Fedora7下使用GaussView3.09的方法

Fedora7下使用GaussView3.09的方法 文/Sobereva   写于约2008年   GaussView linux版主要是面向rh9那时代的系统开发的,fedora7-64bit下面使用需要几个步骤 下载这个包 链接:htt...

解析gromacs的restraint、constraint和freeze

解析gromacs的restraint、constraint和freeze 文/Sobereva   写于约2008年 gromacs里面人为固定坐标有三大类方式:restraint、constraint和freeze,有各自的特点。 限制(restraint) 包括位置限制(也就是常说的正式MD前首先要进行的限制性动力学),角度限制,二面角限制,方向限制,距离限制。限制的特点是可以让被限制的东西在一定范围内运动,而非彻底固定住...

mpich2多节点并行运算的设置

mpich2多节点并行运算的设置 文/Sobereva   写于约2008年 在单节点上使用mpich2,编译并行amber9并且并行运行的方法我前面已经介绍过了,下面介绍mpich2通用的多节点的设置方法,关于amber的并行设置,都在之前的帖子里。这里用root,fedora7。建立多节点并行运算,是计算化学工作者必备的能力,这里讲得详细些。 这里假设有两台电脑,分别叫vmware1和vmware2,IP分别为192.168.0.2和192.1...

Fedora8安装sybyl8.0

Fedora8安装sybyl8.0 文/Sobereva   写于约2008年 fedora8-64bit,root,之前无安装sybyl老版本 1 下载:http://tanyenxao.blogspot.com/2008/06/tripos-sybyl-80-rapidshare-link.html,下载CD1和DVD1,crack在DVD1中,不需要单独下 2 挂载: mkdir /mnt/iso mkdir /mnt/iso2 mount -...

关于mailing list

关于mailing list 文/Sobereva   写于约2008年 在搜索引擎搜索一些专业软件的相关信息时,经常会搜到相应软件的邮件列表。邮件列表即Mailing List,邮件列表内成员之间的通过电子邮件讨论的内容(经过邮件列表服务器的邮件),都会保存下来,供其它人检索。订阅了邮件列表的邮箱会收到邮件列表内最新的讨论。 很多组织机构和软件开发商都提供了邮件列表服务,如果邮件列表是公开的,一般都可以在相关网页中检索到以往邮件列表内的档案以及订阅...

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件

从高斯windows下的批量执行谈DOS批处理文件 文/Sobereva  写于约2008年 这是个老生常谈的问题,但通过dos批处理文件,可以实现很多方便的功能,想在这里多说一下。 先从最简单的解决方法说,网上老是有人问,我以前也回答过多次。windows下高斯批量执行有三种方法 1 多个输入文件写入一个列表中,统一执行:创建.bcf文件,每一行都是C:\QCexperiment\exp3\b1.gjf , b1.out这样。没用的行开头写!注释掉。用g...

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响 文/Sobereva   2008-Nov-23 PS: 2008年11月21日前后,在Amber mailing list上有人以Electrostatic Energy Components为主题询问EEL和1-4EEL的关系(显然答案是EEL不包含1-4EEL),之后却偏离了这个话题,涉及到一个重要问题,就是1-4非键作用对拟合二面角势能项参数方法的影响,Ross Walker做出了精彩发言,Carlos...

gromacs决定力场参数的方式

gromacs决定力场参数的方式 文/sobereva    2009-Apr-5 Q: 43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊? 比如这样:    51    91     2            ...

Amber10安装方法

Amber10安装方法 文/Sobereva    2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机:Q6600,2G,XP-SP2。虚拟机:vmware6.0.1,RHEL5U1-64bit,双核,512MB,10GB,默认分区,bash,root,intel-MKL-10.0.4.023,intel fortran compiler 10.1.015,gcc 4....

Fedora7-64bit下编译Gaussian03-C02

PS:编译gaussian03真是极为辛苦,以前弄到过一份G98的源码,想尽办法也仍然没有完整编译成功,差几个link编不出来,网上也有关于编译G98的讨论,但是却没起什么帮助,似乎gaussian是出了名的难编译,尤其是用的编译器比较讨厌,pgf的,编译的脚本也写得乱七八糟,莫名其妙,本以为编译gaussian几乎是无望的事,前一阵子有个好人发给我一个G03-C02的源码,这两天我又重新燃烧起来了,也不借助任何参考资料了(比如官网上就说运行bldg03就行,这话根本没有任何价值...

Amber力场二面角参数的解释

Amber力场二面角参数的解释 文/Sobereva    写于约2008年   在xleap中edit parm99时,进入参数修改界面,每个参数都有介绍。在二面角参数设置中,PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2,也称作PK)除以第一列参数的值,第一列代表两端原子数乘积(即redundancy,也称作IDIVF),所以PK/IDIVF意思相当于平均每二面...