计算化学中的一些常见不良写法和用词
计算化学中的一些常见不良写法和用词
Some common bad writing and word usage in computational chemistry
文/Sobereva @北京科音
First release：2015-Jun-28 Last update：2024-Feb-5
经常在看一些文章、帖子，以及回答一些人的问题的时候，看到很多词汇误用和不良写法，令笔者很不悦。在这里就举一些最典型的说说。有的地方其实也只是个人发发牢骚而已。
1 NBO电荷应当叫做NPA电荷
很多文章里都用“NBO电荷”来代表NBO程序产生的原子电荷。这个称呼是严重不合理的，应该叫做“NPA电荷”！NPA的全称是Natural population analysis（自然布居分析）。
NBO是程序名，NBO分析则是这个程序能实现的一大套波函数分析方法的统称。这一大套分析方法里包含许多具体的方法和概念，如NPA、NAO、NHO、NBO、NLMO、NRT、NBBP、NEDA、E2、NBO deletion、NBCP等等，几乎所有这些都是基于NAO（自然原子轨道）的。因此NBO程序做各种NBO分析前，第一步就是先生成NAO。有了NAO，才能做接下来的NBO、E2分析之类。而一旦产生了NAO，就得到了以NAO为基表示的密度矩阵，并立刻得到每个NAO以及每个原子的布居数，以及与原子布居数相对应的原子电荷，这个过程就是NPA分析。这是为什么NBO程序在输出NBO轨道信息之前就已经把原子电荷都输出出来了。如果只需要这部分NPA分析而不需要后续的，在Gaussian中写pop=NPA即可。因此，NBO程序产生的电荷叫做“NPA电荷”才是绝对正确的。NBO程序在输出原子电荷时，前面的标题也是"Summary of Natural Population Analysis:"。无论是NBO程序，还是发展NBO理论的人，都从来都没用过“NBO电荷”这个词！
之所以有大量人错误地使用NBO电荷这个词，原因有二：(1)这个电荷是NBO程序产生的 (2)这是NBO理论框架下诞生的电荷。但这都显然绝不足矣将这种电荷命名为NBO电荷。使用NBO电荷这个词的人，充分暴露出其对NBO分析方法基本原理的认识的严重匮乏。
NBO电荷这个词真是以讹传讹，知道“NPA电荷”这个正确写法的人是少数，用“NBO电荷”这个误称的人却是大多数。搞笑的是，曾经投一篇文章比较各种原子电荷的计算方法（物理化学学报,28(1),1-18），里面已经详细比较了NPA电荷，居然审稿人还问，怎么没比较很常用的NBO电荷？简直正不压邪！！！而且，连gview的观看原子电荷的界面里（Results-Charge Distribution），选择原子电荷类型时都有一项NBO，说明gview的开发者都误把NPA电荷称为了NBO电荷。
每当看到有人用NBO电荷这个词，我一定会提一句，NBO电荷是NPA电荷的谬称，或者我在回复里会改用NPA电荷这个词，如果对方问NPA电荷是什么，我一定顺便强烈批判一下NBO电荷这个词。
2 不要瞎拼人名
Mulliken这个名字出现在研究文章里一般都是以“Mulliken电荷”或“Mulliken分析”这个词来出现的。无数文章、无数帖子里却误写成“Milliken电荷”，而实际上根本就没有叫Milliken的人！知名的只有两个，一个是刚才说的Mulliken（马利肯），这是分子轨道理论的提出者，另一个是做油滴实验的Millikan（密立根），两个人都是诺贝尔奖得主。很多人竟把两个人的名字特征合并到一起创造了一个新的人Milliken。有趣的是，用google搜“Milliken电荷”能搜到，却似乎没有人误写成过“Millikan电荷”。
也别瞎翻译人名，绝对不要用不常见的中文译名。诸如有人把Bader说成贝德尔，>99.9%的知道Bader的人一下子都意识不到说的是他。在QQ群里我还看到居然有人把“Mulliken电荷”说成“麦克劳林电荷”，真行！
