利用photoshop计算晶体表面孔洞面积
Using photoshop to calculate hole area on crystal surface
文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-31
今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片，问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的
其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例，我们实际上要统计的就是图...
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素）
Basis set definition file in Gaussian format that adds diffuse functions to def2 series in the way of "ma-" (including all elements supported by def2)
文/Sobereva@北京科音
First ...
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
First release: 2019-Aug-26 Last update: 2023-Dec-21
提示：此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系（分子、团簇），D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。但即便算周期性体系也是我很不推荐用D摩3的，速度远慢于免费且功能更强大、更灵活的CP2K，而且CP2K的使用并不困难，通过北京科音CP2K第一性原理...
后记：此文用VMD的做法已经没有意义了，用Multiwfn来实现方便得多！仔细看《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》（http://sobereva.com/610）中的介绍，特别是2.6节的例子。
让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法
Method to make (transition) dipole moment of a system parallel to a certain Cartesian ax...
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
On the judgement whether a reaction is easy to occur based on potential barrier
文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-23
经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生？”这种问题，本文就专门说一下。
1 拿什么来衡量反应快慢？
首先要明确“势垒”或“能垒”（barrier）到...
谈谈我对计算化学代算的看法
My personal views on computational chemistry study by agent
文/Sobereva
First release: 2019-Aug-20 Last update: 2024-Apr-14
时常有人在群里、论坛里，或者直接邮件问我，他要算***问题，哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我从2014年开始专门做过两...
VMD里原子选择语句的语法和例子
Syntax and examples of atomic selection in VMD
文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-19
1 前言
VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是极其强大、灵活的化学体系可视化程序，笔者之前也写过不少相关文章，见http://sobereva.com/category/VM...
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
Using Multiwfn to calculate dynamic diameter of molecules
文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Aug-19 Last update: 2022-Jun-17
1 相关知识&计算原理
分子直径有很多不同定义。在分子分离研究领域中经常用动力学直径（kinetic ...
使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献
Using Multiwfn to study contribution of molecular orbital, NBO and so on to density difference and Fukui function
文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-17
1 前言&基本知识
密度差是量子化学研究中经常被考察的...
使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长、键级、键角、二面角随键序号的变化
Using Multiwfn to calculate bond length/order alternation (BLA/BOA) and study variation of bond length, bond order and angle with respect to bond index
文/...
使用Multiwfn计算与超瑞利散射(HRS)实验相关的量
Using Multiwfn to calculate quantities related hyper-Rayleigh scatter experiment
文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Aug-7 Last update: 2020-Jun-26
摘要：超瑞利散射(HRS)是考察分子第一超极化率...
OfakeG：使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
OfakeG: A tool that enables GaussView to visualize ORCA output files
文/Sobereva@北京科音
First release: 2019-Jul-17 Last update: 2021-Jul-2
1 前言
量子化学程序ORCA用的人越来越多，功能很强大而且免费...