Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介

Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介 文/Sobereva First release: 2010-DEC-8  Updated: 2013-Apr-15 PED简介: 每种特征基团都有其特有的振动方式,比如甲基有对称伸缩、摇摆、对称弯曲等,这些基团的振动模式一般在不同分子中都有保守性。然而,它们在分子中并非孤立的,会与分子环境发生耦合,各种振动模式相互混合导致原有振动频率和振动模式都发...

谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级

谈谈NBO中用bndidx关键词输出的三种键级 文/Sobereva    2010-Nov-19 1. 前言 用了bndidx关键词后,NBO程序会进行键级分析,输出三种键级矩阵,包括: 1 Wiberg bond index matrix in the NAO basis 2 Atom-atom overlap-weighted NAO bond order 3 MO bond order 矩阵中(i,j)元素对应i、j原子...

浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法

浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法 文/Sobereva   2010-Nov-11 其实这个问题两年前就写过帖子讨论过,但由于近来又有人问,也觉得在作图的时候有些问题值得补充说明一下,故撰此贴。 1 PCA浅谈 N个原子的柔性大体系运动轨迹需要3N维笛卡尔坐标描述,然而这样高维度的数据很难直观分析,尤其是随着计算能力越来越高,模拟的体系也越来越...

C78音乐推荐-东方project部分

C78音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva 2010-Nov-7 C78音乐推荐的非东方Project部分以及杂谈见http://sobereva.com/71。 东方project部分,最优秀曲目下载地址:http://pan.baidu.com/s/1eQAODwe 音乐清单及简评: [Cross Current]Stream文件夹:这是一张极其出色的专辑,全部曲目入选推荐列表!这是我唯一入手实物的C78的物品。旋律以舒缓为主,也有偏激烈的曲...

C78音乐推荐-非东方部分

C78音乐推荐-非东方project部分 文/Sobereva  2010-Nov-7 C78的音乐多得出奇,断断续续听了2个月,才终于把228张专辑听完(大概3000首),并仔细将优秀作品筛选出来,感到颇为辛苦。这217个作品应该还不是C78发售的全部作品数(我只找到这么多),而且可能因为我一时恍惚、麻痹而忽视了几首还算可以的作品(听的过程中实在是有些审美疲劳、消化不良了),但我还是敢说,C78中98%以上的优秀或者良好的作品都囊括在此文中,听了压缩包中的这些...

安装和使用molproView

安装和使用molproView 文/Sobereva  2010-Sep-20 molpro执行任务后会自动生成包含结果信息的.xml文件,molproView可以将之转化为网页文件,通过网页浏览器清晰地查看运行结果。molproView下载地址为http://www.molpro.net/molproView。 此程序有两类执行模式: 1 基于web服务器的模式。主机需要有PHP支持,通过网页浏览器访问解压目录下的molproView.php文件,然后输入.x...

密度泛函计算中的格点积分方法

密度泛函计算中的格点积分方法 文/Sobereva First release: 2010-SEP-3  Last Update: 2011-Aug-23 本文主要介绍密度泛函计算方法中的一个重要部分--格点积分方法,并给出具体的Fortran代码,同时讨论与之相关的问题。 1. 简介 在密度泛函(DFT)计算中,在计算交换相关能时,需要做这样一个积分Exc[ρ]=∫ε(ρ(r))dr,积分是对全空间进行的。在Hart...

使用Multiwfn图形化研究弱相互作用

PS 1:本文全文、所有图片以及所有相关文件可由此下载/usr/uploads/file/20150610/20150610025359_29746.rar PS 2:后来又写了《用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题》(http://sobereva.com/291),和本文关系非常直接,推荐在看完本文后阅读。另外也推荐阅读《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://sobereva.com/186)、《使用DORI函...

小测Tesla C2050在amber11上的GPU加速性能

小测Tesla C2050在amber11上的性能 文/Sobereva   2010-Aug-13 nVidia正在做tesla免费试用活动,国内由AMAX负责,提供5个小时的测试时间,通过SSH远程登陆,机子是XEON 5520*2, 16GB, Tesla C2050*2。用它们的机子测了下Tesla C2050在amber11下的性能,基本与amber官网上的数据吻合,略微偏低一点。下面数据中测Tesla时的Amber11的pmemd.cuda(...

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法

NBO程序的.31至.40文件格式及转换为.wfn文件的方法 文/Sobereva First release: 2010-Jul-12   Last update: 2011-Aug-4 我曾经写过《高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法》一文,见http://sobereva.com/55,本文是对那篇文章内容的拓展,重复的内容就不再介绍了,建议先回顾一下。 1 .31至.40文件简介 想获得某种轨道的解析表达式,进而...

显示粒子运动轨迹的VMD脚本

显示粒子运动轨迹的VMD脚本 文/Sobereva   2010-Jun-29 经常需要通过将运动轨迹连线来描绘粒子的运动路径,此脚本可以实现这个目的 proc showtrj {fps1 fps2 space selection} { set selnow [atomselect top $selection frame $fps1] set selnext [atomselect top $selection frame $fps1] set n...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子 文/Sobereva    Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。一些小国家影响力小的刊物也不列了,比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是印刷版ISSN号。 主要刊物: J CHEM PHYS(JCP) 0021-9606 3.0...

电子定域性的图形分析

电子定域性的图形分析 文/Sobereva First release: 2010-Jun-13  Last update: 2012-Oct-24 摘要:本文回顾了电子定域性分析的基本问题,介绍了拉普拉斯值函数、ELF函数、LOL函数的基本概念,利用一些实例介绍了这三种函数能够说明的问题以及如何对分子进行分析。同时穿插介绍了函数绘图的方法和经验,最后给出利用Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)生成...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 文/Sobereva   2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深,通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架(CA原子),就容易看出不同位置的活动性,并与B因子/RMSF相互对照。 首先自定义一下材质,在Material窗口中选Transparent,然后点Create New,将新材质命名为a。然后在控制台执行draw material a,并执行draw color iceblue,当然也可以用自...

解决SCF不收敛问题的方法

解决SCF不收敛问题的方法 文/Sobereva(3) First release: 2010-May-17    Last update: 2017-Oct-25 1 前言 量子化学计算离不开SCF(自洽场)迭代,如半经验方法、HF、DFT等。在SCF迭代中,由Fock矩阵F对角化获得新的系数矩阵C和轨道能{ε},然后构造密度矩阵D=C'C'^(T),其中C'为不含虚轨道的C矩阵,再由D构造新的Fock矩阵,反复进行直到收敛,可...