很多低水平的文章和学位论文里，甚至一些量化书里，总把Hartree拼成Hatree。希望初学者牢记Hartree的拼法。顺带一提，提到物理学家Feynman（费恩曼）的时候，不要误拼成Feynmann或者Feyman或者Feymann，这也是诸多人常犯的错误。
范德华的正确拼法是van der Waals (vdW)，注意打头的v是小写，很多人都写成了大写。
“Koopmans定理”里的这个人名不要拼成Koopman或Koopmann。
3 注意基组的大小写
Dunning的相关一致性基组应该写为诸如cc-pVDZ这样，但很多文章不注意大小写，写为诸如cc-pvdz、cc-PVDZ，这是不好的。这种基组全称是correlation consistent polarized Valence Double Zeta。大小写如果没弄对，会反映出作者比较业余或者不够谨慎。
其它基组也要注意大小写，比如6-31G*也不要写成6-31g*，def2-TZVP不要写成def2tzvp。
4 不要把程序名随意简写、误拼程序名！！！！！！！！！！！！！！！
很多人总是图省事瞎简写程序名，而明明官方没有允许那么简写（不像诸如GROMACS那样官方就有gmx这种简写方式），还有人瞎自行发挥。无数人提到笔者开发的Multiwfn程序的时候总是写成什么mwfn、mfn、wfn、Mul，甚至multi，还有的人叫成什么“多功能波函数”。程序的名字被人家叫得乱七八糟，明显会令开发者很生气！无论是谁自己的名字总被别人叫错肯定不高兴！Multiwfn这个程序名很好记，Multi（多）+wfn（波函数），是A multifunctional wavefunction analyzer的简写（手册第一页、程序刚启动时都已经显示全称了），真是搞不懂为什么一些人就是不能把程序名好好写全。
还有个超级常见的情况就是拼不对Gaussian（高斯）。拼法真是五花八门，是所有计算化学程序里名字拼错种类最多的，据笔者答疑时的不完全统计，有：guass、Guassian（瓜斯）、Gaussion（高身）、Gausson（高孙）、Gassian（嘎斯）、Gauss、Guaasian（瓜三）、Gassian（嘎斯）、Gussain（孤塞恩）、Gussion（孤身）、GAUSSIOIAN、guassion（瓜身）...真是不胜枚举。还经常见到把GaussView写成Gaussian View的情况。还有很多人连Gaussian和GaussView都分不清，说什么用Gaussian作图、用Gaussian建模，真是荒唐！这都是菜鸟提问、菜鸟文章、低水平毕业论文里极为常见错误。拼对个程序名怎么就那么难？？？搞科研最基本的素养就是严谨，连个自己常用的程序名都拼不对还搞什么研究！？笔者不指望那些混文凭的学生能搞出什么科研成果，但起码也应该在科研的历练过程中把基本的科学素养和严谨的态度提升上去。你如果不记得程序名怎么拼，就立马查一下，别凭感觉瞎拼一个！
我在网上答疑过程中，还经常看到Multiwfn拼不对的情况，甚至拼错几率都超过了1/3，老是拼成诸如什么multifwn、multiwn！甚至居然还有人瞎写成Mullikenwfn、Wultiwfn！（W和M分不清，赶紧配眼镜去！）只要看到有人提问时拼错Multiwfn，在他进行纠正之前我绝对不回复他的问题。
曾经笔者建立的QQ群里甚至还有个人对于别人对他的不恰当拼写的指正不以为然，他的意思是：我拼错就拼错了，你知道我指的是什么就行了，干嘛较真？这看着真是令人火大，就这种松懈的态度，赶紧甭搞科研了，这样的人发表的文章还能有可靠度否？实际上，他的提问明明已经给人造成了严重理解困难，他想“求个wfn的介绍”，谁知道他到底是指Multiwfn程序的介绍还是wfn格式的介绍亦或是其它什么？
5 拓扑分析里的critical point不要称为关键点
