1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响

1-4非键作用对拟合二面角势能项的重要影响 文/Sobereva @北京科音   2008-Nov-23 PS: 2008年11月21日前后,在Amber mailing list上有人以Electrostatic Energy Components为主题询问EEL和1-4EEL的关系(显然答案是EEL不包含1-4EEL),之后却偏离了这个话题,涉及到一个重要问题,就是1-4非键作用对拟合二面角势能项参数方法的影响,Ross Walker做出...

gromacs决定力场参数的方式

gromacs决定力场参数的方式 文/sobereva @北京科音    2009-Apr-5 Q: 43a1力场中,有的键长、键角、二面角都是空白的,只有原子的信息,这种情况是不是constraint啊? 比如这样:    51    91     2           ...

Amber10安装方法

Amber10安装方法 文/Sobereva @北京科音    2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机:Q6600,2G,XP-SP2。虚拟机:vmware6.0.1,RHEL5U1-64bit,双核,512MB,10GB,默认分区,bash,root,intel-MKL-10.0.4.023,intel fortran compiler 10....

Amber力场二面角参数的解释

Amber力场二面角参数的解释 文/Sobereva @北京科音    写于约2008年   在xleap中edit parm99时,进入参数修改界面,每个参数都有介绍。在二面角参数设置中,PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2,也称作PK)除以第一列参数的值,第一列代表两端原子数乘积(即redundancy,也称作IDIVF),所以PK/IDIV...