L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例

L-BFGS-B局部极小化算法在Fortran中的使用简例 A simple example of using L-BFGS-B local minimization algorithm in Fortran 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-3 本文简要介绍一下L-BFGS-B局部极小化算法的常识,并通过实例介绍怎么在Fortran中使用这个方法解决实际问题。 1 相关知识 牛顿法是最...

使用Multiwfn计算各种与信息论相关的量(information-theoretic quantities)

Using Multiwfn to study information-theoretic quantities 将信息论与密度泛函中的一些概念相结合,在讨论化学问题中已有不少应用,特别是近年来北卡罗来纳大学&湖南师大的刘述斌教授在这方面做了大量工作,通过信息论定义的量(information-theoretic quantities)研究了诸多化学问题,获得了丰硕的成果,陆续发表了几十篇应用性或纯理论文章。之前我写过的介绍文章《用Hirshfeld电荷和信息...

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例

无需导数的局部极小化算法NEWUOA在Fortran中的使用简例 A simple example of using the local minimization algorithm NEWUOA without derivatives in Fortran 文/Sobereva@北京科音  2020-Mar-1 1 NEWUOA简介 数学上对多维函数做局部极小化的算法非常多,诸如simplex、BFGS、最陡下降法...

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 On the determination and setting of the connection relationship in VMD visualization program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Feb-25   Last update: 2023-Dec-29 化学体系可视化程序VMD的用户越来...

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

懒得在这里再发一遍了,本文直接在计算化学公社论坛看: http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型,搜索治疗武汉肺炎的特效药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象,最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。 后注:鉴于有人在病毒名称上特别敏感,笔者在此进行如下专门澄清,以后不要再试图给笔者发邮件在肺炎的用...

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 Idea of RESP2 atomic charge and its calculation in Multiwfn 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Feb-1  Last update: 2022-Aug-6 1 前言 RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法,在《RESP拟合静...

2019年下半年观看的非TV版动画简评

2019年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2020-Jan-20 这里对从2019年7月1日开始截止到2019年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。还有些此类动画看完后忘写了,就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分,我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 关于我转生变成史莱姆这档事 OAD01 长度:23m16s 讲述...

2019年下半年优秀动画音乐推荐

2019年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2020-Jan-19 这是第11次写“优秀动画音乐推荐”系列文章,此系列从2014年起不断发布,致力于尽自己微薄之力,令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地,而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2019年上半年优秀动画音乐推荐》(http://sobereva.com/496) 《2018年下半年优秀动画音乐推荐》(http://sobere...

使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

后记:笔者在2023年提出了sobEDAw能量分解方法,用起来非常方便,计算耗时以及对内存和硬盘的要求都远远低于SAPT0,而精度可以达到较高阶SAPT(明显好于SAPT0)的水平,因此强烈建议用sobEDAw代替本文介绍的SAPT!介绍和用法见《使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析》(http://sobereva.com/685) 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算 Usin...

通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度

通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度 Using orbital delocalization index (ODI) to measure spatial delocalization extent of orbitals 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Dec-22  Last update: 2020-Mar-22 1 前言 轨道的离域程度就是指...