实空间函数的拓扑分析（最常见的就是AIM里对电子密度的拓扑分析）里面有critical point这个概念，指的是函数梯度模为0的点。相关知识见《AIM学习资料和重要文献合集》（http://bbs.keinsci.com/thread-362-1-1.html）。老见到有人把critical point叫做“关键点”，这不妥，应该叫做“临界点”。关键点的英文对应的是key point，临界点才是critical point。比如众所周知的critical pressure，被翻译成临界压力，没有被翻译成关键压力的。我很纳闷，为什么明明翻译成临界点是显然对的，大多人却都非要错误地用关键点这个词，也不知道是谁教的、哪儿看来的。
另外，还总有人把bond critical point（BCP，键临界点）叫成什么键鞍点。虽然BCP处电子密度梯度为0，是电子密度的二阶鞍点，但直译成键临界点多好，干嘛添油加醋。
6 关于对实空间函数的称呼
量化计算里有很多三维实空间函数，每个坐标上都有一个数值，如电子密度、自旋密度、静电势、福井函数、双描述符等等。考察它们的分布一般只能作图来研究，在这点上Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）是最方便的工具，可以画它们的曲线图、平面图、等值面图。我们经常需要研究这些函数在每个原子上的分布，这就需要对这些函数在各个原子空间内进行积分，这样每个原子上就有一个数值，便于不同原子之间进行定量比较。这样转化后，称呼也变了，比如：
电子密度 --> 原子的电子布居数，或简称原子布居数 (Atomic population)
自旋密度 --> 原子的自旋布居数，或简称原子自旋布居 (Atomic spin population)
福井函数 --> 简缩福井函数 (Condensed Fukui function)
双描述符 --> 简缩双描述符 (Condensed dual descriptor)
Parr函数 --> 简缩Parr函数 (Condensed Parr function)
...
称呼的时候一定要正确，避免混淆，比如“XX原子的电子密度是8.3”、“XX原子的福井函数是0.02”这样的说法就明显错了，应该说这个原子的布居数、简缩福井函数是多少。我们平时说的原子电荷相当于原子的核电荷数减去原子的布居数。
有各种各样的原子空间划分方式，如Mulliken、Hirshfeld、Becke等，基于这些不同划分得到的每个原子上的值也不同。比如说，用Mulliken方法计算原子的布居数，就称为Mulliken原子布居，这个结果当然和基于Hirshfeld划分得到的Hirshfeld原子布居是不同的，推荐使用后者（可以由Multiwfn很方便地计算）。
注意，Gaussian计算开壳层体系输出Mulliken自旋布居时显示的是“Mulliken atomic spin densities”，这在概念上是严重错误的！为什么错，看了上面的讨论想必已经明白。自旋密度是三维函数，三维空间中每个点一个值，岂能说原子的自旋密度？对很多人都被这输出所误导，当我指出错误时，居然有的人还显得挺有理，说Gaussian就是这么写的。
7 不要把密度差称为差分密度
在网上的讨论中，我发现大多数人把density difference称为“差分密度”（或者“密度差分”，乃至更难听的“电荷差分”），我很不喜欢这种称呼，我从来都只用“密度差”这个词。“密度差”比“差分密度”少一个字，而且和英文更为对应，干嘛非要用“差分密度”这个词？
8 慎用“电荷”这个词
描述问题时一定要慎用“电荷”这个词，因为指代不明。电子、原子核都带有电荷，而且，电子的电荷值还是负值，这很容易造成歧义。比如，对某个化学过程，说A片段的电荷减少了，B的电荷增加了，那么这到底是A的电子转移到了B，还是B的电子转移到了A？这要是理解错了就太要命了。两种理解哪个从语义上都对，假定作者这里把“电荷”等价于“电子”，那就是A的电子向B转移；如果是按照电荷的数值来说的，由于电子的电荷值为负，A的电荷减少了就应理解为B的电子向A转移了。
所以我很讨厌用电荷这个词。应该明确地说电子的增减、电子是怎么转移的，就不会有歧义了。
