谈谈体数据2:体数据格式转换工具vodaconv的使用及原理

谈谈体数据2:体数据格式转换工具vodaconv的使用及原理 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Feb-14  Last update: 2012-Feb-22 前言:在《谈谈体数据1:介绍体数据》(http://sobereva.com/127)一文中寡人介绍了体数据的相关概念。raw是广为通用的体数据储存格式,可惜计算化学领域的可视化软件极少有支持raw格式的;而通用的渲染体数据的程序也没有能支持...

谈谈体数据1:介绍体数据

谈谈体数据1:介绍体数据 文/Sobereva  2012-Feb-12 前言:《谈谈体数据》是一系列帖子,写这些帖子的目的,就是让读者了解什么是体数据,尤其是想让计算化学工作者开阔视野,领会到经常分析的诸如轨道波函数等值面图与计算机图形学领域、医疗成像领域及其它计算科学界涉及的普遍意义的体数据之间的本质联系,能够进而利用比起计算化学领域的可视化软件更强大的通用体数据渲染软件绘制出漂亮乃至艺术级的和化学相关的体数据。 1 体数...

将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv

将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv 文/Sobereva @北京科音    2012-Feb-10 1.1版下载地址(含windows下可执行文件,源代码,示例):/usr/uploads/file/20150610/20150610023408_87558.rar   简介: 此程序用来将Gaussian的BOMD或ADMP任务产生的...

Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用

Gaussian型cube文件简介及读、写方法和简单应用 文/Sobereva @北京科音   2012-Feb-8 1 前言 格点文件是指记录了空间中各个位置数值的文件。在计算化学界最通用的格点文件格式是Gaussian型cube文件(以下简称cube文件)。它不仅可以由Gaussian程序产生,也可以由很多其他计算化学生成,如Multiwfn、NWchem、CPMD、CheckDen、DGrid...

买了个绘图板,涂了张乔布斯

买了个绘图板,涂了张乔布斯 文/Sobereva  2012-Feb-2 由于一直有念头把Multiwfn和其它各 种量子化学软件拟人化,出个本子,经过很长时间的盘算,下定决心买了个基友Rainbow3绘图板。699元,算是中档板子,参数指标挺高,外观也漂亮。 看到以前很多绘画视频,慢慢涂就涂出蒙娜丽莎,觉得很奇妙,很厉害。于是,拿到板子后,我想照猫画虎试试看,看看能不能也画出个像样的人像。我虽然年少时 画画很好,但是已经有近十年没有...

ComicDive6展会cosplay照片(93 pics)

PS: 寡人的ComicDive6展会杂谈和收获见:http://sobereva.com/122 ComicDive6展会cosplay照片 文/Sobereva(3)  2012-Jan-26 寡人在CD6照的照片是历次展会最多的,约500张,所以这回发出来的图片也很多,请耐心缓冲。 跳舞ing 少先队长这服装令我想起了Crysis游戏 痛遥控车,四处行驶很引人注目 ...

ComicDive6展会杂谈和收获

ComicDive6展会杂谈和收获 文/Sobereva(3) 2012-Jan-24 由于近来颇忙,CD6的收获和照片又很多,拖了一个月才有空写ComicDive6的记录。 CD6于2011年12月18日在北京农业展览馆新馆举行。论漫展规模,CD6无疑是帝都最大的,据说摊位数接近500(尽管还只是Comiket的零头)。这老牌展会也的确人气高,排队的人众多,而前一周的次元震荡则是去了就能直接进? 图:排队的人群 ...

使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系

使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系 文/Sobereva   2012-Jan-25 虽然pdb文件当中定义了CONECT字段用于明确定义原子间连接关系,然而VMD并不会利用之,无论有没有CONECT字段,VMD在读取pdb后都是根据距离范围自动猜测原子间连接关系。这种处理方式往往不能满足我们的特殊要求,利用DynamicBonds的显示方式也并不能完全解决问题。虽然也有conect2psf程序(http://www.ks.uiu...

ComicPresent3 beta展会杂谈、照片和全部Live视频

ComicPresent3 beta展会杂谈、照片和全部Live视频 文/Sobereva(3)  2012-Jan-16 CP3 beta于2012年1月14日在四惠东地铁站旁边的腾远康体健身中心举行。按官方宣传,这次打着beta版的小展会,主要目的是想做一些新尝试看看效果,然后用到半年后的下一次大型的CP展会上。这次展会另一个名字是ComicPapapa。 图:腾远康体健身中心 图:序厅,队伍排了好几个弯(本以为这种规模...

谈谈弥散函数和“月份”基组

谈谈弥散函数和“月份”基组 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Jan-13    Last update: 2018-Jun-13 1 何时需要弥散函数? 量子化学计算中的弥散函数是指指数很小的基函数,有很广的空间分布范围。弥散函数对于计算很多问题是必须的,包括计算色散主导的弱相互作用(如pi-pi堆积)、电子亲合势、偶极矩/多极矩、(超)极化率、Raman和ROA谱、里德堡激发态...

2011年度完结动画总评

2011年度完结动画总评 文/Sobereva 2012-Jan-10   每一批新番完结之时我都有写简评的习惯,此文将我一年内分四次写的2011年的动画简评汇总,涵盖了共47部我完整看过的2011年期间完结的动画。其它2011年的作品凡是有熟肉的我都至少看过一两集,感觉质量不佳或者不合口味的就没有继续追。85~90分之间是可看可不看的作品,90~91分是不错作品,91~92.5分是优秀作品,92.5~94.5分是绝对不容错过的作品,...

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标,还可以包含速度、受力等信息。只要让mdp文件中nstvout等于nstxout,trr里每帧结构信息都将伴随对应的速度信息。gro文件中也记录着速度信息,也就是第45列后面的三列。 VMD里面每帧都有vx,vy,vz三个字段用于记录速...

C80及M3-28音乐推荐

C80及M3-28音乐推荐 文/Sobereva  2012-Jan-2 这次的C80音乐推荐来自于172张我听过的C80发售的同人音乐专辑,依旧是分为东方和非东方部分,且都分为“最优秀”和“不错”两类,总共四类强烈建议都听一遍。挑选标准和以前一样,不管风格流派,不管新人还是大牌,抛开一切与音乐本身无关的东西,只挑好听的推荐。本文的列表可以说至少囊括了C80同人音乐中最好的95%的曲目。整体来说C80音乐的素质和以往几届差不多。 先给出下载地址,都是从无损或者...

AMBER程序支持的力场一览

AMBER程序支持的力场一览 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场,GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。 AMBER=Assisted Model Building with Energy Refinement:适合蛋白和核酸的凝聚相模拟,有机小分子支持得少。函数形式简单。包含以下版本: ff10力场(p...