编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法

编译NBO5.0独立运行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法 文/Sobereva @北京科音   2012-May-30 NBO程序有两种运行模式,一种是独立运行版,称GENNBO,也叫standalone版。一种是作为模块嵌入进其它大型量子化学程序的版本,称ESS(electronic structure system)版NBO,例如Gaussian的l607模块就是其免费的3.1版。ESS版可以实现更多功能...

将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法

将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法 文/Sobereva @北京科音  First release: 2012-May-23 Material Studio(MS)的xtd文件包含了原子或者粗粒化模拟中的bead的轨迹信息。这是MS的私有格式,为了能将轨迹放到其它程序,比如VMD中做更灵活细致的分析,需要转换为通用轨迹格式。xtd文件内含的实际轨迹信息实际上储存在同目录下的同名的.trj隐藏...

幻想乡开放日杂谈和现场演出录像

幻想乡开放日杂谈和现场演出录像 文/Sobereva(3)  2012-May-21 先不说别的,看一段这次幻想乡开放日的现场演出视频吧,东方众熟知的《全人類ノ非想天則》和《幻想万华镜》的神级sax演出,真心觉得碉堡!这位形似土狼的大叔我已经在五花八门的漫展上见过N次,但这回,我才知道此人真乃人才! 幻想乡开放日于2012年5月20日在帝都朝阳区东三环三元西桥曙光里小学贝特羽毛球馆举行,是去年次元震荡漫展的那批人办的。此漫展主题还是有一定创意的,也就...

Fate/Zero百合文:Equilateral triangle(SaberX舞弥X爱丽丝菲尔)

Fate/Zero百合文:Equilateral triangle 文/Sobereva  2012-May-20 一 舞弥与爱丽丝菲尔 我,久宇舞弥,从小被当做一个武器和泄欲的工具被养大,组成我生命的只有杀戮和痛苦的煎熬。直到卫宫切嗣将我救出的那一天开始,我仿佛才第一次有了意识和情感。 爱丽丝菲尔是为了圣杯战争而通过魔术制造的人偶,她表面上与人类没有任何不同,名义上是切嗣的夫人。每当爱丽丝菲尔单独出行时,切嗣总是让...

第5届临界同人漫展收获和cosplay照片

第5届临界同人漫展收获和cosplay照片 文/Sobereva(3)  2012-May-13 第5届临界同人漫展于2012年5月13日在中国人民大学篮球场举行。这回临界同人与往届最大的不同,应该就是没有专门的cosplay演出了,只有漫展部分。话说,第4届的演出彻底搞砸了,要是早知那样我都不去了。而这次取消据说是因为人大的场馆由于涉及到某些违规,暂时没法正常使用所致。希望下一届还能恢复,这种综合性的cosplay演出也算是临界同人最大的特色...

存在感最低的漫展--GTV“lim2.5 D”夏日学园祭游记

存在感最低的漫展--GTV“lim2.5 D”夏日学园祭游记 文/Sobereva(3) 2012-May-7 lim2.5D漫展于2012年5月6日在北京朝阳传媒影视技术服务中心一层举办。这个漫展是我去过的,最最坑爹的漫展,没有之一。展馆位置实在是太隐蔽了,在官方页面说的大黄庄下了公交车,顶着烈日在附近来回走了一个多小时才终于找到场馆!一度令我以为这个漫展是不是临时取消了,毕竟这漫展不收门票钱也不收摊位费,而且是第一次办,地点很不知名,临开展差不多一个...

使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键

后记:Multiwfn从3.4版开始支持了轨道定域化功能,对于很多体系可以代替AdNDP分析,结果基本相同,但用起来方便得多,详见《Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比》(http://sobereva.com/380)。 使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-May-8  Last upd...