9 分清基组和方法
很多低水平文章中，把基组称为方法，把方法称为基组，真是屡见不鲜，立刻就暴露出作者甚至量化都没入门。这样的低级错误太多的话，可能直接惹怒审稿人，导致惨遭大斧。HF、B3LYP、MP2、CCSD(T)、PM7这些都叫做“理论方法”（Theoretical method），也可以简称为方法或理论；6-31G*、cc-pVDZ、def2-TZVP等都是基组（Basis set）；合在一起说，可以说比如“本文所有计算在B3LYP/6-31G*级别（Level）下进行”，不要写成“...使用B3LYP/6-31G*方法”。
10 分清CCSD、CCSD(T)和CCSDT
很多人提问的时候，老是说我用CCSDT算了XXX，然后出现某某报错。99.99999%的情况提问者说的是CCSD(T)！CCSDT和CCSD(T)完全是两回事，后者是前者的近似，耗时远远不是一个数量级的，而且绝大多数主流量化程序，包括Gaussian，是不支持CCSDT而只支持CCSD(T)的。所以初学者一定不要搞混这两个，同时劝初学者一定要好好学学基础的理论知识，连自己用的方法的名字都叫不对这太糟糕了。
还老有人明明用的是CCSD(T)，居然提问时写成CCSD，这都不是缺乏量子化学素养的事了，而是体现出缺乏最基本的科学素养，堂堂(T)难道是摆设？顺带一提，CCSD在计算能量方面基本没有使用价值，因此用CCSD干这个完全是莫名其妙。CCSD算得动的用CCSD(T)通常也照样算得动，而CCSD(T)精度比CCSD高多了去了，前者属于高精度级别的方法，而后者仅仅是一个鸡肋的中高级别方法，比便宜得多得多的双杂化泛函里的一些顶级的往往都没精度优势。
顺带一提，老有人把CCSD(T)写成CCSD(t)，这很不好。要注意量子化学中的方法名字非常多，名字之间往往非常像（特别是五花八门的后HF方法），往往写法稍微差一丁点就可能是不同的方法，比如CBS-Q和CBS-q就是两种不同的热力学组合方法。所以描述计算级别时必须极度严谨，每个字母甚至就连大小写都一定要写对，这样才能完全避免歧义！
11 没有“静电势能面”这个词！
好几次网上有人问我问题时都扯到“静电势能面”，而这个词根本不存在！看这个词完全不知道对方想说什么，说出这个词的人明显都没把最基本的概念搞清楚。要分清楚这些词：
(1)势能面：E(R1,R2,R3...)。不同的几何坐标{R}下体系有不同的能量，是个3N-6维函数
(2)分子表面：有许多不同定义，对于范德华表面，通常定义为电子密度=0.001 a.u.的等值面
(3)静电势：V(r)。三维空间中不同位置r下有不同的静电势值，是个3N维函数。不懂静电势的人看此贴的资源：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=219
(4)静电势等值面：可视化展现V(r)在三维空间中分布的一种做法，显示出来的面上的每个点的静电势值都恰与你设的静电势的isovalue值相同
(5)静电势映射的分子表面：可视化展现V(r)在三维空间中分布的最常用做法。也就是利用电子密度数据如上构建出范德华表面，然后把范德华表面上各个点的静电势的值以不同颜色显示出来以便于考察。这也叫静电势填色的分子表面。例如这些文章所绘制的：《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）》（http://sobereva.com/443）、《巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法》（http://sobereva.com/481）、《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布》（http://sobereva.com/196）。
顺带一提，还有时候有人问，怎么计算分子的静电势值？怎么计算原子的静电势值？显然这种问法完全莫名其妙。静电势是个三维函数，三维空间中每个地方都有一个值，什么前提、细节都没有，你怎么给分子计算一个值，给每个原子计算一个值？
