电子的定域性与相关穴

电子的定域性与相关穴 文/Sobereva @北京科音   First release: 2011-Jul-12 1 前言 在《电子定域性的图形分析》(http://sobereva.com/63)一文中笔者曾对图形化展现电子高定域性区域的方法进行了介绍,在本文中将探讨什么是电子的定域性,并分析它与相关穴之间的关系。在进行更深入的分析之前,本文在第二节先对电子的定域性进行简要的、形象化的概述,如果对费米穴不熟悉,也可以先看第三...

Gaussian中有用的IOp一览

Gaussian中有用的IOp一览 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-FEB-2  Last update: 2015-Dec-8 Gaussian中IOp极多,包含了控制程序运行的几乎全部信息,IOp的介绍可参考笔者的《Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径》(http://sobereva.com/57)。大部分重要、常用的IOp都可以直接通过相应关键词控制,由于关键词明显更容易记忆,这类IOp我很不建议通...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Jun-29 2009年的影响因子列表见http://sobereva.com/64 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2010年的两年期影响因子(...

跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介

PS:此文发布后Multiwfn也支持了NTO分析,用Multiwfn做NTO比此文的方法方便得多得多得多!,故强烈建议用Multiwfn做NTO分析,而一定不要用Gaussian自己的NTO功能。尤其是处理大批激发态的时候更是必用Multiwfn!用Multiwfn做NTO的方法见《使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析》(http://sobereva.com/377)。 跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介 文/So...

Mayer能量分解及APEX4程序使用简介

Mayer能量分解及APEX4程序使用简介 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jun-7  Last update: 2013-Sep-7 1 前言 目前已有一大批能量分解方法,用于将相互作用能拆成各个成分,如Morokuma方法、Ziegler-Rauk方法、对称匹配微扰(SAPT)方法、自然能量分解方法(NEDA)等等。这些方法在原理、算法上有所差异,共同特点是都需要将体系拆成两个片段,将其在孤...

北影第十届漫画节&临界同人4游记(含视频)

北影第十届漫画节&临界同人4游记 文/Sobereva(3)  2011-May-31 北京电影学院第十届漫画节播放了最新两部EVA剧场版《序》和《破》(5月28号)。虽说都已看过,不过,在家里看效果还是远不能和放映厅比的,机会很难得,故再来看一次。 漫画节也有很小型的同人展,人不多,20分钟就看完了。 买了凛 X Saber的照片,免费附送了现场制作的棉花糖。制作过程很艰辛,很需要...

数值误差对计算化学结果重现性的影响

数值误差对计算化学结果重现性的影响 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-May-25 1 前言 曾经有很多人问,诸如为什么明明输入文件一样,但是动力学轨迹每次跑出来的都不一样、为什么几何优化结果相差甚远等等,甚至怀疑计算科学是否遵循决定论。实际上结果的差异是由于运算开始或运算过程中各种形式的数值误差、随机性引起的。这个是很重要却不被多数人重视的问题,它和理论本身、算法、软件环境、硬件环境等都有密切关联。本文将对...

ComicDive5图文游记

ComicDive5图文游记 文/Sobereva(3)   2011-May-11 ComicDive5于5月8日在北京农展馆举行。当我预购ComicDive5的票而拿到场刊的时候,就觉得这次主办方相当认真,向着高水平同人展看齐,安排严谨、有序。场刊不仅有摊位出售物品清单,还有同人文化、作品评论、社团访谈等内容,制作很精良。 早上10点左右到达,虽然也排了很长的队伍,但是队伍走得比较快,并没有限制人流。 ...

制作动画分析电子结构特征

制作动画分析电子结构特征 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-May-1    Last update: 2014-Apr-15 在《自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件》(http://sobereva.com/85)一文中笔者已经谈了怎么获得IRC、Scan等任务中每一步的波函数文件,本文将通过实例介绍如何利用Multiwfn对它们批量作图并...

自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件

自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件 文/Sobereva    2011-Apr-24 1 前言 在Gaussian的IRC任务,以及scan、优化等任务中,只有最后一步波函数才允许在任务结束时被l9999输出为PROAIM波函数文件。如果想要用外部工具,比如Multiwfn绘制这个过程中实空间函数(电子密度、ELF等)的动态变化过程,就必须获得每一步的波函数文件。为实现这个目的,最笨的方法是写个脚...

囧神5同人祭杂谈及战利品

囧神5同人祭杂谈及战利品 文/Sobereva 2011-Apr-18 囧囧有神5同人祭于2011年4月17日在国家会议中心E4馆开幕。 上次,也就是第二次MYC展会去得较早,几乎没排队就进了,买票也不用排队。于是以为囧神5这次也是,所以就没事先预购门票,省得花邮费,打算当场买。没想到这次我栽了,10点开馆,10点一刻到了那里,惊讶地发现无票观众已经排了不少于半公里的队,而且队伍前进得极其缓慢。不巧此日风很大,而且风向不好,没一会儿已经满头...

乱谈DFT-D

注1:若对细节、原理不感兴趣,只想赶快选择合适的方法计算弱相互作用体系,直接看本文靠后蓝字部分推荐的计算级别即可 注2:之后笔者还写了《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》 http://sobereva.com/413,是对此文的重要补充,推荐阅读 乱谈DFT-D 文/Sobereva @北京科音 First relase: 2011-Apr-13  Last update: 2016-Jun-18 ...

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态 文/Sobereva @北京科音  2011-Apr-4 本文主要讨论片段组合波函数的意义、用处,并结合实例介绍在Gaussian09中的用法。由于片段组合波函数最重要用处之一就是计算自旋极化单重态体系,而且自旋极化单重态问题本身也很值得说说,所以将之一并讨论。文末对初学者常问的“量子化学计算中如何设定原子的电荷?”问题结合本文内容进行了讨论。本文只涉及单行列式波函数(HF/KS-DFT波函数)。 1 片段组合波函...

第二次MYCOMIC游园会战利品

第二次MYCOMIC游园会战利品 文/Sobereva(3)  2011-Mar-4 相对于去年底的MYCOMIC圣诞祭,这次在国贸举办的MYCOMIC组织得似乎比较得力,上午9点半到那里基本没怎么排队就进去了,也可以现场买票,同样基本不需要排队。摊位和游客都很多,这次据说是把11区三大手办商的头目请来参观了,若是下次能把一些CV请来弄个握手会/签售什么的就好了。若能请来水树,恐怕国贸附近就要水泄不通了。 入场后不久,看到了一个令我激动不已的百合场面,如果是在...

在网上求助计算化学问题时的注意事项

在网上求助计算化学问题时的注意事项 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Mar-1  Last update: 2018-Jun-15 如今喜欢在论坛里、QQ里、邮件列表里求助计算化学问题的人越来越多,笔者也经常接到各种各样的人提出的形形色色的问题。但提问方式经常十分不恰当,令笔者和很多人很不悦。关于提问的方法笔者有很多话要说。问问题关键的原则我认为是“减轻回答问题者的负担,激起回答者的兴趣”,这样才能得到有用的回复。也就是...