首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试

首个完全基于GPU的量化软件-TeraChem杂谈及真实性能测试 文/Sobereva   2012-Apr-30 TeraChem是第一个公布于世的、完全基于GPU运算的从头算量化程序,2010年5月发布第一版。虽然很早就听说过此程序,但直到近日才终于有机会亲自把玩,此文将杂谈此程序的一些特征,并且实际测试一下此程序的性能,看看到底有没有官方吹得那么玄,是否值得为此投资。本文的测试是确保公平的,鉴于寡人知识水平不敢说在讨论上一定...

绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁

重要提示:此文已经完全过时了,不要再看。读者务必看笔者后来写的《使用Multiwfn绘制跃迁密度矩阵和电荷转移矩阵考察电子激发特征》(http://sobereva.com/436) 绘制跃迁密度矩阵平面图分析电子跃迁 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Apr-9  Last update: 2018-Jun-10   1 原理 已知两个电子态G、E的波函数,就可...

贼船漫展杂谈、照片和现场演唱/舞蹈录像

贼船漫展杂谈、照片和现场演唱/舞蹈录像 文/Sobereva(3)  2012-Apr-7 贼船漫展于2012年4月2日、3日在国家奥林匹克森林公园羽毛球馆举行。寡人去的是4月2日的。这个漫展属于小规模的,只有2500平米、120个摊位(约大型漫展的1/3),和CP3 beta属于一个级别。在这种小场地进行总是造成在接近12点前后的人流高峰期馆内极为拥挤、燥热,而且照相颇不方便,此次也是。 门票20,没有预售票,只有现场票。前X...

使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道

使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Apr-4    Last update: 2018-May-24 1 前言 NBO程序输出的轨道包括NBO(自然键轨道)、NHO(自然杂化轨道)、NAO(自然原子轨道)、NLMO(自然定域化分子轨道),以及前头带P的类型,如PNBO(初自然键轨道)。NBO程序输出的plot文件包含了...

初音与灵梦的百合会2演唱会杂谈、照片及录像

初音与灵梦的百合会2演唱会杂谈、照片及录像 文/Sobereva(3)  2012-Mar-27 初音与灵梦的百合会2北京场是寡人第三次参加的ANIMANIA社团的演唱会,于2012年3月25日在麻雀瓦舍进行,票价40,上半场是10:00~12:00。下半场是13:00~16:00(实际结束时间17:00出头)。 看完之后,我怀带着欢乐的心情和腰疼,在坐公交车回家的路上,头脑里冒出一个诡异、看似颇不搭调的想法:如果前不久刚跳楼自杀的...

印了件Multiwfn的T恤

印了件Multiwfn的T恤 文/Sobereva 一直想印个Multiwfn的T恤,以借开会之机给Multiwfn打打隐性广告,犹豫、比较了很久,在http://love3.taobao.com上 定制了一件Multiwfn logo的T恤。只要提供图片文件就能印。用的是热转印方式,印刷质量非常完美,没有丝毫偏色,色彩过渡细腻,看不出色阶,基本没有串入其它任何色点,衣服穿着也挺舒服。而且免费做出了镂空效果,也就是图片的黑色底色区域不被印...

谈谈轨道成份的计算方法

注:本文属于深入、详细的讨论。如果只是着急想马上得到轨道成分计算结果,直接看本文第6节或Multiwfn手册的4.8节的例子即可。   谈谈轨道成份的计算方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-24  Last update: 2018-May-26 1 前言 经常有人发帖问怎么计算轨道成份,文献中也经常给出轨道成份,用于讨论电子...

谈谈体数据3:用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑

谈谈体数据3:用Multiwfn、Gaussview、Molekel、VMD观看龙虾、盆景、骨盆、大脑 文/Sobereva @北京科音   2012-Feb-22 原本打算标题定为《使用计算化学可视化软件观看与化学无关的体数据》,但感觉太刻板吸引不了眼球,就改成当前这个标题了。这篇帖子是《谈谈体数据》系列文章之三,比较有趣味,将介绍如何用一些常见的计算化学可视化软件,包括GaussView、VMD、molekel,以及...