12 慎用“力”字
经常有人说我想计算“弱相互作用力”、“静电作用力”、“范德华力”之类，实际上他们想说的是“弱相互作用”、“静电作用”、“范德华作用”。“力”这个字不要加，因为从语义上，会令内行人觉得莫名其妙。计算相互作用，起码得计算相互作用能吧？总得通过优化得到平衡结构吧？这和“力”有什么关系？要知道力的定义是能量对坐标的导数，而相互作用能是复合物与片段的能量差，跟“力”毫无直接关系。而在优化后的平衡结构下，所有原子受力为0，根本都没有“力”了。“xxx作用”这个词包含的含义很广泛，用它不容易造成语义上的问题，而“xxx力”的含义就很狭隘了，如果作者理论知识不扎实，容易在表达上出现问题。13 瞎用“溶剂化”一词，指代不明
网上回答问题时，总是看到无数人用“溶剂化”一词做意义不明、很不确切的叙述，比如“作溶剂化效应的时候...”、“考虑溶剂化”、“溶剂化用...”、“做了几个溶剂化...”、“能考虑溶剂化效应吗"、“溶剂化下吉布斯自由能...”、“用两种溶剂做了溶剂化...”、“不能溶剂化？”、“貌似有一个自定义溶剂化”。每次我看到这种瞎用“溶剂化”这词的时候就很不高兴，因为根本不知道对方在具体指代什么。
计算化学中溶剂效应通过溶剂模型描述，在溶剂模型下可以做各种事情、算各种问题。要问的时候应该诸如这样问，尽可能表述清楚（假设我对原来提问的人想问的问题没理解错）：
“作溶剂化效应的时候...”→“使用溶剂模型研究xx的时候...”
“溶剂化用...”→“溶剂模型用...”
“做了几个溶剂化...”→“使用xx溶剂模型算了几个溶解自由能”（或者是指对几个结构作了几何优化、算了几个单点、算了几个光谱，谁知道他问的具体是什么？）
“能考虑溶剂化效应吗”→“能考虑溶剂效应吗”或“能考虑溶剂环境吗”
“用两种溶剂做了溶剂化...”→“使用xx溶剂模型在两种溶剂环境下计算了...”
“不能溶剂化？”→“不能用xx溶剂模型表现溶剂效应？”
“貌似有一个自定义溶剂化”→“貌似可以自定义溶剂参数”
14 不要用“仿真”
计算化学领域里，只有“模拟”，没有“仿真”。虽然simulation这个词中文翻译既有模拟也有仿真，但是在计算化学圈子里交流时，如果冒出来个“仿真”这个词，一看就特别外行，令内行听着特别扭。想必大家也只听说过“分子模拟”而没听过什么“分子仿真”。
15 搞清楚xtb和GFN-xTB是什么
老有人乱用xtb这个词，造成极大的歧义。要搞清楚，xtb是Grimme开发的程序的名字，xtb程序可以实现很多种Grimme搞的方法，包括GFN0-xTB、GFN1-xTB、GFN2-xTB，可以统称为GFN-xTB，另外xtb程序还支持GFN-FF力场。也有不少其它程序也支持这些方法，比如CP2K里可以也用GFN1-xTB。老有人叙述的时候说“我用xtb计算了某某某”，谁知道他到底指的什么？是用xtb程序算了某某某（那么到底是用xtb程序里面哪个方法算的？）？还是用GFN-xTB方法算了某某某（那么到底是GFN-xTB的哪个版本？用的具体哪个程序算的？）？明显有严重歧义。显然也不能问什么“GFN的精度如何？”，诸如GFN2-xTB和GFN-FF有天壤之别。必须诸如这样准确描述才行：“我用xtb程序里的GFN2-xTB计算了某某某”、“我用CP2K程序对某某某体系用GFN1-xTB做了结构优化”、"GFN2-xTB算某某某的精度怎么样？”。写程序名和方法名时都绝对不能有一丝的偷懒！任何有可能造成歧义的描述都必须在表达时注意避免！
16 分清楚关键词、代码、命令
