用VMD做太极拳动画

用VMD做太极拳动画 文/Sobereva    2009-May-25 做出来的动画: VMD不仅仅可以用来做研究,还可以用来娱乐,在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用VMD做了一个小人打太极拳的轨迹动画,以此为基础对方法进行说明,希望起到抛砖引玉的作用,由于时间所限,只作了5个动作。所用VMD为windows版1.8.6。 动画下载地址: /usr/uploads/f...

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x) 文/sobereva     2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三种类型:AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是给原子一个外力,实际上是一个弹簧点在恒速远离,弹簧点拉动一组原子,其力取决于弹簧点与这组原子质心的距离和自己定义的力常数。类似amber的jar=1。 比如...

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法 文/Sobereva    2009-Mar-2 这里说一下Amber和Gromacs读入碳纳米管的方法。只说操作方法,不涉及选用力场等问题。 Amber: 碳纳米管结构比较大,而结构很有规律,一般仅有C原子。若不考虑边界问题,可以将全部电荷当成0,这种近似并不会对结果真实性有多少影响。对于碳纳米管这样的特征,适合当成一般的小分子来处理,但不宜用antechamber而且也没必要用。...

浅谈限制内存容量的屏障

浅谈限制内存容量的屏障 文/Sobereva   2009-Feb-2 PS:有很多人有误区,甚至包括一些计算机老师,比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存,然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也有很多相关文章专门谈这个问题,但是其中有不少错误的认识,而且条理不清。故撰此文,以尽可能简单的解释来清楚地解释这些问题。 程序使用内存到底能用到多大,跟CPU、内存控制器、操作系...

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力 文/Sobereva   2009-Jan-31 显示原子受力有时很重要,但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能,所以写了一个VMD的tcl脚本,可以用箭头显示指定原子的受力,并且随进度条拖动实时更新,在这里做一下介绍。 VMD当前版本并不读取轨迹中的力,不能在内部直接调用,所以需要手动把轨迹中的力提取出来并读入VMD。在此例中,我们要分析序号为977的原子的受力,序号由0开始算。 这里用到一...

C75音乐推荐-东方project部分

C75音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva    2009-Jan-31 C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了,听得很辛苦,从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品,就是下面这35首,还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散,也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品,但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...

C75精华音乐推荐-其它部分

C75精华音乐推荐-其它部分 文/Sobereva   2009-Jan-31 据说C75发布音乐CD共120张(我想应该比这个多吧),一部分是企业发布。我完整听了大概其中80~90张,听得极为辛苦,有很多歌曲收不收我很矛盾,往往听好几十遍才能做出决定。这次东方系列的基本上都听了,约50张左右。当然最突出的还是东方系列同人音乐。以下音乐是非东方系列音乐里面选出的比较好的,有一些整体中档偏上的扔了可惜,于是我都列入leve...

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

文献一般都是比较残基的B因子或者rmsf,而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF,寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的,ba2r会输出残基号和残基B因子/rmsf两列内容,方便做图。输入的pdb不需要做任何修改,带着各种注释性的文字无妨,会自动跳过去。 下载地址/usr/uploads/file/20150605/20150605002643_62620.rar pdb的格式比麻烦,我把我写的发上来,方便大家编需要读取pdb的程序 read(unit=1...

量子化学半经验方法的缩写和全称对照

量子化学半经验方法的缩写和全称对照 文/Sobereva   2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap(非方法名,为半经验方法常用的近似) FE MO=Free-electron Molecular Orbital Method HMO=Huckel Molecular Orbital Method EHMO=Extended Huckel Molecular Orbital Method(or Extended ...

察看Gaussian全部IOp的方法

察看Gaussian全部IOp的方法 文/Sobereva  Last update: 2010-Jul-22 虽然高斯网站上提供了IOp列表,网上也有相应的pdf版IOp查询手册,但是很多IOp在那里面都没有,甚至是常用的,比如6/7就没有,只能网上搜索。实际上这些IOp所代表的意思在link程序的.F源代码头部都有完整说明。 这里说一下在windows下查阅源代码里IOp的方便的方法 由于不知道IOp(6/7)会传递给哪个link子程序,所以不能确定iop...

Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法

Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法 文/Sobereva    Last update: 2012-Jan-6 下面是gromacs4.0.3安装方法。4.5.5版安装方法见本文后半。 gmx4.0.3安装方法 平台:F7-64bit、Q6600、gcc4.1.2、mpich2-1.0.7、root、ifort 10.1.015,软件版本gromacs4.0.3,安装在/...

grostat V1.3--Gromacs .gro文件分析、统计小工具

下载地址 /usr/uploads/file/20150605/20150605000929_91362.rar Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version1.3, 2008-Oct-15 有问题请联系sobereva@sina.com 此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具,输入指定的坐标范围,要统计的原子类型和原子...

写高斯输入文件的不错的参考

写高斯输入文件的不错的参考 文/Sobereva   写于约2008年 一些新手使用高斯经常因为输入格式错误,导致高斯报错,又找不到好的例子作为参考,比如使用混合基组、QST2/3、oniom等,而且一些老手长时间不用相应功能也会忘。 实际上高斯自带了许多test文件,不光是作为功能测试用,里面也涵盖了高斯各功能的用法,可以作为参考。 在windows版中,在高斯的tests目录下,有个tests.idx文件,里面简要列举了所有...

PowerVR简史 (The Chronicles of PowerVR)

PowerVR简史 文/Sobereva  写于约2007年8月 英国公司Videologic最初创立了PowerVR,PowerVR第一代分PCX1和PCX2两种,PCX1采用0.5微米,PCX2采用0.35微米,二者皆为PCI卡,仅限于3D功能,类似voodoo1/2,但不需要外置连接线而是通过PCI总线传输数据,显存64bit,8MB,核心同显存运行频率约60-66Mhz,单渲染管线单周期单纹理。PCX1采用了TBR技术,这是P...