使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系
Make VMD set the atomic connection relationship according to the CONECT field in the pdb file
文/Sobereva@北京科音 2012-Jan-25
虽然pdb文件当中定义了CONECT字段用于明确定义原子间连接关系,然而VMD并不会利用之,无论有没有CONECT字段,VMD...
谈谈弥散函数和“月份”基组
On the diffuse function and the "month" basis set
文/Sobereva @北京科音
First release: 2012-Jan-13 Last update: 2023-Sep-9
如果你对基组了解甚少,强烈建议阅读本文前先阅读《谈谈量子化学中基组的选择》(http://sobereva.com/33...
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
Making VMD load the velocity information in the trr trajectory generated by Gromacs
文/Sobereva@北京科音 First release: 2012-Jan-6
1. 前言
Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标,还可以...
AMBER程序支持的力场一览
Overview of force fields supported by AMBER program
文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-27
本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场,GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。顺带一提,后期Amber力场都是采用RESP电荷,计算RESP电...
使用Multiwfn作电子密度差图
Using Multiwfn to plot difference map for electron density
文/Sobereva @北京科音
First release: 2011-Dec-24 Last update: 2024-Mar-26
1 前言
在Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)里可...
提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介
Introduction to rwfdump, a tool for extracting information from Gaussian rwf file
文/Sobereva @北京科音 2011-Dec-15
Gaussian程序是由一个个独立的Link子程序组成的,完成一个计算任务需要各种Link按照指定顺序和特定选项依次被调用,如同一条作业流...