老有人初学者，特别是没有计算机常识的人，乱用“关键词”、“代码”、“命令”这几个词。比如说“我做Gaussian计算，gjf里写了xxx代码”，这真是非常荒唐的描述，有时候还会造成误会，还以为对方自己改了程序源代码。关键词（keyword）是指在计算程序的输入文件里写的那些东西，告诉程序做什么、怎么做，每个计算程序的开发者都定义了各种关键词，在手册里都能查到，这跟编程没直接关系。代码（code）是指程序的源文件（source code）或者脚本（script）里的那些东西，这是编程层面上的事。命令（command）是指在操作系统的终端里输入的那些要被执行的指令，诸如ls、cd、g16 < test.gjf |tee test.out等等，或者在某些计算程序的内置终端里输入的那些要被执行的东西，比如VMD程序的文本窗口里输入atomselect top all。
17 别乱用BSSE这个词
我在答疑时老看到有人随心所欲滥用BSSE一词，诸如说什么“使用BSSE计算相互作用能”、“高斯的BSSE能给出吗”、“这样情况下请问老师是开着bsse优化合理，还是不开合理呀”、“我做bsse时发现它计算的基础数据和我之前的数据不一样”、“如果你说的是能量大小，那我觉得BSSE去做可能更好”，全都是严重不当的描述，体现出发言者都没搞清楚基本逻辑关系。BSSE是什么，在《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》（http://sobereva.com/46）里我专门说过。这里要着重强调的是，BSSE（基组重叠误差）是一种给弱相互作用计算带来误差的因素，counterpoise是最为常用的一种能很大程度解决BSSE问题的方法，在Gaussian等程序里有相应的counterpoise任务，可以同时给出BSSE校正能以及校正后的相互作用能，还可以在counterpoise方法校正BSSE问题后的复合物的势能面上进行几何优化、振动分析任务。显然诸如这么描述才是逻辑上严谨、正确的：“在计算弱相互作用能时使用了counterpoise方法校正BSSE问题”、“使用Gaussian的counterpoise任务给出BSSE校正后的相互作用能”。顺带强调一下，校正BSSE问题除了counterpoise外还有一种gCP方法也比较知名，《大体系弱相互作用计算的解决之道》（http://sobereva.com/214）里面我简要提到过。因此在描述的时候不要只说是否考虑了BSSE校正，而要同时确切说清楚是以什么方式考虑的BSSE校正。所以诸如网上有人提问“我算的bsse 是负数，这正常吗”就是很不当的描述，有严重歧义，而应当说成诸如“我做counterpoise任务算出来的BSSE校正能是负数，这正常吗？”。
18 别乱写基组名
无数人提问时说自己用了6-31G（或6-311G）算了某某某。每次看到这样的提问我就想，这人到底是用的什么基组？是6-31G*但为了在提问时少打字把*或(d)之类极化函数符号略去了，还是说计算时用的基组本身确实就没带极化函数，就是个干巴巴的6-31G？如果是前者，必须深刻记住提问时绝对不得偷工减料，必须认真把自己的情况全面、如实描述清楚；如果是后者，那计算结果根本没法用，结果太烂，这属于基组的基础知识都没掌握。这两种情况都会严重遭人鄙视。
我在答疑时经常遇到一种情况：某人说用6-31G做了计算，我立刻批评他说6-31G计算没意义，然后他又说他用的是6-31G(d)，只是笔误、漏写了。这种情况总令我气愤，一方面是他提问时隐藏了信息、给他人的理解造成了麻烦、耽误了别人的时间，另一方面是他在撒谎，因为这根本不是“笔误”，而是此人对极化函数缺乏最基本的重视！一个深刻懂得极化函数的重要性、对基组有充分理解的人，就算他喝醉了酒也不可能把(d)或*给写漏掉！我想问这种人，你在写computational details的时候敢把6-31G(d)写成6-31G？敢这么做内行审稿人一个大斧子抡过来！在网上求助的时候必须拿出写paper时候的严谨态度，这是学术交流时对别人最基本的尊重！
Pople基组用加号代表加弥散函数，这必须写在G的前头。很多人写Pople基组的时候，老是误把弥散函数的加号写到G的后头去，比如6-31G+、6-311G+(d,p)，这是严重错误的，暴露出研究者比较菜。错误的书写还对很多其他人有误导，人问我文献中6-31G+是什么意思，和6-31+G有什么区别...
