通过Multiwfn计算各个轨道的偶极矩 Calculating dipole moment of each orbital using Multiwfn 文/Sobereva @北京科音   2014-Aug-23 通常人们只是计算分子整体的偶极矩，有时也讨论局部的偶极矩，诸如原子偶极矩或ELF盆的偶极矩，这个靠Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的模糊空间分析和盆分析模块方便地实现。也有...

ANIMANIA 2014夏日祭 “Ignition”全部录像、照片和杂谈 文&拍摄 / Sobereva(3)   2014-Aug-21 ANIMANIA 2014夏日祭"Ignition"演唱会于2014年7月6日在帝都MAO LIVE HOUSE举行。由于结束之后一直忙得出奇，结果拖拖拉拉过了一个多月到现在才得以写写杂记。这是第九次参加AM的演出了。 这次比较诡异，居然演出前后在AM的官方网...

C85音乐推荐 文/Sobereva(2)   2014-Aug-15   Comiket音乐推荐系列文章从C75就开始每次都写（见文末的连接），这回算是最惭愧的，由于C85以来一直忙，且要消化的各类音乐太多，另外由于一些原因没法像以前那样方便地收罗Comiket的音乐资源，C85总共只听了54张（以前每次都是一百多张甚至超过200张），而且一直拖到恰好C86要开始了才写此文。实话说，由于这次听的数目偏少，原本都有点想pass...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） 文/Sobereva @北京科音   2014-Jul-30 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2014年公布的2013年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是ISSN号。斜杠前是2013年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子），斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457） Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法 Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2016-Jan-25 Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样） 编译条...

后记：对于计算反应速率常数，如果没有特别的要求，实际上通过《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》（http://sobereva.com/552）里介绍的我开发的Shermo程序计算出过渡态、反应物的自由能，求差得到自由能垒，然后代入我制作的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（http://sobereva.com/310）表格中，并且利用表格里的单元格计算出隧道效应校正量，就足矣得到合理的反应速率常数。如今并没有多大必要用KiSThe...

生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem genmixmem: A tool to easily generate structure file of phospholipid bilayer membrane with mixed component 文/Sobereva@北京科音 First release: 2014-Jul-23   Last update: 2021-Nov-14 1 前言 ...

2014年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva   2014-Jul-21 Sobereva对音乐的执着，或许比起动画更甚。不管动画是否追了，所有动画的OST、OP/ED、歌曲集、角色集什么的一切衍生的音乐相关的产物是一个不落全都仔细听完的，并且仔细进行筛选。    笔 者在blog上发Comiket、M3、例大祭的音乐推荐已经是数年来的传统。后来觉得，光是推荐了同人音乐，而积攒的那么多超级优秀的动画音乐如...

后记：本文的配置已经过时，此文也不再更新。时下最理想的配置见《计算化学购机配置推荐》（http://sobereva.com/444），其中的配置会不断更新 单路计算化学攒机配置推荐 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jul-21   Last update: 2016-Apr-18 计算化学并非总是需要双路及以上的服务器，如今的普通PC已经足够完成很多计算了...

2014年7月寡人给MD外行人十分粗浅地讲分子动力学时用的幻灯片，70p，包含一些动画。花了一天瞎做的。 下载地址（含动画）：http://pan.baidu.com/s/1kTLZQUr 注：想系统性学习分子动力学与GROMACS程序者强烈建议参加北京科音的分子动力学培训，这是最理想的学习分子动力学与GROMACS的途径，见北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_c...

乱谈计算化学领域的研究生就业问题 Discussing the employment issues of graduate students in the field of computational chemistry 文/Sobereva @北京科音   2014-Jul-13 有人在思想家公社群里贴出这个博文http://mariobarbatti.wordpress.com/...

2014年7月完结动画简评 文/Sobereva(2)+(3)   2014-Jul-30   本文是笔者完整观看过的2014年7月完结的21部TV版动画的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 按照惯例还是先颁奖，颁奖的作品也都只限于我追下来的。 ...

第一届思想家公社理论与计算化学超会议的通知 发布日期 2014-Jun-8 思想家公社QQ群（18616395）成立于2006年3月1日，目前成员已超过1000名，主要由从事理论、计算化学的研究生、青年教师所组成。此群讨论话题以理论、计算化学为主，也同时涵盖科研工作者的各方面的日常。 鉴 于参加2014年6月13日山西太原的第十二届全国量子化学会议的群成员较多，借这次机会，思想家公社将于此会议前一天晚上举办“第一届思想家公社理论与 计算化学超会议”。本...

将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧 Several tips for quickly loading files into the Multiwfn program 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jun-5   Last update: 2019-Sep-11 有一些量子化学初学者在使用波函数分析程序Multiwfn (http://sober...

为什么我拒绝将Multiwfn做成全图形界面？ Why do I refuse to make Multiwfn a full graphical interface program? 文/Sobereva @北京科音 2014-Jun-6 时常有一些国内的用户提议将笔者的波函数分析程序Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)做成全图形界面(GUI)的程序，本人是...