在VMD中显示原子序号的方法
The way of displaying atomic index in VMD
文/Sobereva@北京科音
First release: 2013-Jul-30 Last update: 2014-Jul-23
VMD虽然灵活强大,但是却没有提供一般的分子可视化软件的直接显示全部原子序号的功能,比较不方便。但是这也可以手动或者通过脚本来实现。
手动实现的办...
宇宙学模拟程序GADGET 2.0.7安装方法
Installation of the cosmology simulation program GADGET 2.0.7
文/Sobereva @北京科音 2013-Jul-25
GADGET-2 (GAlaxies with Dark matter and Gas intEracT)是一个极为流行的宇宙学模拟程序,地位大抵类似于量子化学中的Gaussian(貌似),原文见Mon...
简谈NBO间的相对相位问题
On the relative phase between NBO orbitals
文/Sobereva @北京科音 2013-Jun-13
在思想家公社群里有人研究C2H5OC2H5自由基阳离子,问为何在6-31+G*和6-31++G**下得到的beta NBO中的氧的LP*与C-H的BD的相对相位发生了反转、这样情况下如何讨论轨道间相互作用。这个问题感觉还是值得专门谈一下的。
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谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
On the calculation of molecular radius and description of molecular shape
文/Sobereva @北京科音
First release:2013-Jun-7 Last update:2019-Oct-21
经常有人谈及和分子形状有关的话题,本文就说说常用的三种模型怎么讨论和计算,即球形模型、圆柱模型...
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
The function form of pseudopotential and how it is defined in quantum chemistry programs
文/Sobereva @北京科音 2013-May-29
1 前言
赝势在量子化学计算中使用得极为普遍,有时需要用的赝势在量子化学程序中没有内置,就得通过自定义的方式添加,例如Stuttgart赝势对于...
后记:针对aNCI方法用于蛋白质-配体相互作用的分析,笔者后来专门写了一篇文章《使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用》(http://sobereva.com/591)。本文的读者千万别忘了看此文!
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
Using Multiwfn to study weak interaction in molecular dynamics
文/Sobereva @北...