GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法

GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Oct-9 两年前笔者已经写过了GAMESS-US的2009 R3版编译方法,见http://sobereva.com/50。由于在目前最新的2011-Aug-11版中编译过程发生了一些变化,所以重新写一遍编译方法。但这次就不进行那么多解释了,这样文章也显得更清晰整洁。编译过程的解释可以参考2009 R3版编译方法的帖子。官方对...

生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法

生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法 文/Sobereva @北京科音   2011-Oct-4 近日有个网友,投了篇富勒烯包夹三金属氮化物的文章。她用的富勒烯是CaGe生成的,编号用的是CaGe生成时的顺序。然而审稿人要求必须使编号规则满足IUPAC推荐的编号规则,即Fowler-Manolopoulos编号系统。经过探索,现在笔者已找到办法让CaGe的编号顺序和F...

Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法

PS: 由于Amber11编译时是在Linux下面一边编译一边写的,又没装中文输入法,所以就写成英文了。Amber12安装方法只是很简单地写了下。 Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Sep-23  Last update: 2014-Aug-21 =============== Amber11安装方法 =====...

谈谈分子体积的计算

谈谈分子体积的计算 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Sep-20  Last update: 2014-Jun-27 我曾在网上数次看到有人问怎么算分子体积,以及关于Gaussian的volume关键词使用问题,从提问以及很多人的回答上看有不少人对这问题存在错误的认识。本文就来谈谈这个问题。 1 分子体积的定义 首先要认识到,分子...

AM3动漫同人演唱会全纪录

AM3动漫同人演唱会全纪录 文/Sobereva(3)   2011-Sep-19 ANIMANIA动漫音乐社团已经搞了数次同人演唱会了,这次是我第一次去,简称AM3。详情见http://www.anisongmania.com/twinkle_beijing/index.html。在麻雀瓦舍小剧场里。演出在下午2:00开始,共4个多小时,上午是很mini的暖场漫展(30个左右摊位)。票价35。 站了9个多小时,没吃没...

做了些纸模

做了些纸模 文/Sobereva   2011-Aug-29 我小时候喜欢做纸模,前一阵子重新拾起这个兴趣,淘宝上买了一些打印好图案的硬纸,趁闲暇做了一些。果然我至今对制作纸模还是充满了兴趣。 这是我制作时用的全部工具。用剪子去剪通常不如用刀笔去刻方面,剪出来的线条不容易直,而且在镂空处就不可能用剪子了。刻的时候必须用垫板,最好用这种专用的,对刀锋磨损小,刻的时候不容易打滑,而且在垫板上基本看不出刻过的痕迹,可反复使用。胶水比较有讲究...

东方神灵庙修改器

  下载地址:/usr/uploads/file/20150609/20150609173250_51279.rar   本修改器在东方神灵庙1.00a版通过测试。 先启动游戏,再启动本修改器,按相应快捷键或点击复选框以激活相应选项。 最大化并锁命/锁bomb后必须死一次/放一次bomb才会在屏幕上看到命/bomb已满。 锁Power后,必须吃一个红P才会生效。 最大化并锁定灵界值后,按...

谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区

注:阅读此文不要断章取义。要读就全读完,要么别读。 谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区 文/Sobereva @北京科音    2011-Aug-2 1 前言 研究分子静电势(MEP)的时候通常研究的是它在分子范德华表面(一般取电子密度为0.001的等值面)上的数值分布,最直观的方法是绘制填色等值面图进行分析。这种图可以通过很多软件绘制,比如GaussView、Che...

球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系

球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系 文/Sobereva @北京科音    First release: 2011-Jul-31 在笔者的《谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识》(http://sobereva.com/51)一文中曾简要介绍了球谐型与笛卡尔型高斯函数的关系,本文是一些补充。 要提醒大家注意的是,球谐高斯函数与笛卡尔型的转换关系对于d型是十分明确的,也是通用的。然而对更高角动量函...

Comic Present 2游记(63 pics+5 videos)

Comic Present 2游记 文/Sobereva(3)  2011-Jul-19 Comic Present 2同人祭(CP2)于2011年7月17日在国家会议中心举行。 天气预报说是31摄氏度,算是近几日相对凉快的,但是没想到场馆里闷热得要命,大家都使劲扇扇子。主办方刻意选在有空调的地下一层场馆举行,但是由于人太多,空调只在门口能感受到一点儿,几乎没起任何作用,还不如在地上一层举行,通风和采光还能好点。参加的人非常多,...

C79+例大祭8音乐推荐

C79+例大祭8音乐推荐 文/Sobereva   2011-Jul-27 首先说C79,后面再说例大祭8。C80都快到了才写这篇文章,一方面是C79的音乐资源老是隔三差五地冒出来,想一网打尽,所以没急着写,另一方面是要听的音乐太多,耳朵忙不过来。依然按照惯例,有明显亮点或整体不错,但不算完美的曲目放到level B类里面。推荐列表里只有新歌或者老歌的重新编曲/演唱的版本,不少C79专辑里面都有些歌曲是直接从老专辑里原封不动地弄来的,那些歌曲不会出现在此。这次的...

电子的定域性与相关穴

电子的定域性与相关穴 文/Sobereva @北京科音   First release: 2011-Jul-12 1 前言 在《电子定域性的图形分析》(http://sobereva.com/63)一文中笔者曾对图形化展现电子高定域性区域的方法进行了介绍,在本文中将探讨什么是电子的定域性,并分析它与相关穴之间的关系。在进行更深入的分析之前,本文在第二节先对电子的定域性进行简要的、形象化的概述,如果对费米穴不熟悉,也可以先看第三...

Gaussian中有用的IOp一览

Gaussian中有用的IOp一览 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-FEB-2  Last update: 2015-Dec-8 Gaussian中IOp极多,包含了控制程序运行的几乎全部信息,IOp的介绍可参考笔者的《Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径》(http://sobereva.com/57)。大部分重要、常用的IOp都可以直接通过相应关键词控制,由于关键词明显更容易记忆,这类IOp我很不建议通...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2010年影响因子 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Jun-29 2009年的影响因子列表见http://sobereva.com/64 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2010年的两年期影响因子(...

跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介

PS:此文发布后Multiwfn也支持了NTO分析,用Multiwfn做NTO比此文的方法方便得多得多得多!,故强烈建议用Multiwfn做NTO分析,而一定不要用Gaussian自己的NTO功能。尤其是处理大批激发态的时候更是必用Multiwfn!用Multiwfn做NTO的方法见《使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析》(http://sobereva.com/377)。 跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介 文/So...