VMD里使用环境光遮蔽改进渲染效果 Using ambient occlusion to improve rendering effect in VMD 文/Sobereva   2014-Nov-17 在较新版本的VMD里，可以使用ambient occlusion（AO,环境光遮蔽）来改进自带的Tachyon渲染器的渲染效果。这可以使体系在光线照射下呈现的阴暗区域柔和、自然地表现出来，丝毫不逊色于用povray渲染，甚至看着更...

第二届帝都大音乐祭杂谈 文/Sobereva(3)   2014-Nov-10 第二届帝都大音乐祭于2014年11月8日在雍和宫那边的糖果KTV三层举行，从下午1点到6点。整体令人满意，质量高。这次演出原本更早，由于破APEC被延期了一周。 第一届大音乐祭我没去过，前一阵偶然看到有这个音乐祭的消息，加上一直很喜欢ACG的live（ANIMANIA的这种类型的live都去过9次了），于是也就去了。门票实话说不便宜，180...

使用Gaussian时的几个实用脚本和命令 Several useful scripts and commands of using Gaussian 文/Sobereva @北京科音  First release: 2014-Nov-5  Last update: 2022-Jun-6 本文提供几个平时Gaussian计算时常用的简单小脚本和命令，对于实际研究很有用处，也希望读者能举一反三。另外也非常建议读者看看《...

用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性 Studying electrophilicity and nucleophilicity using Hirshfeld charge and information gain Sobereva@北京科音   2014-Nov-1   对于化学体系，Shannon熵定义为-∫ρ(r)lnρ(r) dr，其中ρ是体系的电子密度。 划分分子成为原子...

本文写于2014年10月27日，原文链接：http://bbs.keinsci.com/thread-116-1-1.html 今天，在小木虫上有人问sob问题（http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8067226&fpage=1），虽然Sob早就对小木虫没什么兴趣了（内容整体太水，被新人的低水平求助贴和灌水帖所充斥，尽管也偶尔有高人发精华帖子），但毕竟是专门PM Sob的，就给他回帖了。然而，回的帖子没显示出来，...

简谈原子半径 Brief introduction to atomic radius 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Oct-24  Last update: 2018-Apr-25 经常有人问原子半径的事，这里十分简略地谈谈。 1 共价半径 一般说原子半径的时候多数情况就是指共价半径。原子间形成化学键的时候，键的长度大体相当于这两个原子的共价半径之和。很多可视化程序判断是...

2014年10月完结动画简评 文/Sobereva(2)+(3)   2014-Oct-7   本文是笔者完整观看过的2014年10月完结的22部TV版动画的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 按照惯例还是先颁奖，颁奖的作品也都只限...

注：此文已经完全毫无意义了！笔者后来写的《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）的作图步骤比用GaussView简单得多，效果好得多，而且还完全免费，还特意录了视频对操作进行演示。别再试图用GaussView绘制这种图了，Multiwfn+VMD是王道！ 在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程 文/Sobereva @北京科音 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Aug-28  Last update: 2024-Apr-15 这里所谓的弱相互作用，是指强度明显弱于一般化学键的各种形式的相互作用，范德华作用、pi-pi堆积、氢键、卤键、二氢键等等皆属于这一范畴（如果对相关概念不了解的话，看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” 》h...

通过Multiwfn计算各个轨道的偶极矩 Calculating dipole moment of each orbital using Multiwfn 文/Sobereva @北京科音   2014-Aug-23 通常人们只是计算分子整体的偶极矩，有时也讨论局部的偶极矩，诸如原子偶极矩或ELF盆的偶极矩，这个靠Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的模糊空间分析和盆分析模块方便地实现。也有...

ANIMANIA 2014夏日祭 “Ignition”全部录像、照片和杂谈 文&拍摄 / Sobereva(3)   2014-Aug-21 ANIMANIA 2014夏日祭"Ignition"演唱会于2014年7月6日在帝都MAO LIVE HOUSE举行。由于结束之后一直忙得出奇，结果拖拖拉拉过了一个多月到现在才得以写写杂记。这是第九次参加AM的演出了。 这次比较诡异，居然演出前后在AM的官方网...

C85音乐推荐 文/Sobereva(2)   2014-Aug-15   Comiket音乐推荐系列文章从C75就开始每次都写（见文末的连接），这回算是最惭愧的，由于C85以来一直忙，且要消化的各类音乐太多，另外由于一些原因没法像以前那样方便地收罗Comiket的音乐资源，C85总共只听了54张（以前每次都是一百多张甚至超过200张），而且一直拖到恰好C86要开始了才写此文。实话说，由于这次听的数目偏少，原本都有点想pass...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） 文/Sobereva @北京科音   2014-Jul-30 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2014年公布的2013年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是ISSN号。斜杠前是2013年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子），斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457） Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法 Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2016-Jan-25 Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样） 编译条...

后记：对于计算反应速率常数，如果没有特别的要求，实际上通过《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》（http://sobereva.com/552）里介绍的我开发的Shermo程序计算出过渡态、反应物的自由能，求差得到自由能垒，然后代入我制作的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（http://sobereva.com/310）表格中，并且利用表格里的单元格计算出隧道效应校正量，就足矣得到合理的反应速率常数。如今并没有多大必要用KiSThe...