-7  Last update: 2013-Sep-7 1 前言 目前已有一大批能量分解方法,用于将相互作用能拆成各个成分,如Morokuma方法、Ziegler-Rauk方法、对称匹配微扰(SAPT)方法、自然能量分解方法(NEDA)等等。这些方法在原理、算法上有所差异,共同特点是都需要将体系拆成两个片段,将其在孤...

北影第十届漫画节&临界同人4游记(含视频)

北影第十届漫画节&临界同人4游记 文/Sobereva(3)  2011-May-31 北京电影学院第十届漫画节播放了最新两部EVA剧场版《序》和《破》(5月28号)。虽说都已看过,不过,在家里看效果还是远不能和放映厅比的,机会很难得,故再来看一次。 漫画节也有很小型的同人展,人不多,20分钟就看完了。 买了凛 X Saber的照片,免费附送了现场制作的棉花糖。制作过程很艰辛,很需要...

数值误差对计算化学结果重现性的影响

数值误差对计算化学结果重现性的影响 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-May-25 1 前言 曾经有很多人问,诸如为什么明明输入文件一样,但是动力学轨迹每次跑出来的都不一样、为什么几何优化结果相差甚远等等,甚至怀疑计算科学是否遵循决定论。实际上结果的差异是由于运算开始或运算过程中各种形式的数值误差、随机性引起的。这个是很重要却不被多数人重视的问题,它和理论本身、算法、软件环境、硬件环境等都有密切关联。本文将对...