2011年度完结动画总评

2011年度完结动画总评 文/Sobereva 2012-Jan-10   每一批新番完结之时我都有写简评的习惯,此文将我一年内分四次写的2011年的动画简评汇总,涵盖了共47部我完整看过的2011年期间完结的动画。其它2011年的作品凡是有熟肉的我都至少看过一两集,感觉质量不佳或者不合口味的就没有继续追。85~90分之间是可看可不看的作品,90~91分是不错作品,91~92.5分是优秀作品,92.5~94.5分是绝对不容错过的作品,...

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标,还可以包含速度、受力等信息。只要让mdp文件中nstvout等于nstxout,trr里每帧结构信息都将伴随对应的速度信息。gro文件中也记录着速度信息,也就是第45列后面的三列。 VMD里面每帧都有vx,vy,vz三个字段用于记录速...

C80及M3-28音乐推荐

C80及M3-28音乐推荐 文/Sobereva  2012-Jan-2 这次的C80音乐推荐来自于172张我听过的C80发售的同人音乐专辑,依旧是分为东方和非东方部分,且都分为“最优秀”和“不错”两类,总共四类强烈建议都听一遍。挑选标准和以前一样,不管风格流派,不管新人还是大牌,抛开一切与音乐本身无关的东西,只挑好听的推荐。本文的列表可以说至少囊括了C80同人音乐中最好的95%的曲目。整体来说C80音乐的素质和以往几届差不多。 先给出下载地址,都是从无损或者...

AMBER程序支持的力场一览

AMBER程序支持的力场一览 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场,GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。 AMBER=Assisted Model Building with Energy Refinement:适合蛋白和核酸的凝聚相模拟,有机小分子支持得少。函数形式简单。包含以下版本: ff10力场(p...

ANIMANIA圣诞祭感受、照片及演出视频

ANIMANIA圣诞祭感受、照片及演出视频 Sobereva拍摄于2011年12月17日,写于2011年12月18日~25日 序:走出演出现场时,已经是11点了,吹着夜晚的风,走在寂寥的街上,只听得见偶尔沙沙驶过的车轮声。此刻,感觉浑身上下由内而外的通透,似乎一切疾苦都离我远去。这个时候已经没有可用的公共交通工具了,只得打的回家。走进家门后,卸下装备,感觉似乎还没完全回到真实,没有从现场气氛中自拔,耳朵呜呜响,洗手洗脸时就在眼前的流水发出的声音却仿佛...

使用Multiwfn作电子密度差图

使用Multiwfn作电子密度差图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-24   Last update: 2018-Aug-28   1 前言 在Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里可以十分方便地做密度差图,在程序手册里也已经给出几个例子很清楚地介绍了绘制密度差图的方法(4.4.7节的变形密度图,4....

提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介

提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介 文/Sobereva @北京科音   2011-Dec-15 Gaussian程序是由一个个独立的Link子程序组成的,完成一个计算任务需要各种Link按照指定顺序和特定选项依次被调用,如同一条作业流水线。在每个Link之间传递临时数据最主要依靠的是rwf文件,即读写文件,这个文件在计算任务一开始被初始化,随着计算的进行,不断地被填进更多的信息,如果没有通过%rwf=xxx来指定rw...

次元震荡ACG展会杂谈、战利品、现场照片和演出视频

次元震荡ACG展会杂谈、战利品、现场照片和演出视频 文/Sobereva(3) 2011-Dec-15 次元震荡ACG展会于2011年12月11日于北京农展馆新馆举办。 先整体评价一下这次展会。实话说,去这次展会前我对这次展会没报什么期望,因为考虑到这是次元震荡展会第一次办,而一周后马上就在同样的地点举办人气很高的老牌同人展会ComicDive的第6届,必定会受到很大冲击,而且一个月前囧囧有神和ComicVertex大漫展也才结束不很久。我觉得次元震...

ComicVertex大漫展杂谈及战利品

PS: 为避免图片太多造成缓冲太慢,展会的照片单独贴在另一处,见:http://sobereva.com/109 ComicVertex大漫展杂谈及战利品 文/Sobereva(3)  2011-Dec-4 ComicVertex于2011年11月20日在国家会议中心举行,由于杂事繁多,收获也丰富,拖了两周才写完此文。 由于是E1、E2联馆,场地是相当的宽敞。10点左右去的,居然不用排队直接就进,令我吃惊不小,进去...

ComicVertex大漫展现场照片

ComicVertex大漫展现场照片 文/Sobereva(3) 2011-Dec-4 由于避免图片太多造成缓冲太慢,就把ComicVertex大漫展的杂谈+战利品和现场照片分开发了,以下是现场的照片,杂谈+战利品见http://sobereva.com/110。 这次是我在现场照相照得最多得一次,照了452张 ,筛选出115张能用的。而为了避免图太多,在这里放出其中70多张。 场地过大而略显空旷 ...

使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度

使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-1 Last update: 2018-Aug-7 波函数分析程序Multiwfn的拓扑分析模块极为强大、高效、灵活而且普适,原理上可以用于各种实空间函数的拓扑分析,比如电子密度、ELF、LOL、电子密度拉普拉斯函数、轨道波函数等等。电子密度的拓扑分析也是Atoms in molecules (AIM)分析的最...

回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算

PS:这是很久以前写的,里面的内容半数都过时了 回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算 Multiwfn的开发者Sobereva @北京科音   2011-Nov-13 曾有不少人问我关于Multiwfn的各方面问题,其中比较有普遍性的问题,以及我觉得有可能会有人想问的问题,我在这里统一地回复一下,其中不包括具体操作上的问题。另外,我也打算借这个帖子,用自问自答的形式,透露一下未来Multiwfn的发展打算...

Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes

Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes 文/Sobereva @北京科音   2011-Oct-27 在Gaussian中,在freq关键词中有一个对分析振动模式很有用的选项intmodes,可惜在手册中对它的描述十分晦涩,导致很多人没注意到它。这里简单介绍一下。 freq=intmodes可以把每个简正振动模式分解为各个冗余内坐标的贡献。这可以将振动模式的讨论定量化,也可以帮助...

GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法

GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Oct-9 两年前笔者已经写过了GAMESS-US的2009 R3版编译方法,见http://sobereva.com/50。由于在目前最新的2011-Aug-11版中编译过程发生了一些变化,所以重新写一遍编译方法。但这次就不进行那么多解释了,这样文章也显得更清晰整洁。编译过程的解释可以参考2009 R3版编译方法的帖子。官方对...

生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法

生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法 文/Sobereva @北京科音   2011-Oct-4 近日有个网友,投了篇富勒烯包夹三金属氮化物的文章。她用的富勒烯是CaGe生成的,编号用的是CaGe生成时的顺序。然而审稿人要求必须使编号规则满足IUPAC推荐的编号规则,即Fowler-Manolopoulos编号系统。经过探索,现在笔者已找到办法让CaGe的编号顺序和F...