19 理论方法必须描述得很准确
无论在什么场合，对理论方法的描述都必须非常严谨，这个问题在前面第10条已经说了一部分，这里再进一步说一下。
很多次看到有人说自己用B3算了某某某，这又是明显体现基本知识不过关，B3LYP、B3PW91、B3P86、B3PBE等等组合多了去了，具体指什么？如果就是指最常用的B3LYP，何故省略LYP三个字母却给别人的理解带来不便？
还老有人计算时明明带了DFT-D3校正，提问时居然不说，只说泛函原本名字，等我强调必须加DFT-D3时，对方才说已经加了DFT-D3，这极其令我愤怒！加不加色散校正根本就不是同样的理论方法，而且很多情况对结果影响巨大，这么重要的事怎么能不在提问时强调！？诸如你实际计算用了PBE结合DFT-D3(BJ)，就必须在提问时说用的是PBE-D3(BJ)！
一些文章中，写了自己用了某某关键词，比如什么guess=mix、int=ultrafine，但是却没有加以说明，这是不好的。Gaussian用户自然知道是怎么回事，但非Gaussian用户就不知道这是干什么的了。所以应该在旁边也注明关键词的含义和使用它的目的。有些人还写用了什么IOp，这就更不好了，一些偏门的IOp连Gaussian老鸟都记不住，如果不做相应解释的话一般读者就更难以理解了。
经常有初学者说“极化基组”、“弥散基组”，这非常不妥。那应当叫做“带极化函数的基组”、“带弥散函数的基组”。顺带一提，一定要注意不要自己随便造词，科学研究领域的用词是非常严谨的，容不得任意性，绝对不可随便自由发挥。
绝对不要把LUMO拼成LOMO，不要把HOMO拼成HUMO。这种常见的低级错误令内行人看着很不爽，一看就是个水平很差的菜鸟。误拼的人8成都不知道英文全称怎么拼。
π的英文拼法是pi，老有人按照汉语拼音拼成pai，说什么pai键、pai-pai堆积之类，显得特别low。不可思议的是，越来越多的人在网上提问时还把π写成“兀”甚至“丌”，说什么“兀兀堆积”、“丌丌激发”，简直low到不堪入目，毫无最基本科学素养！
老有人把M06-2X写成MO6-2X，真讨厌。还时不时有人把B3LYP写成b31yp（这里的l是数字）。
不要把单重态（singlet）、三重态（triplet）说成单态、三态。要知道x重态是自旋多重度（spin multiplicity）层面的概念，理应把“重”体现进去。而用“单态”、“三态”在有的语境下还可能会造成明显歧义。也不建议把x重态叫x线态，以前有的老的书里用后者，这在如今来说是不推荐、不规范的。自旋多重度不要简称为多重度，否则显得很不专业，还可能有歧义。
最后提一句，别把计算化学领域的名词拼写错误不当回事。在网上求助时候拼错了不会有啥大损失，大不了让内行人看了不高兴导致没人理你的提问。要是写文章的时候净是拼错的地方，不少审稿人（包括我）可能直接就怒了，对你的文章印象骤减，会明显感觉这是个外行人的文章，直接导致你的文章发表的可能性大大降低。