计算化学攒机--机箱篇

计算化学攒机--机箱篇 文/Sobereva   2008-Sep-12 1. 机箱的规格 现在最常见的主板规格分为EATX(30.5x33.2cm,常见的双路服务器主板尺寸)、ATX(30.5x24.2cm,长方形,最常见的民用主板规格及少部分双路服务器主板)、Micro-ATX(24.2x24.2cm,PCI槽很少的正方形主板,用于小尺寸迷你机)。大机箱可以兼容小主板,但小机箱不能兼容大主板,比如服务器机箱一般都是EATX设计,可以...

Gaussian型Cube格点文件分析、运算程序GsGrid V1.6

注意:GsGrid的全部功能早已经融合到了Multiwfn当中作为主功能13,故GsGrid不再更新。若确实需要,请到http://gsgrid.codeplex.com 下载 GsGrid V1.6 Extract data from Gaussian grid file and grid file calculation Programmed by Sobereva, 2009-Oct-7 Bug report or recommend: Sobereva@si...

VMD制作体系旋转演示播放轨迹的gif动画的简单方法

VMD制作体系旋转演示播放轨迹的gif动画的简单方法 文/Sobereva    写于约2008年 用这个方法可以做出体系旋转演示的gif图,适合嵌入网页或幻灯片,比压成视频文件更清楚也往往更小,也无须调用videomach之类的,十分方便而且很快。而且可以保存进ppt保证演示时能够播放,不像视频文件嵌入ppt实际上只能作个视频文件的链接,而且很多视频还播放不了。 必须是linux版VMD,将以下内容保存为makegif.tcl文件。 proc m...

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法 文/Sobereva 写于约2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一种方法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率,这种方法适合描述少数几个粒子的密度分布,效果比较柔和。 渲染模式开GLSL,在Materials对话框里把Transparent材质复制到一个新的材质叫a 把a的Ambient设最大,Opacity设0.03,然后在文本控制台source一下d...

使VMD播放轨迹时同步显示帧号

使VMD播放轨迹时同步显示帧号 文/Sobereva   写于约2008年   把这段内容存为showframe.tcl,保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol new proc sdf {args} {global vmd_frame graphics 0 delete all graphics 0 color...

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图 文/Sobereva   写于约2008年 Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上,-aver设定一个轴,默认是z,也可以是x和y,投影到的就是垂直于这个轴的面,如z就是xy。-xmin和-xmax设定这个轴上的指定坐标范围内的粒子被投影到那个平面上。得到.xpm图。 g_densmap还可以做轴向-径向密度分布图。用-rmax定义径向最大距离,-amax定义轴...

Fedora7下使用GaussView3.09的方法

Fedora7下使用GaussView3.09的方法 文/Sobereva   写于约2008年   GaussView linux版主要是面向rh9那时代的系统开发的,fedora7-64bit下面使用需要几个步骤 下载这个包 链接:htt...

解析gromacs的restraint、constraint和freeze

解析gromacs的restraint、constraint和freeze 文/Sobereva   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式:restraint、constraint和freeze,有各自的特点。 限制(restraint) 包括位置限制(也就是常说的正式MD前首先要进行的限制性动力学),角度限制,二面角限制,方向限制,距离限制。限制的特点是可以让被限制的东西在一定范围内运动,而非彻底固定住...

mpich2多节点并行运算的设置

mpich2多节点并行运算的设置 文/Sobereva   写于约2008年 在单节点上使用mpich2,编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了,下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法,关于amber的并行设置,都在之前的帖子里。这里用root,fedora7。建立多节点并行运算,是计算化学工作者必备的能力,这里讲得详细些。 这里假设有两台电脑,分别叫vmware1和vmware2,IP分别为192.168.0.2和192.1...

Fedora8安装sybyl8.0

Fedora8安装sybyl8.0 文/Sobereva   写于约2008年 fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本 1 下载:http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html,下载CD1和DVD1,crack在DVD1中,不需要单独下 2 挂载: mkdir /mnt/iso mkdir /mnt/iso2 mount -...

关于mailing list

关于mailing list 文/Sobereva   写于约2008年 在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时,经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List,邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件),都会保存下来,供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。 很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务,如果邮件列表是公开的,一般都可以在相关网页中检索到以往邮件列表内的档案以及订阅...

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件 文/Sobereva  写于约2008年 这是个老生常谈的问题,但通过dos批处理文件,可以实现很多方便的功能,想在这里多说一下。 先从最简单的解决方法说,网上老是有人问,我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法 1 多个输入文件写入一个列表中,统一执行:创建.bcf文件,每一行都是C:\QCexperiment\exp3\b1.gjf , b1.out这样。没用的行开头写!注释掉。用g...

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响 文/Sobereva   2008-Nov-23 PS: 2008年11月21日前后,在Amber mailing list上有人以Electrostatic Energy Components为主题询问EEL和1-4EEL的关系(显然答案是EEL不包含1-4EEL),之后却偏离了这个话题,涉及到一个重要问题,就是1-4非键作用对拟合二面角势能项参数方法的影响,Ross Walker做出了精彩发言,Carlos...

gromacs决定力场参数的方式

gromacs决定力场参数的方式 文/sobereva    2009-Apr-5 Q: 43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊? 比如这样:    51    91     2            ...

Amber10安装方法

Amber10安装方法 文/Sobereva    2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机:Q6600,2G,XP-SP2。虚拟机:vmware6.0.1,RHEL5U1-64bit,双核,512MB,10GB,默认分区,bash,root,intel-MKL-10.0.4.023,intel fortran compiler 10.1.015,gcc 4....