Gromacs4杂谈

Gromacs4杂谈 文/Sobereva   写于约2008年 随便谈谈gromacs4。 新支持仅xy方向的PBC,以前版本实现二维周期边界条件只能靠那个方向增加很厚的真空层来实现。可以与WALL组合使用(WALL也只能用于二维周期边界条件)。nwall设2就是在box的z值位置上加两个wall,此时可以用控压和ewald相关静电加和方法。设1就是z=0上一个wall。 新支持周期性分子。 pull代码作了完全改写,以前的ppa文件不能用了,...

Sob谈生物膜体系的搭建

Sob谈生物膜体系的搭建 文/Sobereva   写于约2008年 生物膜体系似乎很多人觉得比较难建,都得从网上下载别人现成的似的,甚至弄到一些就感觉如获至宝,其实生物膜体系仅仅结合chem3D和packmol就可以随心所欲地搭建。mdbbs上有个人问如何得到“把9个DPPS脂质分子嵌入到1...

gromacs和amber处理环肽的办法

gromacs和amber处理环肽的办法 文/Sobereva   写于约2008年 环肽的模拟其实和直链肽没有区别,只是环肽首尾相接,在读入gmx和amber时需要做一些处理,否则会被当作N端和C端残基自动进行特殊处理,而我们的目的就是让pdb两端的氨基酸被程序当成普通的处于中端的氨基酸残基来处理,这样使环中的每个氨基酸都没有特殊性。 在amber的leap中,读如氨基酸库之后,用list可以看到N打头和C打头的一批氨基酸unit,分别是N端和C端...

VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法

VMD的APBS插件提示...unreadable的解决方法 文/Sobereva   写于约2008年 这个插件是有bug的,mailing list也有报告,但是没给出解决方法。 实际上这个问题是由于APBS插件写入apbs.in里面的pqr文件路径有误导致的。 虽然偶...

将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0

将prodrg得到的itp转化为rtp的程序itp2rtp V1.0 文/Sobereva   写于2008年 通过prodrg获得的小分子.itp文件中,原子的顺序总是发生变化,无法直接include使用。如果分子数目较少可以手动修改,但对于磷脂层这样分子数众多的情况就十分麻烦。 笔者开发了itp2rtp程序以解决此问题。此程序对.itp的格式进行简单的转换,输入.itp文件,得到result.rtp,其中...

玩windows任务管理器CPU占用率曲线

玩windows任务管理器CPU占用率曲线 文/Sobereva   写于2008年 以前听说邹某《编程之美》那书里说过,微软面试的一个考题是如何让CPU占用率保持50%,前几天夜里自己编了个并且很容易就实现了,发现和正确答案非常像。然后我又加了几句,让之呈锯齿形波动 下载地址/usr/uploads/file/20150602/20150602213422_37162.rar 运行时最好别开其它占用CPU资源的程...

计算化学攒机--电源篇

计算化学攒机--电源篇 文/Sobereva   2008-Sep-17 1.  品牌及选购 1.1 品牌简介 1.2 关于代工厂商 1.3 品牌的选择 1.4 适合购买的电源* 1.5 电源质量的简易评判 2.  电源基础知识 2.1 输出电压和各种线 2.2 电源接口 2.3 电源规范 2.4 服务器电源 3.  功率 3.1 电源功率的选择 3.2 电源的真实功率 4.  电源指标 5.  其它 ...

计算化学攒机--机箱篇

计算化学攒机--机箱篇 文/Sobereva   2008-Sep-12 1. 机箱的规格 现在最常见的主板规格分为EATX(30.5x33.2cm,常见的双路服务器主板尺寸)、ATX(30.5x24.2cm,长方形,最常见的民用主板规格及少部分双路服务器主板)、Micro-ATX(24.2x24.2cm,PCI槽很少的正方形主板,用于小尺寸迷你机)。大机箱可以兼容小主板,但小机箱不能兼容大主板,比如服务器机箱一般都是EATX设计,可以...

Gaussian型Cube格点文件分析、运算程序GsGrid V1.6

注意:GsGrid的全部功能早已经融合到了Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)当中作为主功能13,故GsGrid不再更新。 GsGrid V1.6 Extract data from Gaussian grid file and grid file calculation Programmed by Sobereva, 2009-Oct-7 Bug report or recommend: Sobereva@si...

VMD制作体系旋转演示播放轨迹的gif动画的简单方法

VMD制作体系旋转演示播放轨迹的gif动画的简单方法 文/Sobereva    写于约2008年 用这个方法可以做出体系旋转演示的gif图,适合嵌入网页或幻灯片,比压成视频文件更清楚也往往更小,也无须调用videomach之类的,十分方便而且很快。而且可以保存进ppt保证演示时能够播放,不像视频文件嵌入ppt实际上只能作个视频文件的链接,而且很多视频还播放不了。 必须是linux版VMD,将以下内容保存为makegif.tcl文件。 proc m...

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法

VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法 文/Sobereva 写于约2008年  Last update: 2015-Jun-13   第一种方法是用颜色深浅显示某原子在不同位置出现的概率,这种方法适合描述少数几个粒子的密度分布,效果比较柔和。 渲染模式开GLSL,在Materials对话框里把Transparent材质复制到一个新的材质叫a 把a的Ambient设最大,Opacity设0.03,然后在文本控制台source一下d...

使VMD播放轨迹时同步显示帧号

使VMD播放轨迹时同步显示帧号 文/Sobereva   写于约2008年   把这段内容存为showframe.tcl,保存在vmd文件夹。启动VMD后直接在文本控制台运行source showframe.tcl trace variable vmd_frame(1) w sdf mol new proc sdf {args} {global vmd_frame graphics 0 delete all graphics 0 color...

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图

使用g_densmap得到分子附近二维密度分布图 文/Sobereva   写于约2008年 Gromacs的g_densmap可以把体系中某个组的出现密度投影到一个平面上,-aver设定一个轴,默认是z,也可以是x和y,投影到的就是垂直于这个轴的面,如z就是xy。-xmin和-xmax设定这个轴上的指定坐标范围内的粒子被投影到那个平面上。得到.xpm图。 g_densmap还可以做轴向-径向密度分布图。用-rmax定义径向最大距离,-amax定义轴...

Fedora7下使用GaussView3.09的方法

Fedora7下使用GaussView3.09的方法 文/Sobereva   写于约2008年   GaussView linux版主要是面向rh9那时代的系统开发的,fedora7-64bit下面使用需要几个步骤 下载这个包 链接:htt...

解析gromacs的restraint、constraint和freeze

解析gromacs的restraint、constraint和freeze 文/Sobereva   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式:restraint、constraint和freeze,有各自的特点。 限制(restraint) 包括位置限制(也就是常说的正式MD前首先要进行的限制性动力学),角度限制,二面角限制,方向限制,距离限制。限制的特点是可以让被限制的东西在一定范围内运动,而非彻底固定住...