PM7、PM6-DH+半经验方法在优化碱基对儿时的失败
Failure of PM7 and PM6-DH+ semi-empirical methods in optimizing base pairs
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Dec-30 Last update: 2015-Jul-18
已在《大体系弱相互作用计算的解决之道》(http://sobereva.com/214)...
大体系弱相互作用计算的解决之道
Solutions to the calculation of weak interactions in large systems
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Dec-18 Last update: 2018-Jun-3
1 前言
以DFT-D为代表的一大类色散校正方法使得大体系弱相互作用的计算成为了可能,介绍和使用见《DFT-D色散校...
LACVP这类方式命名的基组的含义
The meaning of basis sets named in such a way as LACVP
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-16 Last update: 2018-Oct-17
这类基组的命名是来自Jaguar程序,详见Jaguar手册。它们都是混合基组,对轻原子用全电子基...
mopac2xyz:将MOPAC的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的工具
mopac2xyz: A tool to convert geometry optimization process of MOPAC program into xyz trajectory file
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-12 Last update: 2021-Sep-20
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DFT交换相关泛函库的使用方法
The use of DFT exchange-correlation functional libraries
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-10 Last update: 2019-Feb-10
1 前言
DFT大行其道的今天,写量子化学程序总是免不了要涉及DFT计算,而DFT的核心就是交换相关...
注:本文主要讲DFT-D3。笔者后来又写了文章专门介绍DFT-D4,见《DFT-D4色散校正的简介与使用》(http://sobereva.com/464)。
DFT-D色散校正的使用
Use of DFT-D dispersion correction
文/Sobereva @北京科音
First release: 2013-Nov-7 Last update: 2024-Apr-8
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静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
Electrostatic effect dominates the configuration of hydrogen and nitrogen dimers
文/Sobereva @北京科音 2013-Nov-6
氢气和氮气分子是最基本、最简单的无极性分子。由于没有极性,所以人们普遍认为由它们构成的二聚体(H2)2、(N2)2和(H2)(N2)都是范德华二聚体,也就是分子间相互作用纯粹靠范...
GAPT电荷的原理和性质
The principles and properties of GAPT charges
文/Sobereva @北京科音 2013-11-5
在《物理化学学报》上有一篇《原子电荷计算方法的对比》(2012, 28, 1-18,http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml),简要介绍并详细比较了诸...
注:强烈建议读者先阅读笔者后来写的《使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图》(http://sobereva.com/445),其中将本文的操作过程通过脚本极大地简化,只需要不到1/20的时间就可以绘制出本文相同效果的图像。
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
Drawing AIM topological analysis diagram by combinely using Multiwfn and VMD
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