基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq

基于fch中的Hessian矩阵计算振动频率的简单程序Hess2freq

文/Sobereva(3)  2016-May-27


写了个教学目的的程序Hess2freq,可以读取fch中的Hessian矩阵来计算谐振频率和正则坐标。给了非常易读的源代码,而且文档里把用到的公式和原理都详细介绍了,对想了解振动分析原理和细节的人应该会很有益。

下载地址:Hess2freq


输出例子:

 Hess2freq: Load Hessian from .fch file and then compute harmonic frequencies
 Programmed by Sobereva (Sobereva@sina.com)
 Release date: 2016-May-27
 
 The number of atoms:     4
 The number of vibrational modes:     6
 Atomic masses:
   12.000000    1.007825    1.007825   15.994915
 
 ************ Force constant matrix (i.e mass-weighted Hessian) ************
             1             2             3             4             5      
     1  0.918452D-01  0.427913D-01  0.170607D-05  0.235189D-01 -0.105091D-02
     2  0.427913D-01  0.504781D-02 -0.520948D-05 -0.159298D-01 -0.181706D-01
     3  0.170607D-05 -0.520948D-05  0.534475D-02 -0.499779D-05 -0.157484D-05
     4  0.235189D-01 -0.159298D-01 -0.499779D-05  0.332464D-02 -0.708577D-02
     5 -0.105091D-02 -0.181706D-01 -0.157484D-05 -0.708577D-02  0.510611D-01
     6 -0.192394D-04  0.167567D-04  0.216766D-02  0.189037D-04 -0.886049D-06
     7 -0.852345D-01 -0.332194D-01  0.279538D-04 -0.285394D-01 -0.259396D-02
     8 -0.478064D-01  0.343795D-01  0.187013D-04  0.414582D-01 -0.178675D-01
     9  0.506723D-04  0.711252D-05 -0.114972D-01 -0.112089D-05  0.343570D-05
    10 -0.640613D-01 -0.247270D-01 -0.724008D-05 -0.140419D-01  0.334003D-02
    11 -0.248003D-01 -0.844094D-02  0.213252D-06  0.516973D-02  0.740654D-02
    12 -0.936792D-05 -0.147931D-05 -0.228756D-02 -0.134884D-06  0.724064D-06
             6             7             8             9            10      
     1 -0.192394D-04 -0.852345D-01 -0.478064D-01  0.506723D-04 -0.640613D-01
     2  0.167567D-04 -0.332194D-01  0.343795D-01  0.711252D-05 -0.247270D-01
     3  0.216766D-02  0.279538D-04  0.187013D-04 -0.114972D-01 -0.724008D-05
     4  0.189037D-04 -0.285394D-01  0.414582D-01 -0.112089D-05 -0.140419D-01
     5 -0.886049D-06 -0.259396D-02 -0.178675D-01  0.343570D-05  0.334003D-02
     6  0.865363D-03  0.273490D-04 -0.423721D-04 -0.466045D-02  0.505424D-05
     7  0.273490D-04  0.336434D+00  0.848079D-01 -0.147836D-03 -0.345946D-02
     8 -0.423721D-04  0.848079D-01 -0.715275D-01 -0.133212D-04  0.971329D-02
     9 -0.466045D-02 -0.147836D-03 -0.133212D-04  0.247107D-01 -0.649994D-05
    10  0.505424D-05 -0.345946D-02  0.971329D-02 -0.649994D-05  0.598807D-01
    11 -0.365557D-05  0.813642D-02 -0.733868D-02 -0.367918D-05  0.181410D-01
    12 -0.924923D-03  0.603159D-05 -0.221842D-05  0.492551D-02  0.663398D-05
            11            12      
     1 -0.248003D-01 -0.936792D-05
     2 -0.844094D-02 -0.147931D-05
     3  0.213252D-06 -0.228756D-02
     4  0.516973D-02 -0.134884D-06
     5  0.740654D-02  0.724064D-06
     6 -0.365557D-05 -0.924923D-03
     7  0.813642D-02  0.603159D-05
     8 -0.733868D-02 -0.221842D-05
     9 -0.367918D-05  0.492551D-02
    10  0.181410D-01  0.663398D-05
    11  0.729420D-02  0.165643D-05
    12  0.165643D-05  0.977187D-03
 Diagonalization passed
 
 ************ Normal coordinates (columns) ************
             1             2             3             4             5      
     1    0.0666        0.0130        0.0000        0.0513        0.4179    
     2   -0.1089        0.1194       -0.0000       -0.0833        0.1751    
     3   -0.0000        0.0001        0.1312       -0.0000        0.0001    
     4   -0.3936       -0.9639        0.0004       -0.1564        0.1945    
     5    0.0303       -0.0534        0.0001        0.9406       -0.2801    
     6    0.0004        0.0001        0.1834        0.0000       -0.0000    
     7   -0.1713        0.0346       -0.0005        0.0914        0.7221    
     8    0.8931       -0.2116       -0.0001       -0.2670        0.0714    
     9   -0.0001       -0.0004       -0.9730        0.0000       -0.0002    
    10   -0.0144        0.0488       -0.0000       -0.0344       -0.3713    
    11    0.0235       -0.0729        0.0000        0.0200       -0.1182    
    12    0.0000       -0.0000       -0.0487       -0.0000       -0.0000    
             6      
     1   -0.1015    
     2   -0.0311    
     3    0.0000    
     4   -0.0689    
     5   -0.0080    
     6    0.0001    
     7    0.9710    
     8    0.2015    
     9   -0.0005    
    10    0.0193    
    11    0.0111    
    12    0.0000    
 
 The frequencies (cm-1) corresponding to overall translation and rotation:
    -0.00997     0.01937    -0.05532   -12.87321   -15.76915   -19.42877
 Harmonic vibrational frequencies:
 Mode    1:   -0.56590E+14 Hz    -1887.64948 cm-1
 Mode    2:    0.23453E+14 Hz      782.31259 cm-1
 Mode    3:    0.27533E+14 Hz      918.38630 cm-1
 Mode    4:    0.38543E+14 Hz     1285.65606 cm-1
 Mode    5:    0.58055E+14 Hz     1936.50274 cm-1
 Mode    6:    0.96313E+14 Hz     3212.64652 cm-1

评论已关闭