产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit IRCsplit and SCANsplit: Tools to generate wavefunction file for each point of IRC and SCAN tasks of Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release: 2013-Sep-9   Last update: 2...

在布达佩斯拍的一点照片 文/Sobereva  2013-Sep-3   去Budapest参加ISTCP-VIII (http://coulson.chem.elte.hu/istcp8/)，不是去玩，所以本来也没打算拍照。又嫌带着麻烦、行李箱放不下，就没带着NEX-5R。但是还是忍不住拿MI2拍了点儿景。没法指望手机能拍出什么好效果，凑合看吧。 话说ISTCP-VIII真是大牌云集，杨伟涛、Gill、Be...

在VMD中显示原子序号的方法 The way of displaying atomic index in VMD 文/Sobereva@北京科音 First release: 2013-Jul-30    Last update: 2014-Jul-23 VMD虽然灵活强大，但是却没有提供一般的分子可视化软件的直接显示全部原子序号的功能，比较不方便。但是这也可以手动或者通过脚本来实现。 手动实现的办...

注：笔者后来又写了《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443），是绘制分子表面静电势图最完美的解决方案。其中通过脚本，把此文的绘制标准静电势填色的范德华表面图的步骤简化到了极致，只需要用不到本文1/10的步骤和耗时就可以达到比本文更好的效果，而且完全避免了用户对VMD操作不熟导致画不出来图。强烈建议读者先阅读443这篇文章后再读本文，两篇文章有互补性。 使用Mult...

宇宙学模拟程序GADGET 2.0.7安装方法 Installation of the cosmology simulation program GADGET 2.0.7 文/Sobereva @北京科音  2013-Jul-25 GADGET-2 (GAlaxies with Dark matter and Gas intEracT)是一个极为流行的宇宙学模拟程序，地位大抵类似于量子化学中的Gaussian（貌似），原文见Mon...

2013年7月完结动画简评 文/Sobereva  2013-Jul-4 季度颁奖： 最佳OP：革命机Valvrave，麻雀酒店，潜行吧！奈亚子W 优秀OP：悠悠式，DD北斗神拳，恶之华 最佳ED：革命机Valvrave，恶之华，潜行吧！奈亚子W 优秀ED：AIURA，打工吧！魔王大人，恶魔幸存者2 最佳女主角：仲村佐和（恶之华），奈亚子（潜行吧！奈亚子W） 优秀女主角：绫濑千早（花牌情缘2），斋枫（独眼巨人少女斋枫...

GAMESS-US的编译方法 Compilation method of GAMESS-US 文/Sobereva@北京科音 First release: 2013-Jul-3   Last update: 2024-Sep-26 本文介绍GAMESS-US程序的编译方法，版本是2024-R2 Patch 1，对于未来的版本可能适用也可能不适用，请随机应变。以下是笔者的编译环境。 CPU：双路AMD EPYC 7R32。此机子的介...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2012年影响因子（2013年公布） 文/Sobereva @北京科音  2013-Jun-20 2009年的影响因子见http://sobereva.com/64 2010年的影响因子见http://sobereva.com/92 2011年的影响因子见http://sobereva.com/149 文中期刊名称一般用标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是ISSN号。斜杠前是2012年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因...

简谈NBO间的相对相位问题 On the relative phase between NBO orbitals 文/Sobereva @北京科音  2013-Jun-13 在思想家公社群里有人研究C2H5OC2H5自由基阳离子，问为何在6-31+G*和6-31++G**下得到的beta NBO中的氧的LP*与C-H的BD的相对相位发生了反转、这样情况下如何讨论轨道间相互作用。这个问题感觉还是值得专门谈一下的。 ...

谈谈分子半径的计算和分子形状的描述 On the calculation of molecular radius and description of molecular shape 文/Sobereva @北京科音 First release：2013-Jun-7   Last update：2019-Oct-21 经常有人谈及和分子形状有关的话题，本文就说说常用的三种模型怎么讨论和计算，即球形模型、圆柱模型...

ComicDive8同人展收获和杂谈 文/Sobereva(3)  2013-Jun-8 ComicDive8于2013年5月19日在国家会议中心举办。 这次排的队出奇的长。CD7的时候基本没排队就进去了，而CD5、CD6，排队时间我记得也没超过半个小时。这回明明已经事先买了票，到了那里是10:00AM，刚开场的时间，没想到居然排了两个小时的队才进去。队伍的长度，在通道内都已经折返成了三排，然后都绕到国家会议中心...

赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式 The function form of pseudopotential and how it is defined in quantum chemistry programs 文/Sobereva @北京科音  2013-May-29 1 前言 赝势在量子化学计算中使用得极为普遍，有时需要用的赝势在量子化学程序中没有内置，就得通过自定义的方式添加，例如Stuttgart赝势对于...

C83音乐推荐 文/Sobereva  2013-May-21   C83音乐整体水准超过前几届，特别是非东方project的部分。这次的音乐推荐是总共从103张几乎所有网上能找到的C83的CD中十分严格地精选出来的。由于撰文时C83已过去了很久，所以应该不会有漏网之鱼。依然和以前的音乐推荐一样，是否列入推荐列表只看音乐本身的素质，除此以外一切因素皆不考虑。 非东方Project部分中最佳部分共50首，不错的...

后记：针对aNCI方法用于蛋白质-配体相互作用的分析，笔者后来专门写了一篇文章《使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用》（http://sobereva.com/591）。本文的读者千万别忘了看此文！ 使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用 Using Multiwfn to study weak interaction in molecular dynamics 文/Sobereva @北...

全部歌曲的录像合集见此：http://www.youku.com/playlist_show/id_19190324.html。本文文末有每首歌曲单独的链接。 AM三周年纪念LIVE杂谈、照片和演出录像 文/Sobereva(3)  2013-Apr-30 2013年4月21日1:00PM~6:00PM的ANIMANIA在MAO LIVE HOUSE的Live演出是ANIMANIA成立三周年的纪念演出，挺有特别意义的。这也是寡...