制作动画分析电子结构特征

制作动画分析电子结构特征 文/Sobereva First release: 2011-May-1    Last update: 2014-Apr-15 在《自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件》(http://sobereva.com/85)一文中笔者已经谈了怎么获得IRC、Scan等任务中每一步的波函数文件,本文将通过实例介绍如何利用Multiwfn对它们批量作图并生成动画。动画是图形化...

自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件

自写Link生成Gaussian的IRC任务中每个点的波函数文件 文/Sobereva    2011-Apr-24 1 前言 在Gaussian的IRC任务,以及scan、优化等任务中,只有最后一步波函数才允许在任务结束时被l9999输出为PROAIM波函数文件。如果想要用外部工具,比如Multiwfn绘制这个过程中实空间函数(电子密度、ELF等)的动态变化过程,就必须获得每一步的波函数文件。为实现这个目的,最笨的方法是写个脚...

囧神5同人祭杂谈及战利品

囧神5同人祭杂谈及战利品 文/Sobereva 2011-Apr-18 囧囧有神5同人祭于2011年4月17日在国家会议中心E4馆开幕。 上次,也就是第二次MYC展会去得较早,几乎没排队就进了,买票也不用排队。于是以为囧神5这次也是,所以就没事先预购门票,省得花邮费,打算当场买。没想到这次我栽了,10点开馆,10点一刻到了那里,惊讶地发现无票观众已经排了不少于半公里的队,而且队伍前进得极其缓慢。不巧此日风很大,而且风向不好,没一会儿已经满头...

乱谈DFT-D

注:若对细节、原理不感兴趣,只想赶快选择合适的方法计算弱相互作用体系,直接看本文靠后蓝字部分推荐的计算级别即可 乱谈DFT-D 文/Sobereva @北京科音 First relase: 2011-Apr-13  Last update: 2016-Jun-18 以下与弱相互作用计算有关的文章可以看看 第1篇是Grimme写的综述Density functional theory with London d...

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态

谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态 文/Sobereva @北京科音  2011-Apr-4 本文主要讨论片段组合波函数的意义、用处,并结合实例介绍在Gaussian09中的用法。由于片段组合波函数最重要用处之一就是计算自旋极化单重态体系,而且自旋极化单重态问题本身也很值得说说,所以将之一并讨论。文末对初学者常问的“量子化学计算中如何设定原子的电荷?”问题结合本文内容进行了讨论。本文只涉及单行列式波函数(HF/KS-DFT波函数)。 1 片段组合波函...

第二次MYCOMIC游园会战利品

第二次MYCOMIC游园会战利品 文/Sobereva(3)  2011-Mar-4 相对于去年底的MYCOMIC圣诞祭,这次在国贸举办的MYCOMIC组织得似乎比较得力,上午9点半到那里基本没怎么排队就进去了,也可以现场买票,同样基本不需要排队。摊位和游客都很多,这次据说是把11区三大手办商的头目请来参观了,若是下次能把一些CV请来弄个握手会/签售什么的就好了。若能请来水树,恐怕国贸附近就要水泄不通了。 入场后不久,看到了一个令我激动不已的百合场面,如果是在...

在网上求助计算化学问题时的注意事项

在网上求助计算化学问题时的注意事项 文/Sobereva First release: 2011-Mar-1  Last update: 2017-May-19 如今喜欢在论坛里、QQ里、邮件列表里求助计算化学问题的人越来越多,笔者也经常接到各种各样的人提出的形形色色的问题。但提问的档次普遍偏低,一些不合适的提问有时还令笔者生气,关于提问的方法笔者有很多话要说。问问题关键的原则我认为是“减轻回答问题者的负担,激起回答者的兴趣”,这样才能得到有用的回复。也就是说你...

二次元伪娘杂谈及分类

二次元伪娘杂谈及分类 文/Sobereva First release: 2011-Feb-2   Last Update: 2015-Jun-9 笔者接触伪娘作品时间较长,对这类题材十分喜爱,最初感兴趣是从当年《漂亮脸蛋》开始连载那时候(那是一部很出色的作品,可惜没有被动画化)。这里先谈谈伪娘风潮发展及现状。据说,最早伪娘在动画里出现是上世纪70年代的事情(起源并非《乱马》),但要说开始蓬勃发展、相关作品开始增多,应该说是从2000年之后才开始。尤其是神作《少...

MyCOMIC圣诞祭战利品

MyCOMIC圣诞祭战利品 文/Sobereva(3) 2010-Dec-23 由于进会场时已经比较晚了,所以估计有些好东西之前就卖没了,而且十分仓促,所以有些摊位没有太仔细看。尽管如此,还是弄了一些不错的战利品。 这是灵梦的布偶,老早以前网上就有卖了,看这里价格相对不错,就买了一只。不过,我并非喜欢灵梦,只是做得比其她人物感觉好些。略有遗憾的是领子稍微歪了一点。 这个帽子十分可爱,就像猫一样,手感很柔软。经不住诱惑,买了一个。不过我自己肯定不可能戴,毕竟和三次元...

破解AIM2000 ver2.0 demo版的流程

注:此文已经完全没意义了,Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)做AIM分析比AIM2000快得多也好用得多还免费,见 使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度 http://sobereva.com/108 使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析 http://sobereva.com/179 破解AIM2000 ver2.0 demo版的流程 ...

Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介

Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介 文/Sobereva First release: 2010-DEC-8  Updated: 2013-Apr-15 PED简介: 每种特征基团都有其特有的振动方式,比如甲基有对称伸缩、摇摆、对称弯曲等,这些基团的振动模式一般在不同分子中都有保守性。然而,它们在分子中并非孤立的,会与分子环境发生耦合,各种振动模式相互混合导致原有振动频率和振动模式都发...

谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级

谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级 文/Sobereva    2010-Nov-19 1. 前言 用了bndidx关键词后,NBO程序会进行键级分析,输出三种键级矩阵,包括: 1 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 2 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order 3 MO bond order 矩阵中(i,j)元素对应i、j原子...

浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法

浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法 文/Sobereva   2010-Nov-11 其实这个问题两年前就写过帖子讨论过,但由于近来又有人问,也觉得在作图的时候有些问题值得补充说明一下,故撰此贴。 1 PCA浅谈 N个原子的柔性大体系运动轨迹需要3N维笛卡尔坐标描述,然而这样高维度的数据很难直观分析,尤其是随着计算能力越来越高,模拟的体系也越来越...

C78音乐推荐-东方project部分

C78音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva 2010-Nov-7 C78音乐推荐的非东方Project部分以及杂谈见http://sobereva.com/71。 东方project部分,最优秀曲目下载地址:http://pan.baidu.com/s/1eQAODwe 音乐清单及简评: [Cross Current]Stream文件夹:这是一张极其出色的专辑,全部曲目入选推荐列表!这是我唯一入手实物的C78的物品。旋律以舒缓为主,也有偏激烈的曲...

C78音乐推荐-非东方部分

C78音乐推荐-非东方project部分 文/Sobereva  2010-Nov-7 C78的音乐多得出奇,断断续续听了2个月,才终于把228张专辑听完(大概3000首),并仔细将优秀作品筛选出来,感到颇为辛苦。这217个作品应该还不是C78发售的全部作品数(我只找到这么多),而且可能因为我一时恍惚、麻痹而忽视了几首还算可以的作品(听的过程中实在是有些审美疲劳、消化不良了),但我还是敢说,C78中98%以上的优秀或者良好的作品都囊括在此文中,听了压缩包中的这些...