谈谈原子间是否成键的判断问题

谈谈原子间是否成键的判断问题 On the judgement whether there are bonds between atoms 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-Apr-27  Last update: 2021-Sep-25 0 前言 经常有人在网上问类似这种问题：“我优化出的结构，在gview里怎么显示A原子和B原子没有成键啊，应该成...

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” Is it necessary to add DFT-D3 dispersion correction when calculating? 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Apr-21  Last update: 2022-May-29 0 前言 笔者经常被问及的一个问题就是“我要计算xxx，是否需要加...

2018年4月完结动画简评

2018年4月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是笔者完整观看过的2018年4月完结的19部全长或半长TV版动画和3部泡面番的简评。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 通常评分区间是90~95分（低于90分一般不追，超过95的则是神作水准，极度罕见），不了解此系列文章评分传统的勿试图吐槽这点。评分依据...

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

2018-Dec-29注：有不少人表示PySOC运行不了。只要读者使用本文的操作系统、严格按本文的操作步骤计算，至少本文的例子是绝对能运行成功的。读者应当先确保本文例子能运行正常，由此确认安装方式和自己的操作过程无误后再去跑你自己的体系。如果你当前没有本文用的系统，可以用VMware虚拟机装，半小时就能装好。  2019-Feb-10注：笔者后来又写了《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱》（http://sob...

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本 A script to link the centers of mass of molecules that are close together in VMD 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-7 在计算化学公社论坛上有人问下图这种把距离较近的分子质心连线的图怎么绘制 ...

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积

注1：本文的方法适合展现分子内部的孔洞。如果你是希望展现周期性动力学模拟或者晶胞当中的自由区域（未被原子占据的区域）并计算其体积，应当使用此文的方法：《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（http://sobereva.com/539）和《使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域》（http://sobereva.com/617）。 注2：Multiwfn还有计算分子孔洞直径的功能，见《使用Multiwf...

通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用

后记1：笔者后来又写了一篇文章介绍怎么对周期性体系做IGM分析，见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》（http://sobereva.com/588）。 后记2：2022年我提出了叫做IGMH的改进版IGM方法，图像效果显著好于IGM，还可以完全避免IGM图中误导性的着色出现，而且物理意义明显比IGM更强。请读者们务必阅读IGMH的全面介绍文章《使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相...

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 A simple way to build molecules surrounded by explicit solvent layers 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶剂模型分两大类，显式溶剂模型、隐式溶剂模型。在量子化学研究中，一般为了省事、方便以及为了考虑溶剂平均效应而用隐式溶剂模型...

2017年下半年优秀动画音乐推荐

2017年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2018-Jan-10 这是第7次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起不断发布，之前的见 《2017年上半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/385） 《2016年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/360） 《2015年下半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/318） 《2015年上半年优秀...

在Gaussian中做限制性优化的方法

在Gaussian中做限制性优化的方法 The way to perform restricted optimization in Gaussian 文/Sobereva @北京科音   2018-Jan-9 0 前言 量化计算时一般做的几何优化叫做全优化(full optimization)，与之相对的叫做限制性优化，即优化时冻结某些变量来实现特殊目的。经常有人在网上问Gaussi...

2017年度完结动画总评

2017年度完结动画总评 文/Sobereva  2018-Jan-5 此文对笔者完整看过的2017年度完结的89部全长版TV动画和17部泡面番进行总评。剧场版、OVA之类的都没有纳入其中。此文只有“2018年1月完结”部分是新写的，4月、7月、10月完结的动画的评论在作品刚完结之时就已经写好并发在了blog上，在此文只是汇总而已（所以有些文字现在看起来已经out了），不过很多作品的总评分为了保持评价的一致性，在此文又做了微调。前几年的总评见： 2016年度完...

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题

在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题 Methods and FAQs for calculating IRC in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Jan-4  Last update: 2020-Sep-14      0 前言 IRC是量子化学研究化学反应的重要概念，它是质权坐标下连接势能面相...
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