VMD里使用环境光遮蔽改进渲染效果
Using ambient occlusion to improve rendering effect in VMD
文/Sobereva 2014-Nov-17
在较新版本的VMD里,可以使用ambient occlusion(AO,环境光遮蔽)来改进自带的Tachyon渲染器的渲染效果。这可以使体系在光线照射下呈现的阴暗区域柔和、自然地表现出来,丝毫不逊色于用povray渲染,甚至看着更...
Date: June 8, 2015
Category: 二次元
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第二届帝都大音乐祭杂谈
文/Sobereva(3) 2014-Nov-10
第二届帝都大音乐祭于2014年11月8日在雍和宫那边的糖果KTV三层举行,从下午1点到6点。整体令人满意,质量高。这次演出原本更早,由于破APEC被延期了一周。
第一届大音乐祭我没去过,前一阵偶然看到有这个音乐祭的消息,加上一直很喜欢ACG的live(ANIMANIA的这种类型的live都去过9次了),于是也就去了。门票实话说不便宜,180...
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
Several useful scripts and commands of using Gaussian
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Nov-5 Last update: 2022-Jun-6
本文提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令,对于实际研究很有用处,也希望读者能举一反三。另外也非常建议读者看看《...
Date: June 8, 2015
Category: 量子化学
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用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性
Studying electrophilicity and nucleophilicity using Hirshfeld charge and information gain
Sobereva@北京科音 2014-Nov-1
对于化学体系,Shannon熵定义为-∫ρ(r)lnρ(r) dr,其中ρ是体系的电子密度。
划分分子成为原子...
Date: June 8, 2015
Category: 其它
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本文写于2014年10月27日,原文链接:http://bbs.keinsci.com/thread-116-1-1.html
今天,在小木虫上有人问sob问题(http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8067226&fpage=1),虽然Sob早就对小木虫没什么兴趣了(内容整体太水,被新人的低水平求助贴和灌水帖所充斥,尽管也偶尔有高人发精华帖子),但毕竟是专门PM
Sob的,就给他回帖了。然而,回的帖子没显示出来,...
Date: June 8, 2015
Category: 量子化学
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简谈原子半径
Brief introduction to atomic radius
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Oct-24 Last update: 2018-Apr-25
经常有人问原子半径的事,这里十分简略地谈谈。
1 共价半径
一般说原子半径的时候多数情况就是指共价半径。原子间形成化学键的时候,键的长度大体相当于这两个原子的共价半径之和。很多可视化程序判断是...
2014年10月完结动画简评
文/Sobereva(2)+(3) 2014-Oct-7
本文是笔者完整观看过的2014年10月完结的22部TV版动画的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话,没追的要么是笔者对其题材有抗拒(比如恐怖或者胡搞类),要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。
按照惯例还是先颁奖,颁奖的作品也都只限...
注:此文已经完全毫无意义了!笔者后来写的《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》(http://sobereva.com/443)的作图步骤比用GaussView简单得多,效果好得多,而且还完全免费,还特意录了视频对操作进行演示。别再试图用GaussView绘制这种图了,Multiwfn+VMD是王道!
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
文/Sobereva @北京科音
...
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Aug-28 Last update: 2024-Apr-15
这里所谓的弱相互作用,是指强度明显弱于一般化学键的各种形式的相互作用,范德华作用、pi-pi堆积、氢键、卤键、二氢键等等皆属于这一范畴(如果对相关概念不了解的话,看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?” 》ht...
通过Multiwfn计算各个轨道的偶极矩
Calculating dipole moment of each orbital using Multiwfn
文/Sobereva @北京科音 2014-Aug-23
通常人们只是计算分子整体的偶极矩,有时也讨论局部的偶极矩,诸如原子偶极矩或ELF盆的偶极矩,这个靠Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的模糊空间分析和盆分析模块方便地实现。也有...
Date: June 8, 2015
Category: 二次元
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ANIMANIA 2014夏日祭 “Ignition”全部录像、照片和杂谈
文&拍摄 / Sobereva(3) 2014-Aug-21
ANIMANIA 2014夏日祭"Ignition"演唱会于2014年7月6日在帝都MAO LIVE HOUSE举行。由于结束之后一直忙得出奇,结果拖拖拉拉过了一个多月到现在才得以写写杂记。这是第九次参加AM的演出了。
这次比较诡异,居然演出前后在AM的官方网...
C85音乐推荐
文/Sobereva(2) 2014-Aug-15
Comiket音乐推荐系列文章从C75就开始每次都写(见文末的连接),这回算是最惭愧的,由于C85以来一直忙,且要消化的各类音乐太多,另外由于一些原因没法像以前那样方便地收罗Comiket的音乐资源,C85总共只听了54张(以前每次都是一百多张甚至超过200张),而且一直拖到恰好C86要开始了才写此文。实话说,由于这次听的数目偏少,原本都有点想pass...
Date: June 8, 2015
Category: 其它
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适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子(2014年公布)
文/Sobereva @北京科音 2014-Jul-30
此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列,并附上2014年公布的2013年影响因子(IF)。
文中期刊名称一般用标准缩写,括号里面是常用简称或者全名,之后是ISSN号。斜杠前是2013年的两年期影响因子(即一般所谓的影响因子),斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...
注:本文已经过时,最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》(http://sobereva.com/457)
Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法
Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7
文/Sobereva @北京科音 Last update: 2016-Jan-25
Gromacs 5.0(5.1.1编译方法与此完全一样)
编译条...
后记:对于计算反应速率常数,如果没有特别的要求,实际上通过《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》(http://sobereva.com/552)里介绍的我开发的Shermo程序计算出过渡态、反应物的自由能,求差得到自由能垒,然后代入我制作的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》(http://sobereva.com/310)表格中,并且利用表格里的单元格计算出隧道效应校正量,就足矣得到合理的反应速率常数。如今并没有多大必要用KiSThe...
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