使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

文/Sobereva      2014-Nov-5


这里提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令,对于实际研究很有用处,也希望读者能举一反三。


1 依次执行多个指令

比如要依次执行g09 < 1.gjf > 1.out、g09 < 2.gjf > 2.out、g09 < 3.gjf > 3.out,可以只输入一条命令,每条命令间用分号隔开:
g09 < 1.gjf > 1.out;g09 < 2.gjf > 2.out;g09 < 3.gjf > 3.out

也可以写一个文本文件比如t.sh,里面写上
g09 < 1.gjf > 1.out
g09 < 2.gjf > 2.out
g09 < 3.gjf > 3.out

然后用chmod +x *给它加上可执行权限,再输入./t.sh运行即可(后同)。

如果不让指令依次执行,而是同时执行,把每行命令后面都加上&即可。


2 一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件

把以下内容存到比如runall.sh里,然后执行之即可。会把每个.gjf文件用g09执行,生成同文件名但后缀为.out的输出文件。脚本会提示正在运行哪个文件,运行完之后还会输出用时多少。
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished
echo
done

PS:如果是windows环境,需要写DOS批处理脚本,实现方式见《从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件》(http://sobereva.com/6)。


3 一次性把当前目录下所有chk文件转换为fchk文件

把以下内容存到比如chk2fch.sh里,然后执行之即可。会依次调用formchk把当前目录下每个chk转换为同文件名的.fchk文件。
#!/bin/bash
for inf in *.chk
do
formchk ${inf}
done


4 一次性执行当前文件夹下所有子目录里的Gaussian输入文件

此脚本会依次进入当前目录下的每个下一级目录,并把其中的.gjf都依次执行,产生的.out文件的文件名和所在位置都和输入文件相同。把以下内容存到比如folder_runall.sh里,然后执行它之即可。
#!/bin/bash
for i in `ls -F |grep /`
do
cd $i
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished
echo
done
cd ..
done

上面的脚本只能进入下一级的目录,而再下一级的目录(或者更深的目录)里的.gjf文件,以及当前目录下的.gjf文件都不会执行。如果想把这些.gjf也都执行,应当把以下内容存到比如allfolder_runall.sh里,然后执行它。为清楚起见,每次进入新的目录时屏幕上都会提示。
#!/bin/bash
for i in `ls -R |grep :|tr : " "`
do
echo
cd $i
echo "****** Entered" $i folder;echo
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished;echo
done
cd -
done


5 字符替换

下面这个方法可以批量修改计算的级别和任务类型。

例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP,执行:sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M062X -rl *|grep .gjf`

如果要替换的字符有*、/这样的符号,需要前面加上\避免被sed转义。比如6-31G**需要写成6-31G\*\*,M062X/cc-pVTZ需要写成M062X\/cc-pVTZ。另外,如果有括号或空格出现,那么grep后面应该用双引号括住。
例如把MP2/6-311+G(2d,p)都替换成M062X/6-31G*:sed -i "s/MP2\/6-311+G(2d,p)/M062X\/6-31G\*/g" `grep "MP2/6-311+G(2d,p)" -rl *|grep .gjf`
例如把opt freq都替换成NMR关键词:sed -i "s/opt freq/NMR/g" `grep "opt freq" -rl *|grep .gjf`

如果只想替换当前目录下的.gjf,则把-rl改成-l即可。如果想处理所有文件而不仅限于.gjf,则把|grep .gjf部分删掉即可。


6 批量删除文件

用下面的命令可以删除当前目录和任意级子目录下的所有.out文件
find ./ -name "*.out"|xargs rm -f


7 显示几何优化收敛情况

这个很简单。比如C4H8.out是几何优化输出文件,执行
grep Converged C4H8.out -A4
就会把当前的优化收敛情况输出出来。

如果执行
grep Converged C4H8.out -c
就会输出匹配的次数,也就是相当于显示优化到了第几步了。

也可以执行grep -E "out of|Converged" C4H8.out -A4,这样步数和收敛情况都会输出。

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