2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计

注：2021年的统计结果见《2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计》（http://sobereva.com/599） 2018年度计算化学公社杯最常用的量子化学程序和DFT泛函投票结果统计 文/Sobereva @北京科音  2018-May-27 在2018年4月16号，在著名的计算化学公社论坛(http://bbs.keinsci.com)开展了为期一个月的“你最常...

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法

高性价比热力学组合方法G4(MP2)-6X的计算方法 Cost-effective thermodynamics composite method G4(MP2)-6X 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-May-26  Last update: 2019-Jul-30 在2011年，J. Chem. Theory Comput., 7, 112-120中，几个非...

在大阪拍的“百合展2018”照片

PS: 本文图非常多，20多MB，请非常耐心等待加载... 在大阪拍的“百合展2018”照片 摄影/Chris  文/Sobereva  2018-May-14 之前看到一个百合展预告http://acg.178.com/201803/315211303529.html，在四月份大阪有个“百合展2018”，而且有很多知名作家会参展。虽然Sobereva非常想去，但由于诸事繁忙，抽身不得，于是托正巧要在日本一游的人去百合展把照片都拍了回来...

2018.4在大阪所购的二次元物品

PS: 本文图非常多，20MB左右，请非常耐心等待加载... 2018.4在大阪所购的二次元物品 文/Sobereva  2018-May-14 2018年4月托人去了趟大阪的百合展，展会照片见http://sobereva.com/417，在展会上搜刮了大量周边，在旁边的偶像大师灰姑娘女孩主题咖啡厅也搞了点限定周边。之后托人也顺便在animate购入不少物资，在这里展示一下。 百合展的宣传单 百合展限定T恤，耻度略大，据...

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题

量子化学研究中切换泛函应当注意的问题 Issues that should be paid attention to when switching DFT functionals in quantum chemistry research 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-May-2  Last update: 2024-Sep-24 量子化学研究者经常会用一种...

谈谈原子间是否成键的判断问题

谈谈原子间是否成键的判断问题 On the judgement whether there are bonds between atoms 文/Sobereva @北京科音  First release: 2018-Apr-27  Last update: 2021-Sep-25 0 前言 经常有人在网上问类似这种问题：“我优化出的结构，在gview里怎么显示A原子和B原子没有成键啊，应该成...

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” Is it necessary to add DFT-D3 dispersion correction when calculating? 文/Sobereva @北京科音 First release: 2018-Apr-21  Last update: 2022-May-29 0 前言 笔者经常被问及的一个问题就是“我要计算xxx，是否需要加...

2018年4月完结动画简评

2018年4月完结动画简评 文/Sobereva  2018-Apr-15 本文是笔者完整观看过的2018年4月完结的19部全长或半长TV版动画和3部泡面番的简评。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 通常评分区间是90~95分（低于90分一般不追，超过95的则是神作水准，极度罕见），不了解此系列文章评分传统的勿试图吐槽这点。评分依据...

使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元

2018-Dec-29注：有不少人表示PySOC运行不了。只要读者使用本文的操作系统、严格按本文的操作步骤计算，至少本文的例子是绝对能运行成功的。读者应当先确保本文例子能运行正常，由此确认安装方式和自己的操作过程无误后再去跑你自己的体系。如果你当前没有本文用的系统，可以用VMware虚拟机装，半小时就能装好。  2019-Feb-10注：笔者后来又写了《使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱》（http://sob...

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本

在VMD中将距离较近的分子质心连线的脚本 A script to link the centers of mass of molecules that are close together in VMD 文/Sobereva @北京科音  2018-Mar-7 在计算化学公社论坛上有人问下图这种把距离较近的分子质心连线的图怎么绘制 ...

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积

注1：本文的方法适合展现分子内部的孔洞。如果你是希望展现周期性动力学模拟或者晶胞当中的自由区域（未被原子占据的区域）并计算其体积，应当使用此文的方法：《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（http://sobereva.com/539）和《使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域》（http://sobereva.com/617）。 注2：Multiwfn还有计算分子孔洞直径的功能，见《使用Multiwf...

通过独立梯度模型(IGM)考察分子内和分子间的弱相互作用

后记1：笔者后来又写了一篇文章介绍怎么对周期性体系做IGM分析，见《使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用》（http://sobereva.com/588）。 后记2：2022年我提出了叫做IGMH的改进版IGM方法，图像效果显著好于IGM，还可以完全避免IGM图中误导性的着色出现，而且物理意义明显比IGM更强。请读者们务必阅读IGMH的全面介绍文章《使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相...

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法

构建被显式溶剂层包裹的分子的简单方法 A simple way to build molecules surrounded by explicit solvent layers 文/Sobereva @北京科音  2018-Jan-20 0 前言 溶剂模型分两大类，显式溶剂模型、隐式溶剂模型。在量子化学研究中，一般为了省事、方便以及为了考虑溶剂平均效应而用隐式溶剂模型...
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