Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
Reasons and solutions for solving appearance of NO or imaginary frequency when convergence of geometric optimization is reached in Gaussian
文/Sobereva @北京科音
First release: 2015-Jan-16 &n...
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
A method to accurately combine the molecular structure map and plane map drawn by Multiwfn
文/Sobereva @北京科音 2014-Dec-31
Multiwfn的主功能4可以对各种实空间函数(如电子密度、ELF、自旋密度、静电势等)绘制出各种类型的平面图,尤其是填色...
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
A brief discussion on the choice of DFT functional in quantum chemistry calculations
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Dec-29 Last update: 2024-Oct-23
1 前言
经常有人问怎么选择DFT泛函,...
注:本文只是简要介绍NWChem里CDFT的用法。在北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KAQC_content.html)里有对CDFT原理的详细得多的介绍,并给出了NWChem做CDFT的更丰富的例子和明显更深入具体的讲解,欢迎感兴趣者参加。
谈谈约束性DFT(CDFT)
On the constrained DFT (CDFT)
文/Sobereva @北京...
NWChem的编译方法
Compilation method of NWChem
文/Sobereva @北京科音
First release:2014-Dec-22 Last update:2024-Sep-20
本文介绍编译NWChem 7.2.3的最简单的方法。笔者的操作系统是CentOS 9 64bit,用户是root。编译器用的gfortran。官方也有编译说明,见https://nwchemgi...
补充:笔者后来又写了一篇《使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图》(http://sobereva.com/447)和《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法》(http://sobereva.com/449),并且配有演示视频,介绍了如何基于脚本非常方便快速地将Multiwfn与VMD相结合绘制效果极好的轨道图像。看完本文后请务必看这两篇文章。
使用Multiwfn观看分子轨道
Using Multiwfn to visualize ...
注:本文的做法如今已经完全过时,如今强烈建议用Sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)建立纳米球/管/板的拓扑文件,比x2top灵活得多,参考网页里的例子。另外,北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里有模拟纳米管、纳米板的完整讲解和详细的例子。
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
A simple ex...
利用约化密度梯度(RDG)考察AIM临界点的位置
Using reduced density gradient (RDG) to examine location of AIM critical points
文/Sobereva @北京科音
First release: 2014-Dec-14 Last update: 2022-Aug-17
约化密度梯度(RDG)定义如下
RDG把电...
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
Several tools for generating GROMACS topology files of organic molecules
文/Sobereva@北京科音
First release:2014-Dec-9 Last update: 2024-Nov-5
本文把各种可以产生GROMACS拓扑文件的工具进行汇总。具体细节和实际使用例子笔者在北京科音分子动力学与GROMACS培...