使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系

使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系 文/Sobereva   2012-Jan-25 虽然pdb文件当中定义了CONECT字段用于明确定义原子间连接关系,然而VMD并不会利用之,无论有没有CONECT字段,VMD在读取pdb后都是根据距离范围自动猜测原子间连接关系。这种处理方式往往不能满足我们的特殊要求,利用DynamicBonds的显示方式也并不能完全解决问题。虽然也有conect2psf程序(http://www.ks.uiu...

ComicPresent3 beta展会杂谈、照片和全部Live视频

ComicPresent3 beta展会杂谈、照片和全部Live视频 文/Sobereva(3)  2012-Jan-16 CP3 beta于2012年1月14日在四惠东地铁站旁边的腾远康体健身中心举行。按官方宣传,这次打着beta版的小展会,主要目的是想做一些新尝试看看效果,然后用到半年后的下一次大型的CP展会上。这次展会另一个名字是ComicPapapa。 图:腾远康体健身中心 图:序厅,队伍排了好几个弯(本以为这种规模...

谈谈弥散函数和“月份”基组

谈谈弥散函数和“月份”基组  文/Sobereva @北京科音  First release: 2012-Jan-13    Last update: 2019-Jul-31 如果你对基组了解甚少,强烈建议阅读本文前先阅读《谈谈量子化学中基组的选择》(http://sobereva.com/336)。 1 何时需要弥散函数? 量子化学计算中的弥散函数是指指数很小的基函...

2011年度完结动画总评

2011年度完结动画总评 文/Sobereva 2012-Jan-10   每一批新番完结之时我都有写简评的习惯,此文将我一年内分四次写的2011年的动画简评汇总,涵盖了共47部我完整看过的2011年期间完结的动画。其它2011年的作品凡是有熟肉的我都至少看过一两集,感觉质量不佳或者不合口味的就没有继续追。85~90分之间是可看可不看的作品,90~91分是不错作品,91~92.5分是优秀作品,92.5~94.5分是绝对不容错过的作品,...

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法

使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标,还可以包含速度、受力等信息。只要让mdp文件中nstvout等于nstxout,trr里每帧结构信息都将伴随对应的速度信息。gro文件中也记录着速度信息,也就是第45列后面的三列。 VMD里面每帧都有vx,vy,vz三个字段用于记录速...

C80及M3-28音乐推荐

C80及M3-28音乐推荐 文/Sobereva  2012-Jan-2 这次的C80音乐推荐来自于172张我听过的C80发售的同人音乐专辑,依旧是分为东方和非东方部分,且都分为“最优秀”和“不错”两类,总共四类强烈建议都听一遍。挑选标准和以前一样,不管风格流派,不管新人还是大牌,抛开一切与音乐本身无关的东西,只挑好听的推荐。本文的列表可以说至少囊括了C80同人音乐中最好的95%的曲目。整体来说C80音乐的素质和以往几届差不多。 先给出下载地址,都是从无损或者...

AMBER程序支持的力场一览

AMBER程序支持的力场一览 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场,GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。顺带一提,后期Amber力场都是采用RESP电荷,计算RESP电荷最佳的工具是Multiwfn,使用非常简单,看《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://soberev...

ANIMANIA圣诞祭感受、照片及演出视频

ANIMANIA圣诞祭感受、照片及演出视频 Sobereva拍摄于2011年12月17日,写于2011年12月18日~25日 序:走出演出现场时,已经是11点了,吹着夜晚的风,走在寂寥的街上,只听得见偶尔沙沙驶过的车轮声。此刻,感觉浑身上下由内而外的通透,似乎一切疾苦都离我远去。这个时候已经没有可用的公共交通工具了,只得打的回家。走进家门后,卸下装备,感觉似乎还没完全回到真实,没有从现场气氛中自拔,耳朵呜呜响,洗手洗脸时就在眼前的流水发出的声音却仿佛...

使用Multiwfn作电子密度差图

使用Multiwfn作电子密度差图 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-24   Last update: 2019-May-22   1 前言 在Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里可以十分轻松地作密度差图,是绘制密度差图最方便的工具,没有之一。在程序手册里也已经给出几个例子很清楚地介绍了绘制密度差图...

提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介

提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介 文/Sobereva @北京科音   2011-Dec-15 Gaussian程序是由一个个独立的Link子程序组成的,完成一个计算任务需要各种Link按照指定顺序和特定选项依次被调用,如同一条作业流水线。在每个Link之间传递临时数据最主要依靠的是rwf文件,即读写文件,这个文件在计算任务一开始被初始化,随着计算的进行,不断地被填进更多的信息,如果没有通过%rwf=xxx来指定rw...

次元震荡ACG展会杂谈、战利品、现场照片和演出视频

次元震荡ACG展会杂谈、战利品、现场照片和演出视频 文/Sobereva(3) 2011-Dec-15 次元震荡ACG展会于2011年12月11日于北京农展馆新馆举办。 先整体评价一下这次展会。实话说,去这次展会前我对这次展会没报什么期望,因为考虑到这是次元震荡展会第一次办,而一周后马上就在同样的地点举办人气很高的老牌同人展会ComicDive的第6届,必定会受到很大冲击,而且一个月前囧囧有神和ComicVertex大漫展也才结束不很久。我觉得次元震...

ComicVertex大漫展杂谈及战利品

PS: 为避免图片太多造成缓冲太慢,展会的照片单独贴在另一处,见:http://sobereva.com/109 ComicVertex大漫展杂谈及战利品 文/Sobereva(3)  2011-Dec-4 ComicVertex于2011年11月20日在国家会议中心举行,由于杂事繁多,收获也丰富,拖了两周才写完此文。 由于是E1、E2联馆,场地是相当的宽敞。10点左右去的,居然不用排队直接就进,令我吃惊不小,进去...

ComicVertex大漫展现场照片

ComicVertex大漫展现场照片 文/Sobereva(3) 2011-Dec-4 由于避免图片太多造成缓冲太慢,就把ComicVertex大漫展的杂谈+战利品和现场照片分开发了,以下是现场的照片,杂谈+战利品见http://sobereva.com/110。 这次是我在现场照相照得最多得一次,照了452张 ,筛选出115张能用的。而为了避免图太多,在这里放出其中70多张。 场地过大而略显空旷 ...

使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度

使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-1 Last update: 2020-Feb-3  波函数分析程序Multiwfn的拓扑分析模块极为强大、高效、灵活而且普适,原理上可以用于各种实空间函数的拓扑分析,比如电子密度、ELF、LOL、电子密度拉普拉斯函数、轨道波函数等等。电子密度的拓扑分析也是Atoms in molecules...

回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算

PS:这是很久以前写的,里面的内容半数都过时了 回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算 Multiwfn的开发者Sobereva @北京科音   2011-Nov-13 曾有不少人问我关于Multiwfn的各方面问题,其中比较有普遍性的问题,以及我觉得有可能会有人想问的问题,我在这里统一地回复一下,其中不包括具体操作上的问题。另外,我也打算借这个帖子,用自问自答的形式,透露一下未来Multiwfn的发展打算...