GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法

GaussView保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
Solution to the problem that internal coordinate variables are not represented by letters when GaussView saves input files

文/Sobereva @北京科音

First release: 2015-Feb-2   Last update: 2021-Jul-9

今天在思想家公社QQ群里有人问GaussView保存Gaussian输入文件时，在保存界面中取消了write cartesian选项以保存成内坐标形式，但是保存出来的内坐标的变量直接用数字表示，如下面这样，应该怎么做才能保存成变量形式？
O             
H                  1    0.94740744
H                  1    0.94740744    2  105.47857762

解决办法很简单，先把体系保存成.mol等其它格式，然后载入之，再保存成Gaussian输入文件，就会看到内坐标都用字母表示了：
O             
H                  1            B1
H                  1            B2    2            A1

   B1             0.94740000
   B2             0.94735254
   A1           105.47684474

没有相应选项直接选择是否把变量用字母表示是GaussView一个不人性化的地方。

更好的做法是使用笔者的Multiwfn程序保存Gaussian输入文件，你可以直接设置保存成哪种内坐标形式。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载。Multiwfn支持从大量格式中载入结构信息，如xyz/pdb/pqr/mol/mol2/cif/gjf/wfn/cub/fch/molden/mwfn等等，完整介绍见http://sobereva.com/379。如果把自带的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1，还可以直接从Gaussian输出文件里载入结构信息。

启动Multiwfn并从输入文件里载入结构信息后，输入gi就可以进入Gaussian输入文件保存界面。默认保存成笛卡尔坐标形式，如果先输入zmat，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件就是内坐标形式，而且所有几何参数都是通过变量表示。如果进入Gaussian输入文件保存界面后先输入zmat2，再输入要保存的文件路径，则产生的Gaussian输入文件里就是内坐标直接带变量值的形式表示。

注：Multiwfn的以上特性在2021-Jul-9及以后更新的版本中才支持。