谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题 On the determination and setting of the connection relationship in VMD visualization program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Feb-25   Last update: 2023-Dec-29 化学体系可视化程序VMD的用户越来...

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

懒得在这里再发一遍了，本文直接在计算化学公社论坛看： http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 此文目的是介绍怎么用molclus基于xtb做的分子动力学轨迹作为初始构型，搜索治疗武汉肺炎的特效药瑞德西韦的在水溶液下的能量最低构象，最终结果如下。此文的做法是对较大体系构象搜索的极佳、普适做法。 后注：鉴于有人在病毒名称上特别敏感，笔者在此进行如下专门澄清，以后不要再试图给笔者发邮件在肺炎的用...

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 Idea of RESP2 atomic charge and its calculation in Multiwfn 文/Sobereva@北京科音  First release: 2020-Feb-1  Last update: 2022-Aug-6 1 前言 RESP是几乎最适合用于分子动力学模拟的原子电荷计算方法，在《RESP拟...

2019年下半年观看的非TV版动画简评

2019年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva  2020-Jan-20 这里对从2019年7月1日开始截止到2019年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。还有些此类动画看完后忘写了，就也不再补了。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见http://sobereva.com右方的“动画评论”分类。 关于我转生变成史莱姆这档事 OAD01 长度：23m16s 讲述...

2019年下半年优秀动画音乐推荐

2019年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva  2020-Jan-19 这是第11次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起不断发布，致力于尽自己微薄之力，令最杰出、最美妙的音乐能有出头之地，而不被数目是它们20倍以上的海量的平庸、凑数的音乐埋没。之前的动画音乐推荐见 《2019年上半年优秀动画音乐推荐》（http://sobereva.com/496） 《2018年下半年优秀动画音乐推荐》（http://sobere...

使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

后记：笔者在2023年提出了sobEDAw能量分解方法，用起来非常方便，计算耗时以及对内存和硬盘的要求都远远低于SAPT0，而精度可以达到较高阶SAPT（明显好于SAPT0）的水平，因此强烈建议用sobEDAw代替本文介绍的SAPT！介绍和用法见《使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析》（http://sobereva.com/685） 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算 Usin...

通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度

注：笔者后来又写了《使用Multiwfn计算轨道的体积》（http://sobereva.com/734），和本文内容有一些相关性，推荐看完本文后阅读。 通过轨道离域指数(ODI)衡量轨道的空间离域程度 Using orbital delocalization index (ODI) to measure spatial delocalization extent of orbitals 文/Sobereva@北京科音 ...

一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章

后记：后来笔者在此文的研究的基础上做了大量扩展和深化，发表了一系列论文，并且还做了很多其它的与18碳环及其类似物有关的研究，汇总见http://sobereva.com/carbon_ring.html。非常欢迎阅读和引用其中的文章！ 一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章 The most comprehensive and systematic theoretical article on the novel and uni...

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法

将Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上的方法 The way of directly labelling bond orders calculated by Multiwfn on molecular structure map 文/Sobereva@北京科音  2019-Dec-4 有人在Multiwfn中文论坛上问怎么把Multiwfn计算的键级直接标注在分子结构图上，以便于直观观看。将Multiwfn...

计算分子内氢键键能的几种方法

计算分子内氢键键能的几种方法 Several methods for calculating energy of intramolecular hydrogen bonds 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Nov-23  Last update: 2022-May-26 0 前言 计算分子间弱相互作用，包括计算最常被研究的氢键的键能，已经有非常成熟、准确的方法，比如最常用的就是...

Grimme的xtb程序的编译方法

Grimme的xtb程序的编译方法 Compilation method of Grimme's xtb program 文/Sobereva@北京科音  2019-Nov-21 之前笔者在《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》（http://sobereva.com/421）中已经对xtb程序的基本情况进行了介绍，也说明了安装方法。通常直接用预编译版的xtb就够了，但有...

2019年10月完结动画简评

2019年10月完结动画简评 文/Sobereva  2019-Nov-13 本文是笔者完整观看过的2019年10月完结的21部全长TV版动画和3部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么...
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