用Hirshfeld电荷和信息增益研究亲电性和亲核性 Studying electrophilicity and nucleophilicity using Hirshfeld charge and information gain Sobereva@北京科音   2014-Nov-1   对于化学体系，Shannon熵定义为-∫ρ(r)lnρ(r) dr，其中ρ是体系的电子密度。 划分分子成为原子...

本文写于2014年10月27日，原文链接：http://bbs.keinsci.com/thread-116-1-1.html 今天，在小木虫上有人问sob问题（http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=8067226&fpage=1），虽然Sob早就对小木虫没什么兴趣了（内容整体太水，被新人的低水平求助贴和灌水帖所充斥，尽管也偶尔有高人发精华帖子），但毕竟是专门PM Sob的，就给他回帖了。然而，回的帖子没显示出来，...

简谈原子半径 Brief introduction to atomic radius 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Oct-24  Last update: 2018-Apr-25 经常有人问原子半径的事，这里十分简略地谈谈。 1 共价半径 一般说原子半径的时候多数情况就是指共价半径。原子间形成化学键的时候，键的长度大体相当于这两个原子的共价半径之和。很多可视化程序判断是...

2014年10月完结动画简评 文/Sobereva(2)+(3)   2014-Oct-7   本文是笔者完整观看过的2014年10月完结的22部TV版动画的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 按照惯例还是先颁奖，颁奖的作品也都只限...

注：此文已经完全毫无意义了！笔者后来写的《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）的作图步骤比用GaussView简单得多，效果好得多，而且还完全免费，还特意录了视频对操作进行演示。别再试图用GaussView绘制这种图了，Multiwfn+VMD是王道！ 在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程 文/Sobereva @北京科音 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Aug-28  Last update: 2024-Apr-15 这里所谓的弱相互作用，是指强度明显弱于一般化学键的各种形式的相互作用，范德华作用、pi-pi堆积、氢键、卤键、二氢键等等皆属于这一范畴（如果对相关概念不了解的话，看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” 》ht...

通过Multiwfn计算各个轨道的偶极矩 Calculating dipole moment of each orbital using Multiwfn 文/Sobereva @北京科音   2014-Aug-23 通常人们只是计算分子整体的偶极矩，有时也讨论局部的偶极矩，诸如原子偶极矩或ELF盆的偶极矩，这个靠Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)的模糊空间分析和盆分析模块方便地实现。也有...

ANIMANIA 2014夏日祭 “Ignition”全部录像、照片和杂谈 文&拍摄 / Sobereva(3)   2014-Aug-21 ANIMANIA 2014夏日祭"Ignition"演唱会于2014年7月6日在帝都MAO LIVE HOUSE举行。由于结束之后一直忙得出奇，结果拖拖拉拉过了一个多月到现在才得以写写杂记。这是第九次参加AM的演出了。 这次比较诡异，居然演出前后在AM的官方网...

C85音乐推荐 文/Sobereva(2)   2014-Aug-15   Comiket音乐推荐系列文章从C75就开始每次都写（见文末的连接），这回算是最惭愧的，由于C85以来一直忙，且要消化的各类音乐太多，另外由于一些原因没法像以前那样方便地收罗Comiket的音乐资源，C85总共只听了54张（以前每次都是一百多张甚至超过200张），而且一直拖到恰好C86要开始了才写此文。实话说，由于这次听的数目偏少，原本都有点想pass...

适合理论、计算化学投稿的期刊及其2013年影响因子（2014年公布） 文/Sobereva @北京科音   2014-Jul-30 此文对适合理论、计算化学投稿的期刊进行罗列，并附上2014年公布的2013年影响因子(IF)。 文中期刊名称一般用标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是ISSN号。斜杠前是2013年的两年期影响因子（即一般所谓的影响因子），斜杠后是五年期影响因子。有些新刊尚无影响因子数据。多数情况期...

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457） Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法 Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7 文/Sobereva @北京科音  Last update: 2016-Jan-25 Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样） 编译条...

后记：对于计算反应速率常数，如果没有特别的要求，实际上通过《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》（http://sobereva.com/552）里介绍的我开发的Shermo程序计算出过渡态、反应物的自由能，求差得到自由能垒，然后代入我制作的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（http://sobereva.com/310）表格中，并且利用表格里的单元格计算出隧道效应校正量，就足矣得到合理的反应速率常数。如今并没有多大必要用KiSThe...

生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem genmixmem: A tool to easily generate structure file of phospholipid bilayer membrane with mixed component 文/Sobereva@北京科音 First release: 2014-Jul-23   Last update: 2021-Nov-14 1 前言 ...

2014年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva   2014-Jul-21 Sobereva对音乐的执着，或许比起动画更甚。不管动画是否追了，所有动画的OST、OP/ED、歌曲集、角色集什么的一切衍生的音乐相关的产物是一个不落全都仔细听完的，并且仔细进行筛选。    笔 者在blog上发Comiket、M3、例大祭的音乐推荐已经是数年来的传统。后来觉得，光是推荐了同人音乐，而积攒的那么多超级优秀的动画音乐如...

后记：本文的配置已经过时，此文也不再更新。时下最理想的配置见《计算化学购机配置推荐》（http://sobereva.com/444），其中的配置会不断更新 单路计算化学攒机配置推荐 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jul-21   Last update: 2016-Apr-18 计算化学并非总是需要双路及以上的服务器，如今的普通PC已经足够完成很多计算了...