谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理 文/Sobereva(3) First release 2009-Aug-27  Last update: 2016-Apr-4 计算A、B分子间的弱相互作用能时,一般不能简单地通过E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)来计算,因为E_AB能量相对于E(A) + E(B)的降低来自两方面,一方面是真实的A、B分子间的相互作用能,这是我们要求的;另一方面来自于A、B分子的...

东方星莲船修改器 (锁残机&锁SC&PowerMAX&设分)

Sobereva于大约2008年8月15日制作,下载地址:/usr/uploads/file/20150605/20150605012359_52218.rar 修改器所修改的地址介绍(皆4字节整数): 得点,004B0C44,数值为屏幕显示的值的1/10。 Power,004B0C48,内存中数值为显示的数值的100倍,如1.03为103。建议锁在399,然后吃一个红P就满了,并实际生效了。设400或更多不直接起作用 残机数,004B0C98...

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题 文/Sobereva First release: 2009-Aug-6   Last update: 2015-Dec-22 前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,所以只介绍常用,或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献,做了一定修改。由于本文作为帖子发布,文中无法插入复杂公式,故文中尽量将公式转化为文字描述并加以解...

计算化学相关的免费的在线数据库及工具

计算化学相关的免费的在线数据库及工具 文/Sobereva First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2 这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助,有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关,所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大,内容杂,应善用搜...

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型 文/Sobereva    Last update: 2010-Apr-6 本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型(=Generalized Born,广义Born模型)的各个方面。 隐式水模型优势主要有下: 减少体系的粒子数从而降低计算开销。 没有溶剂摩擦效应,可以加快构象变化。 不显著、具体地表现溶剂运动而直接表现平均效果,便于计算自由能,避免动力学很长时间采样。 不需要显式水的预平衡过程。 ...

用VMD做太极拳动画

用VMD做太极拳动画 文/Sobereva    2009-May-25 做出来的动画: VMD不仅仅可以用来做研究,还可以用来娱乐,在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用VMD做了一个小人打太极拳的轨迹动画,以此为基础对方法进行说明,希望起到抛砖引玉的作用,由于时间所限,只作了5个动作。所用VMD为windows版1.8.6。 动画下载地址: /usr/uploads/f...

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x) 文/sobereva     2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三种类型:AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是给原子一个外力,实际上是一个弹簧点在恒速远离,弹簧点拉动一组原子,其力取决于弹簧点与这组原子质心的距离和自己定义的力常数。类似amber的jar=1。 比如...

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法 文/Sobereva    2009-Mar-2 这里说一下Amber和Gromacs读入碳纳米管的方法。只说操作方法,不涉及选用力场等问题。 Amber: 碳纳米管结构比较大,而结构很有规律,一般仅有C原子。若不考虑边界问题,可以将全部电荷当成0,这种近似并不会对结果真实性有多少影响。对于碳纳米管这样的特征,适合当成一般的小分子来处理,但不宜用antechamber而且也没必要用。...

浅谈限制内存容量的屏障

浅谈限制内存容量的屏障 文/Sobereva   2009-Feb-2 PS:有很多人有误区,甚至包括一些计算机老师,比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存,然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也有很多相关文章专门谈这个问题,但是其中有不少错误的认识,而且条理不清。故撰此文,以尽可能简单的解释来清楚地解释这些问题。 程序使用内存到底能用到多大,跟CPU、内存控制器、操作系...

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力 文/Sobereva   2009-Jan-31 显示原子受力有时很重要,但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能,所以写了一个VMD的tcl脚本,可以用箭头显示指定原子的受力,并且随进度条拖动实时更新,在这里做一下介绍。 VMD当前版本并不读取轨迹中的力,不能在内部直接调用,所以需要手动把轨迹中的力提取出来并读入VMD。在此例中,我们要分析序号为977的原子的受力,序号由0开始算。 这里用到一...

C75音乐推荐-东方project部分

C75音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva    2009-Jan-31 C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了,听得很辛苦,从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品,就是下面这35首,还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散,也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品,但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...

C75精华音乐推荐-其它部分

C75精华音乐推荐-其它部分 文/Sobereva   2009-Jan-31 据说C75发布音乐CD共120张(我想应该比这个多吧),一部分是企业发布。我完整听了大概其中80~90张,听得极为辛苦,有很多歌曲收不收我很矛盾,往往听好几十遍才能做出决定。这次东方系列的基本上都听了,约50张左右。当然最突出的还是东方系列同人音乐。以下音乐是非东方系列音乐里面选出的比较好的,有一些整体中档偏上的扔了可惜,于是我都列入leve...

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

文献一般都是比较残基的B因子或者rmsf,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/rmsf两列内容,方便做图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,会自动跳过去。 下载地址/usr/uploads/file/20150605/20150605002643_62620.rar pdb的格式比麻烦,我把我写的发上来,方便大家编需要读取pdb的程序 read(unit=1...

量子化学半经验方法的缩写和全称对照

量子化学半经验方法的缩写和全称对照 文/Sobereva   2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap(非方法名,为半经验方法常用的近似) FE MO=Free-electron Molecular Orbital Method HMO=Huckel Molecular Orbital Method EHMO=Extended Huckel Molecular Orbital Method(or Extended ...