使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Aug-6  Last Update: 2019-Oct-9 前言:定量分子表面分析对于预测反应位点、预测分子间结合模式、预测分子热力学性质有重要意义。本文简要介绍定量分子表面分析的概念和意义、它在Multiwfn程序中所用的数值算法,并通过实例说明怎么用Multiwfn的这个功能分...

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像

AM4动漫同人歌曲演唱会杂谈、照片和演出录像 文/Sobereva(3)  2012-Jul-25 AM4动漫同人歌曲演唱会于2012年7月22日,在北京和上海两地的MAO LIVE HOUSE同步举行。这一天正好是在国家会议中心的Fate only同人展,很想去,但是和AM4冲突了。对我来说,显然还是AM4更重要。 帝都的MAO LIVE HOUSE是在鼓楼附近,以前没怎么去过,走到那里,感觉到浓郁的文化氛围,街边都是小平房,...

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹

伪全息影像显示蛋白质动力学轨迹 文/Sobereva@北京科音    2012-Jul-18 现在廉价的伪全息影像实现方法已经在网上盛传,寡人也做了一个,虽然原理十分简单,但实际看上去比想象得更有趣。大家基本都是用这技术来显示Miku等角色的舞蹈,寡人靠VMD做了个蛋白质伪全息视频,效果不错,如下图所示(后文有视频)。这里简单说说步骤。 这种伪全息终究是伪的,只能表现物体前后左右四个面的影像,而不能像真正意义的全息效果一样能将物体的各个角度的影像...

在赝势下做波函数分析的一些说明

在赝势下做波函数分析的一些说明 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Jul-17   Last update: 2019-Jun-3   经常有人问在赝势下能不能做AIM分析、Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)支持不支持赝势等等问题。此文专门就此问题进行探讨。   1 全电子相对论计算 对于重原子,从第四周期开始(K~Kr)相对论效应就已经体...

使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度

2019-Jun-22注:由于后来出了好用得多的GIMIC 2.0版,此文介绍的GIMIC老版本的程序使用部分的内容已经完全过时了。想用GIMIC研究问题的读者一定要仔细看《考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用》(http://sobereva.com/491),其中还包含24分钟演示视频。 使用GIMIC计算和分析磁感应电流密度 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-15 1...

C81音乐推荐

C81音乐推荐 文/Sobereva   2012-Jul-14 这次的C81音乐推荐来自我全部认真听过的,也可以说是网上能找到的所有能下载到的C81专辑,共158张。依然是老规矩,无论是谁创作的音乐,无论是谁演唱的歌曲,无论出自哪张专辑,无论是哪个社团出品,无论什么风格,无论cover绘制得如何,评选标准依旧只严格关注音乐本身的艺术价值、艺术灵感,音乐以外的成份一切无视,希望借此让真正好的音乐被更多人听到,而不因为没有名气而被埋没在音乐资源的汪洋大海...

在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程(含视频)

在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-11 1 前言 前一阵子在多尺度材料模拟会议上看见有人演示了一段拉伸纳米线的动画,令我有些愉悦。虽然寡人并不是搞材料模拟的,不过还是想模拟一下玩玩,就用熟悉的gromacs做了一下拉伸金纳米线的过程,结果看上去还挺合理,这里把流程介绍下。当然了,纳米线拉伸这类问题用lammps去做最适合,gromacs做这个就是寓教于乐罢了。 gromacs模拟金属最大...

使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响

使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-9 1 前言 这个帖子主要介绍怎么用Multiwfn程序(http://sobereva.com/multiwfn)结合Gaussian绘制各种类型的原子轨道图形,包括角度和径向部分,在绘制过程中能加深一些对原子轨道的理解,如原子轨道间的正交性和钻穿效应。本文绘制轨道并不是像一般教材中通过原子...

能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法

能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-7   1 关于椭球图和十字形线 经常看到有人问用什么可视化软件可以让显示的分子结构图上每个原子上有个十字形线。恐怕不少人并不了解为什么文献中很多图上原子球上都有十字形线,且为什么有时原子用椭球而不是圆球来表示,这里有必要先科普一下热椭球图。如果对热椭球图有兴趣,可以参看这个页面的详细介绍:h...

CFOUR程序的编译和使用方法简介

CFOUR程序的编译和使用方法简介 文/Sobereva @北京科音  2012-Jul-5 1 前言 CFOUR程序的全称是Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry。它是由ACESII-MAB程序改名而来,而ACESII-MAB程序是ACESII程序的一个分支,ACESII (Advanced Concepts in Electronic Structure)是从199...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2011年影响因子 文/Sobereva @北京科音  2012-Jun-29 2009年的影响因子见http://sobereva.com/92 2010年的影响因子见http://sobereva.com/64 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章,就不列出了,免得列表冗杂且缺乏重点。期刊名称是标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2011年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子。是2...

Utilizing AICD and GIMIC programs to study magnetically induced current density (幻灯片)

这是洒家(sobereva)做的一个幻灯片,介绍了感应电流密度,以及使用AICD和GIMIC程序计算感应电流密度的方法 下载地址:/usr/uploads/file/20150609/20150609155327_57037.ppt 注意,此幻灯片对应的是AICD和GIMIC的老版本,后来两个程序都出了好用得多的新版本,所以操作部分应当参考以下两篇文章 考察分子磁感生电流的程序GIMIC 2.0的使用(含24分钟演示视频) htt...

使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度

注:后来发布了AICD 2.0,安装和使用比此文介绍的老版本方便得多,因此一定要看此文:《使用AICD 2.0绘制磁感应电流图》(http://sobereva.com/294) 使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度   文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-Apr-7   Last update: 2015-Jan-26 1 关于磁感应电流...

夏色奇迹百合文:盛夏的梦

盛夏的梦 文/Sobereva  2012-May-29 一 优香的家里是开旅馆的,虽然每年夏天的旅游旺季优香都被姐姐勒令帮忙干活,却都被优香逃掉了。然而今年,自从一个在本地取材的名为《花开物语》的动画开播后,旅馆预定数突然暴增,人手是真的不够了。 “优香,你也看见了,最近咱家旅店的服务员已经忙不过来了,你也别闲着了,从明天开始你也得干活,绝对不许逃了,听见了没?”这次姐姐说话的语气比以前都认真,优香觉得确实有点不妙。 ...

将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献

将核独立化学位移(NICS)分解为sigma和pi轨道的贡献 文/Sobereva @北京科音 First release: 2012-May-31  Last update: 2014-Aug-1   1 前言 衡量芳香性的指标很多,也没有统一的定义。现今存在几十种指标,从磁性质、电子离域性、能量、结构等诸多方面对芳香性进行描述。NICS是被使用得最广泛的衡量芳香性的指标。它的含义是在某个人为设定...