使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法 Making VMD load the velocity information in the trr trajectory generated by Gromacs 文/Sobereva@北京科音    First release: 2012-Jan-6 1. 前言 Gromacs的trr轨迹文件中不仅包含坐标，还可以...

C80及M3-28音乐推荐 文/Sobereva  2012-Jan-2 这次的C80音乐推荐来自于172张我听过的C80发售的同人音乐专辑，依旧是分为东方和非东方部分，且都分为“最优秀”和“不错”两类，总共四类强烈建议都听一遍。挑选标准和以前一样，不管风格流派，不管新人还是大牌，抛开一切与音乐本身无关的东西，只挑好听的推荐。本文的列表可以说至少囊括了C80同人音乐中最好的95%的曲目。整体来说C80音乐的素质和以往几届差不多。 先给出下载地址，都是从无损或者...

AMBER程序支持的力场一览 Overview of force fields supported by AMBER program 文/Sobereva @北京科音  First release: 2011-Dec-27 本文主要介绍下Amber11中支持的众多版本的Amber力场，GAFF和GLYCAM顺便提一下。主要参考了AmberTools手册。顺带一提，后期Amber力场都是采用RESP电荷，计算RESP电...

ANIMANIA圣诞祭感受、照片及演出视频 Sobereva拍摄于2011年12月17日，写于2011年12月18日~25日 序：走出演出现场时，已经是11点了，吹着夜晚的风，走在寂寥的街上，只听得见偶尔沙沙驶过的车轮声。此刻，感觉浑身上下由内而外的通透，似乎一切疾苦都离我远去。这个时候已经没有可用的公共交通工具了，只得打的回家。走进家门后，卸下装备，感觉似乎还没完全回到真实，没有从现场气氛中自拔，耳朵呜呜响，洗手洗脸时就在眼前的流水发出的声音却仿佛...

使用Multiwfn作电子密度差图 Using Multiwfn to plot difference map for electron density 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-24   Last update: 2024-Mar-26   1 前言 在Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）里可...

提取Gaussian的rwf文件信息的工具rwfdump简介 Introduction to rwfdump, a tool for extracting information from Gaussian rwf file 文/Sobereva @北京科音   2011-Dec-15 Gaussian程序是由一个个独立的Link子程序组成的，完成一个计算任务需要各种Link按照指定顺序和特定选项依次被调用，如同一条作业流...

次元震荡ACG展会杂谈、战利品、现场照片和演出视频 文/Sobereva(3) 2011-Dec-15 次元震荡ACG展会于2011年12月11日于北京农展馆新馆举办。 先整体评价一下这次展会。实话说，去这次展会前我对这次展会没报什么期望，因为考虑到这是次元震荡展会第一次办，而一周后马上就在同样的地点举办人气很高的老牌同人展会ComicDive的第6届，必定会受到很大冲击，而且一个月前囧囧有神和ComicVertex大漫展也才结束不很久。我觉得次元震...

PS: 为避免图片太多造成缓冲太慢，展会的照片单独贴在另一处，见：http://sobereva.com/109 ComicVertex大漫展杂谈及战利品 文/Sobereva(3)  2011-Dec-4 ComicVertex于2011年11月20日在国家会议中心举行，由于杂事繁多，收获也丰富，拖了两周才写完此文。 由于是E1、E2联馆，场地是相当的宽敞。10点左右去的，居然不用排队直接就进，令我吃惊不小，进去...

ComicVertex大漫展现场照片 文/Sobereva(3) 2011-Dec-4 由于避免图片太多造成缓冲太慢，就把ComicVertex大漫展的杂谈+战利品和现场照片分开发了，以下是现场的照片，杂谈+战利品见http://sobereva.com/110。 这次是我在现场照相照得最多得一次，照了452张 ，筛选出115张能用的。而为了避免图太多，在这里放出其中70多张。 场地过大而略显空旷 ...

使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度 Using Multiwfn to perform topology analysis and calculate angle of lone pairs 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Dec-1 Last update: 2024-Jul-3  波函数分析程序Multiwfn的拓扑分析模块极为强大、高效、灵活而且普适，原理上可以用...

PS：这是很久以前写的，里面的内容半数都过时了 回答一些关于Multiwfn的疑问以及未来Multiwfn的发展打算 Answer some questions about Multiwfn and future development plan of Multiwfn Multiwfn的开发者Sobereva @北京科音   2011-Nov-13 曾有不少人问我关于Multiwfn的各方面问...

Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes The keyword freq=intmodes for analyzing components of vibrational modes in Gaussian 文/Sobereva @北京科音   2011-Oct-27 在Gaussian中，在freq关键词中有一个对分析振动模式很有用的选项intmodes，可惜在手册中对它的描述十分晦涩，导...

注：此文已经完全过时，新版的编译方法见《GAMESS-US的编译方法》（http://sobereva.com/193） GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法 Compilation method of GAMESS-US version 2011-Aug-11 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Oct-9 两年前笔者已经写过了GAMESS-US的2009 R3版编译方法，...

生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法 An introduction to the spiral algorithm for generating fullerenes and a way to match the numbering in CaGe to the Fowler-Manolopoulos numbering 文/Sobereva @北京科音   2011-Oct-4 ...

PS: 由于Amber11编译时是在Linux下面一边编译一边写的，又没装中文输入法，所以就写成英文了。Amber12安装方法只是很简单地写了下。 Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法，以及Amber12安装方法 Installation method of Amber11+AmberTools1.5 and CUDA version, and that of Amber12 文/Sobereva @北京科音 ...