高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法 文/Sobereva @北京科音  2010-Feb-1 了解高斯的格式化检查点文件fch和波函数文件wfn的格式和每项的意义对编写第三方量化辅助程序是很重要的,前者蕴含的信息丰富,后者更为简明而且通用。本文将解读wfn文件的格式和读、写代码,对fch中的一些要点进行介绍,介绍如何写出将fch转化为wfn文件的程序fch2wfn,以帮助大家认识这两种文件并利用fch和wfn写出相关程序。 ...

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本 文/Sobereva   2009-Nov-8 有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本,下面是我的VMD Tcl脚本,或许有人也用得着。 氢键判据用的是常用的35度3.5埃的几何判据,当然也可以直接在脚本里改。计算方法是,只要有水分子有一个原子在某一层里,则这个水分子就认为属于这一层的水。对于每一帧,计算属于每一层的水selin与其它物质selbig之间的氢键数,氢键包括...

找回Windows 7中经典风格的开始菜单

找回Windows 7中经典风格的开始菜单 文/Sobereva    2009-Nov-1 很多从windows95/98或者dos时代过来的资深老用户对于windows 7彻底去掉了经典开始菜单与我一样感到愤怒,感到工作效率严重受挫,但win7的这个设计似乎很讨好从XP时代过来的菜鸟,以至于占多数用户的这类群体对这个变化不以为然。即便这个设计对一部分用户的确更有利,但不尊重用户的选择权利是恶劣的行为。有人开发了cs menu解决这个困难,...

谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异

谈谈原子轨道朝向引起的量化计算结果与经验观念的差异 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Mar-27 我曾在《谈谈5d-6d型d轨道波函数与它们在高斯中的标识》一文中讨论到量化程序中的基函数与实际中的原子轨道的对应问题,即6d型笛卡尔GTF函数是难以对应实际实际原子轨道的,这是基函数本身形式的问题。导致对应问题的另一个因素,就是分子的取向问题,它造成了分子轨道组成与常规化学观念相冲突,比如π键。这个问题...

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识 文/Sobereva @北京科音   Last Update: 2011-Jul-30 在含有d轨道的体系的高斯输出文件中,有时会看到d轨道名以D 0, D+1, D-1, D+2, D-2标识,有人误以为那些轨道就是指复数型真实原子轨道,这是个严重的误区,下面将对此进行讨论。 在高斯等量化程序中,对于非半经验方法用的都是GTF(Gaussian type function)型实...

GAMESS-US 2009 R3版编译方法

GAMESS-US 2009 R3版编译方法 文/Sobereva @北京科音    First release: 2009-Oct-7  Last updated: 2010-Jan-20 操作系统:Fedora7-64bit,已装gcc 4.1.2(在系统安装过程中选择了安装软件开发这一类就会装上),系统中有csh(Fedora8及以后需手动安装csh),root用户,使用bash shell,GAMESS(US)版本为Janu...

C76优秀音乐推荐-其它部分

C76优秀音乐推荐-其它部分 文/Sobereva    2009-Sep-30 PS: C76东方系列音乐精选见此贴:http://sobereva.com/48 虽然C76的东方project的同人音乐质量不如C75,但是其它同人音乐质量却相当好,胜于C75很多。最精彩部分共被我选出27首(相比之下C75只有10首)。以下曲目都是从verycd上全部发布过的C76非东方project的CD中精选出来。 本次推荐的C76非东方系列的音...

C76优秀音乐推荐-东方project部分

C76优秀音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva   2009-Sep-30 客观来讲,C76东方同人作品整体质量与C75有不小差距。多数都被列入了level B,即有特点但不完美。这些曲目精选自verycd上发布过的全部(约40张)C76东方同人CD。 这些文件绝大多数都是我从无损格式转化过来的,160kbps的ogg既节省空间,音质也足够高,听感上与无损无异(之所以FXT/FXTZ中的音乐使用的是~195kbps的ogg正是因为这个...

Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群

Gaussian03的Linda并行设置与VMware的虚拟集群 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Sep-13    Last update: 2014-Sep-8 网上也有一些关于高斯linda并行设置的文章,也有讨论使用虚拟机模拟的集群跑高斯+linda的,但是说明都不甚具体,各种linux发行版本差异也不小,拿到手的高斯程序也有所不同,其设置方法往往不能直接套用。最近也有人问配置Linda的问题,...

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理   文/Sobereva @北京科音 First release 2009-Aug-27  Last update: 2018-Jul-5 计算A、B分子间的弱相互作用能时,一般不能简单地通过E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)来计算,因为E_AB能量相对于E(A) + E(B)的降低来自两方面,一方面是真实的A、B分子间的相互作用能,这是我们要求的;另...

东方星莲船修改器 (锁残机&锁SC&PowerMAX&设分)

Sobereva于大约2008年8月15日制作,下载地址:/usr/uploads/file/20150605/20150605012359_52218.rar 修改器所修改的地址介绍(皆4字节整数): 得点,004B0C44,数值为屏幕显示的值的1/10。 Power,004B0C48,内存中数值为显示的数值的100倍,如1.03为103。建议锁在399,然后吃一个红P就满了,并实际生效了。设400或更多不直接起作用 残机数,004B0C98...

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题

过渡态、反应路径的计算方法及相关问题 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Aug-6   Last update: 2019-Feb-4 前言:本文主要介绍过渡态、反应路径的计算方法,并讨论相关问题。由于这类算法极多,可以互相组合,限于精力不可能面面俱到展开,所以只介绍常用,或者实用价值有限但有启发性的方法。文中图片来自相关文献,做了一定修改。由于本文作为帖子发布,文中无法插入复杂公式,故文中尽量将公式转化为文字描...

计算化学相关的免费的在线数据库及工具

计算化学相关的免费的在线数据库及工具 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Jul-11    Last Update: 2015-Dec-2 这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具,既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算有直接帮助,有些则是提供计算所涉及的素材。由于笔者的研究和生物分子结构问题有关,所以列表中包含不少偏生物的内容。由于本文数据量大,内容...

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型 文/Sobereva @北京科音    Last update: 2010-Apr-6 本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型(=Generalized Born,广义Born模型)的各个方面。 隐式水模型优势主要有下: 减少体系的粒子数从而降低计算开销。 没有溶剂摩擦效应,可以加快构象变化。 不显著、具体地表现溶剂运动而直接表现平均效果,便于计算自由能,避免动力学很长时间采样。 不需要显式水的预平衡过程。...

用VMD做太极拳动画

用VMD做太极拳动画 文/Sobereva    2009-May-25 做出来的动画: VMD不仅仅可以用来做研究,还可以用来娱乐,在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用VMD做了一个小人打太极拳的轨迹动画,以此为基础对方法进行说明,希望起到抛砖引玉的作用,由于时间所限,只作了5个动作。所用VMD为windows版1.8.6。 动画下载地址: /usr/uploads/f...