使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积

使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积 Using Multiwfn and VMD to calculate molecular surface area and fragment surface area 文/Sobereva@北京科音  2019-May-27 时常有人问怎么计算分子表面积、怎么计算基团的表面积，其实这用Multiwfn或VMD来做非常简单，这里就结合例子简单说一下。 1 关于分...

Multiwfn 3.6正式版隆重发布！

Multiwfn 3.6正式版隆重发布！ The official version of Multiwfn 3.6 is grandly released! 文/Sobereva @北京科音  2019-May-21 Multiwfn的上个正式版3.5是2018年4月16日发布的，经过近一年有余的不断改进和完善，Multiwfn 3.6正式版终于正式发布！目前已经可以在官网上http://sobereva.com/m...

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量

注：轨道权重福井函数/双描述符特别适合前线轨道简并或近简并体系，也是使用本文提到的功能来计算，但本文没涉及，在另一篇博文里专门作了介绍《通过轨道权重福井函数和轨道权重双描述符预测亲核和亲电反应位点》（http://sobereva.com/533），非常建议看过本文后阅读。 注：本文对应2024-Apr-17及以后更新的Multiwfn及手册，不要用老版本！ 使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量 Us...

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法

在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 Easily drawing a cube file as an excellent isosurface map in VMD 文/Sobereva@北京科音  2019-May-21 1 前言 Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）是产生量子化学研究和波函数分析中用到的各种格点数据特别方便、强大的工具，可以在自带的...

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构

使用Multiwfn绘制态密度(DOS)图考察电子结构 Plotting density-of-states maps by Multiwfn to study electronic structure 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-May-14  Last update: 2024-Jul-31 0 前言 基于主流量子化学程序产生的波函数信息，使用Multi...

巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

重要提示：下文是很早以前写的，如今已经没意义了！如今使用Multiwfn官网上的最新版本，结合下文提到的xtb产生的molden文件作为输入文件，直接用《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》（http://sobereva.com/443）介绍的ESPiso脚本绘制才是最好的做法。因为后来得益于《Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！》（http://sobereva.com/614）中介绍的Multi...

2019年4月完结动画简评

2019年4月完结动画简评 文/Sobereva  2019-May-2 本文是笔者完整观看过的2019年4月完结的24部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是由...

使用Multiwfn绘制光电子谱

使用Multiwfn绘制光电子谱 Using Multiwfn to plot photoelectron spectrum 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-27  Last update: 2020-Sep-28 1 前言 波函数分析程序Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）具有很方便、灵活、强大的态密度(DOS)绘...

谈谈记录化学体系结构的xyz文件

谈谈记录化学体系结构的xyz文件 Introduction to the xyz file recording chemical structures 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Apr-26  Last update: 2023-Jun-14 xyz是一种非常常用的记录化学体系结构的文件格式，定义极其简单。笔者开发的好多程序，以及其它计算化学程序经常涉及这个格式，网上...

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感

亲历触手猴在帝都的钢琴演出有感 文/Sobereva  2019-Mar-27 昨日晚上7:30参加了触手猴的在北京的中山公园里面的中山音乐堂的演出。真没想到我十年多前看到的那个在视频里弹奏touhou曲子的人物，居然会来北京。 其实我之前对触手猴也没有太多了解，但是在B站上偶然发现他会来北京巡演，感觉实属难得，就买了280的票去了。其实期待度不算特别高，刚到场时候感觉观众也有点稀稀拉拉，有不少空位，也因此二楼都没有开放。但看完...

详谈使用Gaussian做势能面扫描

详谈使用Gaussian做势能面扫描 Detailed introduction to using Gaussian to perform potential energy surface scanning 文/Sobereva@北京科音  2019-Apr-1 目录 1 基本知识 2 用Gaussian做刚性扫描的方法和实例     2.1 基础知识    ...

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用

分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用 Use of Packmol to construct initial structure of molecular dynamics 文/Sobereva@北京科音  2019-Mar-23 由于经常有人问Packmol怎么安装、怎么用，这里就写一篇文章，做一个完整的介绍，初学者应该都能读懂，之前用过的人看了可能还能了解一些之前没注意到的细节和技巧。笔者在北京科音的分子动力学与G...
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