使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性

2020-Sep-14后记:本文中关于多中心键级计算耗时的说法已经完全过时了。因为从2020-Sep-12更新的Multiwfn开始,程序中实现了笔者提出的一种超快的多中心键级计算算法,而精度没有丝毫损失,对于哪怕含有几十个原子的环也可以非常快速地计算多中心键级,这使得多中心键级的应用范畴有了革命性的扩展。相比之下,AV1245的实际价值就已经不大了。 使用Multiwfn计算AV1245指数研究大环的芳香性 Using Multiwfn ...

谈谈如何衡量分子的极性

谈谈如何衡量分子的极性 The way of measuring molecular polarity 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Oct-16  Last update: 2020-Sep-29 0 前言 经常有人问怎么衡量分子的极性,是不是算个偶极矩就可以。实际上,极性是一个非常含糊的概念。从本质上来说,极性来自于净电荷分布的不均匀性,不均匀性越大则极性越...

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异

关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异 Regarding why the RESP charge calculated by Multiwfn is different from that of Antechamber 文/Sobereva@北京科音 2019-Sep-27 0 前言 RESP电荷的原理、细节以及计算在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(ht...

谈谈18碳环的几何结构和电子结构

后记:笔者后来在18碳环方面开展了大量研究工作,并陆续发表了许多论文,汇总见http://sobereva.com/carbon_ring.html。本文的读者请务必一看,非常欢迎阅读和引用其中的文章! 本文下面的所有数据和图像都已体现在笔者发表的文章Carbon, 165, 468-475 (2020) DOI: 10.1016/j.carbon.2020.04.099的正文或者补充材料里。因此如果需要引用下文的任何内容,都请引用Carbon这篇论文。 ...

使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示)

注:笔者后来又写了《使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用》(http://sobereva.com/676),其中介绍的重要的LEAE函数与ALIE有关键性的互补,非常推荐阅读! 使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图(含视频演示) Using Multiwfn and VMD to plot map of molecular surface colore...

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求

谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 On the correctly understanding the requirements for image resolution when submitting a paper 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时,时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题,一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。...

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积

利用photoshop计算晶体表面孔洞面积 Using photoshop to calculate hole area on crystal surface 文/Sobereva@北京科音   2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片,问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的 其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例,我们实际上要统计的就是图...

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序 First release: 2019-Aug-26    Last update: 2023-Dec-21  提示:此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系(分子、团簇),D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。但即便算周期性体系也是我很不推荐用D摩3的,速度远慢于免费且功能更强大、更灵活的CP2K,而且CP2K的使用并不困难,通过北京科音CP2K第一性原...

让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法

后记:此文用VMD的做法已经没有意义了,用Multiwfn来实现方便得多!仔细看《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》(http://sobereva.com/610)中的介绍,特别是2.6节的例子。 让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法 Method to make (transition) dipole moment of a system parallel to a certain Cartesian ax...

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生 On the judgement whether a reaction is easy to occur based on potential barrier 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-23  Last update: 2024-Dec-31 经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生?”这种问题,本文就专门说一下。 ...

谈谈我对计算化学代算的看法

谈谈我对计算化学代算的看法 My personal views on computational chemistry study by agent 文/Sobereva First release: 2019-Aug-20   Last update: 2024-Apr-14 时常有人在群里、论坛里,或者直接邮件问我,他要算***问题,哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我从2014年开始专门做过...