Multiwfn入门tips

Multiwfn入门tips 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Nov-7   Last update: 2019-Mar-19   Multiwfn(主页为http://sobereva.com/multiwfn)是由北京科音自然科学研究中心(www.keinsci.com)主任卢天从2009年11月起主导开发的最为强大的量子化学波函数分析程序,功能极为广泛、十分高效、非常易于使用,并且开源免费,用户已...

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Nov-7   Last update: 2018-Oct-12 1 前言 电荷分解分析(Charge decomposition analysis, CDA)是基于片段轨道的概念提出的一种将分子片段之间电荷转移分解为轨道的贡献,从而能更深入了解电荷转移本质的方法。这个方法很有意义...

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例

根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例 文/Sobereva @北京科音   2012-Oct-20 一种分子往往有很多构象,每种构象能量各不相同。在平衡状态下,各种构象出现的比例也是不同的。在很多文献里都给出根据Boltzmann分布计算的分子在不同构象下的比例,也经常看到有人问怎么算。实际上计算非常简单,此文简单说明一下。用下面这张图的6-31G*的数据作为例子,来自J. Nat. Prod. 2011, 74, 1061。...

量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法

笔者注:读者不要说诸如“此文我看了,还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话。绝对没有哪个方法能100%解决几何优化不收敛。本文绝对没有一条馊主意,所有Gaussian支持的真正有可能能解决几何优化不收敛的做法在本文都已经全面列举了,没有任何遗漏。倘若本文的做法都做了尝试还没解决,那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法,或者以不正当的方式(没有真正了解原理的基础上)瞎试几个就说没解决问题,这根本什么也说明不了。要想解决问题,必须十分仔细阅读本文,所有有可...

分子间轨道重叠的图形显示和计算

分子间轨道重叠的图形显示和计算 文/Sobereva @北京科音  2012-Oct-1 注:本文涉及到的非Multiwfn产生的文件都可以在这里下载:http://sobereva.com/attach/163/intmolorbovlp.rar 分子间轨道重叠,就是指离得比较近的两个分子,其中一个分子的轨道会与另一个分子的轨道发生重叠。轨道既可以是分子轨道,也可以是定域化轨道等形式。本文讨论的是分子轨道重叠,这有...

贼船2漫展杂谈

贼船2漫展杂谈 文/Sobereva(3)  2012-Sep-4 贼船2漫展于2012年8月18日和19日在奥林匹克公园网球馆举办,寡人去的是19日的。我对贼船1漫展印象很不错,感觉主办方是确实对ACG有爱的,也挺有想法的一伙人。这一次也没令我失望。若说最大的亮点,应该就是场馆了,真是打破以往历届漫展传统。以往漫展基本都是场地方方正正,桌子并排摆放,而这个网球馆是圆对称的,分为里、中、外三层,外层是挺长的环廊,一大半摊位都是绕着这环廊排布;中层就是看比赛时的...

AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析

AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析 文/Sobereva @北京科音 First release:2012-Sep-2   Last update: 2014-Mar-10   本文目的是通过图形方法讨论一下为什么通过AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型很多时候是错误的,本质原因何在,以及如何判断相互作用类型更为可靠。本文体系皆在B3LYP/cc...

例大祭9和M3-29优秀音乐推荐

例大祭9和M3-29优秀音乐推荐 文/Sobereva   2012-Aug-7 这次音乐推荐包含了我全部听过的共45张M3-29的专辑和99张例大祭9专辑中的精选曲目,这也基本是全部能在网上下得到的M3-29和例大祭9专辑。依然如同以前笔者的优秀音乐推荐文章,推荐标准只关注音乐自身的质量。M3-29的音乐质量整体来说挺不错,保持甚至超越了以往的水准,平均一张专辑就能有1.2首值得保留的音乐。 例大祭9推荐曲目下载地址(35首,171MB) http...

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Aug-6  Last Update: 2018-Aug-19 前言:定量分子表面分析对于预测反应位点、预测分子间结合模式、预测分子热力学性质有重要意义。本文简要介绍定量分子表面分析的概念和意义、它在Multiwfn程序中所用的数值算法,并通过实例说明怎么用Multiwfn的这个功能...

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像 文/Sobereva(3)  2012-Jul-25 AM4动漫同人歌曲演唱会于2012年7月22日,在北京和上海两地的MAO LIVE HOUSE同步举行。这一天正好是在国家会议中心的Fate only同人展,很想去,但是和AM4冲突了。对我来说,显然还是AM4更重要。 帝都的MAO LIVE HOUSE是在鼓楼附近,以前没怎么去过,走到那里,感觉到浓郁的文化氛围,街边都是小平房,...

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹 文/Sobereva@北京科音    2012-Jul-18 现在廉价的伪全息影像实现方法已经在网上盛传,寡人也做了一个,虽然原理十分简单,但实际看上去比想象得更有趣。大家基本都是用这技术来显示Miku等角色的舞蹈,寡人靠VMD做了个蛋白质伪全息视频,效果不错,如下图所示(后文有视频)。这里简单说说步骤。 这种伪全息终究是伪的,只能表现物体前后左右四个面的影像,而不能像真正意义的全息效果一样能将物体的各个角度的影像...

在赝势下做波函数分析的一些说明

在赝势下做波函数分析的一些说明 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Jul-17   Last update: 2017-Aug-9 经常有人问在赝势下能不能做AIM分析、Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)支持不支持赝势等等问题。此文专门就此问题进行探讨。 1 全电子相对论计算 对于重原子,从第四周期开始(K~Kr)相对论效应就已经体现出来了,第四周期...

使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度

使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-15 1 GIMIC简介 分子中磁感应电流密度的基本概念以及使用AICD程序绘制磁感应电流密度的方法在《使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度》(http://sobereva.com/147)中已经介绍过。然而,使用AICD程序有一些缺点: 1 必须有Gaussian的源代码版权而且会编译Gaussian源码 2 A...

C81音乐推荐

C81音乐推荐 文/Sobereva   2012-Jul-14 这次的C81音乐推荐来自我全部认真听过的,也可以说是网上能找到的所有能下载到的C81专辑,共158张。依然是老规矩,无论是谁创作的音乐,无论是谁演唱的歌曲,无论出自哪张专辑,无论是哪个社团出品,无论什么风格,无论cover绘制得如何,评选标准依旧只严格关注音乐本身的艺术价值、艺术灵感,音乐以外的成份一切无视,希望借此让真正好的音乐被更多人听到,而不因为没有名气而被埋没在音乐资源的汪洋大海...

在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频)

在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-11 1 前言 前一阵子在多尺度材料模拟会议上看见有人演示了一段拉伸纳米线的动画,令我有些愉悦。虽然寡人并不是搞材料模拟的,不过还是想模拟一下玩玩,就用熟悉的gromacs做了一下拉伸金纳米线的过程,结果看上去还挺合理,这里把流程介绍下。当然了,纳米线拉伸这类问题用lammps去做最适合,gromacs做这个就是寓教于乐罢了。 gromacs模拟金属最大...